在这个灰暗宁静的城市里，住着一群生长着灰色羽翼的孩子们，有一个名为“灰羽联盟”的机构在暗中庇护着他们不受到外界侵扰，就这样，沉默的孩子们每一天都过着平静的日子。他们是谁？来自哪里？背后的翅膀有何含义？孩子们一概不知，他们诞生在此，成长在此，没有亲人，没有故乡，甚至没有回忆，他们唯一知道的事情是，只要永远的生活在这栗城里，他们就会是安全的。 这一天，孩子们迎来了他们新的成员落下（广桥凉 配音），作为前辈，空（矢岛晶子 配音）、光（折笠富美子 配音）和砾（野田顺子 配音）怀着喜悦的心情接受了她的到来。而这仅仅是故事的开始，慢慢的，当这些善良单纯的孩子们知道了一切的真相，她们还能够展开灰色的翅膀离开栗城，飞向天空吗？
周围一片昏暗，一位身着白衣的女孩正从天空坠落下来.一只乌鸦飞来想要制止她的坠落，但是女孩感谢它，并拒绝了它的好意. 随后她在一个巨大的，充满液体的茧内醒来.当她清醒后，一群头顶有光环，背后有翅膀的人对她进行自我介绍，随后她们授予她光环，承认她为她们的一分子并以她的梦为她命名：Rakka. 新生的Rakka的翅膀经过一个痛苦的过程，从Rakka的背上生长出来. 第二天早晨，新生的Rakka的新生活开始了.
换下诞生时的衣服，吃过早餐，Rakka随大家一起去镇上.熟悉一下这个世界. 在栗城大门前，大家碰到了进城交易的商队.乌鸦给Rakka造成了一点困扰. 在衣服店，Rakka找到了一件合适自己的衣服.回到Old Home，门洞上贴了让她去寺庙报到的通知. 在外面跑了一天，早早睡了.
由于Hikari的粗心，Rakka到达寺庙后才知道不允许说话，只能依靠戴在双手和翅膀上的鸣子交流.还不能很好的控制翅膀的Rakka有点紧张. 回到Old Home,Rakka被Reki请去给年幼的灰羽演示如何吃胡萝卜. 之后她和Kuu一同去镇里，造访Hikari工作的面包房，带回很多光环形状的烤饼.
Rakka被Kana粗鲁地弄醒，因为她答应今天帮Kana清理垃圾.清理过程中Rakka再次感觉到自己与乌鸦的联系.打扫完毕，Kana带Rakka去看钟楼，但却几乎误了去镇里上班. Kana骑车很疯狂，但是还是迟了，镇上钟楼的老板对Kana比较凶，对Rakka则比较好. 在打扫钟楼的时候，Kana告诉了Rakka一些关于鸟的事情. Rakka骑车很平稳，因为回家不需要急急忙忙.
今天Rakka造访的是Nemu工作的图书馆.在那里她见到了Nemu的同事Sumika,Sumika即将离开图书馆，因为她快要有自己的孩子. 这一天Rakka和Nemu共同讨论了世界开始的故事. 回家的时候，Rakka和Nemu看到了Reki和居住在Abandoned Factory的灰羽们的争吵.
Rakka想找个空房间搬进去，但是不顺利.Kuu给了她一个建议：Rakka诞生的那个房间. 夏天已经结束，开始冷了.Kana修好了Old Home的大钟，但是它响起来就不停. 下雨了，Kuu却不见了，Rakka感觉到一种强烈的失落. 瓢泼的大雨，冲天的光柱，不断的钟声，Kuu的离去.
天气更冷，Rakka沉浸于对Kuu的怀念.早晨起床，她没有发现落下的羽毛上带有黑斑. 连续几天远离同伴，Rakka独自在镇里游荡，与Hyouko邂逅，但是言语不合. Rakka终于发现自己的羽毛变黑，Reki帮她遮掩了. 同时Reki还告诉Rakka一些过去的事情.
被不断变黑的羽毛困扰的Rakka，开始对自己作为灰羽的存在产生怀疑. 在乌鸦的引导下，她独自来到森林深处的一口枯井前. 锈毁的铁梯使Rakka困在井底，但是同时她也回忆起了她在茧中时的梦. 埋葬了井底的尸骨，Rakka知道那是她的救赎.
Rakka的同伴在雪中寻找她，但是Rakka仍然被困在井底. 幸运的是，两位Toga把她救了出来. Rakka触摸了禁止的墙壁，之后被话师发现. "知道自己罪过的人，是无罪的，那么我问你，你是罪人吗?"
Reki的过去，与Kuramori和Nemu一起的... Reki的过去，与Hyouko和Midori一起的... Rakka由于触摸了禁止触摸的墙壁，要去寺庙接受惩罚. 其实也不算惩罚，穿着怪怪的衣服在黑黑的围墙内部打扫卫生和收集制造光环的材料罢了.
Dai，这个小灰羽要回到他出生的Abandoned Factory去. Rakka送他去那里,顺便拜访Abandoned Factory. Rakka很快与那里的灰羽熟识了.同时也知道了一些Reki从没告诉过她的事情. Rakka决心尽自己的力量来帮助Reki.
灰羽们去集市购买铃之果来庆祝新年.不同颜色的铃之果代表不同的含义. Rakka在Abandoned Factory见到了Hyouko，知道了他和Reki相遇时的故事. Rakka完成在寺院的工作后，在话师那里知道了关于"名字"的事情. 新年到来了，Reki却呆在Old Home，而她的朋友们为她准备了特别的东西.
头上是血红的月亮.脚下是冰冷的铁轨. 这是Reki黑暗的世界！ 罪缚的凭证仿佛被白雪洗去.Reki最终获得了祝福. 又一道光柱冲天而起，又两颗茧出现在地板上.
