У світі Наруто непомітно промайнули два роки. Колишні новачки поповнили ряди досвідчених шинобі в ранзі тюнінів і джонінів. Головні герої не сиділи склавши руки - кожен став учнем одного з легендарних санінів - трьох великих ніндзя Конохи. Хлопець у помаранчевому продовжив навчання у мудрого, але ексцентричного Джирайі, поступово сходячи на новий щабель бойової майстерності. Сакура висунулася в помічниці та довіреної особи цілительки Тсунаде - нового вождя Селища Листя. Ну а Саске, чия гординя призвела до вигнання з Конохи, приєднався до тимчасового союзу зі зловісним Орочімару, причому кожен вважає, що лише використовує іншого до певного часу. Короткий перепочинок закінчився, і події в черговий раз розгортаються з ураганною швидкістю. У Коносі знову проростає насіння старих чвар, посіяні першими хокаге. Таємничий лідер Акацукі привів у дію план набуття світового панування. Неспокійно у Селі Піску і сусідніх країнах, скрізь спливають старі таємниці, і стає зрозумілим, що таки доведеться за все розплачуватися. Довгоочікуване продовження манги вдихнуло нове життя в серіал і нову надію в серця незліченних фанатів!
У вступі, який, щодо цих подій, переносить глядача в майбутнє, з'являється Саске в лігві Орочімару разом з Командою Какаші: Наруто, Сакурою та їх новим членом команди — Саєм. Наруто говорить із Саске про минуле, про Долину Завершення, і розуміє, що найкращий друг вже не той. Більше того, Саске демонструє Узумакі свої здібності, заглянувши у внутрішній світ Наруто та побачивши там Дев'ятихвостого Лиса. Реальна ж історія серіалу починається з повернення Наруто та Джирайї в Коноху. Глядачам знову представляють деяких персонажів аніме, таких як Сакура, Конохамару, Шикамару, Темарі та Какаші.
Цунаде хоче подивитись на прогрес Наруто після двох років тренувань. Для їхньої перевірки, Какаші ставить перед ними ту ж саму мету, що й декілька років тому — відібрати у нього дзвіночки.
Члени Акацукі Дейдара і Сасорі починають атаку на Селище Піску з метою викрасти Кадзекаґе Ґаару. Дейдара атакує з повітря, використовуючи створених ним глиняних тварин, які вибухають.
Наруто і Сакура виконують завдання — відбирають дзвіночки у Какаші. Ґаара протистоїть Дейдарі.
Цунаде оголошує про створення команди Какаші — тепер Наруто і Сакура не учні, а рівноцінні з Какаші ніндзя. Джирайя знову відправляється збирати інформацію про Акацукі. Ґаара відриває ліву руку ворогу, Дейдара, в свою чергу, виробляє потужний вибух в Селищі Піску.
Ґаара створоє величезний піщаний щит для захисту Селища Піску від руйнувань, Дейдара користується моментом, щоб атакувати Кадзекаґе. Ослаблений Ґаара потрапляє в руки Акацукі.
Канкуро переслідує Дейдару та Сасорі. Селище Піску відправляє в Коноху послання з проханням про допомогу.
Канкуро б'ється із Сасорі, який, якк виявляється і є творцем ляльок Карасу, Куроарі та Саншоуо, яких в бою використовує брат Ґаари. Команда Какаші відправляється на поміч.
Команда переслідування Селища Піску знаходить Канкуро в пустелі без свідомості. Команда Какаші по дорозі зустрічає Темарі. Один із джонінів Селища Піску, Бакі, звертається за допомгою до бабусі Сасорі — Чійо та її братові Ебізо.
На допомогу Команді Какаші, яка в даний момент перечікує бурю в пустелі, в Селище Піску відправляється Команда Гая: Рок Лі, Тен-Тен і Неджі. Члени Акацукі проводять ритуал над тілом Гаари з метою вилучення Однохвостого, який живе в ньому.
Команда Какаші прибуває в Селище Піску. Сакура виліковує отруєного Канкуро. Какаші розповідає про свого батька, який отримав прізвисько «Біле Ікло Конохи». Викликані ним же собаки намагаються знайти по запаху Дейдару і Сасорі.
Команда Какаші та Чійо відправляються у висліжене собаками лігво Акацукі. По дорозі Чійо розповідає про існувати дев'яти біджу — легендарних хвостатих створінь (Наприклад, Дев'ятихвостий біджу в Наруто, Однохвостий біджу в Гаарі). Пакун (пес Какаші) попереджує Команду Гая; вони також направляються до лігва Акацукі, але на них нападає Кісаме, член організації. На шляху Команди Какаші встає Ітачі Учіха.
Битва між командою Гая й Кісаме та командою Какаші з Ітачі.
Ґай готується використати заборонене секретне дзюцу. Тим часом Наруто потрапляє під ґендзюцу Ітачі, і всі тренування проти ґендзюцу, які він пройшов з Джірайєю, проносяться в голові Наруто.
Бабуся Чіо та Сакура рятують Наруто від ґендзюцу Ітачі. Не зволікаючи ні хвилини, Какаші починає контратаку.
Чіо і Какаші розуміють, що напад був лише відволікаючим маневром, і що Акацукі вже розпочали процес викрадення Хвостатого Звіра з Ґаари.
Команди Какаші та Ґая беруть короткий перепочинок. Бабуся Чіо спостерігає, як дрімає Наруто, і згадує Сасорі в дитинстві. Переслідування поновлюється, і коли Чіо дивується, чому Наруто докладає стільки зусиль, щоб...
Команди Какаші та Ґая дістаються до схованки Акацукі. Вони поспішають проникнути всередину, але їм заважає бар'єр з п'яти печаток. Єдиний спосіб подолати бар'єр - зняти всі п'ять печаток одночасно.
Зламавши бар'єр з п'ятьма печатками, вони потрапили в пастку, в якій тепер команда Ґая бореться з напрочуд точними копіями самих себе. Повернувшись до схованки Акацукі, Дейдара та Сасорі борються за Дев'ятихвостого Джинчурікі.
Нарешті починаються розбірки між старенькою та її онуком. Сакура збентежена дивною появою Сасорі, а бабуся Чіо пояснює, що це Хіруко...
Бабусі Чіо та Сакурі вдається викрити Сасорі, який на диво виглядає не старшим, ніж двадцять років тому.
Сакура потрапляє в тенета Сасорі і оточується хмарою отрути.
Чіо та Сакура ховаються в укриття, а Сасорі, не гаючи часу, починає безжальну атаку.
Сакура з надлюдською силою відбиває атаку Залізного Піску Третього Кадзекаґе.
Сакура знищує маріонетку Третього Кадзекаґе завдяки секретній протиотруті, яку вона прийняла.
Сакура та бабуся Чіо ведуть запеклу боротьбу з Сасорі, який вміє перетворювати себе на людську маріонетку. Їм вдається вкластися у відведений час, але Сасорі відроджується.
Хоча бабуся Чіо сама була вжалена отрутою, вона використовує останню протиотруту для Сакури. Висміюючи ніжну сцену між бабусею Чіо та Сакурою, Сасорі намагається покінчити з життям бабусі Чіо.
Команда Ґая відчуває результат відчайдушної боротьби Сакури та Бабусі Чійо, які все ще перебувають у бою зі своєю смертоносною копією. Хоча члени команди Ґая демонструють втому, їхні копії залишаються сильними!
Сакура поспішає до Наруто разом з бабусею Чіо, яка страждає від отрути. Члени команди Ґая поспішають на допомогу команді Какаші. Тим часом, коли всі приготування завершені, Какаші розкриває свій шаринган Мангекьо.
Наруто втрачає будь-яку причину для гніву, і його поступово опановує Дух Дев'ятихвостого Лиса. Отримавши попередження від Джирайї, Какаші ледве вдається придушити Дев'ятихвостого Лиса.
Покладаючись на силу Наруто, Бабуся Чіо застосовує дзюцу Переміщення на Ґаарі.
Ґаара та його рятівники тріумфально повертаються до Селища Прихованих Пісків.
