초시공요새 마크로스

전 인류의 기대 속에 복원이 완료된 거대 우주전함 마크로스. 그 진수식이 성대하게 거행될 예정이었다. 하지만 그 무렵, 정체불명의 외계인 함대가 지구에 접근하고 있었다. 함대에서 정찰선이 출격해 지구에 접근하는 순간, 아무런 예고도 없이 마크로스는 예고 없이 주포 발사 태세로 전환해 외계인과의 전투가 시작된다.

마크로스가 발사한 주포는 위성 궤도에 있던 젠트라디 함을 격침시켰다. 양군이 교전 상태에 돌입하면서 남아탈리아 섬은 전쟁터로 변한다. 그 혼란 속에서, 히카루 미사에게 훈련기 VF-1D를 타고 출격하라는 명령을 받지만, 공중전에서 피격 당한다. 추락한 시가지에서 민메이를 만난다.그녀를 지키기 위해 적 전투 포드를 격파하는 히카루. 그곳에서 그가 본 것은...

히카루와 민메이는 포커의 VF-1S에 구출되어 마크로스 함선으로 피신한다. 하지만 남아탈리아 섬에서 출발한 마크로스는 젠트라디군의 맹공격으로 우주에서 통합군 함대와의 합류를 막는다. 글로벌 함장은 적의 집요한 추격을 따돌리기 위해 달의 뒷면을 목표로 지표면 부근에서 초 공간 항법 폴드를 감행한다.

폴드의 결과, 마크로스는 남아탈리아 섬 일대의 공간과 함께 명왕성 궤도에 등장한다. 글로벌 선장은 5만 명 이상의 섬 주민들을 수용하라고 지시한다. 이에 휘말린 히카루와 민메이는 소형 비행기를 타고 우주에 표류한다. 마침내 도착한 함내에는 무인 폐쇄 구역이 있었다. 그 곳에서의 피난 생활을 통해 히카루와 민메이는 친밀감을 쌓아가는데 ….

프로메테우스, 다이달로스와 연결되어 전력을 보강하는 마크로스. 하지만 첫 사용 시 폴드 시스템이 사라져 정상 항해를 할 수 밖에 없었다. 게다가 주포의 발사 불능이라는 사태까지 벌어졌다. 함체 구조를 재구성하는 트랜스 포메이션을 통해 주포의 기능은 회복되지만, 그 대가는 시가지에 막대한 피해를 입히는 것이었다.

마크로스에서는 폴드 시스템 소실 흔적의 에너지로 핀포인트 배리어를 개발했다. 글로벌 함장은 이를 계기로 젠트라디 군에 대한 기습을 감행한다. 하지만 강습 형태를 유지한 마크로스는 적의 기동력에 휘둘리고 만다. 위기 상황에서 미사는 다이달로스 함수에 배리어를 집중시켜 적 함선에 돌격하게 하는 기사회생 전법을 제안한다.

화성 궤도에 도달한 마크로스에게 무인 사라 기지에서 통신이 도착한다. 하지만 그것은 젠트라디 군의 기갑사 단장 캠진이 설치한 함정이었다. 보급과 조사를 겸해 기지에 하강한 매크로스는 적의 중력 지뢰에 의해 행동 불능 상태에 빠진다. 글로벌 함장은 미사에게 지하의 지뢰를 제거하기 위해 기지 원자로를 파괴하라고 명령한다 ····.

마크로스가 항해를 시작한 지 8개월. 민메이는 선내에서 16번째 생일을 맞이했다. 한편, 히카루는 지금까지의 전과를 인정받아 소위로 진급한다. 맥스, 카키사키 두 사람을 이끄는 소대장이 된다. 민메이의 생일 파티를 축하하기 위해 중국 음식점 '신세기(新世紀)'로 달려간 히토미와 친구들. 그런데 바로 그 순간, 캠진 부대가 습격해 온다. 전 함선에 긴급 출동 령이 내려진다.

마크로스 선내 방송국 개국을 기념해 미스 마크로스 콘테스트가 열렸다. 민메이도 가수를 꿈꾸며 출전하게 된다. 그 무렵, 키리는 군 복무에 쫓기며 민메이와 마주칠 기회가 많아졌다. 콘테스트 당일, 민메이는 최종 후보에 올랐다. 하지만 결과 발표 직전, 히카루는 미사에게서 마크로스에 접근하는 정찰기를 요격하라는 명령을 받는다.

캠진의 공격으로 광역 감시 레이더가 파괴된 마크로스. 미사는 순찰 임무를 자원하고 정찰기에 탑승한다. 히키의 소대는 그 호위 임무를 맡게 된다. 정찰기 발진을 확인한 브리타이는 마크로스 승무원 포획 계획을 실행한다. 미사는 정찰기와 함께 잡혀 브리타이 함에 수용된다. 키리 소대는 그녀를 구출하기 위해 적함 내부로 잠입한다.

브리타이의 놀라운 전투 능력 앞에 히카루와 카키자키의 발키리는 대파되고, 두 사람은 미사와 함께 포로가 된다. 유일하게 기체 파손을 피한 맥스는 브리타이 함 내부로 잠입해 히카루 일행을 구출할 기회를 엿본다. 하지만 함선은 태양계에서 핵심 함대의 전개 우주 공간으로 접어든다. 히카루 일행 3명은 함대 사령관 보돌 저 앞에 끌려간다.

맥스의 VF-1A는 적군으로 변장하고 히카루 일행과 합류한다. 적함에서 탈출을 시도한다. 한편 보돌 저는 로리 일행 3명에게 지구인을 조사하기 위해 마크로스 함내의 스파이 활동을 지시한다. 히카루 일행은 혼란을 틈타 태양계 내로 접어드는 적 함선에 잠입하는데 성공한다. 그 함선과 마크로스가 접촉했을 때, 그들은 적의 포드를 탈취하고 선외로 탈출한다.

적함에서 기적적으로 살아 돌아온 히카루, 미사, 맥스, 카키사키. 미사가 보고한 적의 핵심 함대의 전력 규모에 놀라는 수뇌부. 글로벌 함장은 이 사실을 통합군 본부에 알리기 위해 적의 포위망을 돌파하기로 결심한다. 승진한 4명은 환영 리셉션에 참석한다. 히카루는 이제 스타가 된 민메이와 재회한다. 한편, 지구를 향해 가속도를 내는 마크로스는 적 함대에 포위되어 진로를 가로막힌다.

예상치 못한 폴드 효과로 명왕성 궤도에 등장한 지 1년. 마크로스는 마침내 지구로 귀환했다. 그러나 젠트라디 군은 지구 상공에 포위망을 유지했다. 통합군의 전력을 능가하는 핵심 함대의 존재와 함께 더욱 심각한 위협이 되고 있었다. 글로벌 함장은 이번 항해에서 얻은 정보를 통합군 본부에 제출하기 위해 보고서를 작성한다.

글로벌 함장과 미사는 알래스카의 통합군 본부에 출두한다. 그러나 군 고위층은 두 사람이 제출한 보고서에 무자비한 답변을 내놓는다. 그것은 젠트라디군과의 휴전 협상안 기각과 선내 피난민 수용 거부라는 결론이었다. 한편 민메이는 히카루와 함께 고향인 요코하마 차이나 타운으로 귀향한다. 그곳에서 그녀는 부모님과 사촌인 카이훙과 재회한다.

카이훈은 민메이의 보호자로서 마크로스에 승선한다. 그에게 첫사랑 라이버 소위의 모습을 겹쳐보는 미사. 그러나 캄진 부대와의 전투에서 미사는 마음의 동요로 인해 다이달로스 공격의 타이밍을 놓치고 만다. 다이달로스의 함수는 적함을 관통한다. 미사일 일제 발사의 축선에 있던 히카루의 VF-1J는 이 공격으로 피격당한다.

다이달로스 공격에 휘말려 중상을 입은 히카루. 병상에서 그는 의식이 흐릿한 상태에서 악몽에 시달린다. 꿈속에서 민메이는 가수로 데뷔해 첫 콘서트를 연다. 하지만 공연장에 브리타이가 난입해 그녀는 납치된다. 민메이를 구출하기 위해 히카루는 군에 입대한다. 출격과 격추를 반복하며 휘의 악몽은 계속된다....

포커는 입원 중인 히카루를 발견하고 민메이에게 병문안을 부탁한다. 밀리아는 캄진에게 들은 '괴력의 파일럿'의 존재를 확인하기 위해 맥스를 습격한다. 전투 중 맥스를 강력한 적으로 인식한 밀리아는 끈질기게 그를 노린다. 맥스의 엄호로 향하려는 포커. 하지만 그 틈을 타 그는 뒤에서 적의 공격을 받게 된다.

마크로스는 선내 피난민 수용처를 찾아 유일하게 수용을 제안한 북미 온타리오 자치구로 향한다. 그곳에 캄진 부대가 습격해 마크로스에 함포 사격을 가한다. 글로벌 함장은 함체 전체를 덮는 신개발 전방위 배리어로 응전한다. 하지만 장벽은 한계를 넘어선 공격의 부하를 견디지 못하고 에너지를 폭주시킨다.

보돌 저는 마크로스의 배리어 폭주를 신무기로 오해한다. 그 위협에 대응하기 위해 브리타이를 다시 지구권에 파견한다. 로리 등 3명의 스파이들은 브리타이 함대로 귀환한다. 그들은 마크로스 함내에서의 경험을 브리타이에게 보고한다. 한편 글로벌 함장은 통합군 사령부로부터 마크로스의 지구권 밖 출격 명령을 받는다. 그것은 사실상 지구 퇴거였다.

마크로스 함내에서는 민메이와 카이훙이 주연을 맡은 영화 <소백룡기>가 상영 첫날을 맞이했다. 카이훙은 민메이의 키스신에 화가 나서 공연 도중에 퇴장한다. 같은 영화관에서 나온 미사와 우연히 마주친다. 그때 적군 습격 경보가 울려 퍼지고, 마크로스는 긴급 트랜스 포메이션을 시작한다. 히카루와 미사는 변형 사고에 휘말리고 만다.

보돌 저의 명령에 따라 브리타이는 마크로스 함선 포획 작전을 개시한다. 마크로스 함내를 제압하기 위해 캄진을 필두로 한 돌격대가 내부로 진입한다. 그 부대에는 마크로스로 망명을 희망하는 로리 일행 23명도 섞여 있다. 함내 야외 무대에서는 민메이의 콘서트가 열리고 있었다. 하지만 그곳에 적의 전투 포드군이 난입한다. 공연장은 혼란에 빠진다.

마크로스 함정에 돌입한 젠트라디 병사들은 처음 보는 도시의 모습과 민메이의 노래 소리를 듣고 문화 충격을 받는다. 그 영향으로 전의를 잃고 전투를 포기하는 병사들이 속출한다. 지휘 계통은 혼란에 빠진다. 상황을 우려한 브리타이는 작전을 포기하고 철수를 명령한다. 한편, 탈영한 로리 일행은 마크로스로의 망명을 허락 받는다.

미사는 보고서를 들고 혼자서 셔틀을 타고 통합군 본부가 있는 알래스카 기지로 향한다. 그곳을 캄진의 부대가 습격하지만, 키리의 구출로 셔틀은 위기를 모면한다. 알래스카 기지에서 미사는 아버지인 하야세 제독과 재회한다. 미사는 제독에게 젠트라디 군과의 휴전을 호소하지만 받아들여지지 않고, 딸을 걱정하는 제독은 마크로스에서 퇴각하라는 명령을 내린다.

맥스와 미리아는 세 번의 대결을 통해 서로를 인정하고 사랑하게 된다. 글로벌 함장은 맥스와 전 젠트라디 병사 출신인 밀리아의 결혼이 전쟁 종식의 열쇠가 될 수 있다고 판단하고, 마크로스에서 성대한 결혼식을 올린다. 그 모습은 함내 방송국을 통해 지구뿐 아니라 브리타이 함대에도 전파를 타게 된다.

브리타이 함대 참모장 엑세드르가 평화 사절단으로 마크로스에 승선했다. 엑세드르는 반세력 문화에 오염된 브리타이 함대가 지구와 함께 보더러의 기함대 총공격으로 소멸될 위험성을 지적한다. 그 우려는 적중해 기함대가 지구에 접근한다. 엑세드르의 제안에 따라 글로벌 함장은 브리타이 함대와 동맹을 맺는다.

보들 저의 핵심 함대는 지구를 포위한다. 그 일제 포격으로 지표면은 순식간에 잿더미가 된다. 결전 전, 히이는 민메이에게 모두를 위해 노래를 불러달라고 격려한다. 자군에게 용기를 북돋우고 적에게 동요를 일으키는 효과가 기대된다는 엑세돌의 제안으로 민메이의 노래가 전 전투공역에 전파된다. 전장에 울려 퍼지는 노래와 함께 마크로스는 적의 기함 중심부로 진격한다.무너지지 만 사랑이 우선할까요?

보들 저의 핵심 함대와의 결전으로부터 2년. 지구는 극소수의 생존자들에 의해 부흥의 조짐을 보이고 있었다. 마크로스 시티를 비롯해 각지에 도시가 재건되고 있었다. 히카루는 도시 주변을 순찰하던 중 긴급 연락을 받는다. 젠트라디족이 무기를 빼앗아 폭동을 일으켰다는 신고를 받고 히토는 현장으로 급히 달려간다.

지구에 귀화한 젠트라디인 중에는 평화로운 생활에 적응하지 못하고 불만을 품은 사람들도 있었다. 그들이 일으킨 산발적인 폭동은 각지로 퍼져나갔고, 마침내 마크로스 시티에서도 폭동이 발생한다. 지구에 잠복해 있던 캄진과 그 일당은 불만을 품은 사람들을 포섭해 조직화해 나간다. 한편 민메이는 노래의 목적을 잃어버린 채 외로움에 시달리고 있었다.

통합 신정부는 향후 예상되는 다른 젠트라디 군과 감찰군과의 조우에 대응하기 위해 군비 증강을 계획했다. 그 일환으로 젠트라디 군의 자동공장 위성 탈취 작전이 계획되었다. 작전을 수행하기 위해 브리타이 함대에 히키타치 지구인을 추가한 혼성 부대를 편성했다. 이 임무에는 맥스와 밀리아도 외동딸 코미리아를 데리고 참여했다..

마이크로폰화 장치를 강탈하려는 캄진 일당이 트레이드 시티에서 폭동을 일으킨다. 히카루의 부대는 이를 진압한다. 히카루는 시장에게 장치의 관리를 새 정부로 이관할 것을 권고한다. 하지만 시장은 자치권을 이유로 히테의 제안을 거부한다. 캄진은 히카루 부대가 철수한 틈을 타 트레이드 시티 습격을 재개한다. 그리고 장비 강탈에 성공한다.

캄진은 강탈한 마이크론화 장치로 동료 반란군에게 다시 한 번 거인의 육체를 부여한다. 이로써 캄진의 조직은 단숨에 세력을 확장한다. 민메이와 카이훙을 납치해 인질로 삼은 캄진은 새 정부에 전함 1척의 인도를 요구한다. 히카루는 캠진 토벌을 지휘하는 미사를 설득해 인질 구출을 최우선으로 하는 구출 작전을 펼친다.

민메이에 대한 질투심 때문에 히카루에게 엄격한 태도로 대하는 미사. 히카루도 그런 미사의 태도에 불쾌감을 느끼고, 두 사람의 관계는 험악한 분위기로 변한다. 히카루에게 솔직하지 못한 자신의 모습에 고민하고 후회하는 미사. 그런 미사를 눈여겨본 클라우디아는 자신의 경험을 이야기한다. 그것은 어린 시절 포커와 클라우디아의 만남에 대한 이야기였다.

히카루와 미사는 둘이서 피크닉을 가기로 약속을 한다. 그런데 미사와의 약속 당일, 갑자기 민메이로부터 히카루에게 전화가 걸려온다. 지금 당장 만나고 싶다는 민메이. 우유부단한 히카루는 망설이다가 미사와의 약속을 어기고 민메이의 집으로 향한다. 그 무렵, 아무것도 모르는 미사는 약속장소에서 히카루를 계속 기다리고 있었다.

크리스마스를 맞이한 마크로스 시티. 도시에는 민메이가 실종되었다는 보도가 흘러나오고 있었다. 자신이 노래하는 것의 의미를 잃고 도망치듯 거리를 헤매는 민메이. 그녀가 의지할 수 있는 것은 이제 히카루 뿐이었다. 그 무렵, 전력 증강을 노리는 캄진은 폐선을 수리한다. 폐함의 엔진 수리용 부품을 구하기 위해 캄진은 공장지대인 오노기 시티를 습격한다.

미사는 히카루와의 관계에 대해 고민하며 군대를 그만둘까 생각했다. 한편 민메이는 히카루의 집에 머물며 히카루에게 군대를 그만두라고 설득하고 있었다. 두 여자 사이에서 어느 쪽을 선택해야 할지 고민하는 히카루. 그런 미사에게 글로벌 함장은 우주 이민자를 위한 전함의 함장직을 제안한다. 미사는 히카루에게 작별 인사를 하러 가는데….