世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至近代之时，不死的怪物突然出现。被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭，被它啃咬的人似乎也会在死过一次之后复生，并开始袭击人类。之后被称为卡巴内的这些怪物爆发性地增殖，并覆盖了全世界。远东岛国日本的人们，为了对抗卡巴内的威胁而在各地建造名为“驿”的城寨，并困守在其中，想方设法残存下去。能够在驿之间来往的只有装甲蒸汽机车（通称骏城），驿之间通过各自生产物的融通，总算是保证了生活。住在以炼铁和蒸汽机的生产为业的显金驿的蒸汽锻冶少年，生驹。他为了打倒卡巴内，开发出独自的武器“贯筒”，同时期盼着有朝一日能够发挥出自己的力量。某天，穿越前线的骏城之一甲铁城来到了显金驿。为了车辆的清扫整备而被召唤的生驹，目击到了从义务性的卡巴内检阅中被免除的不可思议少女。当晚，生驹与自称为无名的那位白天的少女再会，此时骏城突然暴走并突入了显金驿。乘务员全灭，而且全部变成了卡巴内！卡巴内从显金驿中溢出。如同要从被恐慌袭击的人浪中逆行一般，生驹奔跑着。这一次不能逃避，我要用贯筒打倒卡巴内！于是，为了成为真正能闪耀光辉的男人，生驹的战斗开始了。
不死的怪物——卡巴内袭击了顕金驿。在顕金驿生活的蒸汽工匠少年——生驹，逆着东逃西窜的人流跑了出来。打算用他秘密发明的武器——贯筒，来和卡巴内战斗。为了他自己的过去，和尊严。
终于得救的生驹朝着显金站唯一剩下的骏城——甲铁城前进。另一方面，在死尸中幸存的昌蒲他们的面前出现了一个无名少女。少女凭借着无与伦比的战斗力朝着甲铁城杀出了一条出路。
逃出显金驿的甲铁城，朝着幕府的要害——金刚郭驶去。但是，甲铁城的人们早已内部对立，把身为卡巴内利的生驹他们驱赶出去。成为临时领导的菖蒲对此事并没有平定之力……。
生驹和无名被民众关在了最后一节车厢。这意味着甲铁城的战力遭到了削弱。正在此时，人们遭到了卡巴内的袭击。然而在那之中，还存在着历经战斗而变强的卡巴内——瓦萨托利……。
八代驿被卡巴内吞噬，甲铁城捎上了那里的幸存者。榎久——无名的老相识，也在幸存者当中。他指出开始融入甲铁城的无名变得软弱了。无名变得焦虑，自己选择了鲁莽的战斗，并陷入困境中。
巨大的卡巴内聚集物——黑烟出现在前方，甲铁城陷入僵局进退不得。另一方面，生驹和无名坠入废弃驿站的底部。周围全是卡巴内，无名被压于瓦砾之下，已是救援无望的绝望状况。即便如此，生驹仍然继续前进。
自从出了顕金驿以来，甲铁城第一次到达了有人生活的驿站——倭文驿。生驹等人出去采购，体验到了相隔许久的平安。另一方面，菖蒲去倭文驿就是否能分些食物进行交涉。然而，无论哪个驿站，食物都异常珍贵……
无名所景仰的兄长大人，是率领猎捕卡巴内的特殊部队——狩方众的美马。然而，对于这个人人都歌颂为英雄的美马，生驹并不相信。因为，他正是把无名变成卡巴内瑞的元凶。
甲铁城到达了去往金刚郭的最后一个要塞——磐户驿。幕府因警戒着汇集了民众声望的美马，想要关闭去往金刚郭的道路，但是美马请求与磐户驿的领主进行会谈…… 终于，美马和狩方众的倒幕开始了。
甲铁城与克城相连，逞生他们身处狩方众的严密管理之下，被强制采集血液。在绝望的人群中，生驹没有放弃，策划了反攻作战。为了自由、尊严，为了挽回无名。
美马终于实现了与父亲——现任将军兴匡相隔10年的再次会面。他在背地里一直准备着无名的鵺。另一方面，生驹总算保住一命，但丧失了自信和勇气、内心感到害怕而蜷缩成一团。生驹就算看到卡巴内，也仅仅只是感到害怕……
在美马的计略，以及化身为鵺的无名和流入的卡巴内之下，金刚郭开始崩坏。此时，生驹到达了那里。再次改造了自己身体的生驹，为了拯救无名，踏入了全是敌人的金刚郭。
