江户时代末期（本作的 20 年前）, 被称为“天人（あまんと）”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗，幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个武士与同伴愉快地过著异想天开的生活。
半年过去，银时再次回到万事屋。然而，他被新八、神乐和一个陌生的金发直发型男性坂田金时所迎接。银时误以为自己不小心闯入了别人家，于是离开了那里……但毫无疑问，那里才是他真正的家。新八和神乐似乎对银时的事情一无所知。在银时不在场的这段时间内究竟发生了什么？
当银时流落街头时，得到了小玉和定春的协助。通过与金时交谈，他得知这是一款塑料模型，它克服了银时所有弱点。金时的目标是抹去歌舞伎町居民对银时的记忆，并取而代之成为真正的万事屋队长……为了与小玉、定春一起击败完全超人金时，银时决定寻找回自己的伙伴。
为了尽快唤醒新八达对银时的记忆而单独行动的小玉眼前突然出现了金时。 金时知道了小玉没有被洗脑的事实，对她穷追不舍。在千钧一发之际被银时所救，不过，负伤，安静地闭上眼睛的玉···银时的表情为之一变。 另一方面，金时在歌舞伎町中到处通知银时，玉是被银时杀害的……现在，金时的吊唁战即将开始。
银时被认为与歌舞伎町的居民为敌。但是，银时的伙伴们一个接一个地想起了银时的事，形势好像逆转了···但是从金时那里听到了可怕的计划的全貌。 银时VS金时的战斗终于进入了最终局面。
在月咏的介绍下，银时被传说中的花魁铃兰逆指名!! 为了迎接铃兰，她做了精心的准备，但出现在她面前的却是一个与传闻相去甚远的老婆婆。 银时听到了她思念的人的故事…
拜神乐所赐，银时他们顺利潜入城中。为了瞒过森严的警备的眼睛，进行了踢罐子，不过，银时踢起的罐子不幸地命中了将军的额头!! 在试图毁灭证据的过程中，铃兰寻找的人物出现在银时一行人面前!?那个人所说的令人震惊的事实是……!?
被诬为暗杀幕府要人的银时等人，在真选组的带领下逃出牢房。将素世公主作为人质(!?)上了幕后黑手所在的本丸。 银时他们终于拜谒了统领国家的前代将军德川定!为了替倾城铃兰报仇雪恨，一行人向定定挑战!!担任定的保镖，是暗杀部队“天照院奈落”最强的男人·朦胧。朦胧似乎认识过去的银时，两人的因缘究竟是什么呢…!?
在与朦胧的死斗中，银时被剥夺了身体的自由。根据定定，背负负伤的六转舞藏的新八等人也被敌人的攻击逼入绝境，千钧一发之际，真选组·见廻组施以助太刀。 终于，银时和朦胧的战斗，走向最终局面…。
与朦胧、定定的战斗告一段落，事件走向平息，定定被问罪。 冰冷的牢里，一个男人来找他… 另一方面，银时他们为了实现对倾城铃兰的约定，对她真正思念的人，展开了一场戏…。
阿妙在父亲墓前宣布道场复兴。 然后从后面传来了熟悉的声音…。 恒道馆曾经的塾头尾美一就在那里。 自从终点站的传送装置爆炸事故以来就杳无音讯的尾美突然来访，新八和阿妙既惊讶又高兴。 把不感兴趣的银先生和神乐卷进来，道场再兴计划开始了!?
尾美回到志村家的道场。 其实他是毗夷梦星人为了引起战争而改造的半身机械人! 知道了那个的银先生，代替阿妙和新八，和尾美一对决!!
为了自己了结，新八去找银和尾美一! 作为天堂无心流的继承人，万事屋的志村新八，向尾美挑战。 到底能不能拯救恩人尾美一呢? 并且能守护地球，守护武士的国家吗…!?
万事屋严重的粮食困难到来了，终于定春的狗粮也被银夺走了!忍无可忍的定春决定离家出走。 赌气走在街上，看到小狗被扔在垃圾场……!?
