互相帮助，争取成为一个彻底的小市民吧。小鸠过去因为喜欢进行被他称之为“动脑子”的推理活动，有过一段苦涩的经历，这让他决心成为一个谨小慎微的小市民。他和有着同样志向的同学小佐内结成了互帮互助的密切“互惠”关系，准备以小市民的身份迎接崭新的高中生活。但不知为何，不可思议的事件和灾难接连不断地降临到他们的校园生活中。小鸠和小佐内到底能否得到梦想的小市民安稳生活呢？
安稳而朴素的小市民生活——这是小鸠常悟朗和小佐内由纪共同追求的目标。他们顺利进入了同一所高中。然而，四月的一天，小佐内邀请小鸠一起去买草莓塔的时候，小鸠却被卷入了校园内一起手提包失窃案的调查中。刚一入学便遭遇事件的小鸠和小佐内，究竟能否享受平静的放学后时光呢？
周日，小鸠和小佐内受邀来到堂岛健吾的家，并享用了堂岛的特制可可。在小佐内不在的时候，堂岛询问小鸠性格改变的原因。小鸠没有回答并起身离开，这时堂岛的姐姐知里在厨房中引起了小鸠的注意。知里说，堂岛制作可可的方法和水槽里的状况完全不符，似乎隐藏着什么秘密。
在期中考试结束那天的放学后，小鸠被小佐内叫了出来。他们一起去了可以享受蛋糕自助的西点店。由于考试期间储物柜里的花瓶被打碎，小佐内好不容易想起来的答案就这样忘记了。听着小佐内边吃边讲这件事，小鸠在回学校拿忘在那里的手机时，顺便开始调查教室里的情况。
在小佐内的自行车被盗并被扔在路上的事件中，小鸠得知小佐内打算向犯人复仇。为了安全起见，小鸠请堂岛做保护人。然而，对这件事一无所知的堂岛感到困惑不已。于是，小鸠将整件事的推理过程讲给堂岛。为什么犯人会偷走自行车去驾校呢？
将问卷送到新闻部的小鸠被部长堂岛拜托解开一个谜题。学校附近新开的德国面包店的炸面包中，有一款是加了芥末的，吃到芥末的部员需要写一篇采访文章。然而，所有部员都回答说自己吃的面包里没有芥末。内心被这个谜团吸引的小鸠，不禁开始了他的推理。
在夏祭上，小鸠遇到了穿着浴衣的小佐内。两人一起逛了一会儿，在分别时小佐内问小鸠暑假的安排。小鸠回答没有特别的安排，但他有一种预感。果然，第二天小佐内突然来到小鸠家，递给他一张标有城市甜品店的地图。这就是“小佐内甜品精选·夏”的开始。
和小佐内约好一起去吃甜点却太早到的小鸠，来到附近的汉堡店，碰巧也在店里的堂岛出声叫他。堂岛正在监视一群风评不好的高中生，他把来龙去脉告诉小鸠，发现对方有了动静便留下纸条离开店里。小鸠拿起他留下的纸条一看，上面只写了一个“半”字。
因为与小佐内约好去买苹果糖，小鸠前往了小佐内的公寓。然而到了公寓，他却得知小佐内被绑架了。走出公寓，小鸠还没明白发生了什么，就收到了小佐内发来的消息。消息中写着她想让他买的甜点和店名……于是，小鸠打电话给堂岛，请求他帮忙寻找小佐内。
绑架事件解决后过了几天，小鸠和小佐内来品尝“小佐内甜品精选·夏”的最后一道夏季限定热带水果圣代。小鸠被圣代的价格和分量震撼，同时他回顾了这个刺激的暑假。首先，关于前几天在汉堡店解谜的事，为什么堂岛会在那里呢……
