一宫绘留奈在国中时期过着单纯的御宅生活。在亲人与表哥二宫时雨的说服下开始挑选想要就读的高中，挑选条件毫无疑问是“可爱的制服”。最终挑选的结果是私立御神乐学园，虽然原本因为“二宫就读”而在最初就剔除，不过一宫在招生指南上看到御神乐星锁穿着制服的模样后马上就回心转意。不过，开学当天对今后生活心情激动的一宫，却在新生欢迎会上见到学长姐们暴走的身影。而且，这所学校里存在着“一个月内未参加任何社团活动的人将被强制退学”这样的校规。一宫能在学园中度过理想中的校园生活吗?
某天，从表兄二宫时雨那里拿到私立御神乐学园宣传册的一宫恵瑠奈，被宣传册照片里的御神乐星锁的身姿夺去了目光。恵瑠奈从她身上感受到了命运，决定进入御神乐学园。但，来到只有文化系社团的御神乐学园的恵瑠奈所见到的是，驱使着必杀技展开战斗的学生们的身影。
在星锁的邀请下，恵瑠奈暂时加入归宅部，但她却要代替归宅部代表星锁在对抗战中出场。第一次参加对抗战，再加上根本无法使用必杀技之类的东西，恵瑠奈只得前去排名靠前的社团参观学习。参观了书道部、美术部、演剧部、天文部等各种社团活动的恵瑠奈却完全没能抓住必杀技的要领，就这么迎来了对抗战。
恵瑠奈利用神秘少女传授的必杀技“玩具枪”的力量在对抗战中漂亮地取得了胜利。恵瑠奈为了得到星锁的表扬而擅自来到她住的宅邸，却被告知若不是对手大意的话是很难取胜的。恵瑠奈为此争辩，宣言道即使是和星锁也能来一场漂亮的比赛，对此，星锁提出要进行以正式加入归宅部为条件的模拟战。
败在星锁手下的恵瑠奈，被撤销了归宅部的临时入部，重新回到无所属的状态。但，如果没有可加入的社团，自己创立一个就好了，如此想着的恵瑠奈决定创建一个新的社团。为了召集成员，以新生互相竞争的新人战的优胜为目标的恵瑠奈，开始通过演剧部众人举办的对抗战初学者讲座来展开特训。
新人战开幕，御神乐学园充满了祭典的喧闹。在拥挤的模拟店边买边吃的恵瑠奈，与途中遇到的星锁一起造访了凑川正在揽客的射击摊位。代替凑川为射击摊位揽客的恵瑠奈戴上了头巾站在店前。听到恵瑠奈声音的游兔走了过来，并留意上了作为奖品的奇迹超人人偶。
时雨等人召开了派对庆祝恵瑠奈在新人战中的奋斗。为了激励恵瑠奈，成员们齐聚一堂，但其中唯独少了星锁和九头龙的身影。当派对告一段落时，恵瑠奈从时雨那里得知了时雨和九头龙过去是从御神乐学园的姐妹校转学而来，以及当时发生在九头龙身上的事……。
所有人都如同事先评判的那样对于明日绯会制霸新人战深信不疑，因而决赛产生了极大的骚动。打倒明日绯的是和恵瑠奈一样无所属的一年级生藤白乙音。接受了英雄采访的乙音，说对于准备运动程度的事情没有什么要说的，之后就离开了舞台。对乙音感兴趣的恵瑠奈为了见她而前往宿舍。
恵瑠奈为了创建新的社团而开始劝诱新部员，但没有想要加入的学生，乙音也拒绝了。此时，她通过终端得知了新生会通过越野识途来展开寻宝的情报。惠瑠奈想着若是在此次活动当中活跃的话，一定会招来很多新部员，为此兴奋不已。但恵瑠奈却和讨厌着她的乙音组成了一组……。
恵瑠奈成功劝诱乙音加入新的社团，但她必须要集齐创建社团所需的最少三名部员才行。恵瑠奈她们寻找着剩下的一名部员并持续进行劝诱，但没有想要加入的人。此时，恵瑠奈等人发现了正适合新社团的空房间，并打算将它作为新社团的活动室，但新闻部的留美奈却来到了那里……。
成立了新的社团，连新的活动室都得到手的恵瑠奈，离开了寄住的星锁宅，把睡袋移动到活动室。为了庆祝恵瑠奈创立新社团，好多的人集中到了活动室。带着“潜伏在学园的幽灵”这一消息的留美奈也来了。恵瑠奈等人为了查明这一消息的真相而协助留美奈，但……。
水晶被破坏而坐倒在地的星锁，以及冰冷地俯视星锁的乙音。不知道发生了什么的恵瑠奈准备向两人开口说话，但乙音却一言不发地离开了，星锁也阻止了恵瑠奈，并告诉她“以后不要再管我的事”。此时，继新人战之后的大对抗战——期中考试战在御神乐学园开始了。
期中考试战终于开幕了。而星锁的力量也逐渐减弱。在即将崩坏的御神乐学园，恵瑠奈从时雨那里听说了御神乐学园成立的经过。“最重要的是开心”这样的想法，正是发挥能力的源头。想要看到星锁前辈的笑容而来到星锁之处的恵瑠奈，对星锁说如果自己在期中考试战中优胜的话，希望她能加入自己成立的社团。
