故事发生在椚丘中学三年E班，表面上，这是一个普通的班级，然而实际上，这里聚集着的均是技艺高超冷酷无情的杀手。每一年，他们通过特殊渠道接收着来自世界各地的暗杀任务，替各国首脑“排忧解难”，而这一次，他们有了一个统一的目标 —— 刺杀班主任杀老师（福山润 配音）。杀老师是一个神奇的存在，它的外表并非人类，却有着及其敏感的神经和及其迅速的反应力，没有人知道它从哪里来，也没有人知道，它为何会变成三年E班的班主任。因为想要毁灭地球，杀老师成为了暗杀名单上的高价悬赏人物，而作为三年E班的学生，只要成功消灭杀老师，即可毕业。就这样，围绕着这位神秘的老师，充满了危险的日常就此展开。
在南国小岛上举行暗杀修行的3年E班的学生在取得与鹰冈的战斗的胜利后，举办了男女配对的试胆大会，并帮助伊莉娜老师追求乌间老师。暑假也要结束了，E班的学生一起和杀老师去了夏日祭典。
因为全国的鸡蛋供大于求无法出货，茅野提出了布丁暗杀计划、同时可兼顾解决大量鸡蛋被废弃的问题。E班的同学合力制作了超大补丁实施了计划。乌间老师对E班学生进行了山中跑酷暗杀版警察抓小偷的训练，学生们使用各种方法逃脱乌间老师和杀老师的抓捕。除此之外，新闻中出现的内衣小偷事件也令人担忧。
被学生怀疑是内衣小偷的杀老师为了证明自己的亲白，亲自去抓捕真正的小偷，并因此和堀部糸成展开了战斗。最终战败的堀部糸成被无情抛弃，并持续暴走。在3年E班同学的鼓励下，堀部糸成道出了自己的过去、解开了心结、磨去了触手、真正融入了班级。
堀部糸成利用自己的特长，想到了操纵遥控玩具车袭击杀老师要害的暗杀计划，并背着女生和班里的男生展开了神秘的计划。因为木村对自己的本命很是介意，E班的每个同学开始互起奇怪的称号。
E班的委员长矶贝悠马为了维持家人的生计，违反校规在餐厅打工，不幸被A班的五英杰发现。A班班长浅野学秀提出了在体育节和E班竞赛、如果E班取得胜利则守住秘密的条件，E班同学竭尽全力和理念截然不同的A班比拼。
在期中考试前的2周，对于自身暗杀技术过于自信的E班学生，不行弄伤了幼稚园年迈的园长。自此，学生们放下期中考试的准备，代替园长管理幼儿园，将幼儿园修缮得耳目一新、并取得了孩子们的喜爱。
伊莉娜老师的生日到了，E班的学生们买了花束，想尽办法让伊莉娜老师所喜欢的乌间老师送花作为礼物，不料却被伊莉娜老师识破。至此之后，伊莉娜再没有出现在学校，令E班的同学很是担忧。此时，自称“死神”的杀手出现，学生们前往解救伊莉娜老师。
对于自称“死神”的杀手，E班的同学毫无办法。此时，乌间老师和杀老师赶到。乌间和“死神”展开了一对一对决，解救了E班的同学。
到了临近毕业商讨今后出路的时候了，E班的同学大多有了打算，但潮田渚却始终不知道自己适合做什么。此时，渚的母亲却强迫潮田渚按照她的想法去走今后的路，在杀老师的帮助下，潮田渚反抗了母亲，让母亲意识到孩子的想法也是重要的。
学校的学园祭到了，为了比拼销售额，A班的同学拉拢了赞助商举办了豪华的活动，E班的同学则自给自足、利用地处山林的自然环境、靠新鲜的食材吸引了顾客。
期末考试要到了，因为理念和父亲不同，A班的班长浅野学秀放下面子请求E班的同学在期末考试中赢得胜利，E班的同学接受了这个请求。
E班和A班的期末考试对决终于到了最后的时刻，特别是难度超大的数学测试，最后一题尤为不易，是属于浅野学秀和赤羽业之间的对决。在互相和难题搏斗的过程中，赤羽业想到了曾经在E班的经历，顺利解答了问题。随着E班在期末考中的大胜，浅野学峰再次对E班进行了刁难。
期末考试后，浅野学峰以解雇胁迫杀老师参与不公正的比试，杀老师成功赢得了胜利、证明了自己的教育理念。三年E班决定在话剧发表会上演出《桃太郎》。
当 E 班在戏剧节之后清理的时候，他们发现他们的一个同学隐藏了一个和杀老师过去有关的天大秘密。
在经历了一次紧张而可怕的遭遇之后，杀老师开始坦白他的真实身份。
在杀老师揭露了他过去的行为和身份之后，E级陷入了困境，这些信息可能会影响他们的暗杀计划。
由于这个班级在是杀死小路老师还是试图拯救他问题上分裂成两派，杀老师自己提出了一种解决问题的方法。
杀老师的命运归结为一场老朋友渚和业之间的战斗。
渚与业这次挑战的是“劫持太空站”这个超乎常识的任务。他们能否平安地得到能拯救杀老师的研究资料……？
随着高中入学考试的临近，渚不确定他的未来应该走哪条路。3-E 班用大量的巧克力迎接情人节。
杀老师还有一个项目计划用他心爱的 E 级课程结束这一年，但是政府自己的计划可能会成为障碍。
学生们争先恐后地想见老师最后一面。杀老师过去的一个人物带着对这个超级生物的深仇大恨来到了这里。
两个超级生物之间的激战威胁到了3-E 班的学生。杀老师能在保护他们的同时保护自己的生命吗？
时间不多了，E 班的学生们必须一劳永逸地决定是否要杀死这位在过去一年里改变了他们生活的老师。
毕业日: 人生的一个篇章结束了，另一个篇章开始了，3-E 班的学生和老师们继续在这个世界上开辟他们自己的道路。
