《翼·年代记》的故事中，首个世界是沙漠城市──玖楼国（TVB译：古罗国）。少年小狼多年前，跟随养父考古家藤隆来到这国家，希望发掘该国的翼形遗迹，以解开玖楼国的历史之谜。小狼因此认识了玖楼国中的各人，包括与他青梅竹马的小樱公主。二人一直互相心仪，但小狼碍于身分问题，一直不敢表白。藤隆辞世后，小狼继承父亲遗志，继续挖掘和研究工作。可是，在一次小樱及其兄长桃矢国王的探访中，遗迹突然发生异动，小樱的记忆化作了羽毛，飞散消失。神官雪兔一面照顾受了伤的国王桃矢，一面告诉小狼：小樱的记忆羽毛已经飞散到不同的次元世界里，要救回小樱，必须收集回小樱的羽毛。 于是，雪兔便把小狼送到“次元魔女”壹原侑子那里，要他向侑子询问救回小樱的办法。同一时间，要躲避阿修罗王的色雷斯国魔法师法伊，及被知世公主驱出日本国的武士黑钢，都来到侑子那里，希望得到穿越各次元的方法，以继续逃避或回到故地。 侑子遂把能带他们穿越不同次元的莫歌拿取出，但条件是要用他们最珍贵的东西，作“等价交换”。法伊为继续逃避阿修罗王，他交出了他背后的特殊纹身；黑纲为返回日本国，以他那柄特殊的刀作为代价；为了救回小樱，小狼牺牲了他跟她的“关系性”──即使找回小樱的所有羽毛，小樱也不会记得往日与小狼一起的时光。 就是这样，小狼带着小樱公主，与黑钢、法伊一起，踏上穿梭各个次元的旅程，为了取回小樱的羽毛而作战。 《翼·年代记》的故事中，采用了大量CLAMP过去作品中的人物。在不同的世界里，人物有着不同的生活，不过他们的“根源”（可视为本性、灵魂之类）是相同的；与李连杰电影《最后一强中文维基百科未有最后一强页面，可参考英语维基百科的对应页面The One。》的设定类似。在《CLAMP奇迹》一书中则称这种叫做“明星制度”
小狼、小樱、黑钢、法伊一行四人，外加摩可拿来到名为“Piffle”的国家。众人通过广场上的大屏幕得知，由Poffle Princess公司赞助的“Dragon Fly Run”比赛，优胜者的奖励为一根羽毛。为了拿回羽毛，四人报名参加比赛。比赛只剩下一个名额时，所有人的引擎出现问题，面对对手的夹击，小狼沉着应对。最终四人全部进入第二轮比赛。
引擎出问题是有人做了手脚，而且这个人现在是12名参赛者中的一员。Poffle Princess公司的社长知世委托小狼四人协助调查，但是因为Piffle国的很多人与小狼他们之前认识的人长的一模一样，给调查造成一定难度。比赛中再一次出现意外，法伊被迫退出。有人故意破坏比赛以阻止小狼等人取得羽毛的意图越来越明显。
最后一关，小狼和龙王的飞行器相撞，两人均退出比赛，小樱最终获胜。从梦中出现的知世公主那里了解事实的知世社长，为了把羽毛顺利的还给小樱，举办“Dragon Fly Run”比赛，并在初赛做手脚让小樱顺利通过。众人齐心协力抓住复赛中搞鬼的人，参赛者中的内应突然现身。紧急关头摩可拿发挥绝技，把被抢走的羽毛吸回来，放入到小樱体内。
小狼一行人回到曾经去过的世界，发现羽毛镶嵌在一条龙的角里，小狼他们以前帮助过的人也在追捕龙。神预言因为小樱的祈祷死而复生的人将再次死去，这些人想要得到羽毛避免再次消失。在众人的配合下，小狼割下龙角，拿回羽毛。小樱再次祈祷，仍然无法挽回局面，因为生命一旦消失，就无法再挽回。羽毛回到小樱身体里，众人也平静的接受命运的安排。
由于摩可拿的失误，小狼等人降落到海里，被路过的船只救起。因为船上缺少人手，小狼等人暂时在船上从事各种工作。在船上，小狼遇到和自己父亲拥有相同灵魂但是比自己小的少年。暴风雨中小狼和少年被吹到了传说中有恶灵存在的恶灵之岛上。凭借着小狼的考古知识，小狼和少年穿过危险的山洞，更是在众人的共同努力下，破解岛上谜题，成功回到船上。
小狼一行人来到一个魔法世界，这里每年都由人民自己选出一个人做国王，在当国王的一年里此人的记忆会失去，卸任时自动恢复。今年的国王是由大魔法师创造的叽担任，因为叽拒绝当国王，黑夜已持续几个月，如果叽离开城堡，世界将永远陷入黑暗。法伊带着孤独的叽在城堡里快乐的游玩，在紧要关头阻止叽的逃离，太阳因此重新出现在天空。
铃兰剧团的守护神是阿修罗，神社的守护神是夜叉，而阿修罗与夜叉是两座相对的神，相爱的铃兰团长与仓石大人因此不能在一起。铃剧团每年要回到故乡表演一次，这时神社的夜叉雕像右眼就会流出血泪。降落时分散的黑钢与法伊暂住神社，而小狼和小樱则被铃兰剧团收留。因为小樱的缘故，阿修罗像和夜叉像浑身发光，天空也裂开一条缝隙。
感应到裂缝后的世界里有羽毛的摩可拿将小狼等人带到这个世界。这个世界的天空中有一座月亮城堡，传说城堡能够满足任何人的愿望。为夺得城堡，阿修罗族与夜叉族相互征战几百年。但是两个国家平时不在一起，只能在月亮升起到升至天空正中间的这段时间内同时出现在月亮城堡。摩可拿也确定羽毛就在城堡里，小狼为拿到羽毛便加入到阿修罗王的军队中。
小狼等人并不是偶然进入异次元世界，一切起源于阿修罗王。阿修罗王用一瓶不老酒向魔女求助，魔女也借此机会把小狼等人送入异次元，从此偏离大魔王设定的旅行路线。月亮再次升起时，阿修罗王只带着小狼和自己的侍卫出现在月亮城堡中，而夜叉王也只带着和黑钢、法伊相同面貌的部下出现。阿修罗王手刃夜叉王，把夜叉王体内的羽毛释放出来。小狼则在打斗的过程中，感觉到另一个自己的存在。
阿修罗王与夜叉王相爱，但是再一次战斗中，阿修罗王打伤了身染恶疾的夜叉王，不久夜叉王去世。城堡因为无法达成阿修罗王想要夜叉王复活的愿望而崩塌，阿修罗请魔女使自己和夜叉王一同成为神灵。小狼一行人重新回到原来的世界，发现世界的氛围完全改变。敌对的双方相处融洽，而铃兰团长与仓石大人重新在一起。
一片羽毛落在语部的画家手里，变成了一支神奇地画笔。而小狼等人因为羽毛的召唤，降落到画中，变成Q版人物，摩可拿则以意外的来到画家身边。想要救出小狼等人，必须将画完成，并且是要一个关心小狼他们的朋友。于是，摩可拿拿起画笔，凭借着自己的想象，控制故事的进展，将小狼等人从画中救出。
小狼等人降落到一个新的世界，摩可拿打算把上次能够作画的羽毛还给小樱时，那根羽毛竟然莫名其妙地粘在高速驶来的大巴上。四人乘坐公路班车前往追赶，眼看着将要拿回羽毛，可惜小狼被路牌挡道，并因此受伤。车上的众人偷偷的讨论羽毛的事情，在让刃提议大家帮忙的时候却都一一拒绝。夜晚休息的众人遭到公路抢劫团伙的攻击，小狼和黑钢两人率先出击，小狼更是想要夺取对方的摩托车去追回羽毛。
面对抢劫团伙疯狂的攻击，小狼和黑钢沉着应对，虽然没有夺取到摩托车，但是仍然成功的击退抢劫团伙。车上的乘客都有自己迷茫的故事，在班车行进的过程中，大家受到小狼等人的影响，慢慢的找到答案，确定自己前进的目标。而小狼在众人的帮助下，击退抢劫团伙的再一次攻击，拿回黏在大巴上的羽毛。
黑钢的父亲是一名领主，母亲是一名女巫。他们居住的领地是一片圣地，经常受到妖魔的攻击，为了保护领地，黑钢的母亲负责祈祷张开结界，父亲则负责讨伐怪兽。领地中出现一只能力超强的怪物，黑钢的父亲战死在战斗中，母亲也遭人暗害去世。失去双亲的黑钢暴走，被赶来的日本天皇和知世公主所救。
《记忆之书》能够复制最初碰过书的人的记忆，并能让随后打开的人看到。黑钢先拿到《记忆之书》，随后将空白的书递给小狼，小狼因此在了解到黑钢的过去并且晕倒。通过调查得知，小狼先前看的是复制版，而羽毛则在所谓的原版里。在与中央图书馆交涉失败后，众人发挥聪明才智，闯过层层难关，却来到小樱和小狼所在的世界--玖楼国。
因为小樱的羽毛与魔法结合而产生的《记忆之书》的作用，众人出现在小樱记忆中的玖楼国。但是小樱的羽毛并未完全收集，玖楼国里空无一人，只显现小樱记忆中最深刻的地方。众人找到《记忆之书》，环境危险，小狼和黑钢只身前往。面对妖兽的阻拦，小狼被大魔王控制得另一个自己附身，顺利拿回羽毛，此事被黑钢觉察。在法伊魔法的帮助下，摩可拿将众人带离中央图书馆。
摩可拿在法伊施展魔法时打开异次元通道致使身体受损，而逃离图书馆的小狼等人被当做盗窃《记忆之书》的盗贼四处通缉。众人为了躲避追捕，同时让摩可拿恢复精神，选择在图书馆藏身。阴差阳错间，小狼打开另一本复制版《记忆之书》，再一次看到黑钢的过去，了解到黑钢向知世公主许下的五个誓言。误会解除，众人前往下一个世界继续旅行。
小狼等人来到一个新的世界，没有找到村子的众人在野外野营。第二天早上，醒来的众人发现除了摩可拿，其他人全部变小。小狼等人被前来寻找救世主的可鲁带回家。经过可鲁的介绍，众人得知小樱的羽毛落在山上，因为某种原因把人民变小，可鲁在梦中被告知只有摩可拿才能把人民变回原样。于是，摩可拿与可鲁一起出发，突破难关，拿回羽毛。
小狼等人降落到曾经来过的世界，他们以为这里的人们过着和平的生活。碰到春香后，小狼他们发现事实并非如此。人们因为被妖怪夺走灵魂变成雕像，村民组织起来打算用秘术打败妖怪，春香拒绝加入从而与村民产生间隙。小狼等人无意中捡到受伤的秘妖并将她带回春香家救助，得知这个消息的村民聚集在春香家，被激怒的秘妖施展法术把小狼、黑钢等人卷入秘妖国。
秘妖王把小狼等人卷入秘妖国，是为了借住他们的力量打败领主的儿子，夺回王位。原来，邪恶领主的儿子通过小樱的羽毛获得奇异能力，这个能力将人类的灵魂变成宝石，把宝石放在秘妖的额头就可以操纵秘妖按照自己的意愿行事。借此能力，领主的儿子控制了整个秘妖国。小狼等人成功打败领主儿子，而春香也领悟到最高秘术的涵义。因为秘术没有彻底消失，摩可拿替小樱暂时保管羽毛。
小狼一行人来到一个新的世界，这一次，他们很快的找到羽毛，却不能立刻拿到手。羽毛被一家首饰店的老板捡到制作成胸针，并且能力变弱。胸针的价格高达10万，但是老板答应众人将羽毛保留三天。于是众人四处寻找工作。不愿在住所等待的小樱也外出寻找工作，先后在国王小饭店做服务员、在工厂做运输员，最后在酒吧做服务员，小狼三人也被老板雇佣做保镖。挣够钱的小狼等人最终买回羽毛。
小狼等人这次来到的世界里，人人都拥有一种称为“仙力”的能力，每个人的掌控程度不同所属的级别不同，使用仙力更够做各种事情。统治这个世界的羽王卡奥斯是唯一一个有着和神同等力量的人，卡奥斯答应归回他拥有的5根羽毛，条件是小狼等人把旅行过程中发生的事情告诉他。这个世界里存在着更多的羽毛，只不过被巨鸟玄鹤占有。为夺回羽毛，小狼三人前往强雷山。
小狼三人遭遇玄鹤攻击，被迫降落到强落山上，被妖怪包围的三人奋力作战。突然一阵迷雾出现，走散的三人面前出现不曾料到的人。小时候的小樱与羽王卡奥斯有个约定，两人一起周逰世界。恢复部分记忆的小樱拒绝卡奥斯替代小狼等人与自己旅行的意见，随后识破其阴谋的小狼三人回到小樱身边。黑钢和法伊不敌使用神力的卡奥斯，只剩下小狼一人与其对抗。
小狼敌不过拥有神力的卡奥斯，只能眼睁睁的看着卡奥斯将小樱带走。而卡奥斯因为小樱的抵制，暂且搁置两人一起旅行的计划，把小樱带回宫殿想要进一步了解她。恢复意识的小狼情绪低落，心中犹豫有卡奥斯陪伴的旅行，对小樱来说或许会轻松很多。在法伊的提点下，小狼辨明自己的心意，带着黑狼借给自己的剑踏上寻找小樱的路途。在黑暗的角落里，大魔王则在探测卡奥斯强大力量的来源。
卡奥斯之前还给小樱的羽毛都是假的，卡奥斯通过这些羽毛向小樱灌输假的记忆。发现真相的小樱再一次明确自己对小狼的心意，而卡奥斯则通过偷偷溜进宫殿的法伊和摩可拿向小狼发出挑战。决斗的天平向小狼倾斜，不愿放弃的卡奥斯将小樱的身体和灵魂封印起来，自己幻化成巨鸟玄鹤，想要带着被封印的小樱开始两人的旅行。
卡奥斯其实是小樱的羽毛变成的，因为想要和小樱在一起的愿望过于强烈，反被力量吞噬。小樱在卡奥斯灵魂的帮助下解除封印，而卡奥斯幻化成的玄鹤已经失去本性，四处破坏。为解救卡奥斯，小狼使用超强武器打败玄鹤，卡奥斯因此恢复本性。卡奥斯再一次变成羽毛，飞向世界各地，期待着小狼等人的搜寻。小樱的记忆慢慢的在恢复，众人也再一次踏上寻找羽毛的旅途。
