Rin, die Satans onwettige zoon is, is vastbesloten om deze vloek te verbreken en gaat naar de Academie van het Ware Kruis om exorcist te worden, net als zijn mentor.
De training van Rin wordt onderbroken door de diefstal van het linkeroog van de Impure King. Om het rechteroog te beschermen, gaan de exorcisten richting Kyoto.
De groep komt aan in Kyoto en gaat naar het familiehotel van Suguro. De meeste personeelsleden zijn gewond en iedereen staat onder verdenking.
Yaozo roept iedereen bij elkaar in een poging de verrader te ontdekken in de Myoda-sekte, waarbij de verdenking valt op Tatsuma, de vader van Suguro.
Suguro ziet Juzo de Deep Keep binnengaan en hoort Mamushi verklaren dat ze Todo's partizaan is. Voor Suguro is zijn vader nog steeds verdacht.
Rin wordt in een isoleercel gegooid, waar Yukio hem een brief van Tatsuma voorleest. Nu beide ogen gestolen zijn, roept Yaozo iedereen bijeen.
In zijn brief vertelt Tatsuma hoe pater Fujimoto jaren geleden aan het Komazwaard is gekomen. In het heden komen Todo en Mamushi aan bij de Goma-kapel.
De Impure King leeft weer en het Vaticaan heeft Rin ter dood veroordeeld. Zijn klasgenoten proberen hem te bevrijden en alles hangt af van Shiemi.
De giftige dampen verspreiden zich door Kyoto en iedereen vlucht naar Rakuhoku. Rin en zijn klasgenoten zoeken naar Tatsuma en Yukio komt een veranderde Todo tegen.
Todo bespot Yukio vanwege zijn ware gevoelens jegens zijn broer. Suguro gaat een contract aan met de Goha-en en gaat samen met Rin op zoek naar de Impure King.
De Impure King komt tevoorschijn als versterking arriveert om Yukio te helpen. Suguro, Rin en Kuro zitten vast in de vuurbarrière en Rin kan het zwaard niet trekken.
Todo wil gewoon niet opgelost blijven. Hoewel Rin erin slaagt het Komazwaard te trekken, is de Impure King te sterk. Als alle hoop vervlogen lijkt, verschijnt Ucchusma.
De blauwe vlammen van Rin hebben het gebied gereinigd. Na alle ellende is het tijd de omgeving te verkennen, een open gesprek te voeren, en te praten over Rins toekomst.
