江户时代末期（本作的 20 年前）, 被称为“天人（あまんと）”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗，幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个武士与同伴愉快地过著异想天开的生活。
时隔一年的银魂动画再开，新八精神百倍来到万事屋，看到的却是一个陌生男人，但是听声音那人竟然是银时，新八还被嘲笑没有长进。
新八泪奔暴走至海边，遇见了众多奇葩，其中就有在成长中连性别都改变了的桂。
万事屋收到一摞一摞的贺年卡，怎么写回信让银时头疼不已，但是新八跟神乐俩人貌似写的挺欢乐，偶尔互换一下近况其实也不错嘛。
山崎奉命监视楢崎幸，她的弟弟钝兵卫偷走了组织的资金，四处逃窜，真选组跟攘夷志士都在抓他，唯一方法就只有监视他的姐姐。
凯瑟琳恋爱了，对象是经常来登势酒馆的末次郎先生，还算是个富二代。恋爱中的凯瑟琳一百八十度大改变，温柔娴淑，相貌可人，这完全是换了一个人的设定。
小猿突然从电视机中冒出来，被银时当做垃圾让定春清理，结果一不小心弄碎了小猿的眼镜，然后小猿俩眼泪汪汪惹人怜，于是银时被逼陪小猿去买眼镜。
因为这幅不合适的眼镜，小猿做任务差错百出，惹上了杀身之祸。万事屋三人将小猿搬到全藏家中，利用小猿做诱饵引出敌人，全藏被迫接受这个现实。
剧场版第一弹反响好评，于是剧场版第二弹白夜叉降诞预告片诞生，看起来不错，结果银时来了句这种东西怎么会有呢！
在一家酒馆中，某个武士打听着谁是歌舞伎町中最强，获得消息后打定主意走出了酒馆，跟银发武士擦肩而过时动手了，然后跪在地上请求银发武士收她为徒。
为了防止混乱，歌舞伎町四大势力首领决定，如果某方引起骚乱，其余三方则联合摧毁引发骚乱那方，很显然这是华陀着想要剔除妨碍生意的次郎长一家，而登势也觉得椿平子出现的太过巧合。
没能遵守诺言守护好登势，让银时丧失信念。西乡来到医院，通知大家登势酒馆三天后将会被强行拆除。
平子跟西乡带人来拆登势酒馆，发现酒馆还在营业，打开门后发现银时坐在里面，看到银时，西乡说自己莫名的感到安心。
歌舞伎町眼看就要失守，登势、胜男突然出现，士气倍受鼓舞，将天人那帮打的落花流水。银时、次郎长将自己的背后交给对方守护，并肩作战。
阿呆提督都命令神威将高杉一群人处理掉，勾狼带领十二师团假意支持神威，承诺会帮他取得提督的职位，神威为了完成消灭高杉的任务开始行动。
万事屋迎接寺子屋的孩子们来参观。神楽想要向大家炫耀万事屋的厉害之处，她请求银时展示一些酷炫的地方。然而，当孩子们进入万事屋时，里面却变成了一个工坊，银时面带工匠的表情正在制作一些奇怪的东西。它的名字叫做“爱国者”。那么，万事屋能成为孩子们憧憬的职业吗？而“爱国者”到底是什么东西呢？
长谷川如愿以偿地得到了工作，这次的任务是在大江户水上乐园担任监视员。 他的责任是让孩子们留下美好的回忆！他充满热情地投入工作，但与他一同担任监视员的银时却拿着双筒望远镜开始寻找泳装美女（他们称之为“巨乳娘”）。然后，从镰仓町中，一群傻瓜聚集了过来！
万事屋三人高兴地从小登世那里得到了一只螃蟹，准备享受一顿豪华的餐桌。 然而，他们只得到了一只螃蟹。螃蟹有十只脚，但三个人分的话会剩下一只。 尽管如此，他们还是决定友好地一起分享。就在这时，餐桌突然停电了！
在夜晚的公园里，有一个男人被围观的群众中的一个上班族打了一拳。他的名字叫岩松，职业是“被打者”。作为一个前职业拳击手，他以成为人类沙袋并让客人打他为生意，在不法之地——镰仓町，他觉得可以赚很多钱，信心满满地来到这里，但是...却后悔起来受到神楽的一击。 自称镰仓町的女王的神楽，带着害怕的岩松去了一个可能需要打手的地方。
银时等人在屁怒絽一家和公共浴池意外相遇。他们害怕屁怒絽一家是来侵略地球的！为了无论如何都要从浴室逃出去，他们躲进了儿童浴池，但实际上荼吉尼族不喜欢热水！最终他们不得不一起进入同一个浴池。银时等人失去了方向，能够顺利从浴室逃出去吗？
柳生家根据将军的命令，接管了一位贵族的孩子。 被指定为教育者的九兵衛充满热情地准备为将军家尽心尽力，但他注意到自己头上有一只小猴子。原来它就是所谓的「那个人」。 九兵衛决定给它取个名字，请求了妙和万事屋的帮助。大家一起考虑一个体面且吉祥的名字，以不辱将军家的名声，但是...
那个人改名为「寿限无寿限无...（省略）稀屎丸」，九兵衛与它建立了更深的纽带。 然而，快乐的时光并没有持续太久。 根据将军家的命令，稀屎丸离开了柳生家，但他一心想见到九兵衛而逃离了将军家。 九兵衛等人不顾一切地搜索，但仍然无法找到逃脱的稀屎丸...他们不放弃地继续寻找。
松平片栗虎是统治着江户警察组织的警察厅长官，他被称为“破坏神”。桂率领的攘夷浪士们也将他视为最大且最强大的敌人。 桂化身为家政女佐子，潜入松平的宅邸以揭露他的丑闻，然而他在那里看到的是一个在家庭中无所适从的父亲的身影。
银时在回收店里讨价还价，希望能以坏掉的VHS录像机换取一台超现代的蓝光播放机。 然而，里面有一张光盘...名为『诅咒的蓝光』。 害怕起来，银时打算去退货，但在慌乱中摔倒，结果光盘被意外地播放了起来。 电视屏幕上出现了沙尘暴、井口，然后从中走出了一个女人！
万事屋接到了一项任务，要从一个拖欠费用的客户那里收回欠款。 一行人试图抓住传闻中穿着监狱看守制服的客户。然而，结果却是银时被捕。 实际上，穿着制服的他是真正的看守！ 他的名字是米裏葛乃助，他在掌控的监狱中，法律无法施行...
被错误指控并投入监狱的银时，一方面受到看守的敌视，另一方面却在囚犯中崛起成为了头目。 趁着刑务劳动时，他偷偷溜出来，带着手下鲛，前往看守长的办公室寻找米裏的不正证据。为了不被发现，银时决定化装成看守穿的睡衣，即使可能会被送进惩罚室，也决心要找到证据。
这次是番外篇!至今为止，银魂已经完成了许多(单方面的)合作。 这次的合作对象是在少年jump上连载的喜剧漫画《SKET DANCE》! 校园里活跃着3个什么都行的人，是又哭又笑的基本一话完结，而且动画播出时间是星期四傍晚6点……总之和银魂有太多共同点的团。对于瞄准自己的位置而来的银时，来自推特团的宣战布告!
正在向阿妙介绍认真交往的恋人的新八···但是，她的真实身份是大流行恋爱游戏“爱乔利斯”的角色，百百。 现在，在整个江户，像新八这样无法区分游戏和现实的男生正在剧增。 阿妙拜托银时让新八回到现实世界。 唯一的手段就是说服银时进入和他同样的爱乔利斯的世界，但银时选择的她却不知为何有着强烈的性格……
为了让沉迷于恋爱模拟游戏“爱乔利斯”的新八觉醒，银时参加了玩家们的祭典“我的媳妇天下第一武斗会”。 胜负是游戏里的约会。 百百组的预选新八天生的草食系接近的结果，压倒其他玩家!
神乐缠着银时要手机，但万事屋的钱包很紧，完全没有理睬。 在这样的过程中，从定春的大便中发现了3个手机! 马上请机械技师源外修理，万事屋的成员每人拥有一个。 神乐对盼望已久的手机感到高兴的同时，银时和新八却对神乐的短信太多感到厌烦。
万事屋一行人参加熟悉的定食屋老板的葬礼。参加葬礼的人中还有真撰组的身影。超味觉白痴的银时和土方一副“江户的宝物消失了”的沮丧样子···在平静举行的葬礼中，突然，死去的父亲站了起来! !好歹能看到身影的只有银时和土方两个人···从回来的父亲的恐惧马上想要逃离的他们···。
突然留下“请不要寻找”的标语牌后消失的伊丽莎白。 委托万事屋进行搜索的桂，追溯记忆发现最后一次见到伊丽莎白是在一年多前。其实，连伊丽莎白离家出走的事都没有注意到! 总之一行人在桂家寻找有没有什么线索。
桂和万事屋一行从伊丽莎白的前女友文子那里知道了他消失的真相。 他的真实身份是潜伏在地球，为了侵略而来的梦幻佣兵部落“莲蓬”。 文子请求银时等人从莲蓬那里保护地球，保护伊丽莎白。 在这样的情况下，江户突然下起了雨，被雨打到的人一个个变成了伊丽莎白一样的脸，出现了只能用标语牌说话的症状，陷入恐慌状态!终于莲蓬军开始了对地球的侵略。
万事屋、桂、坂本等人和文子一起扮成莲蓬，潜入了他们的据点要塞。被认为是黑暗将军的“美堕卿”率领的军队的用地内配备了对武士用机动兵器“顽侍”，他们的目标是用顽侍对因雨而混乱的地球发动奇袭。 为了阻止地球侵略，银时等人必须在部队到达之前破坏顽武士，但在紧张的同时他们也开始和莲蓬军融洽。这时伊丽莎白也就是江莲将军出现了!
表明身份的银时和坂本，与双龙将军等人展开了混战。 另一方面，坚持自己义的顽武士伊丽莎白与美堕卿展开了死斗。 在美堕卿压倒性的力量面前绝命的伊丽莎白。这时桂说了一句“朋友(你)的背由朋友(我)来保护”，并前来搭救。
银时一行人驾驶“宇宙超商船队铁武士”讨伐美堕卿。 能够与莲蓬的人民携手的地球人的骄傲，以及武士的傲气，拼尽全力，迎战与莲蓬的母星成为一体的米堕卿。 银时他们能在银河恢复和平吗!?
在松平的安排下，真选组一行半强制性地前往滑雪场进行慰劳旅行。 明明是被送出去的，让他尽情地张开翅膀，却成了将军的第一个滑板护卫。 真选组为了自己的人头被挂在头上而拼命地担任护卫，不过，在滑雪场有眼熟
将军的第一次滑雪的护卫真选组偶然遇到了旅行来的万事屋。等回过神来，大家都在雪山遇难，将军下落不明。 土方等人一边搜索将军，一边想办法取暖…。
今天是万事屋的忘年会!今年也发生了各种各样的动画《银魂》，银时对神乐和新八大喝一声，在这种场合也很酷地做出了决定。熟识的成员陆陆续续地聚集在那里，应该是一个热闹的聚会…。 第二天早上，银时引发的种种丑闻被发现。 动画银魂5年以来最大的丑闻，银先生如何突破! !?
银时在忘年会上烂醉如泥，结果只脚踏了六条船。 为了乘上广播结束的危机也可能招来的这个事态，注意到的话和全员同时交往的事。而且，不知怎么的和全员在同一天同一时间约会…!
万事屋一行被歌舞伎町一号牛郎疯死郎叫到他经营的牛郎俱乐部“高天原”，听说他要辞去牛郎的工作。 突然停业的理由…那是因为被称为夜神夫人的神秘贵妇人前些日子来到高天原，留下一句还会再来就走了。 乍一看觉得她再次来店很光荣，但讨厌过度干涉的她似乎表示，两次来同一家店会带来灾难。在她的威胁下，员工们都消失了，营业也不顺利的高天原。银时等人急忙开始劝诱能对抗老板娘的牛郎…。
终于到了老板娘来店的日子。 疯死郎和银时等人急忙在街上物色了一批人开始营业，聚集在一起的都是个性丰富的人。 更有甚者，为了把店炒热，阿妙的招呼下从歌舞伎町中聚集了客人，不过，那些客人们的暴走已经把店弄得乱七八糟，狂死郎也濒死状态!根本谈不上接待客人。 在这种最坏的状况下，夜神夫人终于出现了!
在jump编辑部工作了五年的本田·J(果冻豆)·先锋。 他是把历代责任编辑都当作废人，送进名为避难所的监狱的有害漫画《银田人》的现任责任编辑。为了逃离避难所的生活，只能寻找有潜力的新人，卸下负责金塔曼的工作。 有一天来拿漫画的新人是笔名N3016号。很有中二的感觉，不过那个新人是…
真选组迎来了来自幕臣中精英辈出的名门佐佐木家的佐佐木铁之助。本来应该去警察精英聚集的“见廻组”，但实际上是个无法管教的问题儿童，经过各种折腾才被送到真选组。 根据近藤的提议成为土方小姓的铁之助(自称TETSU)。对一切都很随意的TETSU感到焦躁的土方拼命抑制着理性…。
铁之助精神一转，表现出积极工作的姿态。 异三郎视铁之助为眼中钉，建议土方尽快解决铁之助，但土方并没有抛弃与自己处境相同的他，而是照顾他。 另一方面，因妨碍公务执行而被见廻组逮捕的银时，接受了异三郎的工作介绍…。
接受土方送信的铁之助。但是，在途中被过激攘夷集团智慧空党囚禁。 他们知道铁之助是警察的亲戚，隐藏身份，企图以铁之助为人质，一举摧毁真选组和见廻组。 但是见廻组不顾人质的安危，摧毁了智慧空党，并且让收留铁之助的真选组负起责任，想要将其消灭。 土方等人得知异三郎的意图后非常愤慨。真选组和见廻组的全面战争即将开始。
简直就是个没用的男人，通称长谷川泰三。他意外地参加了猜谜节目，拿出一千万日元的奖金挑战猜谜。 他到底能不能顶住压力，抓住姐姐的桂冠呢!?而且，让还没有成熟的他振作起来的原动力到底是…?
因为之前阴阳师的事，银时一直坚持电视里的结野主播是对自己微笑的。今天再次看到她心跳不已的时候，式神外道丸突然出现在眼前。 时隔约2年的登场理由似乎是和结野主播有关，银时干劲十足…。?
听说正月里孩子可以从大人那里得到压岁钱的神乐。 立刻央求银时，不出所料完全没有理睬。银时问即使这样也不退缩的神乐“有拿到压岁钱的觉悟吗”。然后被交给，令人惊愕的压岁钱的真面目是…! !
说到日本度过寒冷冬天的必需品，那就是被炉。 万事屋当然也有被炉，但因为状况不佳，只好去废品回收站重新买了。到万事屋上班的新八看到的，新炕桌的真正价值是…?
动画《银魂》播出五年也即将结束。这次，到现在为止给大家添了麻烦的相关人员，还有观众的各位，总之是要道歉打倒!到底能不能诚心诚意地道歉!?或者说，你真的在反省动画银魂吗! !
