在提倡“文明开化”的明治维新时代，是人类与妖人(妖怪)共存于世的时代。 为了处理牵涉到妖人的离奇事件，政府设立了专门机关“妖人省”，由人类与妖人双方共同选派代表进行运作。 被选入“妖人省”的7个人是：半人半妖的混血少女西王母桃、薄蛍、鬼灯、雪洞，以及陆军少尉総角、利剱、丸竜。由半妖少女与陆军少尉搭档进行妖怪退治的任务。
世间正值重新改历，为了取缔妖人引发的事件，人类与妖人双方派代表成立了「妖人署」。陆军少尉总角景、芳野葛利剑、花桐丸龙3人受命任职於妖人署，但将与他们一同出任务的半妖，却是除了头上耳朵以外看似完全普通的女孩子。
妖人署开始运作後，人类、半妖、妖人在同一屋檐下开始了尴尬的同居生活。石榴由於突然闯入生活的西洋文化，以及其实害怕妖人的军人总角景而感到焦躁。就在这时，有人委托他们调查“防碍西式旅馆建筑工事的妖人”，于是石榴等人马上前往旅馆。
某位村长前来寻求妖人署帮助，说最近陆续发生女人及小孩的“神隐”事件。听闻此事的石榴脸色大变，异常认真地拜托栉松让她出任务。对於石榴的不寻常感到疑惑的景，从栉松那里得知了半妖诞生的秘密。两人便各怀著不同的思绪前往村子。
妖人署受托调查某件“转手而来的可疑物品”，於是前往问题物品所在的骨董店「折屋」。女老板折形绫与妖人小孩“麦”一同经营折屋，众人对於妖人与人类和睦生活的景象大感讶异。另一方面，所谓的可疑物品，是一把散发出不祥气息的日本刀。
政府官员聚集的晚宴与舞会频传军人遇袭的事件，据说都是陪同离席的女性突然变身巨大的“食人蜘蛛”袭来。在花楯中尉的委托下，妖人部前往即将举办的晚宴负责戒备。为了佯装成普通来宾，石榴等人身著礼服出席晚宴。这时神秘妖人突然出现，企图攻击薄萤……
自晚宴事件过後，丸龙便显得无精打采。这是由於雪洞和鬼灯为了他而奋不顾身迎敌，自己却什麼也帮不上忙而感到愤怒。对於这样的丸龙，雪洞与鬼灯说出了自己的出生境遇。另一方面，自晚宴以来，石榴虽表现得一如往常，但只有总角察觉到她不太对劲。
妖人署一如往常的悠闲午後，突然出现一名女性抱住总角叫著他“少爷”。原来那名叫作“阿妙”的女性是总角家的佣人，奉总角父亲之命来到妖人署。总角虽不情愿地答应回老家，但不知为何希望石榴一起同行。嘴上虽抱怨著但还是同行的石榴，来到的是一栋洋式的大宅院。
前往骨董店折屋归还日本刀的薄萤，在街上偶遇总角。事情办完的总角陪同薄萤前往折屋，但两人却在店门前遭到绑架，犯人就是百绿与橙橙这对半妖姊妹。另一方面，收到折形绫的通知，得知两人失踪的石榴和芳野葛於是前往搜索。
街头巷尾正流行著能回答恋爱烦恼的“碟仙”。妖人署的雪洞与鬼灯也不落人後，马上决定一试，而石榴也兴致勃勃。可是被召唤出来的钱仙却失控逃跑，石榴虽想加以驱伏却不是对手。再加上碰巧为了同样事件来到妖人署的花楯中尉，一行人展开了钱仙大搜查线。
妖人署的众人前往神社参加祭典，穿上浴衣的石榴等人内心都很雀跃。一行人尽情享受祭典，并先向神社守护神．狛犬打过招呼後，前往巨大迷宫游玩。众人决定分组比赛谁先抵达终点，但石榴却在和总角走散时遭人掳走。
被捕的石榴，在陌生的房间里发现了母亲．突羽根。在触碰的瞬间，母亲．突羽根的记忆在石榴眼前拓展开来──。另一方面，在妖人署里，栉松述说著神灵之里以及半妖出生的理由。朝著最终话，剧情终於直捣核心，触及石榴诞生的秘密。
得知了自己出生的秘密以及半妖诞生的理由後，石榴再次失去意识被逮。另一方面，妖人署为了救出石榴，总角等人仅凭著一丝线索而行动了。在阿哞大人的引导下，他们在神灵之里见到的是...
在百绿的带路下，总角、芳野葛、花桐3名少尉，以及薄萤、雪洞、鬼灯3名半妖，在抵达的地点见到的是意想不到的光景。失去意识的石榴会就这麼落入泽鹰的魔掌吗…？为一切做个了断的时刻逼近。
