교외의 한 마을. 여기는 어디에나 있는, 지극히 평범한 시골......은 아니었다. 주민들에게 커다란 이변이 일어나고 있는 것이다. 하지만 그런 와중에도 치쿠라 시즈루에겐, 강한 의지가 있었다. 행방을 알 수 없는 친구와, 다시 한 번 만나고 싶어! 시즈루 일행은 방치되어 움직이지 않던 전차로, 살아 돌아올 수 있을지 어떨지도 알 수 없는 바깥 세계로 나간다. 달리기 시작한 종말 트레인의 종점에는, 대체 무엇이 있을까?
사이타마현에 있는 아가노역. 주민들에게 어떤 이변이 일어난 이 시골 마을에서 고등학생 시즈루는 하루하루를 보내고 있었다. 그러던 어느 날, 마을에 도착한 짐 속에서 시즈루는 오랫동안 찾던 친구의 단서를 발견한다......
시즈루 일행을 태운 전철이 역을 출발했다. 경치도, 마을과 마을을 잇는 레일도 완전히 변해버린 세상을 차창 밖으로 바라보면서, 요카가 있을 이케부쿠로를 향해 나아간다. 그러자 멀리서 의문의 인물이......?
옆 역인 히가시아가노역에 도착하자, 머리에서 버섯이 자라고 있는 주민들로부터 맞이한 시즈루 일행. 추천받은 미스트 사우나와 버섯 요리까지 즐기며 여행의 피로를 풀었다! 하지만 아키라만은, 왠지 여기 사람들이 무서워하는데......
이상한 동물, 이상한 당근, 골프공 같은 것과 여러 가지로부터 도망치면서, 시즈루 일행을 태운 전철은 이케부쿠로를 향해 나아간다. 하지만 그것들을 다 빠져나갔다고 생각한 것도 잠시, 아키라의 몸에 이상 징후가 나타난다......?
가까스로 탈출한 시즈루와 레이미는 일대를 주름잡고 있는 보스에게 감금되어 있는 "닥터"를 구하러 간다. 시민들에게도 협력을 받아 어떻게든 구출한 닥터와 함께 레이미는 아키라에게로 서두른다!
모두가 전철을 아포지호라고 이름 붙인 것도 잠시, 사소한 말다툼으로 인해 시즈루는 전철에서 내려버린다. 포치는 시즈루를 따라가지만, 나데시코 일행과 헤어지게 된다......
시즈루를 쫓아 나데시코, 레이미, 아키라는 숲으로 들어가기로 결정한다.좀비를 만나 위기에 빠지는데 좀비의 여왕 쿠로키와 함께 있는 시즈루를 발견! 나데시코 일행은 어떻게든 시즈루를 구해내기 위해 몰래 그 뒤를 따라간다.
오이즈미가쿠엔역이 "네리마 나라의 앨리스"의 동네 "네리아리 랜드"가 됐다는 이야기를 듣고, 기대로 가슴이 부푼 레이미. 하지만 도착한 동네는 히로인 앨리스의 모습은 커녕, 악몽과 같은 양상을 보이고 있었다.
이케부쿠로역까지 앞으로 10정거장. 오이즈미가쿠엔역을 출발한 시즈루 일행은 전에 만났던 도인의 백조 보트를 발견한다. 거기서 재회한 도인은 이제까지의 여정에 대해 이야기하기 시작한다......
요카가 있다는 이케부쿠로를 향해 아포지호를 운전하는 시즈루 일행. 하지만 종점 이케부쿠로역을 눈앞에 둔 시이나마치역에선 시즈루 일행의 발목을 잡는 자객이 대기하고 있었다!
긴 여정을 거쳐, 아포지호는 마침내 종점 이케부쿠로에 도착했다. 요카의 냄새를 맡은 포치를 뒤따라 시즈루 일행은 달려나간다......!
폰타로에 의해 요카는 장갑열차로 끌려가고 말았다. 요카, 더불어 세계를 원래대로 되돌리기 위해 시즈루 일행은 아포지호를 타고 필사적으로 장갑열차를 뒤쫓는다. 그리고 시즈루는 다시 요카와 마주한다.
