距今大约3万年前，地球上生活着两个高等民族——穆族和亚特兰蒂斯族。穆族人民热爱和平，以大白鲸作为图腾；亚特兰蒂斯族则以老鹰作为图腾，争强好胜，好勇斗狠。随着科学的高度发达，优渥的生活条件渐渐无法满足亚特兰蒂斯人的贪婪欲望，他们向穆族发动战争。为了避免地球灭亡，穆族和对手达成协议，即亚特兰蒂斯族从此迁至外太空，自己这一方则沉入大海，还地球以和平。1982年，天现异相。因能源缺乏，亚特兰蒂斯族大太空大军重新飞还地球。与之相对，穆族预言者拉姆（武岡淳一 音）将大脑与大白鲸相连，构成一个强大的超级兵器。同时他们还集结了白银剑、白诚让、白鸟丽、白风信和白川学5位转生的穆族勇士。绵亘3万年的战争即将再次爆发……
180 年后，太阳系发生了一次不同寻常的事件：所有行星都与太阳对齐。事件发生后，巨大的灾难袭击了地球。就在各国政府决定如何应对的时候，神秘的战机突然出现，开始摧毁各个城市，压垮地球上的抵抗力量。与此同时，在太平洋中央的复活节岛上，五个男孩在摩艾神像的阴影下相遇，他们都被一个奇妙的幻象指引着前往世界的脐带：一头巨大的白鲸在一个美丽女孩的带领下......
玛多拉用心灵感应把五个男孩带到复活节岛后，又带他们找到了消失的穆大陆的伟大先知拉-穆。拉-穆向男孩们解释说，他们被选中与亚特兰蒂斯人作战，亚特兰蒂斯人想要入侵地球，寻找Olyhalcon--一种取之不尽用之不竭的能源。与此同时，亚特兰蒂斯军队的最高指挥官戈尔高斯在建造了一个月球基地后...
肯绝对不想被迫成为穆的士兵。因此，他既不听拉-穆的祈祷，也不听拉-穆的召唤，决定返回自己的家园。与此同时，亚特兰蒂斯军队彻底摧毁了富士山周围的地区，而这里正是肯的出生地。在可怕的绝望中，肯决定独自攻击亚特兰蒂斯军队，以报一箭之仇。在被乔和其他人救出后，他才意识到...
进入穆的白鲸后，肯才明白自己和同伴被选中与亚特兰蒂斯作战的原因。3 万年前，消失的穆大陆的精神领袖拉-穆担心与亚特兰蒂斯人的冲突会毁灭地球，决定让穆大陆消失...... 为亚特兰蒂斯复活之日做准备。为此，他挑选了 5 名勇士和...
亚特兰蒂斯陆地司令部副总司令曾发誓要消灭白鲸，他率领他的团队发起攻击，却惊讶地发现白鲸身上隐藏着伟大的拉-穆的精髓，5 位勇士的力量能够让白鲸的力量达到最大值。在攻击过程中，勇士们 ...
五个男孩继续留在复活节岛上。只有肯无法平静下来，尽管玛多拉一直关注着他；他对亚特兰蒂斯充满仇恨，因为亚特兰蒂斯毁了他的生活，杀了他的家人。在玲的预感提醒下，五位年轻的穆的勇士随船出海巡视，并在岛上找到了......
五位勇士正在拼命寻找沉入海底的白鲸。随着白鲸在海中消失，亚特兰蒂斯军队开始对地球发动真正的进攻。普拉托斯率领的冲击部队在埃及建立了入侵基地，并复活了狮身人面像，击败了联合国维和部队。得知这一消息后，肯独自前往埃及。但是，在金字塔力量的部署下，他被打败并被俘虏。其他四位勇士试图营救肯。白鲸回应他们的愿望出现了。它从喷水孔中喷出高高的水柱，开始了变形。
经过长时间的休整，穆的战士们正在享受短暂的休息。就在这个时候，肯完全不懂技巧地对玛多拉说："如果是普通女孩，我会羞于启齿......"。玛多拉对 "普通女孩 "一词感到不安。与此同时，亚特兰蒂斯的军队来到秘鲁，在巨大的废墟中寻找奥林匹亚人。肯急忙反击，但机甲最终被埋在了一块巨石下。为了救肯，玛多拉徒手搬开了巨石。后来，她发现自己是一个机械人。
"在奥林匹斯山所在的地方，肯定发展过文明......"。由此，肯和其他人推测奥林匹斯山位于古代遗迹之中，为了在亚特兰蒂斯军队之前夺取奥林匹斯山，他们参照大洪水的传说，向土耳其进发。在传说中的诺亚方舟所在的阿拉拉特山上，肯和玛多拉发现了 Kein 的踪迹，而 Kein 早在三万年前就失踪了，没有留下任何消息。为了掌握 Kein 的意志，肯拿起了匕首。与此同时，亚特兰蒂斯的军队将搜索范围扩大到了地中海，并在那里遇到了白鲸。战斗开始了。
听说世界杯开始了，被认为是足球天才的乔开始激动得发抖。与此同时，肯和其他人前往安第斯山脉的纳斯卡遗址。三万年前，这里曾是亚特兰蒂斯的陆地基地。敌军再次来袭。在这个时刻，乔看到了帕波罗，他曾是自己在世界杯上的对手。命运之神的到来断送了两人的友谊。战斗结束后，亚特兰蒂斯太空控制中心的塔楼也被启动，但在白鲸面前却毫无胜算。
亚特兰蒂斯希望奥林匹亚神降临百慕大恶魔海区，普拉托斯奉命执行这项危险的任务。但是，担心普拉托斯安全的拉-马勒代替他离开了。与此同时，察觉到危险的白鲸阻止了穆的勇士们采取行动。但肯仍独自前往反击，并在百慕大海域与拉-梅尔对峙。此时，百慕大海域发生了变化，两人被推入了时空裂缝。最后，多亏了白鲸的力量，两人被带出了异空间。
漂浮在宇宙空间中的亚特兰蒂斯大陆开始偏离轨道，注定要与木星相撞。康德拉皇后忧心忡忡，寻找奥林匹大陆的工作迫在眉睫。与此同时，为了寻找Olymphalcon的线索，肯和其他人前往西藏喜马拉雅山，在那里发现了亚特兰蒂斯的遗迹。在寻找过程中，一只巨大的史前恐龙前来袭击，但肯打败了它，五人发现了一个古老的图书馆。在藏书中，他们发现了一张地图，上面标明奥林匹亚人可能就在南极洲。
肯和其他穆的勇士正在寻找奥林匹亚人出现在南极的线索。与此同时，就连亚特兰蒂斯的部队也抱着一线希望，向南极洲进发，将他们的研究推进到未开发的地区。就在战斗最激烈的时候，Olymphalcon被发现了。真锅从古代图书馆取出的机械成为了关键，极地的冰开始融化。很快，整个南极大陆都被火山爆发震撼了。在匆忙赶来的秃鹰堡垒前，一座被掩埋的古城浮出了地表。在张大嘴巴的双方面前，奥林匹亚终于现身。
随着 Olympiacon的发现，穆的战士和亚特兰蒂斯军队之间为夺取 Olympiacon而展开了一场战斗。但白鲸被 Olympiacon的力量吓坏了，最终潜入了大海。肯和其他人带着机甲突入秃鹰要塞，但由于敌人的顽强防守而撤退。不得已，他们试图让白鲸移动。随后反击开始，秃鹰要塞最终被击败。敌人的指挥官戈尔高斯如愿以偿地战死沙场，而 Olympiacon则被从普拉托斯手中夺走......
亚特兰蒂斯获得了Olympiacon，扎尔贡的回归正在一步步逼近，他们都沉浸在喜悦之中。在这种情况下，只有普拉托斯为了给戈尔高斯报仇而出兵攻打地球。与此同时，白鲸还沉浸在南极之战的喜悦中。在玛多拉的呼吁下，拉-穆下令解散勇士。肯和其他人深感愤懑，纷纷散去。但在唯一回来的肯面前，普拉托斯出现了，决斗开始了。五位勇士很快又重新聚在一起，决心迎接新的战斗。
亚特兰蒂斯大陆离地球越来越近，敌人敦促地球首脑引渡白鲸。当联合国犹豫不决时，普拉托斯正带领肯和其他人投降。最终，出于恐吓，康德拉使用了Olympiacon，联合国选择了无条件投降。联合国维和人员和亚特兰蒂斯军队前往复活节岛捕捉白鲸。肯和其他人拒绝无条件投降，而是选择战斗。联合国的攻击开始了，白鲸只能奋力抵抗。
在最后一战之前，普拉托斯和拉-梅尔来到复活节岛，目的是与拉-穆谈判，同意他投降。这就是拉-穆和拉-梅尔相遇的地方。由于扎尔贡在三万年前设计了一个诡计，这个女孩实际上是拉-穆的女儿。事实上，在三万年前签订和平条约时，拉-穆就把她的双胞胎女儿之一送给了小拉-梅尔做人质，而小拉-梅尔对这一切一无所知。最终，就像几千年前一样，亚特兰蒂斯袭击了复活节岛。
亚特兰蒂斯利用奥林匹亚神的力量开始攻击地球。流星雨落在地球的各个角落，甚至威胁到复活节岛的水下神庙。康德拉知道白鲸安然无恙，便下令以拉-梅尔为诱饵击败白鲸。随着父女和姐妹之间的战斗展开，白鲸再次出现。康德拉带头攻击白鲸和拉-穆，但普拉托斯救出了女孩。最后，黑暗皇帝扎尔贡从千年的沉睡中苏醒过来，重返战场。
随着扎尔贡皇帝的觉醒，亚特兰蒂斯士气高涨。迁徙到地球的伟大复兴计划仍在继续，拉-梅尔被关进了牢房，普拉托斯也因对战争的怀疑而苦恼不已。与此同时，白鲸经过漫长而痛苦的战斗，耗尽了所有力量，消失在鲸鱼墓地。面对敌人的进攻，肯和其他人真的不知道该怎么办。这时，拉-穆的呼吁出现了。在穆的勇士的祈祷下，白鲸完成了最后的蜕变。外太空的最后一战即将来临。
地球已经干涸变红。穆的战士们重新下定决心，向亚特兰蒂斯进发。然而，在外太空的第一场战斗中，他们被迫经历了一场令他们痛苦的对抗。由于亚特兰蒂斯科学家海德制造了陨石圈，白鲸最终被陨石包围。白鲸似乎陷入了死胡同，但它还是想方设法冲了出去。不幸的是，白鲸不得不不断遭受新的攻击。就在这时，亚特兰蒂斯大陆出现在肯和他的同伴面前，第一次向他们展示了它不祥的形象。
亚特兰蒂斯大陆终于出现在穆的勇士面前。亚特兰蒂斯大陆到达地球大约需要 40 天。即使白鲸已经推进到亚特兰蒂斯的中心地带，敌人也不知为何没有发动攻击。然而，这是一个陷阱！突然，无数炮台出现，白鲸同时受到攻击。与此同时，仍被囚禁的拉-梅尔被康德拉告知拉-穆是她的父亲，并被当作诱饵来对付他。奥利海康之光落在试图拯救拉-梅尔的白鲸身上。
最终，亚特兰蒂斯穿透了地球的平流层。结果，地球表面爆发了毁灭性的灾难。穆的战士和白鲸对大陆的后火箭发动了拼命攻击，并设法打破了它们的平衡。就在这个时候，康德拉的秘密被揭开了，为了亚特兰蒂斯和扎尔贡皇帝，他孤身一人与白鲸展开了殊死搏斗。面对白鲸的最大威力，它最终还是毫无还手之力。康德拉牺牲后，亚特兰蒂斯终于可以登陆地球的广阔水域。
地球被亚特兰蒂斯逼到了毁灭的边缘。胜利后的扎尔贡欣喜若狂，命令儿子普拉托斯执行拉-梅尔的死刑。但普拉托斯认识到自己犯下的错误，对父亲残暴的行为方式感到沮丧。临近行刑时，普拉托斯带着拉-梅尔逃跑了。肯和其他人前去营救，但普拉托斯被抓获，拉-梅尔决定返回亚特兰蒂斯。这一次，普拉托斯的死刑越来越近了。
无论如何，拉-梅尔在普拉托斯被处死之前赶到了这里，并在忠于王子的士兵的帮助下设法救下了他。与此同时，白鲸也在向亚特兰蒂斯进发，但在亚特兰蒂斯大陆前方，它发现了扎尔贡的身影，这对它构成了威胁。最终，普拉托斯向他的父亲皇帝挑战，与他对峙，但男孩和拉-梅尔都没能战胜暴君。虽然身受重伤，但两人还是设法躲进了穆的地下神庙，但听说最后时刻即将来临，他们离开了这里，前往太空寻找只属于他们的世界。
就在肯和其他人祈祷拉-梅尔和普拉托斯能够安息的时候，亚特兰蒂斯的军队赶到发动了突然袭击。乔在战斗中受伤，连水下神庙也被鱼雷炸毁。无处可去的穆的战士带着白鲸浮出水面，彻底消灭了亚特兰蒂斯的军队。由于屡次失败，扎尔贡判处戈尔德死刑。与此同时，五位勇士以阿格雷尔的力量为能量，与奥林匹斯对抗。拉-穆和扎贡的最终决战拉开帷幕。
白鲸与扎尔贡要塞之间的战斗已经打响。这是一场等待了三万年的命运之战。扎尔贡只相信力量，拉-穆则为爱而战。白鲸被奥林匹克的力量波浪所包裹，濒临毁灭，但拉-穆和他的勇士们释放出阿格雷尔的力量，向敌人的堡垒发起冲击，最终彻底消灭了扎尔贡。战争一结束，玛多拉变成了普通人类，肯和其他人也互相发誓，他们会尽可能努力过上有价值的生活。
