某一个夏天的中午，东京银座的街头突然出现了一个“门”，门的另一边则连接了另一个世界。从门里涌出了大量如同幻想小说里出现的骑士、剑士、兽人甚至是亚龙，他们在东京街头烧杀抢掠，造成了极大的破坏，但很快就被使用现代武器的自卫队镇压，数万入侵者仅有几千俘虏幸存，史称“银座事件”。 自卫队理所当然的追进了门的另一边，并在门所在的山丘建立了临时阵地。随后，认为有必要探索门另一边的异世界——称为“特地”，并向异世界政权要求赔偿的日本政府，通过了派遣自卫队师团在门的两侧建立基地的决定。 在击退，或者说屠杀了第二批进攻门的异世界军队之后，自卫队正式向异世界派出了侦查特遣队。第三特遣队的队长，是在银座事件中临时指挥街头民众避难而大放异彩的前特殊作战群队员伊丹耀司，而他带队探索时遇上了远古龙袭击村庄的事件，这似乎成了了解异世界的开端。
8月某日上午11点50分。东京银座，突然出现石造的『门（ゲート）』。在门后面随之出现了巨龙、妖怪、骑兵等，异世界的怪物大军不分区别的向行人袭击。平息了这一事件，自卫队被派往门的另一边的异世界进行调查。在银座拯救了很多人的英雄伊丹二等陆尉先驱上车，门后在等待他们的是…
自卫队为了调查特地进入了门，在他们眼前的是特地集结的大军。自卫队击退了特地的猛攻，侦查队异世界的居民缔结了友好的关系，为了得到更多的情报，自卫队组织了侦察队。第三侦察队指挥伊丹在侦查中目击了火龙袭击村落，大火熄灭时，全村的人已经灭亡，伊丹他们在废墟中调查到的东西是——。
第三侦察队调查火龙袭击的村落中发现了井里的金发美少女精灵。接着到达了村子，并通知了村长炎龙的消息，村民们害怕被火龙袭击于是弃村避难。第三侦察队以避难为主帮助他们转移到安全的地方。途中与精灵少女杜嘉、寇达村的魔法师雷莱、黑暗之神俄摩拉的使徒萝莉等异世界的居民的关系逐渐加深。
伊丹他们的第三侦察队把避难者带回了阿尔努斯山，在自卫队基地附近制作避难营的生活开始了。他们在第一次接触日本文化掩饰不住的惊讶，在吃饭和洗澡时得到了片刻的安宁。杜嘉和萝莉、雷莱三人在浴室相遇，因为互相境遇的了解而加深了彼此的关系。之后，第三侦察队也顺便和三人一起去伊塔里卡调查。另一边，帝国的皇女平娜收集自卫队情报的同时，亲自率领骑士团把目光瞄准了阿尔努斯。
在去伊塔里卡的街上时，杜嘉、雷莱、萝莉3人以及第三侦察队的众人看到近在眼前的街道上空升起了黑烟。那是是[帝国]的皇女平娜指挥居民与从阿尔努斯逃跑并化身盗贼的诸王国军的残党战斗的局面。平娜确认了到达这里的第三侦察队以及杜嘉、雷莱、萝莉的身份，并为之烦恼的是，他们是敌人还是伙伴？为了看到城墙里的情况──。
第三侦察队在平娜安排下驻守伊塔里卡城南门，但盗贼团在凌晨突袭平娜驻守的东门。东门被破，城市危在旦夕，伊丹分兵带领栗林和富田跟随萝莉紧急支援东门，将敌人挡在城门内的防线外。这时自卫队空中部队抵达战场，形式瞬间逆转。平娜受到了很大冲击，代表帝国方与自卫队签订了暂时的和平条例，然而伊丹却在返回途中被不知情的蔷薇骑士团虏获……
在从意大利返回途中，伊塔美被帝国的玫瑰骑士俘虏。关注日本自卫队的反应，Piña提出了一个建议。
Piña，伊丹和其他人访问不同的政府办公室进行谈判。Piña对东京令人印象深刻的摩天大楼和人民感到敬畏。
伊丹把图卡和其他人藏在前妻的公寓里。Piña和Bozes去图书馆的时候，伊塔美遇到了他的老朋友，国防部长。
当来自美国、中国和俄罗斯的特工接近时，罗里用她无与伦比的作战能力加入了这场三方战斗。
战争开始五个月以来，阿努斯基地附近的当地难民营已经变成了一个城镇。Piña开始和平谈判的关键帝国贵族。
一个名叫姚的黑暗精灵请求日本自卫队帮助把火龙从她的家乡赶走。她被误抓，直到乐雷主动为她翻译。
自卫队被派遣到特地，踏入被称为特地的异世界的自卫官伊丹耀司，经历了诸多邂逅和战斗。另一方面，支配特地的帝国之皇女平娜，在与日本接触后，以此为契机探索义和之道。菅原和平娜举办宴会，各国之间和平相处。菅原无意中迷倒了小萝莉，看过日本的先进武器后，侯爵等人坚定了议和的想法。
帝都突发地震，人民慌乱不已。平娜惊慌失措，伊丹却告诉她要冷静，这种地震在日本时常发生，并不算什么大灾难。地震暂时平息，平娜准备立刻向父皇汇报，她希望伊丹同她一起前往宫殿，但伊丹身为交战国的士兵，直接进入皇帝的宫殿实在是有失妥当。平娜坚持要伊丹陪同，无奈之下伊丹只好答应了平娜的要求。
伊丹的队友告诉了他一个小道消息，在伊丹出门期间，有个有趣的人前来拜访，希望部队能帮她驱逐龙，不过陆将拒绝了请求，伊丹只能服从陆将的命令。但是伊丹的队友却不这么想，龙出没的地方在南边的易北藩王国领土内，那里出产石油还有巨大的钻石原石，伊丹的队友想借探查资源的名义去那里捞上一笔。
特莉拉企图暗杀望月纪子，柳田拔枪制止她。特莉拉挥刀捅伤了柳田，自己也被子弹重伤，两人都昏迷不醒，而暗杀事件的主谋指向了皇太子索沙尔，日本方面准备反击。伊丹一行人抵达暗精灵的村子，再次遭遇炎龙，为了让金发精灵妹走出阴影，向炎龙复仇之战正式打响。
自卫队被派遣到特地，为了拯救心灵受到创伤的杜嘉，伊丹出发去讨伐炎龙。获救的杜嘉固执的认定伊丹就是她的父亲，无论伊丹怎么否定都无济于事。另一方面，基地发生了特莉拉和柳田交战的事件，伊丹一行人也到达了黑暗精灵部族，与炎龙拉开战斗序幕的时刻终于到来了。
伊丹他们来到黑暗精灵隐居之处，和姚的同伴一起向炎龙发起挑战。虽然付出了诸多牺牲，但最后伊丹终于打败了炎龙，而且成功的把杜嘉从父亲之死的心里阴影中解救出来。但是，伊丹这次出战是擅自行动，他被贬去队长职务，改命特地方面派遣部队总监部随从人员，停职两周。
索沙尔宣布开设皇太子府，解散元老院，今后的帝国将由他来进行统治。索沙尔热血的演说获得了民众们的大力支持，他决定和日本开战。自索沙尔的政变成功之后，帝都颁布了戒严令，市民的外出也遭到了限制。平娜来找索沙尔理论，因为索沙尔将讲和派议员软禁起来。索沙尔称讲和派议员收了日本人的贿赂，平娜觉得这是无稽之谈。
掌握政权的索沙尔开始对想与日本议和的讲和派人士进行打压，他甚至还派刺客暗杀蕾莱，刚到达隆迪尔不久的伊丹一行人又决定去往别的地方。伊丹用随机选择的路线来躲避暗杀蕾莱的刺客，他们暂时把寻找资源的事情放到了一边。防卫省得知索沙尔发布了帝权拥护委员会特别法之后拒绝了向他们寻求帮助的讲和派，防卫省打算静观帝都局势变化。
一位国家官员拜访首相以促进和平。伊丹和其他人来到魔术学院的所在地朗德尔，让莱蕾参加考试。
佐扎尔的帝国军队和玫瑰骑士展开了激烈的战斗。随着乐磊的考试接近尾声，伊丹得知了一个暗杀阴谋。
自卫队的目标是拯救日本国民和亲和平贵族。伊丹在听到Piña被监禁的消息后赶到帝都。
伊丹和第三侦查部队前往皇宫拯救Piña和天皇。然而，佐扎尔王子正带着一只巨大的妖怪等着他们。
