故事以高仓家三兄妹为中心而展开，高仓冠叶、高仓晶马兄弟俩和患有绝症的妹妹高仓阳毬。有妹控情结的高仓兄弟俩都非常珍视阳毬，然而医生却让他们做好随时失去妹妹的准备。这天兄妹三人一同去水族馆游玩，可是一转眼兄弟二人发现妹妹不见了，随后他们在围观人群中央发现倒地不醒的阳毬。抢救无效被宣布死亡的阳毬竟然在停尸房里醒过来了！惊讶无比的兄弟俩把妹妹接回家，不久后他们收到了一份奇怪的包裹，打开后竟然发现里面有三只谜样企鹅。这三只企鹅憨态可掬，除了他们，外人都看不见这些企鹅。这一切究竟是怎么回事，命运的齿轮又会如何转动？
高仓冠叶、晶马这对兄弟失去了最爱的妹妹阳毬，两人在太平间显得相当激动悲伤。没想到令人惊讶的是，阳毬居然头戴着企鹅帽复活了，并说“我来自你们的命运之处”。突然说出这句神秘话语的这名少女，究竟是何方神圣？这场热闹愉快的家族喜剧，搭配不可思议之视觉效果的震撼故事即将开始。
高仓两兄弟开始调查荻野目苹果的来历，为了就是寻找“企鹅罐”。一群企鹅潜入女校，甚至还找进了苹果的裙子里。少女在深夜潜入高中老师多蕗桂树的家中，一边窃听对话一边露出幸福的微笑。她喃喃自语说出“命运”这句话，然后留下命运的刻印。苹果就是拥有这种既可爱又恐怖，但又带着些许诙谐的角色特性。
苹果是一名顺从命运而活的少女，她决定今天一定要让多蕗吃到自己煮的咖哩。接着，她抱着咖哩锅来到多蕗家，没想到多蕗家里居然已经来了一名美丽的女性，并且正在煮咖哩。此时苹果不断在内心想着“命运是绝对的”，即使会伤到自己也要完成任务。苹果的疯狂爱意越陷越深，当她意外遇见高仓兄弟后，命运又将出现重大转变。
苹果因为与多蕗一起去观察野鸟而兴奋不已，不断产生各种妄想。但是她却遭到一连串的严苛考验，甚至还挨了臭鼬一道强烈的攻击。坚强的苹果也没有就此认输，为了得到多蕗的吻不惜使出在河里溺水的强硬手段。当苹果陷入昏迷后，对他进行命运之人工呼吸的人…结果是晶马。混乱的命运齿轮又会往何方转去……
亲戚对冠叶建议把他们三兄妹住的房子卖掉。另一方面，苹果不仅拒绝把日记借给晶马，甚至还在一番争执后把阳毬的企鹅帽扔掉。冠叶看到阳毬昏倒后，即使浑身是伤仍试图找回企鹅帽，他同时还设法筹措到把房子买回来的钱。冠叶想要把一家人联系起来而拼命奋斗的模样，可说是相当感人。
苹果为了实现“M计划”，暗中策划与多蕗的初夜。她先是利用晶马，搬到多蕗家的屋檐下。就在同时，与过去的女朋友见面的冠叶，亲眼目睹这些女孩接连地遭到奇妙的球攻击。“真讨厌，得赶快干掉他们才行”，用小钢珠袭击这些女孩的夏芽真砂子如此喃喃自语着。拥有神秘企鹅的她，正在进行一项危险的计划。
苹果被多蕗邀请一起去观赏戏剧而感到兴奋不已，没想到他们去看的却是情敌“时笼百合”的舞台剧。为此感到百般煎熬的苹果接着又受到严重打击，因为百合在舞台上宣布跟多蕗订婚的消息。为了寻求起死回生的机会，苹果决定仰赖超能力，硬是要求晶马用奇迹青蛙做出迷药。为了掌控自己的命运而奋斗的苹果，即将面临一连串的悲喜剧。
无法如愿与多蕗在一起，让苹果陷入极度绝望，再加上她父亲似乎在不久后就要再婚了。被逼到无路可退的苹果，决定使出最终手段M计划“怀孕”。苹果先是让多蕗睡着，然后脱光衣服想侵犯他，但最后仍被晶马及时制止。当两人走到街上时，先是因为摩托车突然靠近，让苹果重要的日记被抢走，接着晶马又被车撞到。遭到这些剧烈发展摆弄的两人，最后究竟会有什么命运？
理应已在水族馆死去的阳毬，为什么又复活了？某天，阳毬说出她的那些宛如梦境般的神奇体验。一间拥有无数藏书的奇妙图书馆，在这里担任管理员的渡濑真悧，让阳毬渐渐想起深藏于内心的某些记忆。Triple H、小孩肉鸡、企鹅帽、红苹果、命运所至之处……至今诸多没有详加说明的谜题，将在这充满悬疑感的一话带来震撼。
住进东鸥医院的晶马被人绑架了。对方说若想要晶马活命，就拿苹果的日记来交换。为了救晶马，冠叶在医院里徘徊思索，却在一个充满企鹅图案的奇妙空间里，误闯入有着不愉快过去的影像的世界。之后在医院深层登场的是幕后主谋，夏芽真砂子。她到底在策划什么？真砂子的生存战略正步上轨道，她跟冠叶间谜样的关系也要浮出台面。
为了拿回苹果被抢走的日记，冠叶去找夏芽真砂子。他在那里看到戴着企鹅帽的万里夫，才知道真砂子对日记也是势在必得。另一方面，好不容易跟多蕗开始有进展的苹果，却因自己对晶马的情愫停滞不前。命运开始脱序。后来她从晶马那里听到冲击性的事实。“你姐姐之所以会死都是我们害的。”
晶马说，16年前，就在冠叶跟晶马诞生那天，他们的父母在地下铁引发爆炸事件，苹果的姐姐也因而丧生。就在这时，水晶公主说了一句“企鹅罐不见了”，之后便失去意识。阳毬的生命也再次逐渐殒落。就在毁灭的氛围当中，阳毬之所以会苏醒的原理、晶马说的奇妙童话、跟真悧再次登场，这一连串的谜接连出现，为即将来临的新局面揭开序幕。
冠叶在昏迷不醒的阳毬面前一筹莫展。就在此刻，真悧以医生的身分出现，要用不明的一瓶药让阳毬苏醒。另一方面，晶马认为阳毬会倒下是“对高仓家犯的罪的惩罚”，回想起父母引起的事件。那时，警察跟媒体纷纷涌到家中，他们不再是平凡的一家人。被命运囚禁的人们的姿态一一浮出，这时，又掠过暗地里活动的真悧令人不安的踪影。
被晶马躲着、不知如何是好的苹果接受时笼百合的邀请到温泉民宿。百合一直以来都对苹果的姐姐抱着强烈的渴望，她在苹果身上看到了她姐姐的影子。从桃果去世的那天开始，占据百合内心的思念一下子涌现，百合于是脱去苹果的衣服，朝她的身体逼近。就在这时，真砂子也逼向冠叶。为了否定残酷的命运，即使是脱离正轨也要勇往直前的人们的姿态，既疯狂又无奈。
百合小时候，被身为艺术家的父亲说自己很丑陋，错愕不已。她于是接受她父亲提出的“让爸爸亲手改造百合”的要求，每天晚上都被动手脚，身上经常伤痕累累。桃果决定拯救这样的百合。桃果如果使用日记里的咒语，就要付出代价。这一回描写的不只是日记惊人的秘密，更贴近百合她不断思念桃果的心。
夏芽佐兵卫拥有支配夏芽家、有如诅咒般的强烈影响力。佐兵卫的孙女真砂子每天晚上都会梦见自己杀了祖父。日复一日，最后佐兵卫吃了自己处理的河豚后中毒身亡。真砂子看起来似乎是从诅咒中解脱了，却被遭到佐兵卫附身的万里夫逼迫，同样吃下河豚后昏迷。就在真砂子濒临死亡边缘时，真悧悄悄地接近了……荒诞的情节有出人意料的痛快发展。
企鹅帽告诉高仓家兄弟说，他们家里的某个人将要接受严重的惩罚。正在住院的阳毬瞒着哥哥，偷偷替他们编织围巾，她为了买毛线擅自外出。因为阳毬不见了，高仓家兄弟到处找她。另一方面，百合跟多蕗痛苦地谈到，他们因为地下铁的事件而失去桃果的悲伤，还有对高仓家的人犯的错耿耿于怀一事。憎恨侵蚀了他们心，逐渐不受理性的约束，蠢蠢欲动。
多蕗小时候，他的妈妈期望他能成为钢琴家。但是弟弟出生后，多蕗失去了母亲对他的期盼，变成不被需要的孩子，所以感到绝望。桃果接受这样的他，并对他说他是不可或缺的。多蕗直到现在对桃果都无法忘怀，不能原谅害桃果丧生的那场地下铁事件。他憎恨身为主谋者的高仓家的人，所以绑架阳毬，引出冠叶，打算惩罚高仓家的人。多蕗压抑多时的情感终于爆发，跟冠叶对峙。
阳毬出院后，在高仓家感受到幸福。她看到晶马跟苹果的互动，觉得自己越来越没有归属感所以很不安。这时候，真砂子到高仓家，告诉阳毬说她其实不是高仓他们的妹妹，还说说谎的家庭里是不会有真实的。她叫阳毬要恢复记忆，回想起自己的爱、过去、真实。阳毬虽然动摇，关于那一天的记忆却逐渐苏醒……这是逼近高仓家兄妹的谜、冲击性的一回。
年幼的晶马在企鹅会的据点所在的一处社区，遇到封闭内心的少女阳毬。两个人慢慢地建立友谊，有一天却发生他们一起养的野猫被处理掉的事件。“没被选上就会死掉”，阳毬将自己的处境跟猫重叠，下定决心要去小孩烘烤机，从世上消失。晶马为了救阳毬而奔走。为了克服不合理的世界，努力联系彼此的人们，所做的命运的选择撼动人心。
有位记者嗅到地下铁事件。他将冠叶跟企鹅会有接触的事情，告诉晶马跟阳毬。晶马在盛怒之下要揍冠叶，冠叶却告诉晶马说他是为了阳毬的医药费。兄弟俩关系破灭。冠叶这样说之后，高仓家开始变得四分五裂。冠叶为了救阳毬而脱离常轨，为了阻止他，这次换阳毬振作起来。剧情急转直下，将故事导向最后结局。
真悧要救阳毬的话，“只要顺应自己的诅咒就好了”。冠叶离开镇上，要进行恐怖的计画。真砂子拚了命要阻止冠叶。真砂子对冠叶大喊说，她不想失去他。冠叶最后被警察包围住。真砂子虽然受到猛烈的攻击，但是她为了救冠叶，还是奋不顾身地跟警察对峙。为了最重要的东西，不惜跟世界为敌。悲哀的灵魂颤动的一回。
真悧让已经气绝的真砂子苏醒过来，更逐步控制冠叶。冠叶袭击晶马，并从苹果那里抢走日记，燃起斗志。他们搭上命运的列车，打算毁灭世界。企鹅帽传达讯息给晶马。企鹅帽告诉他说，能阻止他们只有晶马跟冠叶，以及他们会在列车上发现企鹅罐。为了解决这一切，他们在命运的列车集合。
冠叶准备了最后的计划。晶马跟冠叶抗衡。这时候苹果出现了，宣布说“她要转换命运”。她还打算冒著生命危险来救阳毬。这跟冠叶还有晶马，和阳毬初次见面时彼此分享的想法一样。要一起承受爱跟惩罚活下去。苹果的决心、阳毬深切的希望。他们因为爱的抉择，会得到什么？又会失去什么？命运即将决定，但是命运却又开始运转。
