本剧透过轻松风趣的形式带出一个侠义传奇的故事。“如来神掌”乃至高无上之武功。当年龙剑飞以此打败天残脚后，退隐江湖，禁止龙家后人学武以免卷入江湖仇杀，且把秘笈收藏起来。七十年后，其后人龙剑生（关礼杰）长大成人虽对武功一窍不通，但凭其聪颖机灵，亦能混迹江湖。谁知好景不常，忽有神秘高手现身江湖，大开杀戒，并公然挑战五大派，企图称霸武林。五大派误认生为凶手。加以追捕，而真正之凶手火云邪神（刘家辉）为了得到“如来神掌”第九式“万佛朝宗”的秘笈，亦对生加以追杀。生与峨嵋弟子公孙灵凤（江欣燕）共患难以至相爱，凤更为解救生所中之欲火焚身剧毒而献身，另一方面，生因意外失忆，被风清清（洪兴）所救，二人顿生情愫，生周旋于两女之间，难作取舍。生在连番奇遇之中，武功大进，最后更在龙家祖居发现“如来神掌”之秘密，打败火云邪神。可惜天残脚后人天香（蔡少芬）处心积虑复仇，千方百计学得如来神掌，与生展开生死决战，生最后凭着过人机智赢天香，拯救武林，成为一代大侠。
龙剑生虽是龙剑飞的后人，但因剑飞定下规则，不准后人练武，故剑生完全不懂武功，加上为人懒散，常四处招摇撞骗。 剑生与损友虎、豹及无良和尚合谋骗财，被一休大师撞破，一休教训剑生一顿。 万剑门在武林圣地开店铺，坊间盛传门主天香美貌非常，车剑生等欲一睹芳容，但却不得其门而入。 唐三采到万剑门捣乱，侯逸飞代天香出头，教训三采一顿。逸飞藉词留在天香门，伺机亲近天香。 剑生为了利益，率众人潜入天香门偷窥天香，刚巧公孙灵凤女扮男装至，被剑生误为客人，也拉她一起去。另方面，侯逸飞也在偷窥天香。当时天香正练玉女心经，发觉被人偷睇，加以呼喝，逸飞落荒而逃，留下玉佩。 邪神重现江湖，并向武林圣地进发，武林又将会掀起一场腥风血雨。
天香担心被逸飞发现他偷练玉女心经，设计试探他，得知他毫不知情，才放下心头大石，逸飞欲轻薄天香，反被天香戏弄一番。 剑生在古玩店内，欲偷一玉佩，被老板发现失去玉佩，不准各人离去，要各人除衫检查，刚巧灵凤亦在店内，不肯除衫，剑生发现灵凤原来是女儿身，设计助她解围，然后又设计戏弄她，令灵凤盘川用尽，借剑生钱交房租。灵凤为还钱，答应到龙家居住，替剑生打工还债。 上、下奇叟遇邪神，不知好歹，欲抢其钱，反被邪神收服，无奈跟随邪神服侍他。 灵凤得悉剑生是龙剑飞后人，大感兴趣，向剑生追问其身世，剑生告知真相，二人相处日久，互生情愫，但灵凤始终不知道剑生原来早已洞悉其女儿身份。 乳娘生日，剑生与灵凤替她祝贺，剑生醉酒，送一紫玉钗予灵凤，灵凤愕然。
灵凤怀疑剑生已洞悉其身份，三番四次向他试探，但剑生仍守口如瓶，最后灵凤用心理战术，终令剑生明言一切，灵凤怪责剑生，剑生求谅，灵凤终原谅他。 剑生因不懂武功，被一江湖卖艺佬欺负，剑生不忿，欲找一世外高人习武，虎、豹洞悉其心态，与一市井之徒，布局向剑生骗财，结果剑生不但损失钱财，还被那江湖卖艺佬痛殴一顿。 灵凤到念慈奄追查其身世真相，不果，大为失落，遇一神棍，为骗财而胡乱说灵凤可在万剑门找到其身世真相，剑生代灵凤到万剑门调查，刚巧逸飞正以迷魂香偷袭天香，取回玉佩，被发现，逸飞嫁祸予剑生，剑生否认，说出自己是龙剑飞后人，众人不信，剑生约定众人翌日见面，证明所言不虚。 剑生以火云战衣出示，众人仍不信他是龙剑飞后人。
剑生为了证明自己乃龙家后人，预早布下假局虚张声势，向侯逸飞乱试数招，众竟以为「如来神掌」绝招，纷纷退避。 天香一心要光复万剑门，欲利用剑生助其大业，试探其虚实。剑生随机应变避重就轻，未被揭穿底细。 灵凤见生、香交往甚密，暗里生醋意。剑生看穿其心意，故意出言作弄。 仅存饱尝「龙门标局」灭门之痛，未经证实，断定剑生为仇人，锲而不舍地用各种方法刺杀他。 其实邪神当年因一念之差成为武林公敌，被放逐至荒岛，练得「如来神掌」头八式，重出江湖，一心歼灭五大派，以报当年之仇，间接令剑生蒙上不白之冤。 剑生嫌疑最大，被逸飞等捉上少林逼供。仅存见他，怒火中烧，要置他于死地。
仅存欲置剑生于死地，为各大门派所制阻，劝他未证实后妄作定断，剑生才幸免于难。 剑生被囚少林寺后，遇上怪僧天赐，后因天赐误服「死去活来散」，以为自己命不久矣，而将功力尽输入剑生体内。 其实天赐乃「万剑门」天残脚之子，自动肩负报仇之责，不惜抛下妻子及女天香，混入少林寺作僧人，偷得「易筋经心法」后，潜心练成内功。 天赐其后知误会一场，懊悔不已，最后乃收剑生为徒。 灵凤施计混入少林寺，乘机救走生、赐，带他们避入万剑门。天赐被识穿当年诈死之事，索性迫生、香成婚，以图光复「万剑门」。 众掌门追杀剑生至万剑门，天赐为护他而死。生、灵被追至走投无路，跳崖求脱。
天恩令天香视剑生为杀父仇人，迫她立下毒誓，以报父仇为大任，并要尽力光复「万剑门」声名。 名剑山庄被火云邪神偷袭，全庄中人命丧如来神掌手下。五大掌门知剑生已被打下悬崖，始知杀错好人，决合力对付邪神。 剑生在崖底因缘巧合饮下奇兽之血，使功力大进，后更以易筋经及自己的血救活了灵凤，二人感情更深厚。 生、凤遇上昵居崖下的东岛长离。原来七十年前长离意外堕崖，一直以吃寄珍异果维生，得以保持长春不老。 长离见剑生是可造之材，教其「七旋斩」武功，三人成忘年之交。 生、凤几番辛苦，欲寻返武林之路。
生、凤与长离走入前丐帮帮主梅竹松所挖地道，到了尽头，失望之际，终找到出口，得以重见天日。 长离甫出江湖，便自告奋勇与剑生上少林以替他澄清误会，他才感江湖这几十年间变化万千，人心难测。 邪神派上、下奇叟送死亡帖予五大门派，但只得四只信鸽，昆仑派未能及时收到。众派为求自保，纷纷退守，而逸飞以为昆仑派与邪神勾结，避于昆仑山。 天香为重整势力，暗中收买丐帮松派，更欲乘丐帮开大会选帮主，登上领导之位，以助「万剑门」威风。 逸飞欲避难于昆仑山，途中遇上丐帮竹派为争做出线代表而大打出手，他意气风发参予比赛，终获全胜，被推举为竹派代表。 剑生遇上丐帮梅派，无意中被发现手持丐帮宝物「打狗棒」，因传统上手持此棒者可登上丐帮帮主之位，遂在大会中宣布他为新任帮主。天香与逸飞不值，要与剑生比赛，不敌，失望而去。
剑生等人上少林途中，无意中截到火云邪神致昆仑派的死亡帖，连赶往报讯。 五行老祖早惧邪神威势，急忙着天香装机关椅自保。当他见到剑生，误会他是邪神爪牙，来打探虚实，将他与长离、灵凤软禁。 仅存一直误以为剑生为灭门凶手，锲而不舍地用各种方法行刺他，令剑生防不胜防。 逸飞上昆仑途中，遇上邪神与上、下奇叟，以迷香迷晕三人，绑上大殿，怎料邪神突自松绑而出，大开杀戒，歼灭昆仑派。逸飞看风驶悝，跪地求饶。 邪神对付剑生时，他以易筋经及如来神掌吓唬邪神，众得以逃生，各奔前程。 逸飞见凤、生一起态度亲昵，怪责她不守妇道。原来凤、飞早有婚约，灵凤为逃婚才偷走出峨嵋。剑生此时才得知此事，但表态决不会因此放弃灵凤，令她放下心头大石，逸飞感面目无光，对剑生恨之入骨。
仅存在邪神灭昆仑派之日，早被剑生困于柴房，才幸免于难，故他还以为剑生以邪神之名歼灭昆仑。逸飞利用他令七星剑客等相信此乃剑生恶行，听从其他三大掌门缉捕剑生，为昆仑派报仇。 上、下奇叟翦径巧遇天香，天香以「玉女神功」打退二人，但邪神黄雀在后，捉着她。邪神虽垂涎其美色，但自持身份不欲强占。 上、下奇叟误会邪神意思，竟为他安排与天香成亲，为求铺张，请来大批街坊扮作亲友充撑场面。长离肚饿时也被急召，当他知道邪神不怀好意，决暗中救走新娘。 长离打倒天香，点其晕穴，扮作大妗姐故意拖延时间。其后邪神发现天香神智不清，大感扫兴，取消仪式，长离即卸装知会剑生。 剑生往救天香，但失手就擒，上、下奇叟为要使天香就范与逼剑生讲出武功，于是分别用「欲火焚身散」及「死去活来散」向二人下毒，怎料胡涂中掉乱。 天香服「死去活来散」后，上、下奇叟以为她死了，忙弃于山洞，而剑生服毒后，果欲火焚身，需有一处女献身，方可暂保性命。
东岛长离与灵凤设法利用丐帮救出剑生，但剑生心知自己一旦毒发，会对灵凤不利，故使计离开她，想到山洞寻死。 剑生在山洞遇到天香，见她毒发垂危，以自己的血救活她，怎料将毒也传于她，二人胡涂间发生关系。 灵凤寻至山洞，见二人衣衫不整，拂袖而去，而天香醒后，羞愤不已，认定剑生为仇人。 剑生设法寻回灵凤，解释自己中毒之事，途中遇上风清清与卡拉老爹被流氓欺凌，挺身相救。清清对剑生留下深刻印象。 剑生终找着灵凤，并苦苦求谅，二人冰释和好。 天香一直密练「玉女心经」，赖以重振家声，可惜清白之躯已为剑生所沾污，前功尽废，故她对剑生更为痛恨。 天香无缘再练「玉女心经.」，本欲自杀以谢祖先，但无意中发现师父天残脚秘笈之天残神功，而练此功者要先自残身体，天香适逢失身于前，合乎资格，于是苦练秘笈，以达光复「万剑门」之心愿。 长离带剑生向「再世华陀」求医，可惜他道行有限，无能为力，推荐剑生向怪婆婆求解毒之法。
剑生毫无头绪找出「怪婆婆」，决与凤、东继续上少林，而他欲先探望乳娘。 剑生回家，却发现乳娘被火云邪神捉去，于是与凤、东往救。少林派闻讯，亦派出「十八罗汉」追捕剑生，三帮人马相逢，「十八罗汉」被邪神所杀，剑生等趁乱逃走。 邪神猛追剑生等，乳娘牺牲，临死交出龙家宝物「夺龙令」予剑生。 生、凤虽得以逃生，却悲痛不已，是夜二人避于破庙，剑生竟又再毒发，灵凤见他痛苦不堪，自动献身相救。 剑生醒后，发觉灵凤失踪，大表失落。原来灵凤先醒，到外面找食物时，遇上师父九绝师太，被提回峨嵋。 剑生四出找寻灵凤，再遇邪神，被他打至重伤，昏迷堕海。 剑生随水漂流，被卡拉老爹及风清清救回桃花源，但他却因重伤而失去记忆。
九绝师太一向对灵凤至为宠爱，更为光大门楣将她许配予飞，而她竟逃婚擅离峨嵋，一怒之下将她捉回，软禁让她面壁思过。 长离欲往少林寺向众僧替剑生解释，可惜不得其法，闹至笑话百出，误会更深。 剑生得卡拉疗伤，及在清清的悉心照顾下，终告康复。清清早心仪剑生，二人朝夕相对，产生一段纯真的感情。 九绝无意中发现灵凤失身一事，怒不可遏，将她处以门规，迫她说出「奸夫」之名，灵凤不肯。 剑生对身世迷茫，未敢向清清示爱，清清感失望，正要委屈嫁与别人之时，剑生才挺身而出示爱。二人还要筹备婚礼，剑生再次病发。
剑生面临死亡，卡拉设法逼出他体内所有毒性，而以自己鲜血输入其体内，救回他一命，然自已却性命不保，临死将清清托付予剑生。 卡拉临终告之剑生其毒仍未断尾，换血只是暂保性命，着他去寻怪婆婆，或有一线生机。生、清离桃花源，往寻之。 逸飞对剑生恨之刺骨，但碍于身为华山正派弟子，不便出手，故表面装作不作计较，暗中则多次利用借刀杀人之计加害剑生，但始终徒劳无功。 邪神杀到歼灭华山。逸飞贪生怕死，不惜轼杀七星剑客而搏邪神欢心，令七星死不冥目。 逸飞事后上少林，向众僧颠倒是非，博取同情信任。 九绝要迫灵凤透露爱郎身份不果，决施以水刑对待，幸长离为仅存获悉，及时将她救出。 生、清找到怪婆婆，而婆婆为要留力与百毒神君交手，婉拒医剑生。 生、清失望下山，遇百毒神君，神君答应带剑生向婆婆求医，而暗中向他下毒，原来婆婆与神君以施毒来互相比试，剑生体内之毒与神君的毒互相抵消，被婆婆施救，剑生终康复。
怪婆婆见剑生身藏「夺龙令」，大感惊奇，追问，但他因失忆无法告之。怪婆婆相信他为龙家后人，而坦言自己为龙剑飞的小姨，并传授剑生「无定飞环」。 逸飞栖身少林，欲向一休大师学武，但少林一向不传武予俗家弟子，要逸落发为僧。逸飞缘尘未了，不肯出家。 邪神自华山一役后，虽获全胜，但亦被七星剑客所伤，始知自己早先中了昆仑老祖之毒，而如来神掌亦未修练至最高境界。故决找一安全地方，闭关修练。 上、下奇叟找至，「万剑门」得知天香未死，着邪神驻足万剑门。 天香认定邪神为最大对手，虽勤练天残功，原敌不过他，加上邪神亦垂涎其美色，她惟曲意逢迎，假意屈服于邪神，但暗中用鸦片毒害他。 剑生携清清沿途自寻身世，巧遇逸飞正欺负天香，他仗义救天香。天香发觉剑生失忆，于是诈称知其身世，替他安排一切。
东岛长离救出灵凤，四出找寻剑生。 灵凤遇剑生，正想上前相认，却为人群所阻，但她见生、清一起态度亲昵，更觉惊奇，跟踪不果，只好寻长离商量。 天香着天恩假扮剑生乳娘，编说邪神杀其全家，挑拨他与邪神决斗，以收渔人之利。 剑生不敌于邪神，危急关头，清清出手救剑生，邪神见清清样时，大为惊愕，清清乘机带负伤之剑生逃走，被天香与上、下阻截，当灵凤长离追寻至，助二人逃脱。 清清见剑生重伤，紧张不已，灵凤见生、清亲热非常，加上剑生失忆，未有将自己与剑生之关系告之，暗自神伤。 邪神怀疑天香有心泄露自己在万剑门之秘笈，天香狡辩混过。
仅存与长离等带剑生上少林澄清一切，逸飞无所遁形，只好偷走。 逸飞走投无路，只好投靠邪神，邪神亦喜有得力助手，对抗众正派。 长离等听从三大门派掌门，联手闯万剑门对付邪神，但力有不逮。邪神危急时，利用逸飞做替死鬼，掩护他逃走。 邪神暂隐身在一镖局，养精蓄锐，试探天香真意后，与她狼狈为奸，再图使武林风声鹤唳。 剑生担心三大派联手，仍未能对付邪神。长离想到「三绝掌」可克制「如来神掌」，齐到「三绝峰」追寻其后人。
生、东等到「三绝居」，往访「三绝掌」后人，天时、地利、人和，求其重出江湖铲除邪神，可惜三人年老体弱，无力再使出绝掌。剑生等失望而回。 邪神乘剑生等外出，施计引三大掌门齐集，使「如来神掌」歼灭三派，胁持三人为人质，还拉拢众邪派中人归附，自行创立「万圣教」。 丐帮松、竹、梅长老为求生路，竟然归附邪神，终被剑生知道，团结丐帮势力，决与邪神对抗到底。 灵凤见清清无依无靠，一直把与剑生之关系埋于心底，终被清清知悉，决自行引退。剑生在危急关头，只好放下儿女私情，继续访寻收拾邪神之法。 众推测既然邪神已练成「如来神掌」第八式，自有第九式克制他，而第九式必藏于另一秘密地方。剑生忽灵光一闪，决回祖屋查看。 清清离开剑生后，漫无目的遇到上、下奇叟，被捉回献予邪神。 邪神见清清面时，凭其身上玉佩，认回她为自己的亲生女。
邪神缅怀当年与风飘飘实真心相爱，因受岳父风满楼反对，更错手杀死他，因而蒙上不白之冤。清清信以为真，终肯与父相认。 灵凤感不适，经大夫诊断，证实有喜。剑生不知是自己经手，还答应替她守秘密，令灵凤啼笑皆非。 松、竹长老因惧邪神威势，存心背叛剑生加入「万圣教」，竟出卖剑生回祖屋寻秘笈之消息。邪神获悉，大为紧张，想法截住剑生。 邪神计划领众爪牙进攻龙家祖屋，强抢秘笈。清清不忍剑生受伤，哀求其父收回命令。邪神以不加害剑生作条件，着清清回到剑生身边，偷出秘笈。 剑生几许辛苦，机缘巧合下找到祖屋中所藏之秘笈，正欲开始修练时，被清清施「软骨散」制住，坦言苦衷，将秘笈抢去交给邪神。剑生大受打击。 邪神取得秘笈后，欲食言派人追杀剑生。清清始知一直被蒙骗利用，大表伤心。 剑生得离、存之助，幸在祖屋密室找出「如来神掌」第九式速成法，被剑生悟出，于是闭门苦练。
邪神练成第九式，决往歼灭剑生。剑生初不敌，清清代捱邪神一掌受伤，而剑生于危急中得悟「如来神掌」第十式，将邪神制服。 邪神被带上少林公审，途中客栈失火，众以为邪神葬身火海。 清清身受重伤，剑生决与他成亲，灵凤黯然神伤。 天香暗中急练「如来神掌」，原来她在客栈失火时，偷龙转凤把邪神救出，然后用恶毒之计逼他讲出武功要诀，终将他折磨而死。 怪婆婆再出现，替清清医病。剑生高兴，着手筹备婚礼。
剑生着手筹备婚礼。仅存替灵凤不值，敲打剑生的头出气，竟令他回复记忆。他惆怅之际，发觉灵凤失踪离去，竟搁置与清清之婚事而寻灵凤去。 天香始终不能参透「如来神掌」第九式，决往龙家祖屋一行，竟遇上灵凤。天香以灵凤腹中块肉，要胁她讲出武功秘笈，灵凤只好就范，于是天香成功修练武功。 众掌门在少林相举剑生为盟主，天香挟灵凤出现，向众挑战。
