故事发生在一个虚构的世界“庭园”之中，神秘的力量令一部分的人类获得了特异功能，“圣战天使”是传说中早已经失落的种族，他们能够变身成为超强的武器，通过和人类的合作进行战斗，如今，这一种族竟然渐渐开始了复苏。 库（石田彰 配音）是一位平凡而又善良的少年，某日，他邂逅了名叫蕾（高桥美佳子 配音）的神秘女孩，原来，蕾正是“圣战天使”中的一员，她请求库带她重回圣地“艾迪鲁庭园”，就这样，难辞其咎的库和蕾踏上了旅途。个性开朗活泼可爱的西斯卡（水树奈奈 配音）、温文尔雅的龙威（上田祐司 配音）、成熟温柔的奇雅（铃木菜穗子 配音），三人来自于专门保护圣战天使的完全保护会，他们亦加入了库和蕾的队伍中去。
空贼团红山猫的少年酷,有一天遇到了被封印的美少女--蕾。对别人无法敞开心扉的蕾，其实就是是传说中的种族武器一族。蕾告诉酷，她想去传说中的武器一族花园--也就是艾迪鲁花园。
和蕾同契之后拥有强大武器的酷，利用这种力量成功的从敌人手中逃脱。但是敌人数量越来越多，渐渐的招架不住了。于是酷驾驶着小飞艇带着蕾，在激烈的空战中成功的逃了出来。但是，这个时候红山猫的空贼艇却因为受创而坠落了。酷乘坐的飞艇在森林里着陆。在森里里，酷向想去艾迪鲁花园的蕾保证，一定要将她护送到艾迪鲁花园。在这两人面前，有一群像蚊子一样的家伙缠着他们，追着他们要保护蕾。强调着想要保护蕾的希丝卡决定和库一同前行。
因为蕾从寝室里突然消失，让酷一行人不知所措。根据希丝卡坠落的飞艇，闻风而来的敌人将蕾成功的从酷的身边夺走。运送蕾到达的地方是这个村子的支配者，这一切的幕后操纵者--比总的手中。当知道比总的城堡所在地之后的酷，为了救出蕾，决定只身前往。酷能平安无事的救出蕾吗?在比总的城堡里又会有着什么样的事情发生呢……
看到蕾与比总结下盟约，酷感到非常的苦痛。但这却是蕾经过深思熟虑之后的作战计划。然而这一切都是徒劳，但是蕾为了能让希丝卡和酷从比总的手中逃脱，仍然不断的坚持着。在明白了蕾的作战计划之后,心痛不已的酷，即使天使守护协会的人出现在眼前，也无法和蕾结下盟约。
不断旅行的酷这5个人。在分岔口，奇雅与龙威这两人走了和酷他们不同的道路。而在此时，酷他们遇到了强盗,却在这群强盗中遇到了曾经的朋友。库听到蕾被说成是非常不错的武器,是个极佳的道具。这些言语让酷无比的愤怒，但是这群想要夺取蕾的强盗被希丝卡用体术击退了。为了保护蕾不受伤害和为了实现对她的承诺，因此而想接受特训的酷,希丝卡看到这一切,想起了过往。
酷一行人在一个城里住了下来。然后，库开始了接受希丝卡的特训课程。奇雅微笑着看着为了蕾而变强的库。而一心想要学会如何正确使用和蕾同契后的力量，库向武器种族的使用者——龙威和奇雅请教。一直以来库都认为只需要他一个人强大就好，而然蕾却告诉他让我们两个人一起变强大吧。此后，奇雅告诉库，和武器种族同契这种事情。就像恋爱一样，要明白对方真正的心意。
在库一行人开始旅行之前，空贼团的飞艇就已经坠落了。为了能使用飞艇将蕾送到“艾迪鲁庭园”的库，开始迅速的修理起飞船来。并且为了能接续伴随着蕾到“艾迪鲁庭园”，库非常努力认真的修理着，另一方面，一心想帮忙的龙威，看见库如此努力的让自己变得强大，感觉到了自己在无法取舍之间弱小的心。
库他们一行人遇到一个叫做瑟蕾塔的女孩。她说她在艾迪鲁庭园里曾受到天使护卫队的保护。然后现在为了见到与他结盟的男人，从akueiro城市跑了出来。看到充满期望的从akueiro逃出来的瑟蕾塔、希丝卡、龙威和奇雅不由的惊呆了。而就在此时，瑟蕾塔所追随的男人出现在了库一行人的面前。
库一行人来到港镇，为了获得旅行的费用而不得不去打工。想当女服务员的蕾，在这个时候遇见了一个叫莉莉娅的武器种族少女。但是，想帮李莉联络清比拉的库，却被莉莉娅的姐姐--拉萨汀误会并被打倒在地。从莉莉娅身边离开!高声喊叫着的拉萨汀，是如此一心的想要保护着妹妹——莉莉娅。
面对被歹徒欲将其劫走的莉莉娅库当然不能坐视不管。一方面，在竞技场里为了得到赏金的拉萨汀也在奋力的搏斗着。为了还钱，也为了胜利之后的自由,拉萨汀决定做最后的赌博.而此时,为了筹集旅行资金的库也来到了赌博想和对手叫做青比拉的比赛。然而，库拒绝了将蕾做为武器出赛。看着身边的蕾，库下定决心走向了竞技场。
库和拉萨汀的战斗已经拉开帷幕。没有武器一族做为武器使用的拉萨蒂，只能凭借身体发出猛烈攻击。库成为了守方，蕾使用风将库包围着，成为一个充满力量刀枪不入的身体，与拉萨汀的攻击抵抗着。参加了数场战斗而身心竭力的拉萨汀，最后被库发出的一击击倒。但是，拉萨蒂不愿服输，注入所剩的少量的斗气做出最后的攻击。
在竞技场里，由西思伽率领的天使护卫队将地下赌博场的相关人员一网打尽。虽然有天使护卫队的保护，但是因为势单力薄，希丝卡一方出现了危机。就在这个时候，位于艾迪鲁庭院的精锐部队冲进了赌博场，将混乱的场面镇压住。为了还债，和向往自由的拉萨汀和莉莉娅两姐妹，接受了天使护卫队的保护，其中还包括了库和蕾。
沉睡过后醒来的蕾，发现自己到了一个完全陌生的地方。并且被告知，所在的地方就是被称为艾迪鲁庭院的地方。另一方面，和天使护卫队一同到达的库，对这个陌生的地方充满了好奇。可是武器种族身份的关系，库一直都无法见到蕾。没有蕾在身边，让库觉得非常的苦闷。而且，当蕾知道艾迪鲁庭院将她于库分开之后，执意决定追随库而去。
库又单独追逐起一人走向艾迪鲁庭院的蕾。担心这两人的希丝卡与龙威也递交假条离开了Arc EIRU。与此同时，艾迪尔RAID成员ヴォルクス接受了拿蕾作猎物的委托。喃着“Arc EIRU和ハンター一样”追逐着蕾的ヴォルクス，在路上偶遇库，于是以チルル和リアクト开始了攻击。
一个人继续旅行的蕾，来到了一个有着巨大风车的村里。在这个村里蕾遇到了能够让被无赖破坏而无法运转的风车继续开始运转的少年-永禁。在这个有着强烈意念的少年永禁的身上，蕾看到了库的影子。再次确定了库对于自己来说是很重要的。另一方面，西思伽一行人在某个小镇见到了保护官前辈-桑武尔多。知道了关于迷一样的组织——混沌圣歌的事情。
为了来到艾迪鲁庭院所在的ヴォルシオーネ大陆，库一行人乘坐上了往返大陆间客船。然而在该船举行的宴会中，库受到狙击丧失了意识。防范可能再次但不知何时发起攻击的敌人的希丝卡，其时，在某处听到了某种歌声。而醒来的库，对睡在床上的蕾发动了攻击。
下船后的库等人面前，出现了一位带着眼镜的少女菲洛。被自称为拥趸的她拖住的库等人，在将其送回村子的途中，经过了可以看到艾迪鲁庭院的山丘。然而玛尔出现将蕾掳为为人质、进攻库等人。结果库与菲洛竟然同契了。
依靠酷和菲洛，蕾暂时得救了。可是希丝卡发现，菲洛并不是圣战天使，而是将人工核石植入女性身体内所制造出来的圣战人使，也就是人造圣战天使（即 残翼天使）。菲洛也在此时露出了他的真面目:混沌圣歌派来离间酷和蕾并杀掉酷的圣战人使!可是希丝卡一行人一无所知，被引到了怪兽的栖息地。
本应以混沌圣歌的间谍身份接近酷等人的菲萝，却在朝夕相处之后真的喜欢上了酷。被希丝卡等人接纳为同伴的她，觉得这里就是她的容身之处，因而在情感及任务之间烦恼着。对于这样的菲洛，蕾感觉自己坐立不安。因为某些原因一起玩水的众人，于此时开始正视自己的想法。
使是混沌之礼赞歌的间谍，却对酷抱持爱意的菲洛，接到了一个新的任务。那就是除掉蕾的使用者酷。身为在卧鲁西欧奈大陆只会被当成道具的圣战人使，一直想成为圣战天使的菲洛，知道完成这个任务可以成为圣战天使之后不禁烦恼着。之后她为了杀掉酷，将他推进了怪物的巢穴。
众人再度朝着艾迪鲁庭园前进，然而他们的心中充满了悲伤。而在混沌圣歌这边，三名圣战天使开始策划新的阴谋。由于有人在梦中呼唤自己，使得蕾不断痛苦地喘气。为了让这样的她能够休息，酷等人抵达了菲洛所住的村庄。另外天使守护队也开始忧心七煌宝树与艾迪鲁庭园之间的关系。
混沌圣歌的欧法斯、吉堤儿以及安洁娜现身要夺走蕾，酷也因此受伤倒下。虽然天使守护队的飞空艇前来支援，欧法斯等人却把天使守护队的飞空艇也打落下来，之后为了重整态势而撤退。为了治疗酷，希丝卡等人与天使守护队的部队会合，并且从沙威鲁多那里得知了古代关于圣战天使的传说。
酷等人各自胸怀决心，朝着艾迪鲁庭园前进，尤其酷更是想要履行带蕾一起前往艾迪鲁庭园的约定。然而在他们的眼前，天使守护队与混沌圣歌展开了战斗。虽然在战斗中与拉撒汀等人重逢，但是看到受伤的人们，蕾无法压抑心中的痛苦。此时欧法斯再度出现在蕾的面前。
为了让战争结束，蕾来到了艾迪鲁庭园，并且遇见圣战天使的女王伊芙。在另一方面，在同伴的支持下寻找蕾的酷，也总算是来到了艾迪鲁庭园。看到渺无人烟，就像是废墟一样寂静的街道，酷感受到了圣战天使们的寂寞。（同时也感受到圣战天使们与人类无异的生活）
即使面对冲击的事实，坐在后座上的蕾依旧接受了女王即位的仪式。在众人的呼唤声中，蕾是否能够恢复自我？然而在这个时候，混沌圣歌的三干部终于亮出最后的王牌！
为了创造新世界的混沌圣歌，以及为了拯救现有的世界，而打算将蕾再度封印的天使守护队。无视于双方的独断独行，酷的真挚终于引发奇迹。
