Nel Granbell Kingdom, un parco divertimenti abbandonato, Shiki ha vissuto tutta la sua vita tra le macchine. Ma un giorno, Rebecca e il suo gatto Happy compaiono davanti ai cancelli del parco. I nuovi arrivati non sanno che questo è il primo contatto umano che Granbell ha avuto in cento anni! Mentre Shiki si fa nuovi amici, i suoi ex vicini si agitano per l'opportunità di una robo-ribellione... E quando la sua vecchia patria diventa troppo pericolosa, Shiki deve raggiungere Rebecca e Happy sulla loro astronave e fuggire nel cosmo sconfinato.
Rebecca Bluegarden fa visita al Regno di Granbell ormai quasi deserto. Là incontra l'unico abitante umano, Shiki, che vuole esserle amico.
Rebecca incoraggia Shiki a registrarsi come avventuriero mentre si dirigono a Blue Garden, ma gli chiede anche di diventare guardia del corpo per lei e Happy.
Quando la famosa B-Cuber Labilia deride il canale B-Cube di Rebecca, considerandolo inferiore, Shiki perde la calma, poi ottiene la registrazione come avventuriero.
Sul pianeta Norma il tempo è 50 anni nel passato e Happy e Rebecca incontrano un giovane Professor Weisz Steiner, lo stesso che anni prima aveva salvato la vita a Happy.
Shiki e la banda si intrufolano nel nascondiglio di Sibir per riprendersi Pino, ma Weisz approfitta del caos e cerca di tenere Pino per sé.
Mentre Shiki e i suoi faticano a far decollare Aqua Wing da Norma, Weisz si materializza davanti a loro offrendo aiuto... ma in cambio vuole qualcosa.
Shiki sale sulla nave pirata Skull Fairy e si dirige subito sul ponte per affrontare Elsie Crimson in battaglia e conquistare il vascello.
Witch informa Shiki che ora è lui il possessore della Edens Zero, poi gli spiega che la nave non è ancora ritornata alla piena potenza.
Mentre Shiki e gli altri si precipitano a salvare Rebecca, Weisz torna sulla Edens Zero assieme a una donna di nome Homura.
Homura usa i suoi poteri Soul Blade per respingere gli uomini di Sister. Nel frattempo Rebecca pianifica la fuga dalla Illega Tower.
Il Cronofago si avvicina inesorabilmente al pianeta Guilst e Shiki è disgustato nel vedere che Sister usa Jinn come scudo. Poi improvvisamente appare un'altra Sister!
Witch e Sister Ivry sono finalmente riunite e Homura rivela la vera motivazione che l'ha spinta a venire a bordo della Edens Zero.
Dopo aver trovato Hermit sulla collina, la squadra deduce che si trova in uno stato di standby anormale a causa del suo cuore spezzato.
La squadra entra nel pianeta virtuale di Digitalis in cerca di Hermit, ma quando la trovano lei rifiuta categoricamente di tornare sull'Edens Zero.
Homura dichiara di volersi unire alla banda di Drakken Joe, ma Shiki e gli altri rimangono sconvolti quando si trovano davanti un'altra Homura.
Spider si infiltra nel sistema dell'Edens Zero e inizia a distruggere la navicella dall'interno. Solo Hermit è in grado di fermarlo.
Per trovare la quarta stella luminosa del Re Demone, Shiki e compagni si dirigono sul pianeta del tempo, Mildian.
Al Battle Colosseum, Xiaomei dice a Shiki e alla squadra che darà loro le informazioni che vogliono a patto che sconfiggano gli avversari.
Dopo aver ottenuto le informazioni di cui avevano bisogno da Xiaomei, l'Edens Zero fa rotta verso il pianeta Sun Jewel per riunire Homura con la sua maestra.
Shiki e Homura si ritrovano nei campi di lavoro dove devono raccogliere preziose unità metal per la misteriosa Madame Kurenai.
Nino conduce Rebecca, Pino e Happy nei campi di lavoro dove incontrano un uomo di nome Paul che afferma di essere un discepolo di Valkyrie.
Homura è una bambina in un pianeta devastato dalla guerra quando Valkyrie la prende sotto la sua ala protettrice allevandola come una figlia.
Shiki e gli altri affrontano Madame Kurenai. Alla vista di Valkyrie, Homura è sopraffatta dalla tristezza, mentre Drakken Joe si infiltra nell'Occhio Cremisi.
Baku è sconfitto senza difficoltà, grazie all'arma Arsenal di Weisz. Mentre Shiki combatte contro il Knight Gear di Madame Kurenai, Rebecca lotta con Nino.
Alla fine della battaglia tra il Dragone Kurenai e Shiki, questa torna con i suoi sull'Edens Zero per condividere le brutte notizie con il resto della squadra.
