故事是从一位大学生一一森里萤一的一通电话开始，萤一在不经意的情况下召唤了女神贝璐丹迪。贝露丹蒂要求萤一许一个愿望，萤一的一句半开玩笑的愿望「希望像你这样的女神能够永远陪伴在我身边」，结果竟然被受理，萤一和贝露丹迪只好同住在一个屋檐下，共同生活、共同享受爱情的快乐，而故事也此展开。在姐姐乌璐德、妹妹诗库璐德等女神及其他人物陆续登场下，整个故事也越来越有趣！
进入大学的森里萤一对即将开始的大学生活充满了信心，但实际上，社团活动和恋爱方面的烦恼一直纠缠着他。一天，同宿舍的前辈们要萤一看家并且还要做堆积如山的工作。所有事情做完后，萤一要打一个电话给学长。但是，就在电话接通时，却从听筒里传来温柔的女声：“你好，这里是救助女神事务所。” 萤一急忙挂掉电话，女神却出现了……
女神贝璐丹迪声称可以实现萤一的一个愿望。女人缘极差的萤一认为自己一无是处，而贝璐丹迪却一一指出萤一的优点。被感动的萤一试探着说出了他的愿望是——希望像贝璐丹迪这样的女神可以一直陪在自己身边，不料，天神受理了这个愿望。正当萤一不知所措时，外出的前辈们回来了。一场误会，萤一和贝璐丹迪被前辈们赶出了宿舍，二人该何去何从……
在汽车内度过一夜的萤一和贝璐丹迪决定找一个可以长住的地方，一心想帮助萤一的贝璐丹迪向精灵祈祷，结果两人被引至一座寺院。在“帮寺院工作来换取当晚的晚饭和住宿”的条件下，寺院住持同意了二人留下的请求。工作时，萤一不小心从房顶摔下，贝璐丹迪情急之下使用魔法救了萤一，而这一幕恰巧被住持看见。贝璐丹迪的身份引起了主持的注意……
贝璐丹迪和萤一一起来到了猫实工业大学，贝璐丹迪一出现便吸引了众男生的目光，因此，引起了被称为“学校的女王”的三屿沙夜子极度的不满。沙夜子想要联合学校的大泽教授，将贝璐丹迪从学校赶出去。但是，在汽车部的前辈们的帮助下，他们的阴谋没有得逞。然而，沙夜子并不死心，她将目标转移到了萤一身上……
贝璐丹迪帮萤一取落在家里的东西，在萤一等待贝露丹蒂回来的时候，遇到了沙夜子。经过跟沙夜子的谈话，让萤一意识到一个问题——他和贝璐丹迪到底是什么关系？晚上，萤一为了怎么向贝璐丹迪告白而烦恼。正当萤一准备向贝璐丹迪告白时，由于紧张过度，被贝露丹蒂误认为他生病了，要强行为他治疗。要想办法解决这个误会，萤一该怎么办？
萤一的妹妹森里惠出现在萤一家门口，她为4月开始的大学而来找公寓。惠以从老家北海道带来的“新鲜的食物”作为帮她找公寓的交换。但是，惠对房子苛刻的要求让萤一实在很为难。尽管如此，还是勉强找到了符合惠标准的房子。但是，当贝璐丹迪进入房间后，察觉到这房间有问题。原来是因为房子压住了地脉，而使三级地灵失去了力量……
萤一因为没有在情人节收到贝璐丹迪的巧克力而感到伤心。贝璐丹迪从惠那里得知，情人节的巧克力要在有情调的地方送给对方。她做好巧克力后，向沙夜子询问什么是有情趣的地方，却被借机介绍给了校园第一花花公子青屿，险些被侵犯的贝璐丹迪最终使用魔法阻止了青屿的恶行。事后，惠建议贝璐丹迪带萤一去看“摩托车展会”。贝璐丹迪的心意能够正确的传达给萤一吗？
贝璐丹迪的姐姐乌鲁德来到萤一家里，并告知萤一世界树系统产生错误，而这导致的最坏结果就是贝璐丹迪被强制遣返天上界。乌鲁德还说，解决问题的方法就是，要萤一和贝璐丹迪有物理接触——接吻。萤一为难的答应了，却一次次失败。这时，贝璐丹迪察觉到，这一切都是姐姐乌鲁德的诡计。正当两位女神的战斗一触即发时，天空降下一道闪电，将乌鲁德击倒在地……
在“猫实工大小姐”的比赛中，贝璐丹迪获得优胜，沙夜子曾经的光辉不再。心荒意乱的沙夜子喝得酩酊大醉不小心从行人道晃到了行车道，碰巧经过的贝璐丹迪使用法术帮她解困。此事之后，沙夜子再次对贝璐丹迪产生怀疑，于是她与青屿联手策划出种种诡计，结果却屡次受挫。最后，沙夜子把萤一邀请到地下STUDIO，想要从他身上揭露贝璐丹迪的秘密……
汽车部拼命为招收新部员而努力，然而却无踊跃报名的迹象。实际上，是因为青屿建立的“四轮部”抢占了部员。面对四轮部的讽刺，汽车部决定参加青屿挑起的“大学对抗拉力赛”，约定败者解散。为了此次拉力赛，汽车部的大家日以继夜的开发赛车。比赛当天，赛车终于开发完成，萤一和贝璐丹迪登车，揭开了决战的序幕……
玛拉的封印解除了，获得自由后的玛拉立即准备贝璐丹迪蒂复仇。她把萤一定为复仇的目标。贝璐丹迪感到了玛拉的波动，为萤一设下了结阵。但还是晚了一步，玛拉把萤一变成了摩托车。乌鲁德和贝璐丹迪想尽一切办法，还是无法使萤一恢复原样。原来，恢复萤一需要“解除魔法的密码”，于是二人开始寻找可以封印玛拉的媒介。
在“打倒贝璐丹迪”的目标下，玛拉和沙夜子最终结盟。沙夜子趁萤一和贝璐丹迪散步时，用演歌节目催眠了乌鲁德，并将神之CD夺走拿给了玛拉。作为报答，玛拉把“操控萤一的心的天枰”给了沙夜子，并怂恿她“如果笼络了萤一，贝璐丹迪就会自动消失”。面对态度突然变得冷漠的萤一，贝璐丹迪深受打击，深夜独自向街上走去……
森田家从清早就开始陷入恐慌，为平息事态而来的是第三位女神斯库鲁德。斯库鲁德开口就断定会发生错误是因为萤一的愿望，并要求萤一解除契约，让贝璐丹迪返回天上界。而这其实只是斯库鲁德想要姐姐回去的诡计。但是，因为乌鲁德的一些细微失误导致“错误去处机”大爆发。错误大量发生，恐慌急剧扩散……
敌视萤一的斯库鲁德，想把萤一的摩托车拆了。但是，作为机械狂的她却把萤一的摩托车改造了。然而，惠在看过之后，指出了其中的不足，这让斯库鲁德顿时怒气冲天。这时汽车部的前辈突然到来，他们向萤一介绍了即将举行的“机器人搬桶大赛”。于是，斯库鲁德和惠决定，二人各自制造机器人，并最终在这场大赛上一决胜负。
斯库鲁德为了贝璐丹迪而精心研制的万能机器人终于诞生了，这个被称作“万便君”的机器人不论是做家务还是对付魔族都近乎完美，只可惜只要一启动它萤一家里的电源开关就会跳闸，使家里一团糟。在贝璐丹迪温柔的鼓励下，斯库鲁德决定为万便君重新安装设置，意想不到的是，万便君竟对贝璐丹迪产生了爱意。
没有放弃复仇之心的玛拉为了更容易接近萤一，占据了惠的身体。萤一和贝璐丹迪在校园遇到了被玛拉附身的惠时，萤一察觉到妹妹与平时不同，而贝璐丹迪被玛拉的护盾遮挡，没能发现。高兴不已的玛拉召唤出了灾难之神仙贝，仙贝虽然外表单薄，但是操控着幸福量保存的法则，拥有能使对方不幸的可怕力量。接着，不幸接二连三的落在萤一身上……
汽车部的前辈为长谷川报名了仅限女司机的车赛。不过，长谷川自知驾驶技术很差，对自己不抱任何希望，贝璐丹迪见状，提议让她住到他力本愿寺来强化训练。但是，曾经有着“杀人厨师”绰号的长谷川，料理也很差劲。面对失落的长谷川，贝璐丹迪投以温柔的微笑，并提议进行料理特训。次日清晨，两人一起开始了在路上的训练……
从惠那里得到了温泉旅馆的住宿券，萤一和三位女神去了海边。萤一本想和贝璐丹迪有更亲密的接触，但由于态度不自然，反而让贝璐丹迪感到不安。就连“一起去洗温泉”这一步都没有迈出，萤一的态度继续摇摆不定。乌鲁德看不下去，告诉萤一了一个奇怪的占卜结果；另一方面，斯库鲁德不想把姐姐拱手相让，竭力阻止着这场恋爱……
在海边，萤一和贝璐丹迪完全没有进展，乌鲁德很为他们着急。便计划让萤一喝下从“恋爱种子精华”中提取的药。不料，药里被斯库鲁德混入了其他药品，而准备好的药却被贝璐丹迪喝了。第二天萤一醒来，发现穿着背心的贝璐丹迪躺在自己身边，感到非常惊奇。得知药出差错的乌鲁德急忙制作解毒剂，但性情大变的贝璐丹迪，让萤一不知所措……
为了维护主系统，乌鲁德和斯库鲁德需要回天上界。乌鲁德期待着贝璐丹迪和萤一的进展，而斯库鲁德却不能容忍，她施计将萤一变成了女孩。之后，萤一在调和复原剂时一时失误，使贝璐丹迪被病毒侵入而身体虚弱。第二天，田宫、大泷、长谷川和惠来到了萤一家里，四人不愿离开，贝璐丹迪只好起身迎接，但是，身体越发恶化的她，最终失去意识倒下了……
斯库鲁德入迷的听着贝璐丹迪和她的天使圣贝璐同唱的和声，期待着自己也能够拥有天使。不过想要拥有天使，必须要修成相应的法术，没有法术才能的她因此情绪低落。一旁的乌鲁德却指出斯库鲁德的不成熟。当斯库鲁德得知乌鲁德也不能召唤天使时，终于又有了干劲，她计划着自己要先于乌鲁德召唤出天使，于是，斯库鲁德和萤一开始了特训……
玛拉找到了能够唤醒魔族继承者的力量的神魔之魔壶。整个城市开始笼罩在一种不祥的恐惧中。另一方面，乌鲁德因为力量被封印而情绪低落。极度消沉的乌鲁德抵抗不住魔壶强烈的诱惑，终于解放了魔力成为恐怖代行者。得知这一情况的贝璐丹迪，向萤一讲述了乌鲁德的秘密。原来，由于和魔族有血缘关系，乌鲁德极有可能成为恐怖大王的后继者。
乌鲁德作为恐怖大王而觉醒，其影响波及天上界。贝璐丹迪为了得到对抗恐怖大王的力量，解除了被封印的一级神力量。而乌鲁德为了解开将程序实行的保护，使得东京的上空完全笼罩在黑暗之中。贝璐丹迪判断束缚住乌鲁德的元凶是魔壶，并用法术将其破坏。然而，壶的破坏反而导致了程序实行保护的解开。最终究极破坏程序——菲尼鲁，现身了……
乌鲁德恢复正常，但苏醒的米德加尔德企图解开被神封印的“冥府之门”，让魔族降临地上界。贝璐丹迪再次使用米德加尔德的笛子，封印了恐怖大王。当众人回到家里，以为风波已经平息之时，萤一突然夺走了笛子，原来，恐怖大王早已附身萤一了。为了歼灭恐怖大王，从头到尾都关注着的天神大人，最终下令，派战斗天使琳顿奔赴地上界……
