在龙族与人类共生的世界里,藉由某种特殊仪式,人类与龙族可以缔造亲密的主从关系。主角亚修是被称为天才驯龙师的少年,然而他的龙伴侣却迟迟未出现,这令他成为周围的笑柄。 某天,因为一场巧合,亚修的龙伴侣终于诞生了,但她却不像龙族,更像是一个人类美少女……!人称“能驾驭一切飞龙之人”的亚修与他唯一无法驾驭的龙伴侣的波澜万丈的学园生活开始了……!
星刻是育龙人的证明,除了共享生命力的饲主之外其他人无法乘骑,但这座安萨利邦骑龙学院中的问题少年亚修·布雷克却是一个例外。已经升入高级课程班的亚修还没有诞生帕尔,在骑龙格斗术的课程中,向好友借来帕尔的他无意间和高冷的公主西尔维娅起了冲突,而在赌气参加的白羊宫骑龙祭中亚修遇到了意外,正是这个契机让他的帕尔得以诞生。
亚修面前的幼女便是自己的帕尔,而她却对着亚修宣布自己才是饲主。学上会长蕾贝卡在清早闯入了亚修的房间,亚修那全裸的幼女龙娘和其他人的帕尔完全不同,在学院会议对她表决之前亚修要负责照顾。亚修为自己的帕尔起名为艾可,契约完成之后两人联通了星精之路,而在艾可去厕所时却不知被谁拐走了。
蕾贝卡正在诱使亚修加入学生会时事故发生了,要强的公主西尔维娅试图让失控的幼年翼龙平息下来,这也是为了和亚修竞争。站在高塔上的米卡悟斯为安萨利邦带来了灾难,巨大的尸灰龙伴随着不祥的气息出现在街市上,上前挑衅的艾可被抓住,身着圣骑甲的蕾贝卡一人苦苦迎战,为了救出自己的帕尔亚修拉起了瘫倒在地的西尔维娅。
在蕾贝卡的邀请下西尔维娅、亚修和艾可都以不同的职位加入了学生会,而艾可超萌的演讲引起了全场的欢笑。作为银丽骑士俱乐部SKFC会长的杰西卡闯进了亚修他们的课堂,她准备找出打败尸灰龙的银丽骑士,而蕾贝卡的到来打断了这场闹剧。从蕾贝卡那里得知,维罗妮卡第一公主将慰问受到尸灰龙袭击的安萨利邦市,而听到这些的西尔维娅却陷入了恐惧。
原来维罗妮卡公主一直看不惯西尔维娅,两姐妹常年失和,就在维罗妮卡公主到访的开始便给了西尔维娅一个难堪。而第二天的御前比武也让西尔维娅陷入了深深的自卑中。面对维罗妮卡公主指定的婚事,西尔维娅在命令与梦想中陷入了两难的境地。就在西尔维娅迷茫的时候,学生会成员与维罗妮卡公主来到城市慰问民众,而在西尔维娅的面前,则是策划暗杀与破坏的恐怖分子...
西尔维娅前往的圣瓦雷利亚教会被恐怖分子“断罪的阿布度尼雅”占领,杰西卡为了保护民众挺身而出,但维罗妮卡却把炮口对准了教会。在蕾贝卡的建议下亚修前往教会谈判,但阿布度尼雅毫无谈判的意向,在民众受到威胁时西尔维娅也站了出来,与阿布度尼雅对峙的她终于有了觉悟,蕾贝卡等人赶到后艾可也为亚修送来了能够解决这次事件的圣骑甲。
学校的合宿名单出来了,作为特别推荐名额亚修也被选中,而合宿名单中还有从未谋面的学生会书记露卡·沙里宁。露卡是刷新了蕾贝卡记录的史上最近年轻的龙骑士,但她的帕尔高文却已经有三个月拒绝她乘骑了,而问题的关键在于联接露卡和高文的星精路中断这一现状,蕾贝卡决定让亚修骑乘高文从而询问出它拒绝露卡的理由。
穿上圣骑凯的亚修也没能从高文那里问出拒绝露卡的原因,高文的反常远远超出了亚修等人的想象。在亚修和艾可的说服下露卡决定同大家一起前往阿隆努湖合宿,在晚上来到高文面前的露卡又一次遭到了拒绝,而跟上来的亚修决定趁此问出高文的心意,被高文攻击后亚修的精神来到谴龙工房,在那里他终于知道了高文拒绝露卡的真正原因。
庆祝合宿的宴会开始了,但亚修等人为了寻找失踪的高文正赶往威廉汉姆灵庙,而米卡悟斯也在此时释放除了众多的尸灰龙。为了应对眼前的局面负伤的亚修拜托艾可为自己制作出适合的圣骑甲,而西尔维娅却从米卡悟斯身上看到了自己皇兄的影子,虽然击退了米卡悟斯,但合宿的地点已经被尸灰龙团团围住,紧急时刻露卡终于用坚定的信念召回了高文。
罗雷亚蒙骑士国的首都冯汀是个繁荣的城市,西尔维娅接到父亲的命令将要一同出席大陆会议,而推荐她的正是姐姐维罗妮卡。在集结之都里亚修和艾可度过了快乐的一天,晚饭时他们见到了西尔维娅的父亲骑士王,解决了尸灰龙和威廉汉姆灵庙事件的亚修被骑士王封为了龙骑士。
艾可为了参加舞会而精心打扮,结果挑剔的艾可怎么也不满意自己的装扮,面对挑剔的艾可普利姆无心说出了亚修将来会与人类女子结婚生子这样的话。大受打击的艾可在奔跑出去后迷路。另一方面,参加舞会的亚修看到了米卡悟斯。之后科赛特找到了失踪的普利姆,并从普利姆口中了解了艾可失踪的真相。而被绑走的艾可又会遇到什么呢?
亚修因为手上的印记与圣龙产生了反应而发现圣龙就是艾可,另一方面,宫殿中米卡悟斯揭开了自己的身份之谜,原来裘利亚斯的肉体已经被莫德雷德侵夺。就在维罗妮卡对莫德雷德发起攻击时,裘利亚斯忽然恢复了真身,并告诉维罗妮卡莫德雷德已经附身艾可。亚修在裘利亚斯的帮助下拯救艾可时,被关在笼子里艾可被娜比告知了一切……