位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女，最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。最强而最凶的“恶”，一方通行，扫平学园都市的“黑暗”！
一方通行应对他新生活中的事物，尤其是最后之作的需求 。与此同时，一件实验兵器的失窃引发了一场追捕。
惩处追赶死灵术师埃斯特·罗森塔尔，闯入了一方通行的病房。一方通行对他们的冲突并不感兴趣，但一张照片改变了他的想法。
埃斯特带一方通行来到关押她的仓库。在那里，他们发现了一具"棺材"和受监禁埃斯特之人操纵的巨型机器人。
埃斯特的祸斗让人措手不及。惩处的一名前支持者转而与他们作对，还雇佣了几名可爱却致命的杀手来铲除他们。
警备员和惩处的冲突升级，埃斯特赶忙去营救御坂第10046号。一些闹事者的到来使局势陷入混乱。
埃斯特竭尽全力保护御板不受食尸部队及其布偶装的伤害 与此同时，一方通行跨越城市赶去帮助她。
埃斯特恳求一方通行收她为徒，但他另有打算。一个充满敌意的紫色兵器打断了大家的重聚。
为了帮助妹妹蛭魅达到等级六的能力，过去的菱形与埃斯特沟通，但埃斯特很快意识到蛭魅不是以前的蛭魅。
菱形的计划即将实现，而蛭魅有了一个可怕的想法。一方通行赶去阻止他们，但作战造成的伤害耽误了他的行动。
安装完毕后的“蛭魅”苏醒过来，并长出巨大的怪异身体。她向埃斯特吐露了她们之间真正的联系。
梼杌矗立在一方通行面前，向他解释其成功得益于一方通行的行动。在攻击失败后，一方通行明白自己需要帮助。
魔像变得越来越强大，一方通行等人为了打败这股破坏性力量而步步逼近，埃斯特准备最后一搏。
