高中生侦探工藤新一与毛利兰在游乐园游玩时发现两个行动诡异的黑衣男子，便跟踪他们，不料被灌下一种叫「APTX4869」的神秘毒药，然而因为药物副作用，新一的身体竟回到孩童状态。为不使周围的人受到牵连，他化名为「江户川柯南」，寄住在毛利兰家中，用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利小五郎睡着，接着用蝴蝶结变声器模仿他的声音来进行推理，解决了许多案件，并一直寻找着黑衣组织的人的下落，希望有朝一日将其绳之以法，并变回原来的样子。
高一的高井丰是有名的天才少年。今天在全校学生和媒体的瞩目下，成功演示了空中漂浮试验。然而比丰大2岁且一直照料着丰的女朋友阿部麻巳子，虽然两人从初中开始就交往着，但是麻巳子的存在一直是丰烦恼的根源。称呼她“前辈”的那种不自在感、“傲慢的”学姐的存在。想改变现状的丰发明的竟然是时光机器！？以15岁的模样时光穿梭回到了2年前，虽然是计划与麻巳子同一个年纪，但是15岁的丰所出现的世界里，周围的人对13岁的丰的记忆全部消失了。无法保证麻巳子一定能喜欢上突然出现的丰。当麻巳子知道了这个的事情后，她瞒着丰，自己时光穿梭到了2年后。留下了一句“要等我哦”……
驾驶着鲜红色跑车的冷酷男人，工藤优作。自称私家侦探的这个男人每晚7点整收到一女子的神秘电话……虽然优作推理出地区在新宿，但仍破解不了具体的地点。将各段推理联系起来后，优作得到的答案完全错了。那么优作到底能否和这个谜样的女子见面呢……！？
被女友甩了的原佳祐自暴自弃地骑着摩托车，差点与两个奇怪的人相撞，结果自己的电话卡和对方的卡误换了。他用这张卡给自己仍恋恋不舍的女友打起了电话，话筒里传出了要求输入控制号码的提示。生气的佳祐乱按着键盘上的按钮，忽然警车聚集，随即他便失去了意识。在医院苏醒后，由于急性酒精中毒，导致之前的事他都不记得了。这时一个奇怪的男子出现在他面前，他对佳祐说，如果佳祐说“肚子饿了”，他就会立刻变出一顿豪华料理……
大小姐芦川麻美在被一群黑衣人追赶的情形下进入了桐岛侦探事务所，向迷你侦探桐岛祥二（性格蛮像毛利嘛- -）求助，并协助他解决了一个委托。一位老奶奶的委托，侦探到一口古井去找簪子。侦探没有问簪子的由来，这是一个伏笔。后面的樱三十郎中解疑。其后与黑衣人展开一场追逃战，落下风。桐岛暂时离开从博士（酷似阿笠- -|||）处搬来[先进武器]，帮麻美解了围。后来得知幕后黑手竟是麻美的父亲，最后麻美成为了桐岛的秘书[？]。
工藤有希子在小新一的帮助下[？]找到了结稿日逃跑的优作，原来他早已写完，只是想让编辑部的人减肥。最后3人团聚，决定去洛杉矶。
樱花树下，剑三十郎在与孙女道子玩闹后大叹年华已去，不知不觉睡去。与其年龄相同的樱树实现了他的愿望，醒来后居然回到了年轻时的样子！他利用年轻强壮的体魄做了很多事情。并去了以前回忆的场所，见到了当年的她，就是上面乔治侦探帮忙找簪子的那位，而那个簪子正是三十郎送的。回到学校在厕所听到仲代等人要调戏自己孙女，上前要决胜负，但是发现剑道子竟然喜欢这个男生，一溜号输给仲代。道子问其名字，情急下说自己叫樱三十郎。仲代再次找三十郎决胜负，但是狡猾的仲代用真剑，当然还是比不过三十郎的。最后三十郎在樱花树下变回去了。道子喜欢上这个热血的樱三十郎。
少年侦探团偷听到了暗杀柯南的计划，然后秘密潜入了相关人员的工作场所，偷偷了解并参观了《柯南》的绘画、分镜、配音等过程。
某天放学后，柯南和少年侦探团来到毛利侦探事务所，发现一名少女拿着基德的预告函来求助于小五郎，信上写着基德要偷取少女家的宝刀……前来偷取宝刀的基德和在少女家居住的少年——铁剑发生了争斗，到底宝刀会鹿死谁手？而柯南从一开始就觉得很奇怪，到底是什么地方奇怪呢？
16个人被邀请到白鸟警官的别墅，后来发现了一瓶打碎的酒而展开的推理故事……其中里面穿插了新一和兰以前的一些美好回忆。
柯南和兰被平次邀请到大阪旅游，碰巧遇到了和步美、光彦、元太很相似的茧美、干彦、健太，他们委托平次帮他们找到他们失踪的朋友小智……于是柯南和平次依照线索层层推理，终于找到了绑架小智的凶手。最后他们四人用各自的绝招把凶手给制服了
怪盗基德再次登场！这次他的目标是英格拉姆帝国的宝物——水晶之母！快斗和青子也在火车里，快斗一直在思考水晶在哪里，好变身为基德去偷取，他是否会成功呢？ 柯南和兰这次又是被平次邀请到大阪，他又是否能抓到基德呢？而潜在的危机到底是怎样被化解的？
故事围绕着2005年公映剧场版《水平线上的阴谋》的第二主角展开。讲述作为学校教学的一环，少年侦探团成员到毛利侦探事务所参观、与毛利小五郎一同跟踪调查者、发现绑架案等一系列故事。
柯南接到一通自称打错的电话，可是，柯南看穿那是一通恐吓电话，便和与打错的人声音酷似的平次一起开始了调查。仿佛是为了嘲笑柯南他们一般，怪盗基德从天而降出现在他们面前。他的目的到底是……！？
以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官（西村雅彦饰）的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。一行人将于第一天在湖上巡航一小时。 乘坐游船的除新一班级的30名学生之外，还有代理班主任北岛慎吾（府川亮），导游西田麻衣（水川麻美 饰，水川あさみ ），还有船长东邦夫（松重丰 饰）和船员南田恭介（西村和彦饰）。其间，小兰的好友园子（岩佐真悠子 饰）由于晕船，在船内休憩室休息。但不久后就听到“啪沙”的激烈水花声，船上一片骚动。新一他们立即赶到休憩室，发现园子已失踪，室内留有争斗痕迹。 接手此案的县警搜查本部搜查负责人多摩川刑警（伊武雅刀 饰）召开了搜查会议。由于园子是铃木财团的千金，被勒索赎金的可能性极高。学生们被安排住进现场附近的酒店。非常担心园子的小兰向开侦探事务所的父亲·毛利小五郎（阵内孝则 饰）求助。其间，犯人竟大胆打来第二个绑架预告电话：“明天正午，我会再带走一个人” 新一班级的所有学生都被集中在酒店大厅，出入口全都上锁，更有多摩川刑警指挥的县警严阵以待。大家在紧张气氛中迎来了正午时分，酒店突然停电。虽然迅速恢复了供电，新一却发现身边的小兰忽然消失了…
阿笠给少年侦探团留下暗号，自己假装被绑架了（本来是准备当孩子们解开暗号后去米花神社边下的餐厅吃饭的）……当侦探团的孩子们将暗号一一揭开，来到米花神社，谁知道博士竟真的被卷入了绑架事件中……
被黑衣组织灌下毒药，身体变小了的高中生侦探工藤新一（小栗旬饰演），以江户川柯南为化名隐藏身份，一直在调查黑衣组织的情报。知道他真正身份的只有阿笠博士（田山凉成饰演）以及同班同学灰原哀。灰原哀实际上曾是黑衣组织的一员——宫野志保（香椎由宇饰演），是将新一变小的毒药的开发者。但由于姐姐被杀，而想从组织脱离的她自己也喝下毒药，以小学生的形象隐藏身份，而继续秘密进行着解毒药的研究。铃木集团的新饭店落成，作为落成发布仪式在这里举行“日本小姐（Miss Japanesque）选拔庆祝宴会”并进行现场直播。受朋友园子——铃木集团大小姐——之邀，柯南，新一的同班同学侦探毛利小五郎（阵内孝则饰演）的女儿——兰，阿笠博士，哀都作为客人出席了宴会。宴会当中，当选日本小姐的寿嘉莲（寿かれん）小姐受到了恐吓信。
铃木园子要出演以及写推理剧本，大家帮她想剧情，兰幻想新一在推理案件的过程，以及少年侦探团出演梦中的推理剧本，极尽搞笑之能事……新一能解决剧本中的“案件”吗？最后出人意料的结局又是什么样呢？
在三年前某个晴朗的假日，还是初中生模样的工藤新一正在公园大秀球技。这时，一个面带忧郁的男子走过来，向他询问3天前是否在公园看到一个男孩。新一摇头否认，男人于是转而询问其他的人。此时新一却发现，就在不远的地方有两个神秘之人密切观察着他们。经进一步了解得知，那个男人名叫秋元宏一，在东京标准局工作，他被警察怀疑杀害了自己的奶奶，而他的供词又漏洞百出，因此秋元才四处寻找能够证明自己不在场的目击证人。 经过新一的启发，秋元记起曾有一白衣女子牵着黑色的狗经过他的身边。以此为契机，新一和秋元开始寻找目击证人……
故事发生在维斯巴尼亚王国。樱女王的儿子吉尔不幸死于猎枪走火事故。惨剧的消息一传十十传百，轰动了各国新闻界，当然，也传到了江户川柯南和鲁邦三世耳里。新闻报道称樱女王的长女米拉王女将继承王位成为下届女王，被卷入事件的柯南带着兰来到维斯巴尼亚王国，柯南打算让兰乔装成与他长相极为相似的米拉王女，这个时候，鲁邦向维斯巴尼亚王国下达了“盗窃女王皇冠”的挑战书。于是，柯南和鲁邦各怀心思朝着维斯巴尼亚王国出发了。
某日，柯南因高烧而病倒。灰原联想到了之前柯南体内的APTX4869的成分与解毒剂的试作品发生的反应，让柯南喝下了新的解毒剂试验品。伴随着强烈的晕眩后，柯南再次睁眼发现自己平安地恢复了工藤新一的样子。回到了帝丹高中本打算吓唬大家一下的“新一”，却发现这里的样子有点奇怪……？
在某孤岛的酒店里展示了华丽的宝石“阿尔忒弥斯的眼泪”，而怪盗基德发出了盗取宝石的犯罪预告书，恰巧遇到在酒店参加聚会的柯南一行，侦探与盗贼的对决再度上演。用精巧的设计将华丽的“阿尔忒弥斯的眼泪”盗走的基德，是否能逃脱柯南的追查？他们又会卷入怎样的阴谋中？
m14特典
消失8年、如今突然复出的神秘怪盗——怪盗基德，引起了喜爱魔术表演的高中生黑羽快斗的注意，因为他父亲、世界知名魔术师黑羽盗一也是8年前去世的。同时，快斗发现了家中的密室，其中竟然存放着基德的服装？！快斗决定穿上基德服装，去今晚基德的预告现场去一探究竟……
这是工藤新一变成江户川柯南100天前的故事。高中生侦探工藤新一(沟端淳平饰)和毛利兰(忽那汐里饰)一起去深山里的圆月村（十五夜村）。在那个村子里流传着 巨大的伯劳鸟袭击村人,并像贡品一样挂到树上的大鸟传说。村子里将在3天后举行大鸟的灵魂平息祭典。随后,园子(秋元才加饰)的父亲认识的大富豪和仓勇海（草刈正雄饰）将要去百舌鸟翔神社的院内参观时，突然发生了像大鸟传说那样的杀人事件。担任和仓勇海的助手的小坂（溜口佑太郎饰）被看见像伯劳鸟的传说那样，被杀后挂在树上。村里的语り部（上古以讲述传说、典故为世袭职业的部族）土师富美(鹫尾真知子饰)作祟闹事。和仓的次子凉二(榊原彻士)也一样,像传说那样被杀害。
M15（附带OVA）特典
在博士和柯南去伦敦的期间，到底发生了什么事让柯南紧急打电话给光彦呢？小哀最爱的三明治口味又是什么呢？去买东西的路上，神秘的黑衣人和小哀感觉到的压迫感又是怎么回事？
快斗从父亲生前的助手寺井黄之助口中得知父亲盗一便是怪盗基德。但当问及父亲死因等问题时，寺井却闭口不答。为了追查父亲的死因，快斗决定成为第二代基德活动，以发现线索。但在一次行动中，中森警部看到了快斗的脸，中森青子又在预告当天邀请快斗约会，快斗身份即将曝光？！
欧洲沙伯利那公国远道而来的可爱公主，带来了欧洲最大的钻石。但跟来的外国刑警却自负地发表了逮捕怪盗基德的宣言，并让中森警部脸面扫地。基德将如何既满足公主观看魔术表演的愿望，又帮助中森挽回在外国刑警面前丢失的颜面？
快斗的班上转来了一位美丽的少女，而这个名叫小泉红子的女孩居然是位魔女！不仅通过占卜知晓快斗身份，而且当得知快斗是唯一不会屈服于自己美貌的男性后，决定杀死快斗！
快斗在偷窃中遇到了一个神秘组织，而他们居然称呼基德为“黑羽盗一”！难道他们就是8年前暗杀黑羽盗一的人？快斗中后枪从楼顶坠落……今天还是中森青子的17岁生日，快斗还能照约前来吗？
上次行动失败后，红子便想尽一切办法让快斗成为自己的俘虏。圣诞节就要到了，快斗班去滑雪场学习滑雪。老师准备了圣诞夜化装滑雪大赛，必须男女生两人一组，在圣诞夜留下美好回忆。青子因为不自信而没敢邀请快斗，她能如愿以偿吗？红子的能得到快斗的青睐吗？
M16（附带OVA）特典
柯南被阿笠博士拜托帮助小美苗恢复自信心。小美苗和明的青梅竹马，和小健以及棒球队的其他学员的齐心协力。剧中毛利小五郎再次成为沉睡的小五郎，破解了有关棒球的一宗自导自演的诈骗保险金案件。
从伦敦归来、令世人瞩目的高中生侦探白马探，将与怪盗基德进行对决！但是另一个神秘而恐怖的对手——神秘组织的杀手“蜘蛛”也将登场！两位华丽宿敌的轮番对阵，基德将如何应对？
基德在得知自己下一个目标是霍伯马戏团的镇团之宝“红色之泪”后，毅然放弃盗窃！但神秘组织却依然觊觎着这块宝石，基德决定挺身保护。基德与这块宝石的有何渊源？
白马探在与基德的多次对决中失利，但是没有放弃的他终于发现了基德的重大线索，基德的身份即将被曝光！？小泉红子为了保护基德而做出大胆妄为的举动……然而意想不到的是，“蜘蛛”又再次出现了？！
来自法国的怪盗黑猫向基德下了战书。两位怪盗共同争夺严密安保措施下的猫眼石“黄金之眼”，胜利将会归向何方？精彩的争夺战背后，怪盗黑猫的真正身份又是……
英格拉姆公国女王佩戴欧洲最大的黄宝石“水晶之母”到日本访问，基德准备在列车上盗取宝石，而神秘组织也在列车上蠢蠢欲动
神秘的犯罪策划人“梦魇”以揭穿基德身份为威胁，强迫基德与他合作。而来自ICPO（国际刑警组织）的大人物杰克·康纳利也赶来协助调查，白马探也特地赶回日本。多方力量的参与之下，事件背后惊人的真相居然是？！
名侦探柯南M18特典
江户川柯南和毛利兰、灰原哀一起来到了公共浴池。柯南在浴场摔倒失去意识被阿辰和近藤带走了。在谁都不知道发号施令的幕后黑手是谁的情况下，近藤和同伴们一同执行任务。近藤等人的任务是引发针对某个人物的炸弹袭击。丧失记忆的柯南被近藤等人利用？！闯空门的专家，天才欺诈师，传说中的杀手，各种各样的犯罪者和操纵他们的神秘黑影……各种各样的人物在案件周围交错，案件背后隐藏的真相是……
名侦探柯南2015新年特别篇
该剧由漫画原作者青山刚昌全面把关，对1996年1月8日播出的TV版第一话“云霄飞车杀人事件”未详尽描述的细节部分，例如各个角色的举动以及内心活动等进行了进一步的展开，并埋下了关系到之后800多话剧情的伏笔，是一篇全新的“起始章节”。
真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。 在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一，《名侦探柯南 绯色的不在证明》以他为中心展开，揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性，以及他们几人之间的关系。 故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列 。在某个事件中，赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到了“线索”。之后，安室透便深入调查赤井秀一与冲矢昴的关系。在经过了一系列的高智商攻防战后，赤井秀一的回归给所有人带来了冲击。 而在这一连串的“不在场证明剧”的真相背后，都有着柯南的身影—— 《名侦探柯南》系列中不可缺少的赤井一家，该总集篇将彻底解剖他们至今为止的行动轨迹、以及他们与柯南的关系。
在最新剧场版《名侦探柯南：万圣夜的新娘》上映当天，总结高木刑警和佐藤刑警的原创总集篇将播出。包含了很多经典章回，TV205 ~ 206话本厅刑事恋爱物语3，TV253 ~ 254本厅刑事恋爱物语4，TV304震动的警视厅1200万人质，TV358 ~ 359本厅刑事恋爱物语5，TV535陈旧的伤痕与刑警的灵魂，以及赌上性命的恋爱直播。
降谷正在房里整理仪容，诸伏进来说他打算出门。两人正说着话，松田也过来加入了他们，三人一起去了便利店。重要的仪式马上就要开始了，三人却还非常地悠闲，这让来接他们的萩原和伊达目瞪口呆。 降谷、松田、萩原、伊达、诸伏完成了警视厅警察学校初任科的课程，今天他们带着诸多回忆迎来了毕业典礼。五个人将走向各自的未来。
本作以动画TV版「漆黑的神秘列车」为背景，聚焦灰原哀的过往，讲述灰原哀如何与黑衣组织展开对决的故事。是为了观众们能更加顺畅地观看新剧场版，缕清主线剧情而提前放送的总集篇。 “我是科学家宫野志保，早年加入组织赴美留学，后来继承了父亲和母亲的研究在组织中开发药物，代号“雪莉”。组织成员滥用药物的做法让我厌恶，在唯一的亲人·姐姐宫野明美惨遭杀害后，我开始反抗组织。我被组织监禁后吞下那个药，没想到醒来之后身体居然变小了！我逃离组织后藏身在疑似吃下A药变成小孩子的试验者邻居家里️，化名灰原哀隐藏了真实身份”。
鲁邦三世VS名侦探柯南 特典映像 - Monkey Punch x 青山刚昌 原作者对谈
名侦探柯南 15周年纪念 SpecialTalk
