故事发生在大陆历一六零四年，持续了三个世纪的漫长战争终于画上了终点，整片菲尔毕斯特大陆哀鸿遍野，满目疮痍。托鲁（间岛淳司 配音）和阿卡丽（原优子 配音）虽然没有血缘关系，却结为了义兄妹，两人相互扶持经历了残酷的战争，彼此之间结下了深深的羁绊。 战后经济十分萧条，而托鲁又是一副得过且过大大咧咧的懒惰性格，虽然阿卡丽一直在艰难的维持家中的生计，但生活却并没有什么改善。终于，断粮的危机降临了，无奈之下，托鲁进入了森林想要找点吃的，然而，在那里，等待着他的却是一位名为嘉依卡（安济知佳 配音）的神秘银发少女，在他们相遇的那一刻，命运的齿轮开始了它的运转。
在战争的最后几天，皇帝亚瑟·贾兹命令他的一名官员负责一个名为“嘉依卡”的秘密项目。在Soara事件一个月后，托鲁、阿卡莉和嘉依卡与八英雄之一的克劳迪娅·道奇夫人及其手下决斗，但嘉依卡输给了克劳迪娅。尽管如此，克劳迪娅允许嘉依卡和她的同伴们留在她的庄园里。
当嘉依卡、托鲁和阿卡莉试图找到战胜克劳迪娅的方法时，另一边，红嘉依卡和她的团队击败了另一位英雄格伦·唐克沃特，获得了亚瑟的右臂，并朝一个岛屿前进，这是由她们的线人盖伊建议的。最终，嘉依卡缩短了她的咒语，并在芙蕾多妮卡化身为猫的状态下分散了克劳迪娅的注意力，打败了她。克劳迪娅恭喜团队并举办茶话会庆祝。同时，康拉德的秘书卡伦·邦巴迪尔将艾尔贝里克的调查笔记和艾尔贝里克的剑一起交给薇薇。在克劳迪娅的庄园里，她向托鲁的团队透露了她为什么不对亚瑟的遗骸感兴趣并将她的遗骸交给了嘉依卡，并告诉了她的秘密。在战争结束时，八位英雄得知亚瑟的一名官员带着亚瑟隐藏的财富和大部分的魔法研究成果逃到了一个秘密岛屿上，尽管理事会做出了努力，他们也无法找到该岛屿或亚瑟的魔法研究。在向托鲁一行人提供英雄们的位置后，克劳迪娅告别了他们。很快，托鲁的团队得知红嘉依卡已经从格伦那里夺得了亚瑟的一件遗物，而嘉依卡想要找到那个秘密岛屿，以了解自己的起源。
抵达由Eight Heroes的Clay Morgan统治的海滨小镇后，Toru和他的伙伴们伪装成一个喜剧团体进入Clay的豪宅。当Clay发现他们的意图并看到Chaika时，他惊慌失措地逃走了，而Toru和Akari则追着他跑。Chaika试图找到关于神秘岛屿的线索，她在恶魔之海发现了一个线索。Toru和Akari找到并打败了Clay，得知他因为曾与Emperor Arthur和Chaika战斗并亲眼目睹Chaika被Eight Heroes领袖Stephan Hartgen斩首而一直害怕Emperor Arthur和Chaika，因此他放弃了Arthur的耳朵，这样他就不必再见Chaika或者其他遗物了。在获得了Arthur的耳朵之后，Guy出现了，并告诉Toru和Akari去秘密岛屿，但是他们现在已经警惕了，因为Guy知道其他Chaikas的事情。同时，Shin告诉他的主人Stephen，Arthur的所有遗物很快就会到达，Stephen向他的女儿Irina和Alina保证，她们将有机会看到它。与此同时，Toru和Chaika发生争执，因为Chaika想要寻找神秘岛屿，而Toru拒绝认为这是危险的，这导致Chaika开除了Toru。在Akari说服Toru与Chaika和解之后，他们才知道Chaika已经离开去寻找岛屿，而他们已经来不及了。他们在Clay的船上追赶Chaika和Fredrika，但是船被一只巨型章鱼袭击而沉没。最终，Chaika和Fredrika找到了神秘岛屿，但是却被龙袭击。
嘉依卡到达了传说中存在皇帝财富的岛屿，但很快她就被一群双头犬攻击，接着又遭遇了一群半人半兽的士兵的攻击。
两个嘉依卡再次被俘。红色的嘉依卡说他们应该一次性合作逃脱，但是当他们寻找出口时，他们发现一个被困在隐藏的办公室里的女孩。她自称为尼瓦·拉达（Niva Lada），并说她一直在等待嘉依卡。
当托鲁和他的同伴们前往哈特根亲国获取亚瑟王遗骸的最后一部分时，吉莱特军团到达了秘密岛并从基里尔和乌苏拉那里了解到他们到达之前发生的事情。在哈特根，红色的嘉依卡和她的同伴们在预选赛中打败其他选手后参加了锦标赛。托鲁和他的同伴们也参加了锦标赛，以便在盗取失败的情况下赢得亚瑟王的遗骸。齐塔和马修斯与史蒂芬国王会面，试图说服他取消锦标赛，但令他们震惊的是，他们发现国王的女儿艾琳娜和艾丽娜也是嘉依卡，但国王拒绝取消锦标赛。与此同时，薇薇和尼古拉也参加了锦标赛，他们震惊地发现比赛允许选手杀人。盖伊拜访阿尔贝里克，后者被揭示已经失去了记忆，盖伊救了他是因为他心中的仇恨。当大多数选手休息时，托鲁和阿卡莉试图潜入国王的城堡盗取遗骸，而嘉依卡看到尼瓦自愿跟盖伊离开。
Toru和Akari试图渗透进城堡盗取遗骨，但他们的导师Shin出现了，迫使他们逃跑。与此同时，Guy把Niva带到了Stephan Hartgen面前，后者渴望开始一场新的战争，因为他认为只有在战斗中像他这样的战士才是有价值的。第二天，比赛开始了，当面对其他选手时，Toru和Chaika遇见了Vivi和Nikolai，但他们决定分享信息，了解总是在Hartgen身边的两个Chaikas。他们不知道的是，这两个Chaikas回答给一个第三个Chaika，后者有自己的议程。当六国理事会讨论是否应该对Hartgen发动攻击时，Konrad得知了那里的情况，而由Chaika和Toru、Boghdan和David、Akari和Fredrika以及Vivi和Nikolai组成的组合则进入了比赛的下一阶段，他们并不知道Stephan已经意识到了他们的存在，并正为他们互相对决做出安排。
托鲁和嘉依卡已经在比赛中晋级，进入了第三个城堡的墙内，但随后他们被捕并被命令前往另一个竞技场。黑色嘉依卡坐在里面等待着他们，她说这是他们要为罪行赎罪的地方。
当Toru、Akari和Fredrika被赶出城堡后，红色嘉依卡决定把她的遗骸交给柴卡的团队，结果得知哈尔根的人攻击并夺走了它。Zita和Leonardo与Vivi和Nikolai重聚，得知Alberic还活着。在Shin的毒药削弱下，Toru和Akari别无选择，只能把其余的遗骸交出来以拯救嘉依卡。在向上级报告发生的事情后，Gillette小队被下令在任何六个国家攻击之前击败斯蒂芬国王，这将重新点燃战争。Toru和Akari到达斯蒂芬王座室，斯蒂芬、Alina、Irina、黑色嘉依卡、Niva、Guy、Shin和嘉依卡在那里等待着他们，而Alberic潜入了房间。随着所有的遗骸被收集，黑色嘉依卡“吞噬”了遗骸，并开始产子。Guy帮助她，揭示自己是一个魔法机制，以确保遗骸被收集。黑色嘉依卡生下了一个像Guy一样但拥有Fayla身体部分的男孩，他自己就是亚瑟·加兹。亚瑟感谢黑色嘉依卡在她的身体中使用Fayla部分来使他复活，并使用咒语杀死了斯蒂芬，让所有人感到震惊。当亚瑟坐在王座上变老时，他向柴卡解释了真相，即她和她的“姐妹”从未是他真正的女儿，因为嘉依卡们是基于他的情妇，而她在战争期间被斯蒂芬杀死，这成为了所有嘉依卡外貌的基础。亚瑟揭示他的目标是收集大量魔法燃料，使用隐藏在太空中的几个飞行要塞从人们的情感中收集，而战争会引出他们的最多情感。因此，他允许自己被杀死，并将他的遗骸散布到各处，而嘉依卡则为了获取遗骸而战，这样关于他的恐惧和恐惧就会在整个大陆传播。为了展示他的力量，亚瑟和Niva轻松摧毁了一艘派往哈尔根的飞行要塞
在摧毁了六国的数座飞行堡垒后，亚瑟前往其中一个空间堡垒与信一起开始他的计划。托鲁和芙蕾多妮卡决定缔结契约，成为龙骑士，以对抗亚瑟，而阿卡莉、薇薇、莱奥纳多、红色嘉依卡和她的同伴们则面对黑色嘉依卡和她的手下。在嘉依卡和她的Gundo狙击步枪的帮助下，托鲁与辛展开激战，最终打败他。红色嘉依卡与黑色嘉依卡展开激战，最终击败了她，结束了她对阿丽娜、伊丽娜和嘉依卡战士们的控制。最终，面对亚瑟，皇帝邀请托鲁加入他的一方，因为他认为战争是人类所期望的，但托鲁拒绝了，并迅速被打败，他和芙蕾多妮卡即将被杀时，嘉依卡施展护盾保护了他们。亚瑟试图用妮娃杀死嘉依卡，但妮娃拒绝并加入了嘉依卡的一方。没有更多的魔法子弹可以使用，嘉依卡将她的记忆作为魔法燃料，让妮娃变形成大炮形态，最终击败了亚瑟，阻止了他的计划，嘉依卡失去意识。在事后，阿尔贝里克成为 Kleeman 机构的新负责人，向六国委员会报告亚瑟的计划被挫败，妮娃被他们监禁，并声称所有的嘉依卡都死了。在别处，托鲁、阿卡莉、嘉依卡、芙蕾多妮卡和红色嘉依卡现在住在一起，托鲁帮助正在恢复的嘉依卡。
