L'histoire de Magi est en partie inspirée des fameux contes & légendes des mille et une nuits. Dans le monde de Magi, d'étranges lieux appelés « Labyrinth » ont commencé à apparaître de manière totalement aléatoire 14 ans avant le début de l'histoire. À l'intérieur ? Des montagnes de richesses, mais aussi d'horribles pièges et dangers. Cependant, dès qu'une personne est arrivée au bout du Labyrinth, celui-ci disparaît, laissant ses trésors à celui qui l'a vaincu. Aladdin, le personnage principal, est un enfant tout ce qu'il y a de plus inoffensif… du moins, en apparence ! En effet, la flûte qu'il porte autour du cou est la demeure d'un puissant djinn du nom de Hugo. Un jour, le duo va faire la connaissance d'Ali Baba, dont le rêve est d'entrer dans un Labyrinth, en quête de richesse et de gloire ! Avec l'aide d'Aladdin, son rêve lui semble être à portée de main. Mais Ali Baba ne se rend pas compte qu'avec Aladin, son aventure ira bien plus loin.
Le Roi Sindbad a organisé un grand banquet pour fêter avec le peuple la victoire dans la dernière bataille contre Al-Thamen ainsi que la capture du donjon Zagan, en attribuant les honneurs à Alibaba, Hakuryû, Morgiana et Aladin.
Le souhait d'Aaldin de partir seul à Magnostadt a surpris tout le monde mais Yamraiha soutient sa décision mettant en avant toutes les connaissances en magie qu'il pourrait acquérir. Ali Baba a cependant du mal à digérer la nouvelle. Morgiana pour sa part, considère de plus en plus de partir pour le Continent Obscur dans l'espoir de retrouver sa famille le peuple Fanalis. Elle se confie à Masrur qui lui dévoile qu'il n'avait trouvé aucun Fanalis lorsque lui-même s'était rendu au continent obscur étant plus jeune. Mais il l'encourage à s'y rendre pour en avoir le coeur net.
Aladin se prépare à prendre le large à bord du navire remmenant Hakuryû vers le plateau de Tenzan. Morgiana a décidé de partir en même temps qu'eux afin de se rendre au Continent Obscur. Yamraiha remet à Aladin un objet magique leur permettant de communiquer ensemble quelle que soit la distance les séparant grâce à Rukh. Ils embarquent et entament leur voyage, mais Alibaba n'est pas venu leur dire au revoir.
Alibaba, Morgiana et Hakuryû commencent à se battre contre les pirates, Hakuryû fait usage des pouvoirs de Zagan, manipulant des plantes assommant tous les pirates ! Mais leur chef Olba prend Aladin en otage pour forcer les autres à déposer les armes. Ils embarquent alors toute la cargaison de leur navire et repartent dans des bulles d'air sous l'eau.
Ali Baba, Morgiana et Hakuryuu parviennent à se débarrasser des jeunes pirates et s'infiltrent dans leur repaire. Ils croisent d'autres enfants beaucoup plus jeunes qui veulent les empêcher de faire du mal à Umm Madaura qu'ils considèrent comme leur mère. Ils les assomment également pour continuer leur chemin
Hakuryû, à moitié recouvert par le pouvoir de Zagan, attaque Ali Baba et ses amis. L'esprit ensorcelé, Hakuryû accable quelqu'un d'avoir perverti sa mère. Faisant usage de la manipulation du Magoi sans retenue, Hakuryû met même sa vie en danger en se battant contre Alibaba. Ce dernier finit par briser la lance de Hakuryû avec l'épée d'Amon. Hakuryû perd connaissance. Pendant ce temps, Madaura et ses pirates ont pris la fuite mais ils sont arrêtés par la marine d'Aktia, intervenue après avoir appris qu'un groupe venu de Sindoria était parti arrêter les chasseurs.
Aladin, Alibaba et Morgiana passent leur dernière soirée ensemble avant de se séparer le lendemain. Ils festoient dans un restaurant puis, Alibaba entraîne Aladin dans une maison de plaisir, laissant Morgiana de côté, ce qui lui reste en travers de l'estomac quand elle découvre la teneur de leur activité.
Aladin est officiellement inscrit à l'école de magie de Magnostadt. Il passe une première épreuve visant à définir le niveau de classe auquel il sera rattaché, mais sans l'aide des Rukh, il ne produit qu'un sort insignifiant. Il a envoyé au sixième Kodor, le niveau le plus faible. Dans sa chambre à l'internat, il fait la connaissance de son colocataire, Sphintus qui a intégré la quatrième Kodor et qui snob Aladin en beauté.
Alibaba a atteint l'empire de Reim mais totalement fauché, ayant été détroussé en cours de son voyage. Il parvient péniblement au centre de formation de Shambal Ramal mais ayant perdu la lettre de recommandation que Sindbad lui a écrite, Toto, gardienne de l'entrée, lui refuse l'accès à moins qu'il la batte à l'épée. Alibaba accepte le duel mais la faim extrême le rend tout fébrile et chancelant.
Alibaba doit affronter seul dans l'arène Garde, un singe géant démoniaque et ce, sans l'épée d'Amon, muni d'une épée ordinaire.
Morgiana a voyagé jusqu'à la ville de Katarg. Elle avait entendu dire qu'il s'agissait d'une ville de Fanalis, mais aujourd'hui, cette cité a perdu toute sa superbe et n'est plus qu'une ville morne. Beaucoup de marchands d'esclaves y transitent. Elle rencontre par hasard Sahbmad et Ahbmad Salujah, ces derniers sont devenus des étudiants itinérants qui font de la recherche sur la civilisation ancienne Tran. La langue du peuple Tran se retrouve aussi dans des gravures présentes dans les Labyrinthes. Grâce à l'autorisation de Sindbad, ils peuvent voyager de village Tran à village Tran avec seulement deux gardes en protection et surveillance.
Le prince Kôha a également fait son retour au palais de l'empire Kô. La veille des funérailles de Hakutoku, l'empereur de Kô décédé, Kôen, Hakuei et Hakuryû s'entretiennent tous les trois concernant la succession. Kôgyouku s'apprêtait à les rejoindre, mais elle reste tapie dans l'ombre. À l'extérieur, son précepteur Ka Kôbun espère qu'elle s'attirera les faveurs de Kôen, ce qui le ferait indirectement monter en grade. Depuis l'âge de ses dix-sept ans, il est en charge de Kôgyoku et a dû redonner la dignité à la fillette solitaire et négligée qu'elle était. Il veut désormais un retour sur son effet investi avec les années.
Aladin et Sphintus ont réussi l'examen d'entrée au 1er Kodor, l'unité la plus élevée dans la hiérarchie des magiciens en formation. Lors de la cérémonie d'honneur des meilleurs élèves, alors que beaucoup pronostiquent Aladin désigné premier, c'est Titus Alexius, issu d'une grande famille noble de Reim qui est nommé en première place.
Titus vient trouver Aladin dans sa chambre pour lui parler. Il lui apprend qu'il est envoyé en mission à Magnostadt sur ordre de Shéhérazade, le Magi de l'empire Reim et croit qu'Aladin en fait de même pour le compte de l'un des autres Magi, Judar ou Yunan. Aladin lui révèle qu'il est le quatrième Magi.
Titus et Aladin ont sauvé Marga et se battent contre Doron. Ce dernier utilise des plantes carnivores magiques créées des Rukh et les repousse. En représailles, il jette plusieurs autres habitants dans le gouffre. Peu après, Myers vient arrêter le combat entre Titus, Aladin, Sphintus et Doron. Les jeunes magiciens se rendent finalement.
Mogamett continue son discours aux étudiants, prônant que les magiciens doivent contrôler les Goi, afin de les guider sur le droit chemin pour qu'ils ne s'adonnent plus à leurs désirs cupides. Titus remet en relief le traitement cruel des habitants du cinquième district, ce à quoi répond Mogamett que ces derniers ont une vie bien moins rude que dans les anciens quartiers pauvres sous le règne Mustas'im et qu'ils ont choisi de vivre ainsi, dans l'oisiveté. Mogamett autorise même Titus à faire sortir la fillette, Marga de ces quartiers. Son seul désir est de créer un pays qui accueillera tous les magiciens et leur offrira une vie paisible.
Titus éclate en sanglot devant le directeur et lui révèle qu'il est en fait un clone temporaire de Schéhérazade dont la vie est vouée à s'éteindre dans peu de temps, cinq ans ou dix ans tout au plus. À ce moment Schéhérazade prend le contrôle du corps de Titus pour communiquer directement un message à Mogamett : s'il se soumet à l'empire de Reim, elle promet que les magiciens seront traités dignement, alors que son pays est l'aube de la guerre contre l'empire Kô. Mogamett refuse fermement, refusant que les magiciens soient à nouveaux gouvernés par les non-magiciens et ne voyant dans cet ultimatum qu'une tentative impérialiste de plus. Il déclare même à Schéhérazade qu'il refuse de lui remettre Titus et il brise le joyau dans le bras de Titus qui le connectait à Schéhérazade. Mogamett se jure de tout faire pour sauver Titus, qu'il considère comme sa famille, tout autant que tous les autres magiciens de son royaume.
L'armée de Reim arrive aux frontières de Magnostadt, la guerre commence. Cependant, ils se confrontent à la barrière magique de protection qui englobe tout le pays, protégée par les magiciens de haut rang tels que Myers, Irène et Doron.
Aladin tente de négocier avec Mû Alexius et le Fanalis, mais ces derniers ne renoncent pas et lancent l'assaut. Les guerriers Fanalis, grâce à leur force surnaturelle, parviennent à briser les Borg, les champs de protection magiques des magiciens. Ils font alors un véritable massacre dans l'armée de Magnostadt, les magiciens ne sont pas assez rapides pour les arrêter.
Mû Alexius revêt son équipement Djinn complet et se rue vers Aladin. Il brise la première barrière de protection et fond sur Aladin. Le jeune Magi bloque ce premier assaut. Mû, ayant une force magique très réduite va aller droit au but. Il déclenche sa Magie Suprême assez puissante pour raser tout Magnostadt. Aladin se dresse face à lui mais même lui, un Magi, ne pourra se contenir une telle puissance.
En ayant appris la nouvelle de la venue de l'empire Kô, Aladin et Ali Baba se précipitent vers Magnostadt.
Les quatre guerriers liges de Kouen libèrent leur pouvoir, revêtant des formes à moitié démoniaques. Ils déciment tous les djinns noirs. Pendant ce temps, Ali Baba affronte Kôen, l'homme qui a asservi son pays Balbadd.
Depuis le champ de bataille, Aladin et les autres voient l'énorme concentration de Rukh Noir au-dessus de Magnostadt. Aladin craint le pire et pour éviter de frôler la catastrophe il demande à Kôen de retirer son armée. Pour imposer sa demande, il invoque les trois djinns de Kôen, Astaroth, Agares et Phoenix ainsi que celui de Kôha, Leraje, et celui d'Ali Baba, Amon.
La combinaison d'attaque suprême d'Ali Baba et de Kôen n'a pas réussi à détruire Il Ilah. Kôen et Kômei unissent le pouvoir pour immobiliser le démon et détruire les djinns noirs dès leur émanation quand soudain, Il Ilah fait jaillir de lui d'immenses bras qui vont directement puiser du Magoi dans le volcan en éruption, à l'instar d'Ali Baba et de Kôen auparavant.
C'est au tour de Mu Alexius de revenir au combat ; avec le pouvoir de son djinn, il brise la barrière du réceptacle d'Ill Ilah. Puis, Schéhérazade utilise toute l'énergie magique qu'il lui reste pour la transférer à tous les utilisateurs de reliques magiques.
