疾风传指的是佐助投奔大蛇丸后三年发生的故事，故疾风传也可以理解为《火影忍者》第二部。 不知不觉《火影忍者》已经一路走了七年，鸣人从万年吊车尾的倒霉蛋慢慢地成长为能独当一面的忍者。从莽撞单纯的英雄主义男主角一步又一步地向忍道的达人迈进。为了友情，为了爱，为了被认可，为了自己的忍道，鸣人头也不回的奋斗了整整7年，以疾风的速度成长着。撒花庆贺的同时好消息自然不能少！2007早春火影动画也回归漫画突入第二章，冗长乏味的TV动画，终于顺应民意走回“正途”。
鸣人终于运用新术打败了角都，看在眼里的卡卡西，深切感受到世代交替的时刻已经逼近，而鸣人在角都之战中受伤的右手腕，伤势竟然比想像中的还更严重，连纲手都警告说不能让鸣人再动用新术……
在暗部的搜寻之下，总算有了大蛇丸根据地的线索，得到此一情报的纲手，立刻找来卡卡西和志乃等人组成搜索小组前去追踪。另一方面，鸣人因为得知了新术的风险而陷入苦恼之中……
鸣人为了学习另一种新术，便跟着自来也到温泉乡进行修炼，自来也提议鸣人修炼一种与蛤蟆合作的忍术，以取代原本的高风险新术。没想到，被召唤出的蛤蟆，竟然是与鸣人极度不合的蛤蟆力……
志乃派出去追敌的寄坏虫受到某种不明的忍术袭击，而产生了不明的结晶反应，卡卡西连忙请忍犬帕克将东西火速交给火影去分析。而另一方面，大蛇丸似乎也开始有所行动了……
志乃发现遭到晶遁攻击的寄坏虫，仍有极少数存活的迹象，察觉到这个迹象的志乃，为了得到具有抗体、足以有效对抗敌人的虫子，便暂时离开大家进行搜寻的行动……
红莲接受了大蛇丸的委托，便带着幽鬼丸回头去与部下们会合，在半路上幽鬼丸却因为淋到雨而发了高烧，红莲只得找间小屋让幽鬼丸休息，看着这副模样的幽鬼丸，红莲回想起了小时候的自己……
志乃找到具有免疫力的寄坏虫后便前往与卡卡西他们会合，可是他为了要大量繁殖对晶遁拥有免疫力的寄坏虫，再度决定暂时脱离战线。另一方面，幽鬼丸因为害怕红莲会不告而别，便将自己的护身符送给她……
火影研判卡卡西他们会与棘手的敌人交手之后，便派大和带着祭与小樱前去支援。而一直被蒙在鼓里的鸣人在得知之后，冲去与火影理论，表明自己也要一同前往的决心……
分析了被结晶化的寄坏虫后发现，与卡卡西他们交手的对象，是运用人称“晶遁”这种稀有忍术的忍者，这个结果让纲手更难以摸清大蛇丸目前的动向与目的，而此时的卡卡西等人也被对方的晶遁之术困在森林里了……
大和带领的支援小组被眼前巨大的晶遁结界阻挡了去路，鸣人趁机施展与蛤蟆刚修炼完的新术，也成功的破坏了水晶之墙。当他们与卡卡西小组会合后，得知了雏田被对方的晶遁困住的事……
在成功救回雏田之后，卡卡西将成员分成几组追踪敌人，并派鸣人单独前往散发着巨量查克拉的湖泊查探。当鸣人来到湖边后，看到红莲和一只巨大的泥兽正在打斗，蛤蟆吉见状后便告诉鸣人那只巨大的泥兽就是传说中的三尾……
卡卡西得知敌人的行动与三尾有关之后，决定暂且按兵不动，等待纲手下达命令。另一方面，幽鬼丸照顾着受到三尾攻击而昏迷的红莲，红莲在昏迷之中，受到浓雾所影响而看到了许多幻象……
鸣人为了寻找幽鬼丸决定再次深入到雾中，当他遇上红莲后，双方为了保护幽鬼丸而展开了一场战斗，在千钧一发之际卡卡西等人及时将鸣人拉离战场，而木叶派来的增援小组也终于到了……
纲手下达的新任务为“封印尾兽三尾，不许落入任何人手中”以及“保护与尾兽能力有关联的幽鬼丸”，整个小队也因此重新编制分成封印小组、护卫小组以及对付晶遁忍者小组……
由静音领军的封印小组开始发动用来捕获三尾的结界四方封阵，并开始搜寻三尾的下落，而大和小组则去寻找会使用烟雾战的敌人小队，只是小李似乎对于自己没被分在重要小组里有些失落……
卡卡西与鸣人为了保护封印三尾的结界四方封阵，与红莲展开了一场死斗，正当红莲压倒性的晶遁威力让卡卡西快招架不住时，志乃及时出现利用寄坏虫破坏了晶遁的攻击……
兜打算利用幽鬼丸的力量让三尾暴动，以便破坏木叶的结界四方封阵，而红莲因为不想再看到幽鬼丸因此而受苦，便开出交换条件，如果自己能成功控制三尾并阻止木叶的封印行动，兜就不能再对幽鬼丸出手……
被激怒的三尾冲向了已经昏过去的红莲，打算给她致命的一击，幽鬼丸为了救出红莲而发挥了前所未见的力量并成功的让三尾停止了动作。麟儿眼见时机成熟，便向红莲要胁，若是秘密不想被幽鬼丸知道，就得配合他的计划行动……
鸣人与红莲为了保护幽鬼丸，在与三尾对峙的过程中一起被吞进了三尾的肚子里。两人为了寻找出口决定暂时休兵一起合作。也因此，鸣人得知了红莲埋藏在心中多年的秘密，而红莲也得知鸣人是祭品之力的身份……
透过幽鬼丸的描述，木叶的伙伴们得知了鸣人和红莲遭到三尾吞进肚里的消息，虽然无法置信，但大家也只能暂且相信幽鬼丸的直觉，并决定先透过幽鬼丸的力量找出三尾的下落……
木叶的伙伴们在展开救援行动后却还是没看到鸣人与红莲的身影而显得不安。但是，为了对抗苏醒过来的三尾，封印小组决定再次施展结界四方封阵，祭也暂时先将幽鬼丸带去避难……
兜打算利用幽鬼丸让三尾失控攻击木叶的忍者，为了能让幽鬼丸使出全力，他逼幽鬼丸吃下大量的药丸。眼见结界快要无法压制失控的三尾时，纲手派的活蝓大人及时现身替封印小组注入查克拉的量……
兜为了让幽鬼丸的情绪受到波及进而引发更大的力量，便把红莲的秘密说出来。气不过的鸣人马上与兜扭打在一起，而红莲正打算将衰弱的幽鬼丸带走时，却被兜以死魂之术控制的麟儿挡住了去路……
对于封印三尾的任务迟迟没有进展，加上大家因为战斗的关系已经疲惫不堪伤痕累累。大家便找了一个地方先行治疗伤口并替幽鬼丸看诊，此时，纲手也下达了新的命令，要大家先回村子，改派另一小组去接替监视的任务……
