为人聪明圆滑的韦小宝（陈小春）因义气帮助“反清复明”组织天地会击退清兵后，稀里胡涂接受该组织命令潜入宫中做了未净身的假太监，准备伺机偷取藏有清朝秘密的四十二章经。偶然结识微服的康熙皇帝（马浚伟）后，两人成为莫逆之交。宫廷之内，鳌拜欲篡位夺权，邪教组织神龙教将真正的太后软禁，并派人假扮起太后，目的也为伺机盗取四十二章经。韦小宝凭借聪明机智开始周旋于众人之间，一面帮着好兄弟康熙的忙，一面想着怎样为天地会做事。但在义和利之间取舍时，韦小宝没忘风流快活，先后有建宁、双儿、木剑平等七个女人投进他的怀抱，而她们吃起醋耍起泼来，也着实让他头疼不已。
公元一六六一年，顺治帝驾崩，太监海大富为了要追查荣亲王、董鄂妃、孝康皇后及贞妃的死因，在宫中一查便查了十年，终于得知关键人物太监陈文亮正避藏在扬州，便带同小桂子到扬州，寻找陈公公。韦春花出身青楼女子，与儿子韦小宝相依为命，小宝聪明伶俐，但为人口甜舌滑，乃市井之徒，和丽春院的倒水杂役陈光臭味相投。陈光见海公公来到扬州，心知不妙，连夜离开，还着小宝替他取回小木盒，海公公见小木盒，要胁小宝带他往找陈光，原来陈光就是陈文亮。
陈光向海公公说出当年宫中所发生的冤案，海公公强迫他回宫作证，但陈光宁死都不再回宫。双儿为了替义父陈光还债，被丽春院逼良为娼，幸得庄家三少奶收为婢女，偿还债务。吴之荣因为贪赃枉法被革职，一日到庄家想谋取私利，但庄老爷只赠予湖州三宝──蚕丝、毛笔及《明书辑略》。吴之荣得不到好处，发现《明书》中仍采用明崇祯年号，为了恢复官位不惜诬陷为反书。
双儿见吴六奇饥寒交迫，温柔地带他回家避雨和吃饭，六奇誓言会报一饭之恩。吴之荣得到鳌拜背后支持，令到庄家三十多人含冤入狱，而小宝正要设法救双儿，在狱中巧遇茅十八。小宝涉嫌协助茅十八越狱，被官府追捕，春花为了儿子的安全，吩咐小宝暂离扬州。庄家一行三十多人被下令押往京城受审，小宝请求茅十八上京拯救双儿。康熙宅心仁厚，劝鳌拜为苍生想从轻处理庄家一案。
小宝到京遇上女扮男装的沐剑屏和方怡，双方发生冲突。海公公藉词试探瑞栋是否会使用化骨绵掌，交手之下才知瑞栋幕后还有主脑。鳌拜认为康熙只是个小皇帝，不听劝告，自作主张处决庄家各人，小宝得知便和茅十八赶往刑场，巧遇天地会一群反清义士也到刑场，欲行刺鳌拜。鳌拜已预料天地会会劫刑场，早设下天罗地网。天地会青木堂的尹香主在此役中身死，舵主陈近南得到吴六奇相助，死里逃生。沐王府成功地将吴三桂送给鳌拜的金银财宝夺走，而刘一舟乘机把一金钗偷走，转送给方怡以博取欢心。
海公公擒得茅十八及小宝查问来京目的，为斩草除根欲杀二人，小宝暗中在他的药中加重分量，令他变成瞎子，并将小桂子杀死而冒充他来服侍海公公。康熙见罗刹国大炮威力无穷，欲借助汤若望之力制造，设法让鳌拜释放他。鳌拜和苏克萨哈在处理汤若望事件上有严重分歧，鳌拜心感不满。小宝偷入练功房巧遇小皇帝康熙，在不知他是皇帝的情况下教训他一顿，康熙也自称小太监小玄子与小宝结交，一起玩摔跤。
建宁公主自小娇生惯养，深得太后宠爱，康熙也忌她三分，她亦以小宁宫女与小宝做起朋友来。一日，建宁欺负小宝，茅十八为拯救小宝而被侍追杀，混乱中茅十八离开皇宫，小宝则被海公公带回房中。鳌拜为了铲除异己，强逼康熙把苏纳海、朱昌祚及王登联三人处斩。小宝受海公公吩咐到上书房偷取四十二章经，始知小玄子即当今皇帝。苏克萨哈请辞避守皇陵，鳌拜知道他与康熙合谋逼他还政，诬告他造反，逼康熙赐死他。
康熙与鳌拜在处理苏克萨哈一事有严重分歧，引起鳌拜的愤怒，幸得小宝机智把鳌拜的气焰消除。小宝得罪鳌拜有杀身之祸，幸他口甜舌滑哄骗鳌拜得以脱身。鳌拜不满康熙维护苏克萨哈，为了显示自己的势力，以及给康熙一个下马威，私自把苏就地处决。同时， 鳌拜一方面诈病不上朝，另一方面又大宴亲信，上演一幕龙袍加身，企图谋夺帝位。康熙深知也无可奈何。
康熙为了让鳌拜以为他于逸乐，不闻朝政，于是寄情摔跤，而小宝只好陪伴在侧。建宁公主在宫中无理取闹，令到宫女及侍退避三舍，一日看见小宝经过，强逼小宝一起玩，且烧了他的辫子，小宝气愤下痛打建宁，但建宁非但不怕反而欢喜，原来她有被虐狂。康熙看见鳌拜对自己戒心消除，认为是消灭鳌拜好时机，于是和小宝突袭鳌拜，并讹称鳌拜行刺皇上被擒。太后得知小宝擒拿鳌拜有功，升为六品首领太监，但小宝正等待机会离开皇宫，对赏赐不觉兴奋。
鳌拜欺君犯上被监禁，康熙下令抄家，并派小宝与索额图到鳌家寻找四十二章经。索额图为巴结小宝，与他结拜，又令小宝从中获得锋利的小刀及护甲衣两件宝物。小宝梦到自己开妓院，开心得哈哈大笑，醒来见海公公一惊。海公公道出汤中下毒，逼小宝说出谁指使他潜伏自己身边。入夜，海公公到慈宁宫找太后，告之有关顺治帝在五台山的消息，且查明瑞敬皇后及荣亲王是被太后所杀，于是双方大打出手，两败俱伤，小宝乘机把海公公杀死。太后欲杀小宝灭口，幸康熙适时出现。
鳌拜在牢中经常胡言乱语，康熙恐怕鳌拜之余党反抗，暗示小宝将鳌拜消灭，当小宝正在暗杀鳌拜之际，巧遇天地会也前来刺杀鳌拜。小宝在误打误撞之下，将鳌拜杀死，却被天地会众人捉走。小宝在天地会青木堂内遇到茅十八，才得以保存生命。康熙知道小宝被捉，非常震怒，逼康亲王及索额图尽快寻回。总舵主陈近南看见天地会众兄弟，为了争夺香主之位而内讧，于是收了小宝为徒，并让他继位青木堂香主。
小宝毒发，陈近南为他施内功逼毒出来，小宝感激不尽。小宝藉词出宫打听鳌拜余党，乘机散心，但被建宁公主得悉，威迫小宝带她一起离开皇宫，小宝无奈答应。建宁公主刁蛮任性，令到天地会误会将她打伤，小宝因而被康熙责骂。 天地会布下天罗地网，想把吴三桂之子吴应熊杀死，后因沐王府的白寒枫和白寒松阻止，天地会惟有将计划搁置。天地会徐大川与沐王府双白因为谁是光复大业的正统而引起争执，导玫徐大川伤重垂危，白寒松丧命。天地会认为沐王府为了寻仇而将徐大川捉走，于是冲入沐王府把沐剑屏带走。
三藩藩主自请撤藩，康熙心知他们用意佯怒拒绝。小宝藏剑屏于宫中，为恐建宁发现，诈称见海公公鬼魂骗她回寝宫。应熊作客于康亲王府，其手下皆武功非凡，王府中人挑衅亦忍让，小宝佩服并暗中笼络，众人企图在赌桌上笼络小宝。小宝无意中发现齐元凯买通王府下人得一本四十二章经，于是他轻易盗去经书，回宫后将在王府所见告诉康熙，康熙从中猜测吴三桂已秘密上京，且有意谋反，着小宝找机会查探其虚实。
太后欲以配婚平息三桂谋反之心。建宁告诉太后小宝曾见海公公鬼魂，太后决杀小宝免有后患，但反被小宝所伤。剑屏闻刺客用其沐王府中暗号，并求小宝带方怡回房内疗伤。小宝为方怡疗伤仍不忘调戏一番。太后派瑞栋杀小宝，反被小宝所杀并取去他身上的四十二章经。太后又派太监骗小宝至其寝宫欲杀小宝，却被他机灵悉破，终要亲自下手，小宝讹称己得悉太后秘密逼使太后放手。康熙问小宝杀刺客的经过，小宝顺势称赞康熙教导武功有方，康熙推测刺客非平西王府中人。
康熙教小宝拿证物敲诈吴氏父子。小宝一时贪玩，竟要三桂服侍骨，三桂露出杀机。小宝戏弄三桂回宫禀明康熙，并用部分应熊所赠之银收买人心。沐剑声救出徐天川，却要天地会为天川误杀自寒松一事作出交代，小宝以香主身分答应救出沐王府刺客以抵天川之过。康熙欲放走刺客以引出主谋，小宝顺水推舟救出刘一舟等三人，可惜中途遇到建宁，建宁带走一身太监打扮的一舟，及发现一舟非太监时，施以酷刑当玩意，幸得小宝相救出宫。
近南抵京探望小宝，沐王府人等为答谢天地会相救与近南见面，惜双方各为其主，为太子正统问题再起争拗，场面一触即发。近南提出先杀三桂的一方就可号令另一方手下恢复大明的协定，众和议。小宝向康熙说出刺客之主谋及嫁祸太后所派的太监，康熙带小宝向太后请罪，太后借故留下小宝在身边。太后派柳燕跟小宝回房取四十二章经，方怡刺毙柳燕后与小宝、剑屏出宫，却遗下订情的珠钗，小宝回房取钗时发现柳燕的断脚并未化去，决用来吓太后，却意外偷听到太后与师兄的对话。小宝乘机偷走三本四十二章经，却见到了正前来盗经的宫娥陶红英。
小宝打算向康熙讲出真相后便离去，于是将出身到入宫及至发现真太后，一一告诉康熙，康熙得知太后秘密后大怒，与小宝窥探太后，果然发现死去的宫女为男人所扮。康熙为怕打草惊蛇，只派小宝到五台山找顺治帝。建宁突出现，康熙因太后的事迁怒建宁，建宁大发脾气，捣乱御厨。小宝藉出宫带走方怡及剑屏，托天地会的人护送二女到石家庄，分手时三人依依不舍。
小宝与方怡及剑屏分手后，途中遇险得陶红英相救，并告知神龙教与四十二章经的秘密。一舟发现方怡的心倾向小宝，决杀小宝，却反着了小宝道儿，更在众人面前出丑。天降大雨，众人入破庙避雨，一舟见方怡与小宝态度亲昵，一怒打断木柱，破庙倒塌。小宝等人到庄家鬼屋避雨遇章老三，章老三向他们打听桂公公下落，一舟为自保说出小宝即桂公公。小宝讹称受太后指使上五台山，又说太后杀了柳燕及其师兄，章老三信以真。
小宝与沐王府等人被章老三捉，幸获庄家众「女鬼」相救，且重遇双儿，但方怡、剑屏却为章老三掳走，要小宝带四十二章经往神龙岛换人，三少奶为报恩亦将双儿终生交托小宝。小宝二人路上遇贼喇嘛，得知他们欲往五台山清凉寺找顺治麻烦，遂赶上营救。小宝乔装善信要亲手赠寺内众僧礼物，却不见顺治影。巴颜率众喇嘛藉口要找被擒小喇嘛实捉顺治，被小宝使计，再合双儿、行颠及澄光之力制服。玉林示意澄光释放巴颜，又拒绝小宝见顺治，小宝担心顺治安危，决半夜潜入「偷」走顺治。
巴颜率数十喇嘛折返要烧清凉寺，幸少林寺四大金刚及十数罗汉赶至，将他们击退。顺治交小宝四十二章经，其转交康熙，并要他紧记「永不加赋」四字。小宝与双儿下山时遇胖头陀，小宝被擒及被迫交出经书，幸四大金刚及众罗汉相救，并沿途护送返京。小宝将顺治的四十二章经收藏在京城一客栈内，又带双儿游市集，却误上「贼轿」，被抬往郊外。小宝与方怡重遇，方怡谓剑屏正在「神仙岛」等候小宝，小宝不虞有诈答允一同前去接剑屏。
小宝三人乘船至「神仙岛」，却误被蛇咬中毒昏迷。小宝为陆高轩所救，暗叫大命，未料这是圈套，暗方怡出卖自己。另边厢方怡与剑屏认为小宝贪生忘旧，曾用经书换取双儿性命，但对二人却置之不理，出卖他也是他自找的。高轩发现胖头陀误信小宝胡言，为保性命，二人逼小宝彻夜将蝌蚪文的「译本」背诵。神龙大殿上，小宝赫然发现穿教服的方怡、剑屏。教主夫人苏荃为四十二章经一事要赐死钟志灵，志灵反抗，并在空气中下毒，众人顷刻纷纷倒下。教主洪安通勉强将志灵杀死，高轩指使小宝杀安通与苏荃。
小宝决定救安通二人，安通封他为新白龙使。小宝答应设法带方怡、剑屏离开，遂自告奋勇为安通找经书，安通、苏荃更传授他六式武功，小宝要求带方怡二人同行。小宝重遇双儿，正喜可同三位老婆离开，未料苏荃只派高轩及胖头陀随行。方怡和剑屏以为小宝再次抛弃她俩，既伤心又失望！京城内，小宝将高轩二人和双儿分别安顿，自行入宫。小宝向康熙报一切，遇建宁闯入，康熙揭穿小宝并非太监。建宁死缠小宝被太后撞破，小宝被抓，太后欲杀之。
太后发现小宝正是新任白龙使，立刻俯首听命。康熙要小宝上少林寺当和尚，小宝烦恼！索额图等人以为小宝正担忧「假太监」身分被悉破，决将错就错要将他阉割，幸多隆在紧急关头出现。小宝被封副都统，与双儿等大队人马上少林寺，沿途却被跟踪。王屋派偷袭军营被制服，小宝见曾柔美貌顿生好感，特意放走各人，令曾柔对他生出爱慕之心。小宝从元义方处得知王屋派要造反，派人通知康熙。小宝被毒蚊咬，弄至全身痕痒痛苦不堪，曾柔暗中赠药双儿，却令小宝误会双儿「移情别恋」，派人将女扮男装的曾柔擒住并毒打。
双儿将曾柔一番情意相告小宝，却遇司徒伯雷为曾柔被擒上门寻仇。伯雷与小宝订下三年之约，曾柔惟有暂别小宝。小宝见离出家之期不远，尽情与众人饮酒赌钱，突然看见远处的阿珂，惊为天人。小宝在绸缎庄遇阿珂后，被她的美貌迷惑，发誓要娶她为妻，而小宝代康熙上少林寺削发为僧，把双儿暂居于绸缎庄。阿珂与师父九难师太相依唯命，但阿珂却得不到九难爱护关怀，还诸多指责，令到她非常不快乐。小宝在少林寺法号为晦明，与方丈是师兄弟，地位超然。小宝觉得无所事事便下山找双儿，与双儿在河边嬉戏的时候，阿珂误会小宝是淫僧。
小宝重遇阿珂开心不已，还说要娶她，令阿珂对他非常痛恨。阿珂三番四次被小宝轻薄，转告九难又被她责骂，一时感怀身世便自寻短见，幸好被郑克塽救回，并安慰她不要轻生，又说帮她上少林寺找小宝讨回公道。阿珂被克塽的风度翩翩所吸引，而克塽他倾慕阿珂美色。小宝为免阿珂杀他，缠着澄观教他解招式。阿珂带克塽上少林寺找小宝，不敌少林寺武功，阿珂被打晕，而克塽则逃离少林寺。
本来小宝想乘机轻薄阿珂，阿珂不从只好放她下山，但他发誓一定要娶她为妻。克塽不知阿珂已下山，带同蒙古王子葛尔丹和巴颜上少林寺救阿珂，而小宝以他的聪明才智，令克塽等人知难而退。圣旨到，原来康熙命令小宝上清凉寺当主持，实则是保护顺治。五台山的清凉寺被数千名喇嘛包围，目的是活捉行痴大师(顺治帝)，小宝只好施行金蝉脱壳之计，假扮喇嘛带行痴等人逃离清凉寺，半途遇上微服出行的康熙。
顺治经不起康熙的苦苦哀求，父子终于相认，而顺治亦将四十二章经的秘密告诉康熙，叮嘱他要做个好皇帝。康熙在殿内参拜时，九难来刺杀他，幸得小宝舍命相救，被九难劫走。小宝为了脱身，再次利用刺杀鳌拜之事说服九难。适逢每年三月都是明崇祯的死忌，于是九难便带小宝去京城，上煤山拜祭崇祯。康熙为半个月都未能找到小宝下落，怒责明珠、索额图等四人，更设定时限要他们办到。建宁无意中知道小宝出事，逼索额图等详细讲出，更向康熙透露自己喜欢小宝，要他尽法救小宝。
九难和小宝潜入皇宫，九难逼太后说出四十二章经的秘密，二人更大打出手，九难将太后的化骨绵掌转移到她身上，太后为了自救，说出她是明代后人毛东珠，真太后被她软禁。九难发现四十二章经的封面内藏有细小羊皮，必须集齐八本才能并出完整地图。九难带小宝来到崇祯陵墓，再遇阿珂，九难知阿珂不喜欢小宝，故意处处维护小宝，令阿珂非常生气。双儿四处寻找小宝不获，而小宝得知九难是阿珂的师父，对她照顾周到，深得九难喜爱。
小宝为求接近阿珂，请九难收他为徒，九难欣然答应。巴颜带三名喇嘛围政九难，逼她交出四十二章经，九难不敌幸得小宝略施小计，把三名喇嘛刺死，不过九难亦身受重伤。小宝等人在途中巧遇克塽，克塽说自己是台湾郑家二公子，更邀请九难同共赴河间府出席「杀桂」大典。不过，巴颜的师兄桑结追上九难，因九难伤势还未复原，于是小宝便在桑结的酒里落了蒙汗药，乘机逃走，但桑结亦步亦趋，终于九难等人不敌，小宝便将毒粉撒落在经书中，令桑结中毒，避过一劫。
小宝将化尸粉撒落经书上，桑结中毒后自断一臂离去。九难等人参加「杀桂」大典，推举各省盟主，陈近南则成为总盟主。小宝与青木堂等人戏弄克塽，又乘机卖弄英雄救美本事。多隆找到小宝，小宝借多隆之手欲除掉克塽得阿珂，多隆捉克塽并设计让小宝与阿珂成亲时，杨溢之等人扮「生蕃」至，又捉走了克塽，后得冯锡范救出，阿珂知道是小宝所为，更憎恨小宝。锡范言谈间开罪了九难，九难怒嘱小宝、阿珂不得再与克塽等人来往，并与二人回京。
多隆因赶路加上内伤，回皇宫后即晕倒，众人以为小宝已死，康熙等伤心拜祭。小宝回宫，众以为见鬼。小宝向康熙提议借他人之手除三桂。小宝与康熙借意搜太后寝宫，毛东珠落荒而逃，真太后获救。小宝乘机取走一本四十三章经及羊皮。建宁因被赐婚嫁与吴应熊而大吵大闹，康熙派小宝做随行赐婚使，实则要他找回三桂的四十二章经。锡范诬蔑近南背叛郑王并下手暗算，小宝见近南不敌，暗中撒出石灰粉吓退锡范，天地会人劝近南及早脱离郑家及两公子之斗争。
小宝取出六本经书，将内藏的羊皮全部取出，又将假羊皮放入。其后，康亲王找小宝商量仿制经书，好向康熙交差，小宝于是做个顺水人情。事成后送小宝一座子爵府作谢礼，小宝大喜。九难决随小宝往云南。小宝护送建宁到云南途中被建宁用蒙汗药迷倒，醒后发觉赤身被公主捆绑及施以酷刑，九难为救小宝掷阿珂入房，阿珂掩面救小宝后即离去。小宝松绑后还击，建宁施媚功求饶，小宝终受不住引诱与建宁一夕风流。建宁要胁小宝杀应熊，小宝敷衍答应。
小宝到云南后见三桂，明知故问地戏弄三桂一番，并乘机敲诈一笔。小宝命天川、玄贞二人查探溢之下落，终发现溢之已被三桂割去四肢、双眼及舌头，以免他泄漏谋反一事，小宝大怒。另外，天川等人掳来蒙古使者罕帖摩，小宝探出三桂联合蒙古、西藏、罗刹国及神龙教，四路夹击谋反。小宝趁游逛平西王府时，对府内各陈设加以批评，暗示三桂谋反之心，三桂再动杀机。小宝在书房无意中发现暗格，乘机将内藏的正蓝旗四十二章经掉包。应熊借救火之名搜罕帖摩，小宝将计就计。
三桂为应熊冒犯建宁一事张罗，却发现原来应熊被阉乃建宁阴谋，誓要报仇。小宝得知阿珂行刺三桂被擒，向九难求救，被拒绝。小宝藉词探望三桂，后又要见刺客。小宝赫然发现被囚禁的竟是剑屏，遂使计将剑屏带走。剑屏忆述离开神龙岛后，再遇剑声、大洪等人，正商量对付吴三桂之计时，却被三桂手下擒获。至此，小宝知已中三桂圈套。三桂安排一舟揭穿小宝计谋，小宝机智地应付过去。小宝接到救阿珂的字条即赶往，原来接见小宝的正是陈圆圆。圆圆道出自己的过去及阿珂的身世，小宝庆幸阿珂乃三桂女儿，应可保命。
三桂布下重兵围捕小宝等人，九难出现解困。三桂与自成决斗时将圆圆劈伤，幸九难及时制住。小宝以三桂交换阿珂等人质，再「请」应熊陪同返京。小宝与各人分道扬镳至一小镇，得一艳丽寡妇招呼，小宝心神荡漾。原来是三桂设下的陷阱，幸得曾柔及时相救。三桂逼圆圆自行了断，自成不惜冒险抢救圆圆，逃走中在破庙遇到阿珂，被她痛骂且不肯相认，追兵至，自成牺牲自己救阿珂，圆圆看见自成已死亦自杀身亡，阿珂大受刺激，把一切不如意事情全部推到小宝身上，并发誓要将小宝置于死地。
阿珂、克塽和冯锡范在赌场伏击小宝，幸得双儿及吴六奇相救，小宝与六奇重遇，互相印象改观变成好友。瘦头陀遇到自己亲生女儿建宁公主也不能相认，还要向她下跪请安，心中不是味儿。小宝进入一间妓院寻欢作乐，原来这间妓院是天地会的柳州分舵，小宝遇到师父陈近南。吴六奇与双儿投契结为谊兄妹，而近南冒着生命危险到台湾拜见郑王爷，小宝告诉师父有关四十二章经的秘密，希望阻止他去台湾，但近南坚持，小宝依依不舍。
九难知小宝并不是练武人才，于人传授「神行百变」的轻功，同时吩咐他要善待阿珂。康熙借助外国人的科技，成功制造出大炮，并下令小宝歼灭神龙教。双儿成功把藏宝地图砌成，藏宝地点就在关外的鹿鼎山。施琅善打海战，小宝知人善用，向康熙征用施琅去攻打神龙岛。小宝从水中救起瘦头陀，知道神龙教发生内讧，于是小宝以通吃岛为军事基地作指挥，把神龙教打得落花流水。
苏荃以方怡做鱼饵，活捉小宝，幸好被双儿救出脱险，二人逃到关外，看到罗刹人杀害村民，非常气愤。小宝误入罗刹人的城堡，偷听到神龙教教主与罗刹人密谋作乱，要从天津政打大清，令到小宝非常担心康熙的安危。小宝在密室中遇上罗刹国的公主苏菲亚，而小宝当清朝大官的身分亦被洪教主揭穿。小宝以口甜舌滑，骗得罗刹公主信任，洪教主不忿地离去。罗刹沙皇驾崩，苏菲亚被软禁不得回国。
小宝略施小计，令苏菲亚回国并做了摄政王，小宝玉成罗刹国与大清建立的邦交，从此两国互不侵犯。小宝再立下大功，被册封为一等忠勇伯。三潘再次上书要求削藩，吴三桂目的是藉着削藩而起兵作乱，康熙知道便与小宝串谋，令朝中大臣因吴三桂密谋作反而赞成削藩。康熙为了令老百姓心悦臣服，于是派小宝去扬州建忠烈祠；另外，为了削弱吴三桂旧部属重投怀抱，要小宝派兵围剿王屋派，小宝找来赵良栋献策，欲七擒七纵王屋派。
吴应熊想骑云南飞马逃离京城，于是与小宝打赌赛马，小宝为了取胜给飞马吃了巴豆，令到飞马肚泻不能奔驰，错有错着地把应熊活捉，令吴三桂不敢轻举妄动。 小宝到王屋山，希望劝服司徒伯雷答应假降满清，不过，吴三桂早一步派了巴朗星招揽伯雷助他消灭大清，然后自己做皇帝，伯雷不从被杀。小宝到扬州建忠烈祠，见吴之荣当了扬州知府，暗中盘算如何捉他去见庄家少奶。
小宝回到丽春院见春花，巧遇克塽与阿珂，原来二人约了桑结与葛尔丹共谋造反。 小宝使计迷倒二人，又化解了与桑结二人的恩怨，且三人结拜成兄弟。苏荃率众来擒小宝，反被他迷倒。苏荃、阿珂、方怡、剑屏、曾柔、双儿六女云集丽春院，小宝大喜，与她们大被同眠。事后，阿珂宁死不屈，小宝伤心地让她与克塽回台湾。双儿为了安慰小宝，特意去买汾酒牛肉给他吃，赫然见吴之荣押解犯人经过。
吴之荣想用「文字狱」陷害顾炎武和吴六奇，小宝为了要替庄家报仇及保护天地会，反诬告吴之荣帮吴三桂谋反。小宝接到圣旨要回京覆命，只好与春花分别。而阿珂跟郑克塽回台湾后，发觉身怀六甲，克塽厚颜无耻，不惜借阿珂腹中块肉封王。小宝在押解吴之荣到庄家鬼屋途中，遇上归氏一家，于是小宝欺骗他们，自称是吴三桂之侄，协助三桂反清复明，归氏一家上当，被小宝迷晕，而庄家亦大仇已报，吴之荣罪有应得。
小宝知道归氏三人要行刺康熙，因此画了密函通知康熙小心，但归氏一家在皇宫找不到康熙，于是胁持小宝去刺杀康熙，误打误撞下替太后杀了毛东珠及瘦头陀。康熙揭穿小宝是天地会韦香主身分，要他出卖天地会，小宝进退两难。此时，归氏一家佯装被擒，突袭康熙，小宝挺身相救。康熙念及小宝与他深厚交情，放小宝一马，但已布下天罗地网炮轰天地会及沐王府等人，小宝为了拯救天地会兄弟，不惜违抗圣旨，与建宁夹计逃出皇宫。
小宝与天地会和沐王府一众逃离伯爵府，再分散逃走。小宝逃走期间遇到神龙教教主追杀，苏荃因为有了小宝的骨肉，于是背叛洪教主。神龙教内讧，洪教主被杀。小宝带同苏荃、建宁、曾柔、方怡及剑屏，逃到通吃岛避难。一日，陈近南、双儿和郑克塽、冯锡范来到通吃岛，阿珂得悉克塽会对小宝不利，于是赶到通吃岛。不幸，陈近南被郑克塽偷袭身亡。小宝答应过师父不杀郑克塽，只好要他写下巨额欠单后放他回台湾。小宝得知天地会奸细原来是风际中，双儿为救小宝枪杀了他。
康熙要小宝消灭天地会，小宝宁愿留在通吃岛也不回京城。阿珂、苏荃及建宁为小宝生下两子一女。吴三桂被平定，郑克塽归降，康熙再次传召小宝回京。茅十八误会小宝杀了陈近南及风际中，于是追杀小宝。而康熙擒得茅十八，要小宝亲自监斩茅十八，还以小宝妻儿十口要胁。小宝为了拯救茅十八，不惜逆旨，用偷龙转凤方法，以冯锡范代替茅十八受斩。小宝为免左右做人难，决定率妻儿离开京城，建宁自恃是公主，说要向皇帝求情即可解决事情， 小宝怒极揭穿她非太后所生。
建宁知道自己是毛东珠和瘦头陀的野种，非常伤之际被天地会的人捉走，接方怡、剑屏、曾柔等亦一一被捉，天地会以她们的生命威胁小宝带他们去寻宝及掘去鞑子的龙脉。苏荃和双儿摆脱追捕后找小宝，小宝吩咐荃、双二人设置一个假宝山，误导天地会一众就是龙脉所在地。康熙误会小宝带天地会去掘龙脉及夺宝，下令大炮准备，要把小宝及天地会一干人等炸死。
