母亲很早就过世的主角少女，奈奈美，与海洋生物学者的父亲，史考特与伙伴阿尔（阿尔冯索），还带着朋友堤可这个杀人鲸沿着海洋调查船“佩佩伦奇诺号”一起生活，并在全世界各地旅行者。目的是寻找传说的生物“光明鲸”，不过那却是很难看的到的生物。喜好冒险的女大学生小姐，雪莉儿，史考特大学时学长的儿子，汤玛斯与朋友的加入，为了寻找光明鲸，便向全世界的海洋展开冒险的旅程。 但是，要求寻找发光能源（トロンチウム）的组织“CMC”发现光明鲸有所谓电子能源反应的事情，而CMC他们捕获了光明鲸，并且开始生态调查。但是不赞成人类为了追求技术进步，而要牺牲其他的生物的史考特，因而进入了CMC里面。
