Naruto Shippuden hay còn được gọi với cái tên quen thuộc Naruto phần 2 là phần tiếp theo của bộ phim hoạt hình nổi tiếng Naruto, lấy bối cảnh hai năm rưỡi sau khi Naruto rời làng Lá. Naruto Shippuden tiếp tục theo chân chàng ninja trẻ tuổi Naruto Uzumaki trong cuộc hành trình luyện tập cực khổ để trở thành ninja giỏi nhất. Trong khi đó, Akatsuki, một tổ chức bí ẩn tập hợp những ninja phản diện tài giỏi bậc nhất, đang từng bước thực hiện kế hoạch lớn của chúng, đe dọa sự an toàn của thế giới ninja. Naruto sẽ làm gì để bảo vệ làng Lá và những người mà cậu yêu quý?
Sau khi luyện tập cùng Jiraiya trong hơn hai năm, Naruto trở về làng Lá. Tại đó, cậu sớm gặp lại Sakura và Konohamaru.
Kakashi kiểm tra Naruto và Sakura để xem cả hai đã tiến bộ đến mức nào, còn Akatsuki đến làng Cát để tóm vật chủ của một vĩ thú có đuôi.
Khi Sakura và Naruto thể hiện các kỹ năng mới của họ, Deidara mở cuộc tấn công vào làng Cát và phải đối mặt với Gaara.
Naruto và Sakura vật lộn với bài kiểm tra với chuông của Kakashi. Deidara và Gaara giao chiến trên không.
Sau khi chiến thắng thử thách sinh tồn, cuối cùng thì Naruto và Sakura cũng được Tsunade chỉ định lập nhóm ba người do Kakashi chỉ huy.
Khi Deidara thả bom đất sét xuống làng Cát, những nỗ lực của Gaara để bảo vệ làng mình khiến cậu trở nên dễ bị tấn công.
Bất chấp những nỗ lực của Baki để ngăn cản cậu, Kankuro bắt đầu giải cứu Gaara khi cậu ấy đang bị Deidara và Sasori nhanh chóng bắt đi.
Kankuro không phải là đối thủ của chiếc đuôi giống bọ cạp của Sasori. Trong khi đó, Tsunade chỉ định nhóm của Kakashi hỗ trợ làng Cát giải cứu Kazekage.
Kankuro chịu ảnh hưởng từ chất độc chết người của Sasori. Trong khi đó, trên đường đến làng Cát, nhóm của Kakashi đón Temari – chị của Gaara.
Tổ chức Akatsuki bắt đầu một nhẫn thuật kéo dài ba ngày để tách Shukaku khỏi Gaara. Ở làng Cát, tình trạng của Kankuro ngày càng tồi tệ hơn.
Ninja trị thương Sakura tạo ra loại thuốc giải độc để chữa trị cho Kankuro. Sau đó, những chú chó ninja của Kakashi lần ra tung tích của tổ chức Akatsuki.
Khi nhóm của Guy và nhóm của Kakashi tiếp tục nhiệm vụ giải cứu Gaara, thủ lĩnh của Akatsuki cử Hoshigaki Kisame và Uchiha Itachi đến cản đường họ.
Nhóm của Guy giao chiến với Kisame, còn Kakashi dẫn đầu cuộc tấn công với Itachi trong khi Naruto theo sát phía sau.
Guy dùng đến các biện pháp mạnh trong trận chiến với Kisame.
Bà Chiyo và Sakura giải thoát Naruto khỏi ảo thuật, còn Guy giải thoát Neji, Rock Lee và Tenten sau khi họ cuối cùng đã đánh bại Kisame.
Nhóm của Kakashi và nhóm của Guy nhận ra các trận chiến gần đây của họ đều chỉ nhằm đánh lạc hướng. Bà Chiyo nói với họ rằng quá trình tách Jinchuriki có thể gây tử vong.
Khi các nhóm tiếp cận nơi ẩn náu của tổ chức Akatsuki, bà Chiyo tiết lộ mình là người đã phong ấn Shukaku vào Gaara để bảo vệ làng Cát.
Khi nhóm của Kakashi và nhóm của Guy cố gắng vượt qua kết giới để đến nơi ẩn náu của bọn họ, tổ chức Akatsuki biết rằng một trong những kẻ xâm nhập là Jinchuriki Cửu Vĩ.
Tại hang ổ, nhóm của Guy bị các bản sao của chính họ phục kích và tấn công. Deidara đưa cơ thể của Gaara đi, buộc Naruto và Kakashi phải bám theo.
Bà Chiyo tiết lộ rằng cơ thể thật của cháu trai mình đang bí mật ẩn trong con rối yêu thích của hắn, và cách duy nhất để giết Sasori là phá hủy con rối của hắn.
Bà Chiyo và Sakura tiếp tục trận chiến với Sasori. Nhóm của Temari, cùng với Kankuro và Ebizo, tiếp tục tìm đường đến Thủy Quốc.
Trong khi Sasori tung ra nhẫn thuật bí mật của Đệ Tam, Naruto và Kakashi tiếp tục truy đuổi Deidara, còn nhóm của Guy chật vật chống lại các bản sao.
Đối mặt với Cát Sắt, bà Chiyo và Sakura, cũng như những con rối mẹ và bố, lép vế trong trận chiến với Sasori và Kazekage Đệ Tam.
Sasori dùng nhẫn thuật mới để tấn công bằng những chiếc gai sắt mọc ra ngẫu nhiên, một trong số chúng đâm Sakura và khiến cô tê liệt vì chất độc.
Sakura tiết lộ rằng cô đã uống thuốc giải cho loại độc của Sasori, nhưng nó sẽ hết tác dụng sau ba phút. Deidara cố gắng cắt đuôi Naruto và Kakashi.
Bà Chiyo triệu hồi mười con rối của Chikamatsu, nhưng Sasori nắm kèo trên khi triển khai nhẫn thuật điều khiển một trăm con rối.
Bà Chiyo và Sakura bước vào giai đoạn cuối của trận chiến với Sasori. Hắn tiết lộ một số thông tin có giá trị về một trong những gián điệp của mình.
Nhóm của Guy dường như bị áp đảo trước những bản sao – vốn không phải là con người – nhưng vẫn mạnh như khi mới được tạo.
Kakashi dùng nhẫn thuật bẻ cong liên chiều để chống lại Deidara, nhưng Naruto không thể khống chế cơn giận và chakra Cửu Vĩ Hồ của cậu bắt đầu xuất hiện.
Kakashi sử dụng phong ấn mà Jiraiya đưa cho anh để kìm hãm chakra Cửu Vĩ Hồ của Naruto. Trong khi đó, Sakura không thể hồi sinh Gaara.
Dựa vào sức mạnh của Naruto, bà Chiyo triển khai nhẫn thuật chuyển hồn lên Gaara, cũng là loại nhẫn thuật đi kèm cái giá đắt.
Nhóm của Kakashi và nhóm của Guy đưa Gaara trở lại làng Cát, nơi họ bày tỏ lòng thành kính trước mộ của bà Chiyo. Trong khi đó, Deidara tìm kiếm cánh tay của mình.