根据月关同名小说改编 大明刑部狱卒叶小天接受委托，为人送遗书回故乡，遭到不想分割家产的那人家属追杀，逃入黔东。兵部要员艾枫以新任葫县典史前往黔东，调查权贵杨应龙图谋不轨之事，被杨应龙派人杀害。葫县县令花晴风为逃避治安不利的责任，安排叶小天冒充艾典史。叶小天虽是狱卒出身，一身浑不吝的痞劲儿，他并未甘为傀儡，在典史任上，他打击豪绅恶霸，把葫县搅了个天翻地覆，更因缘际会，成为真正的葫县典史，由此开始了他的仕途之路。升任铜仁府推官后，叶小天依旧独善其身，不与尸位素餐浑浑噩噩的无为官吏为伍，为了冤死的民女，他怒斩纨绔恶棍，由此身陷绝境，却也受到了地方百姓的爱戴和贵州爱国大土司的赞赏，最终成为一方土司官。始终坚信明照天下，虽土司治下亦是王土的叶小天联合贵州爱国大土司，遏制野心勃勃的杨应龙扩张，成为朝廷的一道坚实藩篱。
叶小天是刑部六扇门玄字房的一个小小牢头儿，他世袭罔替，却非王侯，出身世家，却非高门，就想老老实实把祖上传下来的这个铁饭碗一代代传承下去。叶小天负责的牢房里关押的都是五品以上的贪官污吏，他凭借三寸不烂之舌和机智过人的才能，达到名利双收的目的。
杨三瘦花钱向路人打听到叶小天和夏莹莹的行踪，就带人一直等在城门口，叶小天发现以后，立刻带夏莹莹和杨遥遥躲起来。
展凝儿认出叶小天，想杀了他报仇，叶小天好汉不吃眼前亏，当场跪下恳求展凝儿饶命，并且编了一个凄惨的爱情故事，他谎称和娘子逃婚至此，为了躲避恶霸的追踪才不得已骗展凝儿，展凝儿被他说得热泪盈眶，当场就原谅了他，还拿出身上所有的银子都送给叶小天，答应会全力以赴帮助他们夫妻俩。
第二天一早，罗大亨趁同学们都去打架，他来找叶小天，夏莹莹也来看叶小天，罗大亨被她的美貌吸引，叶小天介绍夏莹莹是大嫂，罗大亨无意中看到陶桃去送饭，就跟踪过去查看。
华父是锦衣卫密谍007号，他奉命来见贾千户，贾千户怀疑杨应龙已经拿到兵防图，迟早会拿下葫县，贾千户决定再安排得力的官员到葫县，命华父协助他保护葫县的黎民百姓。徐林趁华家父子不在家，偷偷在他家水缸里下了三包药，可华家的人却毫不知情。
华云飞还没有来得及放箭，衙役一哄而散把齐木的人打得四散逃奔，齐木趁机溜走了，百姓们对新来的艾典史刮目相看。衙役把剩余的人抓进衙门。叶小天被打得遍体鳞伤，他拼尽全力向大家讲明，齐木不会善罢甘休，所有大家必须团结起来，和齐木斗争到底，衙役们群情激奋，一起真臂高呼，花县令目睹这一切，心里感慨万千，他十年寒窗苦读，本想造福百姓，却被人牵制，觉得自己很窝囊。
花县令气得咬牙切齿，雅夫人劝他顺应民心，趁机把齐木等人一举抓获，花县令警告她不许搀和此事。徐林带兄弟们喝酒庆祝，迎面碰上华云飞，华云飞摆开架势，手起刀落，以迅雷不及掩耳之势就把徐林的手下全部杀死，徐林和华云飞单打独斗，根本不是他的对手，华云飞把徐林一刀毙命，并在墙上留下一个血红的“华”字。
齐木坚决不许叶小天带走华云飞，叶小天声明一定会严惩凶手，管家还是不依不饶，叶小天狠狠打他一耳光，并且声明谁敢阻拦格杀勿论，齐木只能眼睁睁看着他把华云飞带走。
夏莹莹笨手笨脚做家务，时常打破盘子碗，叶小天特意采来野花送给她，还亲自给她戴在头上，夏莹莹口中嫌花丑，心里却美滋滋的，叶小天想辞官离开葫县去夏家提亲，然后带着夏莹莹回京城，夏莹莹不置可否，她心里很清楚，父母是不会看上叶小天的，可是她开始渐渐喜欢上叶小天。叶小天带夏莹莹来罗大亨的杂货店，看到店里门可罗雀，叶小天发现他进的货全是高档货，可是在三天前他开始挣钱，现在已经挣了一千块，他把生意经讲得头头是道，眼看一个月的期限就要到了，罗大亨赶忙回家向父亲报喜。
叶小天仔细辨认对联上的字，答应照着再重写一副，竟然和黎教谕一模一样，学员们才放他们离开，这是叶小天昔日在牢里跟着那些官员耳濡目染的学来的本事，因为经常代写口供，还练就了一手好字，没想到现在全用上了，罗大亨对他佩服得五体投地。
哚妮已经帮罗大亨解了毒，故意惩罚罗大亨背着咸鱼走500步，他一直走到树林里才完成，三长老向他打听叶小天的下落，没想到展凝儿和叶小天随后赶来，杨应龙也亲自来见叶小天，邀请他共饮一杯，展凝儿不放心，杨应龙就让她一起来，展凝儿提醒叶小天多吃菜少说话，以免引火上身。
杨应龙下令把自己的大帐就设在神殿之外，谨防其他人篡位，罗百川及时赶来应援，三长老想尽一切办法也无法进入神殿，杨应龙猜到老教主在等四长老，就派人去抓叶小天。叶小天意识到这里要发生大事，来找华云飞和罗大亨，想在大战之前离开这里。
叶小天引开食人蚁，他拼命狂奔，纵身跳下河里，并被水流冲到了一个洞里，没想到老教主竟然也在那里，老教主已经奄奄一息，他拼尽全力教叶小天逃离此地的秘笈，然后被水流冲走。
叶小天一行人离开蛊神教，展凝儿和他告别，她想邀请叶小天去水西，然后再唱歌给他听，叶小天觉得她很奇怪。
三天以后叶小天要和格龙决斗，他心里没底，可是为了夏莹莹他不得不迎战，冬天拿出一瓶吸髓化骨的蛊毒，让他用来对付格龙，叶小天只想取胜，不想要了格龙的命，冬天就拿出一瓶增补元气的毒药，力气能够增加十倍，可是事后会元气大伤，叶小天毫不在乎，可他已经百毒不侵，这个对他毫无作用，冬天又拿出一瓶毒虫，可是毒虫药效缓慢，而且时间很短，冬天亲自教叶小天使用的技巧。
夏大哥强行把夏莹莹带回家，夏父还让人把自己的宝刀抢回来，叶小天不知道发生了什么事，误以为夏家看不起自己地位低下，决定去考个举人回来，罗大亨给叶小天找来一大摞书籍，让他好好研读，可是他很快就睡着了，罗大亨为了让他专心学习，让他选择从头悬梁和锥刺股之间选择一种，叶小天选择锥刺股，却扎在罗大亨的腿上。
徐伯夷来拜见田妙雯，他觉得自己此次乡试答得不错，多亏田妙雯为他争取到了一个名额，徐伯夷感激不尽，他想衣锦还乡回葫县做官，田妙雯让他好好做官，承诺会全力辅助他大展宏图。
夏父从墙头跳下，向乞丐打听夏莹莹的去向。徐伯夷向崔象生举报，叶小天在铜仁居住不到三年，没有资格在这里参加乡试，可王学政惹不起安家，想派他去葫县做典史，正好徐伯夷也去葫县，让他们两个鹬蚌相争。
叶小天和徐伯夷狭路相逢，叶小天故意用马别他，他很不耐烦，前面不远处就到铜仁了，叶小天想尽地主之谊请他喝杯水酒，罗大亨故意刺激徐伯夷，要回葫县请他，讽刺他是衣锦还乡，其实是臭名远扬，徐伯夷气得咬牙切齿。
徐伯夷不但更换了叶小天的衙役，还亲自下了手谕，葫县一切案件先由他过目，就等于架空了叶小天，叶小天整天无所事事，只负责一些办公用品的申领与存档，向典史吏要来徐伯夷的手谕。徐伯夷去调停李家寨和高家寨的纠纷，结果被他们捆起来，王主薄谎称四夫人得了急病，带她去铜仁看病了，其实就是不想掺和这事，花县令只好找叶小天求助。
叶小天让华云飞做向导，他们到青云谷实地考察，想引水为李家寨和高家寨解决水源问题，他们一路晓行夜宿，终于在山谷间找到了一条大河。叶小天回到县衙，已经累得筋疲力尽，徐伯夷对他冷嘲热讽，叶小天却毫不示弱，让他继续绝食祈雨，早晚会饿死在祭台上，叶小天当面揭穿徐伯夷躲在厕所偷吃，徐伯夷气得咬牙切齿。
叶小天在水渠边立了水度碑，李建武，高洋和叶小天歃血为盟，一起向天发誓，竭尽所能维护好水渠。夏莹莹念念不忘叶小天，终日以泪洗面，就连老祖宗的寿辰也无心参加，哥哥们对她百般劝慰，老祖宗一眼就看出她的心事，对她好言相劝，不想看她被蛊神教的清规戒律限制，孤零零一个人过下半辈子，可夏莹莹根本不在乎这些，就想和叶小天在一起，老祖宗心疼不已，想等叶小天想出解决办法再说，夏莹莹无可奈何，也只好听天由命。
夏莹莹每日愁肠百转，派人给展凝儿传信，展凝儿准时来看她，夏莹莹欣喜若狂，迫不及待向她诉苦，拜托她送信给叶小天。罗大亨向哚妮发牢骚，埋怨叶小天不该救出林员外，他迫不得已要去相亲，罗大亨向哚妮要来让人不停放屁的蛊种。
叶小天向哥哥叶小安简单说明了自己被诬陷的事，叶小安心急如焚。罗大亨忙活了一天，也没有打听到有用的消息，只能明天去探监，看看叶小天有没有什么办法。叶小天想从六部找关系，可是犯官们都关押多年，原来的关系早就断了，叶小安给叶小天送来饭菜，叶小天突然灵机一动，换上叶小安的官服逃出来。
义卖会上人头攒动，热闹非凡，关小坤觉得不对劲，国舅爷却不以为然，他被夏莹莹的美貌深深吸引，主动和她搭讪，夏莹莹借口有事赶忙离开，国舅被迷得晕头转向，幻想着和夏莹莹双宿双飞，相亲相爱的场景。
乔百户发誓要彻查清楚，叶小天拜托国子监司业协助调查，尽快查出偷银子的窃贼，司业答应让乔百户和叶小天对看门的进行询问，还查看了出入人员的记录，没有发现任何异常，乔百户怀疑银子还在国子监，想进行彻底搜查，叶小天他们分头行动，连水井也不放过。
罗大亨醉得一塌糊涂，叶小天把他送回四海客栈，刚想回大牢换出叶小安，才知道夏莹莹被夏父带走了，而且是国舅带路来的。叶小天不敢耽搁，立刻去找乔百户求助，才打听出夏莹莹父女被接到国舅府上，叶小天早就看出国舅对夏莹莹不怀好意。
叶小天和夏莹莹深情相拥，一起接受全城百姓的祝贺，叶小天大声向夏莹莹示爱，夏莹莹也向他表达爱意，国舅骑马悻悻离开，夏父大声呵斥夏莹莹，还派哥哥们把她拉下来，叶小天让她先跟着哥哥们回去，答应会一件一件解决困难。
罗大亨和华云飞陪叶小天到吏部上任，王书办带他去办公室，叶小天打听出吏部根本提举这个职位，是特意为他设立的，叶小天不敢掉以轻心，担心其中藏有什么玄机。叶小天闲得无聊，就带罗大亨和华云飞到处闲逛，无意中听说知县白弘为非作歹，鱼肉百姓，就想趁机整治他一下。
国舅听说叶小天用一只手接了公主的礼物，心中暗喜，国舅就拐弯抹角向公主打听叶小天失礼之处，公主对叶小天很满意，因为柯枝国一向认为左手不干净，接送东西都是用右手，公主按照明朝礼仪双手送礼物，叶小天却只用右手接过来，公主觉得他很体贴，国舅气得无语，他本想借此机会惩治一条线，没想到歪打正着他却成了功臣。国舅不服气。
叶小天亲自为公主涮肉，公主大快朵颐，并对此大加赞叹，觉得是来大明最好吃的饭菜，公主向关尚书请教这道菜的名字，他支支吾吾说不出来，叶小天声称这是天下一品太平锅，公主很开心，还特意让随从人员表演了柯枝国的舞蹈助兴。
叶小天了解到户科资料混乱，才导致有人服徭役多次，有人就逃避了，叶小天苦口婆心劝说百姓，承诺三天之内拿出解决方案，他们才离开。徐伯夷让李云聪接替户科司吏，以前的司吏坚决不干，让徐伯夷去找花县令说明情况，否则他坚决不离开。
雅夫人决定帮助叶小天对付徐伯夷，两个人一拍即合，雅夫人很喜欢叶小天收藏的一幅名画，叶小天当场送给她，雅夫人当场作蓝草图作为回礼。雅夫人回到县衙，看到花县令醉得一塌糊涂。
徐伯夷亲自监督衙役们打扫县衙，把里里外外打扫得干干净净，还一一检查，连牌匾的后面也不放过。叶小天决定静观其变，他来找王主薄商议对策，他们俩一起走出县衙，看到徐伯夷在梯子上，就对他冷嘲热讽，徐伯夷大肆吹嘘不但要迎接钦差大臣，还要面见皇上。
徐伯夷让高李两位寨主上台签字，他们临时改变主意，想征得全寨百姓的同意再决定，徐伯夷气得大呼小叫。原来，叶小天把高李两个寨主叫来，冬天自我介绍是蛊神教的十八长老之一的鬼眼天王，而且还认识高李两位寨主的父亲，他们俩深知冬天的厉害，后悔辜负了叶小天，就把徐伯夷答应他们立长官司，世袭罔替，叶小天向他们讲明利害关系，并且承诺给他们世袭罔替。
华云飞鼓足勇气想向陶桃表白，可话到嘴边又咽下去，陶桃让他帮忙搬花草，他再次下定决心想按照罗大亨教的去亲陶桃，不小心被脚下的水桶绊倒了。花县令回到家，雅夫人提出和他一起去看望叶小天，花县令气得咬牙切齿，当场把杯子摔碎，他想除掉叶小天，正好李秋池来投奔花县令，他们俩商量好对策要报复叶小天。
叶小天看到各山寨在山上激烈混战，立刻鸣锣开道上来制止，格龙不服气，对叶小天威胁恐吓，叶小天换上官服，要当场审案，把展，于，黄和格家的代表叫出来询问，还逼他们下跪，他们不但置之不理，还对叶小天怒目而视，戴崇华担心事情闹大，不停地劝说叶小天，展凝儿主动站出来为叶小天解围，可叶小天致赦免她可以不跪，其他人坚决不行。
杨应龙想和田妙雯合作，两个人一拍即合，杨应龙趁机提出娶她做三夫人，就可以名正言顺帮田妙雯在铜仁站稳脚跟，也消除了田妙雯对他的戒心，田妙雯很不情愿，可还是勉为其难答应下来，田妙雯自称自己是田家土司，让杨应龙入赘田家，否则三叔会发难与她，田妙雯答应把家务事处理好再说。
雅夫人极力辩解，可花县令还是认定她和叶小天有私情，雅夫人详细讲述当初找叶小天商议对付徐伯夷的事实，翠儿也替雅夫人作证，花县令埋怨她不该帮着叶小天对付自己，雅夫人断定他赢不过怕叶小天，才出此下策。李秋池找不到住处，出门还摔了一个大跟头，结果正好遇到叶小天，他决定投靠叶小天，为他效犬马之劳。
李秋池向百姓们大力宣传叶小天，希望大家都来刑厅申冤，叶小天等了一天，也没有百姓来喊冤，叶小天写了一封家信，向父母保平安。夏莹莹跟着陶桃学了打算盘，想以后帮叶小天打理家务。
普管家又提出要戴崇华的庄园和船行，而且普家脱离戴崇华，成为自由民，戴崇华很不情愿，可是又担心他临时反悔，只好答应了他的条件。叶小天被逼无奈只好升堂，把戴崇华和张义请上来问话，还给他们座位。紧接着又把普阶押上来审讯，张义当场提出异议，误以为普阶是代人受过，坚持要带蝉儿来当庭对证，提醒叶小天不许偏袒，叶小天赌气想离开，可是张知府却把刑厅包围了。
张知府召集各家土司商议对策，要趁格寨主立足未稳把他赶走，其实张知府还有一点私心，想趁此机会重振张家的威信，也试探一下各家土司的实力，张知府和大家商议武力驱逐格佬寨，土司们都百般推诿，要以和为贵，田妙雯提议趁机让格寨主归顺，土司们纷纷响应，格土司找借口提前离开，田妙雯对张知府冷嘲热讽，他急火攻心当场晕倒。
洛女宁愿去死，也绝不息诉，她知道自己人微言轻，即使皇帝出面也治不了那些人的罪，她走投无路，选择以死明志，叶小天眼睁睁看着洛女自杀而死，也无能为力，洛女临死前的话却句句敲击着叶小天的心，洛女觉得叶小天和那些贪官一样。
张义和四大家族商议今晚夜闯大悲寺，杀掉叶小天。罗大亨想出重金买通侍卫，想进去看看叶小天，可他们做不了主，哚妮想用毒，罗百川急忙赶来，答应帮忙打探叶小天的事，把罗大亨他们打发走了。
张义带队和格寨主展开激战，雨桐和张知府一心盼着张义得胜归来，不但能为张家扬眉吐气，也能趁机狠狠教训田妙雯。今天是张知府的五十大寿，张知府派人通知各位土司，可他们一个都没有来参加。
展凝儿和田妙雯负责断后，掩护叶小天和夏莹莹逃跑，夏莹莹看到御龙举枪对准叶小天，就奋不顾身挡在前面救了叶小天一命，夏莹莹顿时倒在血泊之中，叶小天抱起她不顾一切冲进张府的小角门，夏莹莹拼劲最后一口气，向叶小天表明心意，她终于像展凝儿一样保护了叶小天一次，叶小天紧紧抱住夏莹莹，眼睁睁看着夏莹莹死在他的怀里，叶小天痛不欲生。
文先生及时赶到，趁乱把张义制服，张府的官兵溃不成军，全部躲进张府不敢露面，御龙带队躲进老宅，文先生下令把张府团团围住，戴崇华随后带兵赶到和田妙雯汇合，展凝儿看到叶小天安然无恙，也就彻底放心了。
叶小天给田妙雯提出的最后一条要求就是让她把一封信转交朝廷，让九侗八十一寨的山民瑞菊叶小天为大万山土司，并且辞去蛊神教教主的职务，田妙雯爽快地答应下来。文先生很快把御龙押来，田妙雯亲手把他带到夏莹莹的灵前，还把雨桐和张义一起带来，让他们自刎谢罪，雨桐坚决不干，举刀刺向叶小天，华云飞及时站出来制服他，御龙被逼无奈自刎谢罪，张义自愿替雨桐去死，他随后自杀身亡，雨桐刚想杀死叶小天，被华云飞一刀毙命，叶小天终于为夏莹莹报仇雪恨。
