桃园奈奈生因好赌的父亲在欠下一屁股债后离家出走，被赶出去流落街头的时候帮助了一位被狗追到树下的神秘男人，神秘男人知道她的遭遇后说：“那我把我的家给你吧！”，于是无家可归的奈奈生在半信半疑之下前往那个"家"，发现那竟是一间荒废许久的神社，还出现一个狐狸妖怪，自称是侍奉土地神的狐妖巴卫，而神秘男人竟然是土地神，神秘男人把家让给她，也就是连土地神的职位也一并交给她，从此奈奈生开始了当土地神之路……
奈奈美陶醉在她与巴卫接吻的记忆中，但很快提醒自己，他发誓他永远不会爱上人类。奈奈美随后听到了一段涉及巴卫的对话。混乱随之而来。
奈奈美想去度假，巴卫同意一日游。奈奈生无意中听到了她熟悉的人之间的对话。因此，想要证明自己有用的滑稽表演展开。
奈奈生是巴卫500年前爱人雪路的后代，因为救下了御影成为了人神，同时让巴卫成为了她的神使。在和巴卫的相处中，两人逐渐爱上了彼此。两人恋爱，本来应该就是完美的婚后生活～可是由于巴卫500年前曾经爱上雪路，并为了她和堕神黑罗定下契约，如今爱上奈奈生的他会受到没有完成契约的惩罚，等待他的只有七日的生命！ 至此，过去篇开始展开。奈奈生在得知巴卫因为契约快要失去生命后，决定返回过去，通过阻止巴卫和堕神定下契约来救巴卫的命。
当奈奈生第一次回到过去时，便遇到了巴卫以前的爱人，雪路。但是奈奈生却发现雪路极其讨厌妖怪，那么当初说巴卫和雪路第一次遇见是因为雪路救下了在河边的巴卫难道是假的？果然后来巴卫受了伤倒在了河边，救他的却不是雪路而是奈奈生～ 第二次回到过去，正逢雪路要嫁人时，结果却被妖怪通知，恶罗王会来抢亲。为了雪路能够安全地嫁给自己的夫君，奈奈生决定假扮成雪路走会被恶罗王截走的道路。
在500年前，巴卫是因为身受重伤，才来到了御影神社，然后被御影救下，跟他签下了锲约，才成为了御影的神使的。对于雪路这个人，对巴卫是有着特殊的意义的，而这个五百年前的缘分，到底应该从何说起，可以看出巴卫是很爱雪路的，而对于奈奈米来说，雪路就是挡在她跟巴卫之间的一个谜。 第三次转世，奈奈生终于遇见了堕神黑罗，可是还是迟了一步，巴卫已经来定下契约，想成为人类，和人类在一起。在和黑罗的交谈中，奈奈生得知，巴卫想要在一起的对象就是当初送出发钗的那个女生。 奈奈生和巴卫都参与过彼此的过去，在过去两人都许下了以后结婚的约定。即使前世巴卫照顾过雪路一段时间，可是他的内心还是会奇怪现在的雪路怎么和心中的爱人不同。所以最后在定下契约时，巴卫心中想的是自己爱的那个女子而不是雪路，而巴卫和奈奈生之间的爱情也完美展示了什么叫命中注定。
巴卫因为对奈奈米动了情，而导致体内的锲约生效，而早在几百年前，巴卫身受重伤的来到神社，那时的他，只有着半条命了，而这一切都是因为那个叫雪路的女子，为了这个女子，他跟堕落神签下了锲约，而这个锲约的解法也只有“雪路”，御影为了让巴卫能够活下来，让巴卫忘记了过去。 而到了后面，巴卫因为奈奈米然后记忆得到了苏醒，而记忆回来以后，在他体内的这个锲约也再一次的生效了，为了巴卫，奈奈米回到了五百年前，而五百年前的巴卫，是个嗜血而冰冷的狐狸，但是那个时候长发的巴卫，可以说是迷倒了一片，而奈奈米也因为一些原因，跟巴卫再一次的相遇，虽然对于她来说，这次不是第一次相遇，但是对于他来说，这次是第一次遇到她。 这段缘分其实就是一段循环，原来巴卫心中的雪路就是奈奈米，原来这一切都是因为奈奈米以为巴卫爱的是雪路，然后在照顾受伤的他的时候，她谎称自己是雪路，然后才造成了这些误会，其实就是她，而巴卫爱着的也是她，无论是过去还是未来，爱着的一直都是她。
土地神少女与守护神狐妖恋爱之旅的最终篇章。描写了高中毕业和御影神社毕业临近，向着各自道路前进的奈奈生，巴卫，瑞稀、鞍马的最后时光。巴卫奈奈生放弃成神，只愿携手到白头。
