L'histoire de Magi est en partie inspirée des fameux contes & légendes des mille et une nuits. Dans le monde de Magi, d'étranges lieux appelés « Labyrinth » ont commencé à apparaître de manière totalement aléatoire 14 ans avant le début de l'histoire. À l'intérieur ? Des montagnes de richesses, mais aussi d'horribles pièges et dangers. Cependant, dès qu'une personne est arrivée au bout du Labyrinth, celui-ci disparaît, laissant ses trésors à celui qui l'a vaincu. Aladdin, le personnage principal, est un enfant tout ce qu'il y a de plus inoffensif… du moins, en apparence ! En effet, la flûte qu'il porte autour du cou est la demeure d'un puissant djinn du nom de Hugo. Un jour, le duo va faire la connaissance d'Ali Baba, dont le rêve est d'entrer dans un Labyrinth, en quête de richesse et de gloire ! Avec l'aide d'Aladdin, son rêve lui semble être à portée de main. Mais Ali Baba ne se rend pas compte qu'avec Aladin, son aventure ira bien plus loin.
Alors qu'il chargeait une cargaison pour le voyage marchand de son employeur Boodel, Ali Baba rencontre un jeune garçon, Aladin qui était en train de se servir directement dans les provisions pour le voyage. Manque de chance, Boodel les surprend à ce moment et réprimande Ali Baba qu'il tient pour responsable. Aladin se met à suivre partout Ali Baba.
Ali Baba et Aladin arrivent à leur premier donjon: Amon. Ils pénètrent à l'intérieur mais très vite ils sont pris dans une succession de pièges. Caverne qui s'enflamme, éboulement de roc, monstre métamorphe, Ali Baba et Aladin s'en sortent péniblement. Mais ils sont obligés de faire une pause pour Aladin très diminué par l'appel de son Djinn Hugo qui lui coûte beaucoup d'énergie. Alors qu'Ali Baba veille Aladin apparaît le seigneur Jamil accompagné de deux esclaves, Goltas et Morgiana.
Ali Baba et Aladin poursuivent leur chemin dans ce qui semble la Nécropolis. Ils arrivent dans la salle du trésor mais Jamil et ses deux esclaves les ont suivis. Goltas s'écroule à cause des nombreuses dues aux accès de colère de Jamil. Morgiana assomme Aladin puis Ali Baba. Alors que Jamil lui ordonne de tuer Ali Baba, Morgiana hésite. Aladin reprend ses esprits et sauve Ali Baba grâce à ses pouvoirs magiques.
Ali Baba a remboursé Boodel et est à présent devenu seigneur. Sa première action a été de racheter la liberté de tous les esclaves de Qishan. Morgiana vient lui rendre visite pour le remercier personnellement. Peu après, Ali Baba commence son voyage, espérant retrouver Aladin qui a disparu.
La doyenne a été transpercée d'une flèche d'un soldat de l'empire manifestement, l'assassin n'ayant pas été trouvé. Parallèlement, un soldat de l'empire est revenu mort au campememt de l'armée de la princesse Ren Hakuei. Cette dernière, accompagnée de son suivant Seishun, part pour le clan Kôga afin de vérifier s'il est l'auteur de cette attaque. Elle tombe en embuscade par les guerriers Kôga partis en guerre contre l'empire de Kô pour venger la doyenne et leur femmes enlevée la veille. Grâce à sa détermination, Ren Hakuei prouve ses intentions pacifistes.
Morgiana s'est incrustée dans une caravane allant pour Balbadd, la seule ville comportant un port ou des navires partent pour sa terre natale. Elle réussit ensuite à se faire accepter en rendant de nombreux services pendant leurs ventes temporaires dans les lieux d'escale et elle devient amie avec Leila et Sahsa, deux vendeuses de la caravane. Mais le chef de la caravane décide qu'ils n'iront pas à Balbadd, en effet un groupe de voleur a investi la seule route possible et tout passage de marchand est impossible.
Aladin et Morgiana poursuivent leur chemin vers Balbadd. en passant par une forêt, il tombent sur un homme nu comme un ver. Alors qu'il était en déplacement, il s'est endormi et s'est fait voler l'intégralité de ses affaires dans son sommeil, y compris ses vêtements. Aladin de dépanne d'une ettofe. Cet étourdi se présente sous le nom de Sin et les conduit à Balbadd. Pour les remercier, il leur offre une chambre dans gîte grand luxe.
Ali Baba demande à Aladin de rappeler Hugo, Aladin s'exécute mais Alibaba passe son chemin disant simplement qu'il ne pourra pas tenir sa promesse et ses complices effectuent le pillage. Après le vol, le calm est retombé. Aladin reste seul dans sa chambre. Il tente d'aller de l'avant mais il reste profondémment affecté des retrouvailles aussi froides et brèves avec Aladin.
Après l'incendie du palais, Ali Baba fuit et ne vécut que de petits travaux, cachant son origine royale. Puis vint le jour où il rencontra Aladin et explorèrent leur premier Donjon ensemble. Ali Baba partit ensuite pour Balbadd afin de régler ses comptes avec Cassim. Il trouva la ville en ruine et vit de nombreuses batailles civiles. Mais c'était du fait des forces du gouvernement qui voulaient chasser les miséreux en les exterminant. Il rencontra de nouveau Cassim qui lui expliqua qu'il avait créé la Troupe des Brumes pour protéger le peuple opprimé.
Pendant l'audience d'Ali Baba, Markkio le trésorier fait irruption suivi de Judal, un Magi devenu grand prêtre de l'empire de Kô. Abhmad, non seulement dénigre net la requête d'Ali Baba mais en plus, mais il refuse aussi de réouvrir le commerce avec le pays de Sindria selon la demande de Sinbad car Balbadd s'est engagé comme partenaire économique de l'empire de Kô.
Alors que Hugo allait tuer pour de bon Judal, le Magi est sauvé par une princesse de l'empire de Kou et ses suivants arrivés sur les lieux. Elle confie Judal à Ka Koubun pour qu'il le soigne. Cependant, Hugo ne compte pas les laisser partir aussi facilement après ce qu'a fait Judal.
Sabhmad repart, conjurant Ali Baba de sauver Balbadd de son triste avenir de fabrique d'esclaves. Sinbad promet de faire tout ce qui est en son pouvoir pour empêcher cette tragédie, mais il sent le poids des responsabilités qui lui pèse beaucoup. Après cela, Sinbad se demande si Ali Baba fera l'affaire pour l'ampleur du devoir qui lui incombe mais Morgiana l'ayant entendu en discuter avec Jafar et Masrur intervient pour lui rappeler qu'Ali Baba a libéré tous les esclaves de Qishang, dont elle-même. Sinbad convoque ensuite Ali Baba et Morgiane pour les informer mieux de la situation politique.
Ali Baba force le passage dans l'enceinte de la cour du palais mais Abhmad refuse obstinément de le recevoir et fait envoyer des assassins pour se débarasser de lui. Pendant ce temps, Sinbad apprend ce qu'il est en train de se produire au palais. Il demeure dans l'incompréhension de la précipitation et des risques inconsidérés qu'a pris Ali Baba dans une telle manoeuvre. Les négociations diplomatique qu'a engagées Sinbad risquent fort d'être compromises.
Ali Baba met en reliefs tous les forfaits perpétrés par Abhmad à l'encontre de la dignité de son peuple. Lorsqu'Ahmbad tente de tuer lui-même Ali Baba, ce dernier le désarme et désormais, les gardes ne suivent plus ses ordres. La princesse de Kou, Ren Kogyoku rejoint la salle du trône. Elle était venue à Balbadd pour un mariage diplomatique avec le roi mais voyant qu'un coup d'état vient de se produire, elle exige que le nouveau roi soit désigné sur le champ pour la cérémonie de mariage le lendemain. Ali Baba serait en toute logique celui à succéder à Abhmad mais il refuse, invoquant la mort du précédent roi Saluja dont il est responsable ainsi que sa désertion après cela.
Qassim et la Troupe des Brumes sont arrivés devant les portes du palais. Alors que la population est en pleine félicité depuis l'annonce d'Ali Baba, Qassim s'adresse directement au peuple pour exprimer sa pensée: malgré la mise en place d'une république, cela ne lavera pas les péchés de la famille royale et que seule une exécution de toute la famille et royale et des gardes rendra justice à tous ceux qui sont morts injustement.
Qassim s'est muté en Djinn noir aux pouvoirs terrifiants. Morgiana vient prêter main forte à Ali Baba et fracasse à terre Qassim. Ali Baba lui tranche un bras mais Qassim se régénère grâce au Rukh noir généré par la haine que ressent la population.
Aladin utilise son pouvoir pour régénérer celui d'Ali Baba. Ali Baba reforme l'épée d'Amon et se jette sur Qassim. Mais il se absorber dans le corps du Djinn noir. Aladin projette ensuite directement dans l'esprit de Judal la souffrance des victimes des dernières guerres causées par ceux qui « dérèglent le monde ». Judal perturbé, s'écroule au sol. Ali Baba a rejoint l'âme de Qassim et il tente de lui parler pour faire resurgir un part d'espoir en lui.
Le calme revient à Balbadd. Ali Baba et les hauts dignitaires organisent un gouvernement provisoire le temps de faire entrer dans les moeurs de Balbadd le fonctionnement d'une république. Alors qu'Ali Baba contemple son pays en voie de reconstruction, un serpent le mord au bras avant de de repartir discrètement. Puis les armées de Kô approchent de la côte de Balbadd, leur but ayant probablement été de débarquer sur Balbadd quelle que soit l'issue de la révolution. Sindbad force à Ali Baba à faire profil bas et à quitter Balbadd, car la présence de la famille royale depuis la proclamation de Balbadd en tant que république pourrait offrir à Kô un prétexte de plus de s'imposer et d'absorber Balbadd à leur royaume.
Yamraiha en tant que sorcière de renom se charge de former Aladin à la magie, ce dernier ne sachant pas créer de sorts magiques, uniquement déverser son pouvoir magique. Sinbad conduit Ali Baba et Morgiana dans l'une de ses réserves contenant des écrins enchantés pour qu'Ali Baba remplace son poignard réceptacle d'Amon qui a été brisé lors de sa lutte à Balbad. Sinbad lui remet un poignard que le roi de Balbadd lui-même lui avait offert de nombreuses années auparavant, dans une période où Sindria subissait une grande menace. Amon se transfère instantannément dans le poignard royal.
Sinbad, avant de répondre à la requête de Hakuryû de le soutenir dans sa démarche, le somme prendre du recul en passant du temps avec Ali Baba Saluja dont la fréquentation pourrait lui faire voir d'autres perspectives.
Ali Baba, Aladin, Morgiana et Hakuryû se retrouvent à l'intérieur du Donjon où ils voient de nombreuses créatures qui ne sont pas tellement hostiles. Ils avancent jusque dans une caverne parsemée d'arbres dans lesquels sont enracinés des humains.
Judal s'est incrusté à Sindria, passant outre le champ de protection aposé par Yamraiha autour de l'île. Il exige directement à parler avec Sindbad. Le roi de Sindria ne tergiverse pas et se présente à lui. Judal lui demande alors ce qu'il pense de l'existence d'Aladin: jusqu'à présent il n'y a jamais eu que trois Magi dans le monde simultanément mais Aladin, un quatrième Magi vient perturber cette tradition. De plus il se demande ce que Sindbad mijote à le prendre sous son aile ainsi mais Sindbad refuse de lui révéler quoi que ce soit. Judal, devant la froideur de Sindbad se met soudain à lui raconte qu'il est lui-même victime d'Al-Thamen.
Dunya Musta'Sim, son serviteur Isaac et Ithnan un mage d'Al-Thamen barrent la route à Ali Baba et Aladin. Ali Baba somme Hakuryû se partir mettre en lieu sûr Morgiana mourante et la jeune Tiare. Dunya se transforme en Djinn Noir géant, ce qui renvoie Ali Baba à son souvenir de Cassim (voir épisode 15 et 16), tandis que la marque de corrosion noire sur lui amplifie son sentiment d'angoisse. Mais Aladin lui fait reprendre ses esprits. Ils se préparent au combat.
À Sindria, l'armée d'Al-Thamen assiège l'île. Les huit généraux lancent l'assaut contre les assaillants. Sharrkan, Yamraiha et Masrur sont confrontés aux trois mages d'Al-Thamen qui dirigent l'armée. Sharrkan et Masrur réussissent à vaincre leur opposant. Pendant ce temps, Pistie commande aux créatures marines magiques de se lancer contre les démons d'Al-Thamen, mais toutes les créatures marines se font massacrées par une sorte d'énorme amas noir de Rukh...
Aladin tente à nouveau de pénétrer l'esprit d'Ali Baba mais une tiare chargée en Rukh noir sur son front l'arrête net. Arrive Morgiana qui a été soignée partiellement dans la salle du trésor. Elle est bien décidé à faire entendre raison à Ali Baba par la force s'il le faut. Hakuryu pour sa part avait noué un pacte avec Zagan lors de son passage dans la salle du trésor. Le Djinn lui fait repousser un bras magique. Les efforts combinés de Hakuryu et Morgiana leur permettent de briser la tiare maudite d'Alibaba. Aladin peut alors plonger dans son âme.
