时为战国。醍醐之国主景光,在某所寺院的大堂中,向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣,身体各处都有所欠缺,被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝,鬼神实现了与景光的约定,国家迎来了平安。这样的某天,名为“多罗罗”的年幼盗贼,与某个男人相遇。 那是鬼,还是人——两臂装有刀剑,全身皆为人造的男人“百鬼丸”,其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。
时为战乱时代。醍醐之国的领主景光为了领地的繁荣而与魔神进行交易,作为代价而献上了自己的儿子。时光流逝,就在年幼的盗贼·多罗罗遭到妖怪袭击的时候被一名神秘少年拯救。这位少年的身体,基本上都是人造的。
多罗罗与百鬼丸来到了万代这一女性所管理的村庄。百鬼丸不知为何突然在她面前露出自己的刀剑,因此被村人们丢进了仓库中。然而那个仓库早就有某个东西所在……
身为医生的寿海巡游于各地,为了给在战争中伤亡的人们装上义肢。某天他在河边捡到了一个欠缺了身体上各个器官的婴儿,并赐予了他的人造身体后将他抚养长大。被起名为“百鬼丸”的这位少年,为了取回自己的身体而开始了旅行。
多罗罗和百鬼丸展开了与杀人魔田之介的对峙。田之介所挥舞的刀是魔神所寄宿的受到诅咒的妖刀。好不容易打倒了田之介后,妖刀却跑到了多罗罗手上,控制了多罗罗的身体。
对突然听到的“声音”感到痛苦,而且还在与妖怪的战斗中受了伤的百鬼丸,跟名为美绪的少女相遇了。她照顾着在战争中流离失所的孩子们,同时也开始照料百鬼丸。然而得知附近有魔神的百鬼丸在负伤的状态下就开始了行动。
虽然百鬼丸从魔神那里夺回了声音,但是他的一条腿也被魔神给拿走了。在荒废的寺庙里养好了伤势后,他向魔神再次发起了挑战。与此同时,在美绪等人所在的荒废寺庙里……
蜘蛛妖怪·络新妇为了治疗与百鬼丸战斗中所受的伤,变为人类的模样在利用着名为弥二郎的青年。而不小心放跑了络新妇的多罗罗和百鬼丸,在刚刚来到的村子听到了有人贩子的传闻。
百鬼丸与多罗罗旅途中来到一片山中,意外的看到一群人在送一个身着白色新娘服的女孩往山里走。但这个时候有一个男孩往那边射箭,被多罗罗拦下。原来这个男孩叫阿猿,是新娘的弟弟,他们救下被绑住的新娘,可新娘似乎是自愿留在这里的......
获得嗅觉的百鬼丸好奇的到处闻气味,但多罗罗却因为长途跋涉生病倒下了。百鬼丸非常担忧,抱着多罗罗四处寻求帮助,可途中的人都只能明哲保身,在百鬼丸苦恼时,一个尼姑出现收留了他们,多罗罗在尼姑的照料下,慢慢好起来,也回忆起了自己的过去......
多宝丸发现父母一直隐瞒着一些事情,想要调查清楚,可父亲的手下却宁愿咬舌自尽也不愿说出真相。困恼的多宝丸选择去询问父亲,却得到了父亲的拒绝。就在这时,多宝丸得知了河里有吃人妖怪的传闻。
进入了醍醐之国的多罗罗和百鬼丸,听闻了残留在国境曾经发生战争的地点上的一块巨大屏障“板门”这一存在。而百鬼丸也与从板门现身的妖狐的魔神展开了对峙。
将自己的儿子交给了魔神的景光。想要夺回自己被夺走的身体的百鬼丸。而现在,在命运的指引下两人相遇了。
出了醍醐领的泥巴,看到了耸立在瀑布背面的巨大不动明王像。这个不动的原形,是聚集人的脸成为自己的东西的妖怪。
多罗罗和百鬼丸经过一个被烧毁的寺院,与统治着这片区域的名为鲭目的男子相遇。他们在被招待至鲭目的宅邸并听闻了烧毁寺院与妖怪之间的事情后,两人都觉得哪里不太对劲。
鲭目为了守护自己所统治的地区,将路过的旅人献给魔神。百鬼丸再次与蛾之魔神展开对峙。就在这时,被关在仓库里的多罗罗……
多罗罗被地鼠所带走,赶往了火袋所藏钱的山岬。就在为了前往山岬而在寻找小船的时候,他们遇见了独臂少年·不知火。
寿海在战场上与满身是血的百鬼丸再次相遇,得知了百鬼丸被夺走的身体与魔神之间的关系。百鬼丸拜托寿海帮他打造全新的义足……
鲨鱼魔神一边咆哮着,一边向无法动弹的多罗罗袭来。与此同时,多宝丸所率领的军队也向山岬逼近……
多罗罗和百鬼丸为了修好被折断的刀刃,来到了名为宗纲的刀匠所居住的村庄。他们来到宗纲的家后,迎接他们的是宗纲的女儿·小和。
寻找着妖怪而走进了山林的多罗罗和百鬼丸,与赛眼三郎太这一青年相遇了。他们与说着自己也是来杀妖怪的三郎太一起前往妖怪的巢穴。
醍醐景光在准备着与邻国朝仓之间的战争。而收到百鬼丸正在赶往醍醐国这一消息的景光,让多宝丸前去讨伐百鬼丸。
被抓到醍醐的城池并关押在牢房里的多罗罗。而缝夫人却出现在牢房面前。与此同时,在想要抢回多罗罗和自己身体而打算赶往醍醐城池的百鬼丸身后,妖化的白马发出了呼号……
百鬼丸展开了与寄宿着魔神力量的多宝丸、陆奥、兵库之间的对峙。随之赶来的多罗罗、缝夫人、琵琶丸,围绕着醍醐这一国家的最终去向,正在见证着非常激烈的战争。
被火焰所包围的醍醐城。被命运所捉弄的血肉兄弟。多罗罗、寿海、缝夫人抱着各自的想法赶往了城池。连哭声都没办法发出的那个生命所抵达的终点到底是……