死神武器职业专门学校，简称“死武专”。其学生分为“工匠”与“武器”。据称，收集99个鬼神的灵魂与1个魔女的灵魂，“武器”就会进化成最强的死神武器“DEATH SCYTHE”。以最强的“工匠”为目标的镰刀“工匠”玛嘉与其“武器”SOUL二人，开始了艰辛的试炼。有同样目标的还有暗器“工匠”BLACK STAR与“武器”务椿，和死神之子——死神•德•基德与他的武器双枪姐妹。三组少男少女成长的故事，伴随着的是“死武专”的危机四伏。神秘的魔女美杜莎心怀鬼胎；死神大人不离开“死武专”寸步，似乎也是为了隐藏天大的秘密。
死武专是死神创立专门培养武器和职人的机构，作为镰武器的SOUL EATER和他的职人玛嘉也是其中的一份子。刚刚被SOUL EATER吃掉的鬼神之卵是第99个，再加上一个魔女的灵魂SOUL EATER便会晋级为死神的武器Death Scythe，为了得到魔女的灵魂玛嘉和SOUL EATER找上了布莱雅，但事情的发展却并没有让他们如愿。
前去暗杀阿尔卡波内和他的爪牙们的是BLACK STAR和椿，虽然BLACK STAR默念着暗杀的法则但他的张扬出场又一次让任务失败。从死神哪里得到了阿尔卡波内去袭击魔女安杰拉的消息后BLACK STAR和椿立即行动，但在他们到达时安杰拉的保镖米佛涅已经将来犯的敌人悉数变成鬼魂之卵，面对米佛涅的轻视认真起来的BLACK STAR改变了自己的气息。
死神的儿子KID是个追求左右对称完美的公子哥，为了收集大量死神之卵的他接下了阿努比斯的任务。进入阿努比斯后十分在意自家牌匾是否歪斜的KID竟然又跑回了家中，作为武器的莉兹和帕蒂只能先行处理木乃伊，再次来到阿努比斯的KID面对的是法老王的愤怒，而KID却没有办法向完美对称的法老王开枪，他的执着让自己陷入了危机。
死神为鬼神之卵收集量为零的玛嘉和BLACK STAR等人安排了补习，他们这次的目标是死后变为僵尸的希德老师。虽然玛嘉和SOUL EATER还不能很好控制灵魂共鸣后使出的狩猎魔女，但与BLACK STAR和椿的配合还是成功制服了希德老师，接下来他们的敌人则是令希德老师黑化的罪魁祸首，Death Scythe的初代使用者“弗兰肯修泰因博士”。
玛嘉等人所要战胜的对手是Death Scythe的初代使用者修泰因，作为死武专毕业生里最强的职人，即便不使用武器修泰因也能施展出绝强的实力。看到修泰因强大的灵魂后玛嘉陷入了绝望，在SOUL EATER的鼓励下玛嘉重新站了起来，而他们灵魂共鸣后所使出的狩猎魔女却依然伤不了斯泰因分毫。
SOUL EATER和BLACK STAR对今天将要来到学校的新生非常在意，他就是死神之子KID。SOUL和BLACK STAR认为解决了阿努比斯任务的KID占尽了风头，这对笨蛋组合便向KID发起了挑战，与KID稳定的波长不一样，他们两人的波长完全不合拍。面对挑衅的SOUL和BLACK STAR，KID展现出了死神的力量，在摆平了SOUL他们之后KID又一次输给了自己那左右对称的执着。
为了完成课外补习而来到意大利的玛嘉和SOUL虽然完美的完成了任务，但不祥的魂之波长却让他们感到不安。玛嘉感受到教团内包围着武器和职人的大量人类灵魂在一瞬间消失了，明知道门后潜藏着危险，作为死武专学生的她还是决定探明究竟。玛嘉看到的是职人库罗娜，而他的身体里竟然藏着武器拉格纳罗库，魔剑正在威胁着玛嘉的SOUL。
SOUL为了保护玛嘉受到重创，而前来营救他们的是死武专最强的职人修泰因与DEATH SCYTHE。库罗娜和拉格纳罗库是鬼神蜕变前的阶段，体内的每一滴黑血都能够化为武器，修泰因和DEATH SCYTHE靠着强大的实力压制住了库罗娜，这时强大的魔女美杜莎解除了灵魂保护罩，强大的灵魂使玛嘉感受到了从未有过的压迫感。
没有收集到鬼神之卵的BLACK STAR被罚打扫图书馆，他与前来借书的KID都被记录着圣剑EXCALIBUR的书所吸引。听到修泰因对于圣剑的评价后两人前去寻找圣剑，当两人拔出圣剑时却被眼前的一幕惊呆了，能够断天裂地的圣剑竟然与谁都合拍，但因为他的性格却没有那个职人愿意配合他的波长，备受折磨的BLACK STAR和KID毫不犹豫的将他放回原位。
能够依附并吸收人类灵魂的妖刀正宗很有可能变为鬼神，前去阻止他的是椿和BLACK STAR。BLACK STAR肩膀上的星族刺青遭到了针之村的仇视，这是BLACK STAR从未提及的事情，而妖刀也与椿有着千丝万缕的关系。信任椿的BLACK STAR无意知道背后的真相，他所做的就是对同伴的全力支持，在逼出依附在人体内的妖刀后，进入妖刀体内的椿面临着独自的战斗。
同为中务家的兄妹俩，正宗和可以多种变化的椿不同，他只继承了日本刀的姿态，现在的他想要得到椿的灵魂。BLACK STAR已经不能插足妖刀内的战斗，现在的他只能在一旁默默的守候，而妖刀内椿与正宗的战斗正激烈的进行着。受到BLACK STAR影响的椿终于有了打败哥哥的觉悟，感受到椿的内心的正宗终于平息了下来，一切结束后等待她的是BLACK STAR的拥抱。
在魔女集会上美杜莎遭到了艾露卡等人的挑衅，她的所作所为已经威胁到了魔女们的安危。被黑血侵入体内的SOUL整日做着恶梦，玛嘉到现在还没有勇气面对SOUL之前受到的伤害，SOUL身上的那道伤疤让两人之间有了隔阂。体内混入黑血的SOUL成为了美杜莎的研究对象，前来找茬的魔女们引来了斯泰因和玛嘉，想要蒙混过关的美杜莎却引起了斯泰因的注意。
美杜莎威胁艾露卡救出了魔女监狱的13号犯人魔眼之男，她这样做的目的是为了测试混入SOUL体内的黑血。玛嘉和SOUL两人的分歧越来越大，这致使两人的泼长出现了偏差，修泰因对两人的修炼也没有起到效果，面对魔眼之男的玛嘉竟然无法使用SOUL。重归于好的两人终于提升了共鸣率，在他们打败魔眼之男后玛嘉竟也遭到了黑血的侵蚀。
死武专里的超笔试测验即将开始，传说在笔试中获得第一的人便可以让武器成为DEATH SCYTHE，平时努力的玛嘉对于这次考试志在必得。为了迎接考试每个人都以自己的方式开始了考前准备，经过了一段时间的复习之后终于到了测试成绩的时刻。因为某些莫名其妙的原因很多人都在考试中失利，而一直努力着的玛嘉获得了自己应有的成绩。
追寻着波罗的海沿岸事件，为了调查灵魂和小镇一起被吞噬的原因KID等人开始了调查，通过幸存者提供的讯息他们找到了被称作黑龙的幽灵船。KID等人在幽灵船内发现了大量的人类灵魂，还受到了恶灵的袭击，天生胆小的莉兹还与完美对称主意者KID走散。莉兹在幽灵同伴们的指引下终于找到了KID，正当KID准备攻击时彷如黑龙一般的诸神黄昏出现了。
KID和魔剑在幽灵船上展开了激斗，库罗娜爆发出的强大力量竟然将整艘船一分为二， 但他却没有恋战的意思，KID在追捕魔剑时却被完美对称的风景所吸引。让美杜莎吃惊的是因同步共鸣而转移到玛嘉体内的黑血完全消失，本打算继续观察的她被修泰因识破了魔女的身份，死武专和魔女双方都开始了行动。
传说中北方某地的寺庙里，有一把传说中名为EXCALIBUR的圣剑。然而就在奥古斯来寻找圣剑唤醒EXCALIBUR时，EXCALIBUR向往常一样提出了必须遵守自己的1000条的要求，并滔滔不绝的讲诉起了自己风光的过去。之后就在EXCALIBUR唱起EXCALIBUR之歌时，来寻找圣剑的奥古斯终于无法忍受话痨圣剑，EXCALIBUR又得到了与以往一样的对待。
在死武专的创立纪念日上大家都盛装出席，但死武专内部封印着鬼神的事实却让KID无法放松，于此同时美杜莎恐怖的诡计正在施展。与美杜莎共舞的修泰因识破了她研究黑血的目的，就在美杜莎准备蛊惑修泰因时西德赶了回来，美杜莎趁着死神离开镜之世界出席晚会时设置了空间魔法，在空间封闭之前西德将玛嘉等人送出了会场，现在能够拯救死武专的只有他们。
死神所属八武众里最强的阿修罗也是最大的不安，执着于力量的他终于开始狩猎人类的灵魂，这就是鬼神的诞生，死神将阿修罗封印在死武专地下，并将自己的灵魂和身体附着在死亡之城将其压制。玛嘉等人现在要做的是阻止美杜莎利用黑血复活鬼神，根据斯泰因的作战计划，玛嘉、KID和BLACK STAR必须突破美杜莎的导航箭前去阻止鬼神的复活。
不顾斯泰因的作战计划，玛嘉执意要和魔剑战斗，看出玛嘉认真态度的BLACK STAR赶去支援KID。库罗娜现在的扭曲完全都是作为亲生母亲的美杜莎所为，在玛嘉和SOUL灵魂共鸣后黑血开始活跃，但他们使出的狩猎魔女依旧无法打败库罗娜。想要拥有和魔剑一样的狂气从而感受并了解库罗娜，玛嘉说服了SOUL接受黑血的指引，但因此散发出的狂气却难以控制。
受到狂气的影响玛嘉失去了理智，在玛嘉乱来的战斗同时SOUL也即将被狂气所吞噬。受到狂气影响的玛嘉开始在内心感受库罗娜的灵魂，透过库罗娜干涸的灵魂玛嘉看到的是毫无生气的沙丘，库罗娜被自己禁锢在很小的范围内，而玛嘉的出现消除了他给自己所画的界线，逃离狂气的玛嘉愿意做库罗娜的朋友，干涸的沙丘终于迎来了大海的滋润。
使库罗娜波长平静下来的玛嘉立即赶去支援KID和BLACK STAR，而机动性最好的KID则遭到了魔眼之男的阻截。面对棘手的敌人KID思索着突破的方法，但凌乱的房间却让他陷入了恐慌，BLACK STAR的到来终于让KID把注意力再次集中在魔眼之男身上。虽然KID的冷静分析识破了魔眼之男的空间魔法，但拿着黑血的两人已经到达了封印鬼神的神社。
来到神社的魔眼和艾露卡因为狂气而产生了幻觉，紧追上来的KID也没能幸免，双方围绕着鬼神的战斗还没有结束。斯泰因还没有从美杜莎的纠缠中解脱出来，想要打败美杜莎的他回想着自己以前的感觉，正当他要与美杜莎生死对决时狂气开始支配整个空间，BLACK STAR奋力的一击觉醒了第六感，陷入幻觉中的他错过了阻止鬼神复活的时机。
复活的鬼神已经不是KID和BLACK STAR所能应对，举手投足的一个动作便能让他们丧失意识，赶到的玛嘉也无能为力。发动的死神封印已经无法阻止阿修罗，现在能与他抗衡的只有挡在他面前的死神，神之间的战斗远远超出了众人的想象，强大的破坏力让死亡城濒临毁灭，但阿修罗并无恋战的意思，受到活动范围限制的死神只能眼睁睁的看着鬼神逃走。
因为鬼神阿修罗的复活死神召集了世界各地的death scythe们，虽然逃走的阿修罗非常强大，但一向懦弱的他不会立即行动，更应该在意的是他释放出来的狂气波长。死神对来此的四位death scythe分配了任务，而已经收到狂气影响的修泰因让死神非常担忧。斯皮利特担忧的人事调动并没有发生，而玛嘉决定与他约会的消息更是让他高兴到吐。
死神决定让库罗娜作为死武专的试读生，无法与库罗娜沟通的希德老师找来了玛嘉。由玛嘉和玛丽老师带着库罗娜参观死武专，企图鼓励库罗娜的同伴们却被他带着一同陷入了消沉。作为玛嘉和库罗娜的补习，他们来到世代制造泥人的莱夫村调查因为狂气而失控的最古老的的泥人，而死神却对于泥人的暴走有着不祥的预感。
玛嘉在与基利克战斗的时候沾染到泥人伤口中涌出的丝线，库罗娜为了保护不能动弹的玛嘉陷入了苦战，而魔武器之母阿拉克妮也复活了，赶来支援玛嘉等人的贾斯丁压制住了基利克，阿拉克妮也并没有恋战的意思。经过了八百年，异端的魔女阿拉克妮因为狂气的原因得以复活，阿修罗的隐患还没有消除，新的强敌又出现了。
西德老师前去阿拉克妮之惧调查那里秘密制造的魔道具，这个魔道具与历史上赫赫有名的大魔导师艾邦有关。在阿梓的引领下西德进入了阿拉克妮之惧，但让他们没想到的是想为玛嘉报仇的BLACK STAR也来到了这里。因为安杰拉的原因米弗涅不得不为阿拉克妮卖命，也正是因为BLACK STAR的原因，西德老师才能顺利的完成这次的任务。
被斯泰因打的支离破碎的美杜莎并没有死去，现在的她附身在了名叫蕾杰尔的孩子身上。为了应对最近所遇到的强敌斯泰因对玛嘉等人制定了专门的课程，在他们练习的时候美杜莎已经来到了阿拉克妮之惧，蜘蛛与蛇的因缘再会，姐妹相隔了八百年的团聚却并没有平和的气氛，阿拉克妮永远忘不了美杜莎对于自己的背叛。
来到炎热沙漠的KID等人将要回收魔道具永动发条，KID显然对于这个100年都没有停过的暴走列车非常感兴趣。阿拉克妮之惧果然觊觎魔道具，在KID赶到之前阿拉克妮之惧的刺客钓鱼王已经控制了列车，经过一番抢斗后KID终于制服了敌人，但当他打开魔道具盒子时却发现铭牌上出现了自己父亲的名字，正当钓鱼王想要说出真相时赶来的西德了解了他的性命。
害怕与人相处的库罗娜已经渐渐的融入了死武专，朋友们的关心与热情填满了他那本来干涩的灵魂，他感受到了从未有过的温暖。美杜莎的阴影并没有从库罗娜的世界里消失，复活后的美杜莎让库罗娜作为间谍留在死武专，虽然交到朋友的库罗娜很不情愿，但常年被美杜莎扭曲教育的他没有反抗的余地，恐惧与内疚交杂的心情让库罗娜重新回到了角落。
死武专平庸的职人希罗老是受到别人的欺负，想要脱胎换骨的他看到了关于圣剑的书。取得圣剑EXCALIBUR的希罗获得了重生，一瞬间便轻松摆平了前来挑战的KID等人，希罗不光可以忍受烦死人的EXCALIBUR，竟还完美的完成了圣剑的1000条要求，现在的希罗已经是死武专混混的头目，就在大家认为这样的微妙组合将会持续下去时一个喷嚏改变了这一切。
受到狂气影响的修泰因已经渐渐不能维持理智，在被狂气完全控制之前他还有更为重要的事情需要完成。为了应对即将面对的强大敌人修泰因以小组为单位，小组队员们的共鸣连锁可以发挥出巨大的力量，但玛嘉小队的训练并不顺利。玛嘉把失败的原因全都归结于肆意妄为的BLACK STAR，但她似乎忘记了最重要的是互相认同和信任。
艾绑智慧的结晶波乱成为了死武专与阿拉克妮之惧争夺的目标，而它所在的罗斯特岛因为一次事故笼罩在魔法磁场之中，争夺波乱的战争已经拉开了帷幕。由玛丽和修泰因进入了磁场，而玛嘉等人则在外面守候，现在死武专已经与阿拉克妮之惧的队伍开始了大规模的交战。前去援助修泰因的玛嘉等人来到了磁场内部，在那里他们看到的是定格在遥远过去的影像。
进入磁场的玛丽和修泰因并没有找到魔道具，狂气的影响已经让修泰因寸步难行，由于时间的关系磁场外的死武专部队也先行撤退。找到修泰因的玛嘉等人决定代替他们夺回波乱，而他们必须面对的敌人则是阿拉克妮之惧的莫斯基特，变回100年前的莫斯基德让他们陷入了困境，无奈下SOUL决定听从黑血的提议用琴声让大家共鸣连锁。
通过SOUL的琴声玛嘉小队终于开始了共鸣连锁，激昂的音乐将7人紧紧联系在了一起，完美无缺的配合让莫斯基特毫无还手之力，被玛嘉等人合力打倒莫斯基特趁着爆炸逃走，玛嘉他们已经失去了抢回波乱的机会。莫斯基特拿到阿拉克妮面前的波乱已经无法进行运作，在他们不知道的情况下美杜莎已经取得了真正的波乱，死武专与阿拉克妮之惧的争夺毫无意义。
争夺波乱一战让玛嘉他们非常沮丧，而KID更在乎父亲为什么如此执着于艾绑的魔道具。对于KID与大家的质疑死神还是搪塞了过去，玛嘉关于退魔波长的疑问死神还是给出了确切的回答，继承了母亲力量的玛嘉很可能是这次战胜鬼神的关键。执着于答案的KID找上了神情恍惚的斯泰因，他想要知道自己的父亲是否偏离了正道。
死神召集来了大洋洲支部技术开发部顾问bj，他将要执行死神的某项任务，而四处寻找答案的KID自然不会放过对他的询问。接二连三的失败再加上无法驾驭妖刀，这一切让BLACK STAR表现出从未有过的焦虑，在挑战KID时缺乏自信的他竟然无法打出波长，而KID只能用武力强制使暴躁的BLACK STAR平静下来，希望他已经清楚以后将要选择的道路。
阿拉克妮等人来到了鬼神所在的深山，胆小懦弱的鬼神将自己一直隐藏在此，虽然费了一番功夫，但阿拉克妮还是成功的招揽了鬼神。被美杜莎逼着做了不想做的事情，库罗娜依旧不想离开朋友们，但与朋友们的相处却又让他置身于痛苦之中，无奈之下他选择了离开。库罗娜向追上来的玛嘉坦白了一切，而让玛嘉生气的是他无法直视自己真正的感受。
美杜莎向死武专的投降让众人都感到非常吃惊，被关押起来的美杜莎竟然拿出了波乱作为和死神见面的条件。来到死神面前的美杜莎想要和死武专做个交易，招揽鬼神的阿拉克妮想要通过狂气增幅器使世界陷入狂气之中，而美杜莎的王牌则是鬼神的所在，虽然她提出的要求仅仅是释放自己，但她真正的目的则是操纵死武专与阿拉克妮之惧的战争。
因为美杜莎的影响修泰因已经完全被狂气所牵引，在心中徘徊的他已经不清楚自己到底该如何选择，现在他的世界陷入混乱之中，秩序、道德和情感完全起不到约束的作用，他也不明白眼前推开的门后是否就是他的归处。对于修泰因的离开库罗娜非常自责，向死神提出要与美杜莎做个了结的他与玛丽一起前去想要带回修泰因。
屏幕上父亲和死神一起宣布了目前大家首要的任务，但是抵御鬼神的计划在玛嘉看来只是转移注意力的噱头，她更在意最近发生的事情，尤其是库罗娜受到的不合理对待。在西德老师口中玛嘉知道了库罗娜和玛丽老师的任务，听到这些的她无法再平静下来，与阿拉克妮之惧的战争已经开始，但玛嘉做了其他的选择。
为了启动波乱死神派KID前去寻找最后的魔道具，目的地石棺的传说让莉兹非常恐惧，而未知的危险也让KID决定独自前往。轻松拿到魔道具后KID遭到了守护者们的袭击，而手无寸铁的他陷入了危险，不放心KID的莉兹和帕缇赶到后终于打败了守护者们，但守护者崩坏前传达的讯息却让KID开始疑虑该不该将手中的魔道具交给父亲。
死武专和阿拉克妮之惧的战争还没有结束，各处的战斗已经到了白热化，而库罗娜与玛丽也来到了美杜莎的所在。任由美杜莎的花言巧语，一开始的攻击便表明了她的态度，再次对库罗娜施加恐怖统治的她遭到了第一次的反抗，为了守护珍贵的友谊，一向胆小的库罗娜决心阻止自己的母亲，美杜莎的残暴让库罗娜陷入了险境，就在危急时刻玛嘉出现了。
死武专的约定，蕾杰尔的身体，这些对于玛嘉来说全都没有意义，现在的她唯一想做的就是消灭眼前的美杜莎。推开玛嘉的库罗娜受到了严重的伤害，愤怒的玛嘉失去了理智，狂躁的她砍向眼前的修泰因，而玛丽的治愈波长在这时起到了作用。清醒过来的玛嘉和修泰因准备合力打败美杜莎，而他们胜利的关键就是拥有退魔波长的玛嘉使出的狩猎魔人。
KID带回的魔道具承载着艾绑的灵魂，聒噪的圣剑对于艾绑的解说都是事实，波乱终于将要开启，而阿拉克妮之惧的新型武器也令死武专陷入了困境。在阿拉克妮之惧内四处大闹的BLACK STAR再次遇到了米佛涅，这次米佛涅想要看清楚BLACK STAR将要选择的道路，看到BLACK STAR暴戾的样子之后米佛涅做出了最后的攻击。
波乱是可以实现愿望的魔道具，而被禁锢在死城的死神现在最大的愿望便是赶往前线，整个死城的移动便是他愿望的迫切体现。选择了自己特有的道路后BLACK STAR打败了米佛涅，而死亡城市机器人也与阿拉克妮之惧那可以移动的基地展开了战斗，在一番操作的比拼之后死神成功的捕获了鬼神阿修罗。
手持武器的死神这次并没有准备放水，阿修罗的所作所为已经让他忍无可忍，神之间的战斗让在场的众人感受到了从未有过的压迫感。阿修罗那些难以理解的话语死神并不认同，而死神认为必须遵循的秩序却成了让阿修罗有机可乘的弱点，用卑劣手段打败死神后的阿修罗突然意识到自己也因为阿拉克妮而陷入秩序之中，恐慌的他立即前去修正。
吃下阿拉克妮灵魂的阿修罗力量暴增，为了修复与死神战斗中的创伤他准备在结界内休眠，而他所释放的狂气将会支配整个世界。为了阻止鬼神的阴谋玛嘉等人不约而同来到了结界内部，一开始便卯足干劲的他们向鬼神展开了攻击，但黑血使用过度的SOUL却在这时倒了下去，玛嘉前往精神世界想要救回SOUL，而KID和BLACK STAR正想办法牵制鬼神的行动。
在玛嘉前往SOUL精神世界期间KID和BLACK STAR并未停止对鬼神的攻击，在BLACK STAR的配合下KID使出了强力的绝招，但被KID炮轰成渣的残骸里出现了鬼神的本体。识破了黑血阴谋的玛嘉还是选择了打开关着SOUL的箱子，但黑血的计划却因为玛嘉没能得逞，因此得救SOUL决定接受黑血的存在，恢复神智后的SOUL和玛嘉看到的却是被鬼神打败的同伴。
玛嘉进化至狩猎鬼神的退魔波长依旧无法打倒阿修罗，一开始他们便没有明白每人都有的狂气并非污秽之物。觉醒武器化的玛嘉依然不是鬼神的对手，但关键词勇气的出现却让鬼神陷入了恐慌，对于无法理解的力量鬼神不知如何招架，就是这个弱小的女孩打出的普通一拳竟让鬼神连同狂气全都灰飞烟灭，虽然狂气依旧会诞生鬼神，但勇气也存在于每个人的心里。
