故事的背景是在不太遥远的未来。世界各地突然出现五个 "黑点"，作为通往平行世界的门户。紧接着，奇怪的生物开始从这些门户入侵。这些生物是五个世界的居民--不同时间段的相同世界。为了确保他们自己的未来时间框架能够生存下去，五支入侵部队各自为战，将其他未来时间框架消灭掉。关键是一个卡片状的装置。
一支神秘的军队毫无征兆地出现在神户。紧急状态被宣布，Z/X和Z/X之间的激烈战斗开始了。Azuma Tennoji与他的伙伴Z/X Fierte一起战斗，保护他心爱的神户。
Ayase Kamiyugi和她的黑色Z/X，Sieger，正在追捕从天而降的天使。Azuma努力地保护她，但这使他自己的生命处于危险之中。就在他认为这就是结局的时候，他听到了他遇到的那个神秘女孩的声音。
Ayase Kamiyugi和Sieger非常凶猛地攻击Fierte和Azuka Tennoji。Azuma没有Z/X的战斗经验，所以他对对手的老练束手无策。就在一切似乎都已失去的时候，一个以美女形式出现的战斗服Z/X出现了，并帮助了Azuma和Fierte。
白色世界的十二使徒天使之一，水瓶座Gambriel，突然出现在Azuma面前。但Fierte对这个应该是朋友的人的出现感到不安。与此同时，与Gambriel不同的一群天使正在拼命寻找他们所谓的天使杀手，一个身穿黑色Z/X的女孩。
Asuka得知今天是Aina的生日，要求在场的所有人做一个蛋糕。 但是Ayase和Azumi以及其他女孩都没有做过。Brocollo咖啡馆的厨房里一片混乱。与此同时，一道阴森的目光正注视着她们......
Chitose Aoba和她的伙伴Z/X Rindoh逃离了东北的军事基地，并跑到九州的福冈去避难。在那里他们找到了一个人类和Z/X携手共进的天堂。他们遇到了一个叫Sera Kurashiki的女孩。
在与Aina发生了令人震惊的事件后，Azuma试图修复他与Aina的关系。但是Aina对他关闭了自己的心门，并且在躲避他。与此同时，Riguel和Azumi以及Ayase和Suiger正在与一个未知的敌人作战。
Alexander和Mikado Kurosaki的部队占领了神户，城市里到处是坦克和军队。与此同时，Asuka寻找隐藏在城市某处的怪物Audium。
Ayase Kamiyugi被称为 "天使杀手"，因为她多次攻击天使。1月7日，她发誓要向杀害她家人的天使们报仇。她访问了他们死亡的地方，她黑暗的过去被揭露了。
Riguel用完了让她的伙伴Azumi的疾病得到控制的药物，并返回蓝色世界去获取更多的药物。在那里，她了解到关于Azumi和蓝色世界之间关系的一个令人震惊的事实。当她在Azumi和她对蓝色世界的忠诚之间纠结时，她遇到了一个看起来和她一样的战衣。
Audium出现在Azuma和Mikado面前，发出可怕的哭声。Alexander认为她是一个值得尊敬的对手，于是发动攻击，用他至高无上的力量压倒了她。当他要结束她的时候，Audium的真面目被揭露了。
Odium已经变成了一个巨大的怪物。为了拯救他的朋友们，Asuka Tennoji在最后的绝望中攻击她。Ayase、Azumi、Chitose、Ayano和Mikado各自希望在这场战斗中获得不同的东西。Asuka Tennoji将创造怎样的彩色未来？
