某一天，就读圣米海洛夫学园的织部真冬见到了男主角亚历山大·尼古拉叶维奇赫尔(昵称沙夏)，他是一个俄国少年，能够通过吸吮圣乳而自由地操纵铁元素的炼金士，左脸有十字架型的圣痕，幼年时的恐怖经历造就了他的冷酷个性，别号致命者沙夏。 他的到来，使真冬以及灯的生活不再平静，卷入了炼金士们的战斗。埋藏长达两千年之久的圣像之迷，以这所学园为舞台展开了…………
下落不明的上古回路之一「雷之携香女」就藏在私立女校「翠玲学园」里。获得这项情报的沙夏奉「圣山」的密令，带著前不久成为自己新搭档的华，乔装为女性潜入学园。透过华的协助，沙夏逐一调查学园内学生的圣乳。然而在任务的途中，姐妹会的会长濑田深雪，向沙夏提出了决斗的要求。
于决斗中落败的深雪，由於被沙夏吸吮圣乳所涌生的罪恶感，刻意回避著自己的青梅竹马天乃翼。而翼也误以为原因出在自己身上，两人因此渐行渐远。另一方面，继「圣山」之后，「秘仪」也派出12使徒潜入校园―可操纵矽元素登入学园电脑的汪震，以及以学生身分搜索「雷之携香女」的吉达。吉达透过事先安排好的决斗，发现了隐藏在翼体内的能力!
沙夏与华转而将目标锁定翼，然而却被汪震抢先一步。重新展开调查的沙夏，被怀恨在心的吉达挡住去路。沙夏虽然击败过度自负的吉达，却被操纵著「魔女之碑」的汪震逼入绝境。就在此时，「伊凡雷帝」的强烈炮火，化解了沙夏的危机。
以援军身分前来的卡洽，为了救出意识遭囚禁的华，带著新奴隶绫女潜入虚拟空间。另一方面，汪震将「魔女之碑」的回路镶入翼的体内，企图将她纳为己有，而后并启动了「雷之携香女」。而从翼的祖父天乃晴之那儿得知一切的深雪为了守护翼，使用了当初托付给自己的力量。
变身为银瓷骑士的深雪，挺身面对化为「魔女之碑」的翼。和绫女一同潜入虚拟空间的卡洽尽管察觉汪震的企图，却被半途杀出的新敌人挡住去路。另一方面，终於醒来的沙夏透过由理，得到来自总主教会议的传令，以及神罚执行部的出兵消息。沙夏试著介入银瓷骑士与「魔女之碑」间的战斗，却不得不体认到双方压倒性的实力差距。
在一筹莫展的沙夏面前现身的，正是他过去最珍视的人。真冬的「剑之圣女」非但没失去力量，并透过圣女的修行获得掌控。她一边疗慰身心俱疲的沙夏，并立誓以此力量一同奋战。得到「剑之圣女」加持的沙夏，对上持有「雷之携香女」的汪震，一场炽烈的最终决战即将开打――!!
炼金士能力遭封印，被「圣山」软禁的吉达，尽管和灯久违重逢，却因不了解置身此处的意义而苦恼。面对闷闷不乐的吉达，「命运之母」「星之宿主」「米海洛夫的救世主」百合之母向她伸出了救赎之手。见识到百合之母惊人的预言命中率，以及灯等人奉献的姿态…敌人真实的那一面，为吉达带来一次又一次的震撼。
返回圣米海洛夫学园的沙夏与真冬等人，重新回到过去安稳的日子。另一方面，开心迎接众人的史伽，对沙夏抱持的好感如今依旧未减。而沙夏由於与敌对阵营的吉达共居校内，彼此冲突也日益升温。但这次，他们学到异於以往的对决方式——保龄球。在占卜馆内附设的球道上，「圣山」与「秘仪」一决雌雄的时刻终於到来!?
一年一度的盛事「米海洛夫学园校庆」。从前一天的准备活动起，每个人都雀跃无比。在这样的节庆气氛，真冬却目睹沙夏为吉达吸出圣乳的画面。尽管晓得那是为了消除乳锁带来的影响，见到沙夏吸吮他人的圣乳，还是令真冬不由得为之种摇。校庆当天，依旧闷闷不乐的真冬，在沙夏邀请下一同进入秘宝馆。在两人独处的静谧空间里，真冬与沙夏随後…。
圣乳—取自女性，炼金士操纵元素所不可或缺神圣能量……。如此神圣的仪式，沙夏对其抱持的敬意却日益低落。见到沙夏这般模样，大修女下令要他断奶。另一方面，为了贫乳而烦恼的少女们，面对周遭众多波霸亦不甘示弱，并团结一致，希望自己将来也能一样丰满。究竟，她们有没有成长为傲人胸部的那一天呢!?
「万国乳房研究会」——万乳研，由过去某个企图掌握世上一切胸部的男人所成立的组织。然而它却被警察与一名少女所摧毁。出狱的男人洗心革面，试著踏上凡人的道路，但与生俱来的天性却又让他再次觉醒。他选择在这里——乳头温泉庆祝他的崭新事业。「宇宙乳房研究会」，宇乳研如今诞生!!
在米海洛夫学园里，今天迎接沙夏的，依旧是个平静的早晨。但是就在这一天，他终於得知消失的上古回路：黄昏先导者的下落。而神罚执行部也在同时搜索到回路的所在地，并企图派遣兵员进入米海洛夫学园。一意孤行的神罚执行部掌管者克利弗多，与由理神父两相对峙。另一方面，早先潜入米海洛夫学园的神罚执行部成员，也将毒手伸向了真冬！
