上世纪三十年代的粤省花城鱼龙混杂，隶属于神秘组织“黑锋”的首席教官林昊，为脱离组织控制在一次任务中假死逃脱，以医生的身份藏匿于城郊的吴家诊所，准备开始重新生活，但种种际遇却再次将他拖入漩涡中心。行医期间，林昊与叛逆的新人女警何心欣邂逅，他的身份也引起了何心欣的怀疑。随着花城各路案件的并发，林昊和何心欣的交往逐渐密切，两人在互相试探中情感升温，而他们处理的种种案件之间的关联，都指向二十年前一场阴谋之下的瘟疫冤案，有关林昊的身世之谜也隐藏其中，真相呼之欲出……林昊决定再次站出来，携手女友何心欣，花城商会掌门人庄羽，海归西医小少爷曾帆，冷艳卓绝的女杀手冷月寒，以及诊所护士吴若蓝一同探寻真相，但对手始终暗藏背后，势力强劲，像一个黑洞欲将他们卷入深渊……
林昊受控于一个名为“黑锋”的神秘组织。那里的人从他们年幼的时候就开始训练他们各种技能，控制甚至消除他们的记忆，让他们逐渐忘记，变得冷血。在“黑锋”有三条准则：不要相信任何人，不要留任何活口，永远忘记自己是谁。但林昊不想再遵守他们的准则。女警何心欣患有恐血症，但她仍立志要成为一名警察。她的杀手锏就是她能听到别人听不到的东西，发现那些隐藏凿角落里的黑暗。三十年代初期，林昊在花城的荔湾俱乐部执行任务，他与搭档冷月寒已经合作过很多次了。他们都来自相同的组织，就是那个从小训练他们，想把他们当成杀人机器的混蛋地方。但这次任务出现了意外，就在他们拿到箱子即将离开时，突然发生了爆炸。箱子被人拿走了。
何心欣跑遍了整个花城都没有找到那款咖啡豆。她查到整个花城只有青山医院在进货，没办法，她只能来医院求助曾帆带她去库房。可是库房曾帆没有权限，为了进库房，他们以查案为由，伪造了一张假的搜查令。他们正沉浸在找到咖啡豆的喜悦中，何心欣却听到了门外有脚步声，他们只好赶紧躲了起来。来的人正是曾帆的哥哥庄羽。面对他的质问，何心欣急中生智，开始装起了可怜。称自己有个南非的朋友想在临终之前，喝一杯家乡的咖啡。但是花城却只有这里有，所以她想来借一点。庄羽看出了她的小心思，忍不住笑了。但是他并没有拆穿，甚至还叫库房多送些咖啡豆给她。
为了让曾帆心服口服，他们两人打赌。林昊用针灸锁住了他的穴位，要是他还能在太阳下山前走出这个院子，算他赢。林昊免费帮他治一治他的中医恐惧症，如果他做不到，就得在这个小诊所坐诊一年。精神医学是从德国兴起的，被不了解的人成为催眠术。何心欣进入到自己的催眠世界。她想起来她六岁的时候，哥哥带她去看过魔术表演。然后她就被邀请上台参与魔术表演，她进到了一个柜子里。但是她不太记得柜子的事情了。她只知道自己被带到一个地方，那里关着很多其他的小朋友，那里有个女人，她每次出现都会唱着歌，每唱一首歌就会带走一个小朋友。
何心欣和罗宝贝乔装来到荔湾俱乐部接近梁少秋，却被他察觉了她们的警察身份。梁少秋表示想要他配合警方调查，就得拿出诚意，陪他玩点刺激的。林昊跟曾帆也恰巧来到这里调查红色子弹的事情，等他赶到时发现他们已经交易完了。他们在房间里找到了一个机关。没想到这个机关通往的正是何心欣与梁少秋去的地方。因为梁少秋把灯都熄灭了，何心欣只能通过声音来辨别人。她听出了林昊的心跳声，她知道那次在火车上的也是他。
林昊知道何心欣因为停职的事情很不开心，但他现在不想只当她的医生，他想好好保护她。他其实有私心，他不想再让何心欣参与梁少秋的这件案子，因为他知道这次真的很危险。谁知道梁少秋竟然利用谢承德公开悬赏事情威胁警方，现在局长要求他们贴身保护梁少秋。他还指名道姓必须要何心欣过去，才肯放过大家。鬼哥要求何心欣立马回去。挂了电话后，她开心地拉着林昊的手说她又可以复职了。林昊懵了，他心想：这个停职也太儿戏了吧。
何心欣回去没有看到林昊，她打电话到诊所问，吴若蓝说他不在诊所。回想起之前的种种，她直觉告诉她，她每次遇到危险救她人的都是林昊，但是她却对林昊的事情一无所知。他总是突然出现又突然消失。如果真是他，那他肯定受伤了，想到这些她就很担心，完全没有发现林昊已经站在她身后好久了。林昊说她身为警察警觉性太低了，那么久都没发现他站在身后。何心欣哪里顾得了那么多，她担心死了。她的语气里充满了担心，林昊看着她紧张自己的样子，忍不住亲了上去。
原来梁少秋早就知道上次挟持他的人就是林昊，他知道林昊跟何心欣是在演戏，既然林昊选择了大冒险，那就要陪他玩到底。俱乐部的所有人都已经中毒了，梁少秋抓走了何心欣，用她来威胁林昊。如果在他钢琴演奏结束之前林昊能打倒所有人他就放了何心欣。但是没想到连林昊也早就中了毒，他开始视线模糊。他拖着受伤的身体准备带着何心欣逃出去，可恶的是，梁少秋把密室封起来了。他只能折返回去找梁少秋询问开门的办法。但这时毒素已经深入了他的体内，在梁少秋的激怒下，他开始一拳又一拳地揍他，像一个杀人的机器。吴若蓝从密道把密室的门打开了，但是林昊却怎么喊都喊不醒，他像是没了意识，忘了自己是谁。吴若蓝说着小时候的事情尝试着唤醒他，最后林昊晕过去了。
林昊强忍着痛苦独自戒毒，为了不让何心欣猜疑，他艰难地爬起来接通了何心欣的电话，一直陪着她聊天。第二天依旧给她打电话，但是那天外面下着雨，何心欣在电话里听到林昊那边同时出现了雷声。她怀疑林昊就在花城。她想找曾帆问清楚，但曾帆却一直敷衍她。无奈之下，她只能跟踪他。她看到曾帆在咖啡厅跟青山医院的医生拿了药。她记下了药名去问吴若蓝。
庄羽叫住了冷月寒，他说他竟然不知道他弟弟谈了一个杀手女朋友。她才反应过来原来庄羽就是那个神秘的雇主。这次又有新任务交给她。梁光强现在的处境很危险，他需要冷月寒去保护他直到手术顺利结束。林昊成功探监，他刚进来时突然有个人用担架抬着出去，那时候他只是随意看了一眼。没想到监狱的人说他今天无法探监了，说杨华生早上被人下毒谋害，现在被送去青山医院。他才回忆过来刚刚被抬出去的那人嘴唇发黑，他就是杨华生。想到这里，他立马跑着离开了监狱。
林昊毒素还没完全清除，也不是杨华生的对手。不过他也已经拿到了想要的东西。梁光强情况不好，他得马上回诊所做手术。之前他思考了很久，怎样才能把他的淤血取出来，后来何心欣的话点醒了他。她说家里的水管堵住了，又不能放水又不能拆开。水管工跟她说只能慢慢慢慢地一次一次把水抽出来。然后他就结合了水肿的位置和时间，梁光强的受伤时间不长，水肿应该还没凝结成块，他觉得是可以把淤血抽出来的。没想到林昊刚给他做完手术，他就发生了意外。更巧的是，梁光强刚从楼下掉下来，连林昊都还没反应过来，鬼哥就带着一队人来了。说他涉嫌劫持谋杀梁光强，需要逮捕他回警局接受调查。整个事情逻辑严谨，证据链完整，他觉得这一切未免也太过巧合了。他故意刺激鬼哥，想要从他口中知道些什么。
庄羽为了钓王志文这条大鱼，放出了一个诱人的鱼饵。他主动提出有个医学资金项目要与青山医院合作，并且由他来担任联合基金协会的理事长。他发现吴若蓝居然胆大地跟踪他来到医院。吴若蓝觉得庄羽太过冒险了，王志文干了那么多年坏事，不是那么容易钓住的，他这样很容易把自己也搭进去。
梁光强是唯一一个知道真相的人，王志文为了隐藏罪行，利用杨华生把他给灭口了。林昊在杨华生给他注射的时候跟他谈了一个条件，他可以帮杨华生救出关在四零一的朋友，但是需要他把王志文的证据交出来。为了取得杨华生的信任，林昊解开了他十六年都没解开的方程式。不过要让他完全信任，还需要一些动力。
惩戒场的拍卖会进行到大半，王志文说要献上一个特别环节，展示所有试验品的原型，而那个他说的那个最强最优秀的战士就是“四零一”。杨华生听到这里坐不住了，他冲下去用银针挟持了王志文，但完全无济于事。原来被他关照了十六年的人，就是林昊的父亲“林世弘”。
何心欣假意劫持鬼哥，这才顺利脱身。王志文每次都能提前知道他们的计划，所以鬼哥怀疑警局里有内鬼，而且不止一个。现在如果想把这些人一网打尽的话，只有一个办法。他需要何心欣以逃犯的身份，配合他进行调查。他去查看了现场的情况，那批注射药物的犯人还在发疯，所有人都已经死了，只找到了少量的衣物和残骸。何心欣以为林昊也死了。
王志文从何心欣手里夺走了实验手册。他亲口承认十六年前是他设了局杀了石井街的人。可是他没料到那本实验手册是假的。何心欣他们早就将监狱里的整个广播系统做了手脚，他所说的一切已经通过广播传向了整个花城，鬼哥也已经带队申请逮捕令前往惩戒场。
何心欣和曾帆在俱乐部里分析着南石惩戒场的案件。所有涉案人员都是在释放之后相继死亡的，死状非常相似，但他们面部都很狰狞，像是被吓死的。说着说着何心欣就在俱乐部里看到了周伊凡，那是她哥哥身边的秘书，怎么会跟熊波在一块喝酒，她觉得奇怪。
林昊私底下帮助何心欣的行为被屠王发现了。在“黑锋”但凡犯规了，都要遭受电击惩罚，林昊也不例外。康建世希望能让林昊明白不能相信任何人，只有自己变得强大才行。但是林昊怎么是会轻易屈服的人，就算是电击都无法让他忘记他与何心欣的那些回忆。他刚坐在椅子上意外发现有个机关，他知道屠王性格有缺陷，自大又愚蠢，受到一点刺激就失控。他故意激怒了屠王，果不其然就在康建世面前发怒了。趁着黑暗他按下了机关，发现屠王原来一直在窥探别人的任务。在“黑锋”窥探别人的任务等同于背叛，这次轮到林昊反击了。
庄羽带着吴若蓝去见曾会长，他坦白自己是十六年前石井街案的幸存者，为了复仇设法成为了他的养子，却辜负了他的信任。而吴若蓝是他想要共度一生的女人，他将辞去商会副会长的职位，希望曾会长能够成全。从进门到现在曾会长一直都是被背对着，对庄羽说的话毫无回应。原来那个人，根本不是曾会长，而是曾会长的世交郑先生。这次曾会长并没有让庄羽插手这件事，他收到过的死亡威胁也不是一次两次了，但从来没有那么生气过，庄羽觉得他有点奇怪。他查到所有收到过医学大会邀请的宾客都发生过不同程度的意外，但是不知道为什么他们大多数都没有报案，也没有终止行程和计划。警局的人都知道何心欣是无辜的，任凭他们怎么问，何心欣都坚持只跟鬼哥坦白。可是刚刚曾帆带来消息，鬼哥因为失血过多，已经牺牲了。
“黑锋”很有可能在胁迫商会成员来进行非法的药物交易，用来不断地升级病毒。而何史刚好在澳省发现了相关的证据一路追查到花城来跟这些被胁迫的商会成员进行接头，得到了很多关于“黑锋”的不法交易的计划，所以才会被追杀和拷问，何史的资料是很重要的突破口。何心欣他们决定去青山医院化验一下这药品的成分，也确认一下曾帆对药品原料的推测。罗宝贝也会根据周伊凡提供的信息，复查何史在花城的全部路径，找找可能留下的线索。
吴若蓝一直想要八音盒，可是庄羽一直没送她。他总觉得很不祥，之前送了那么多次都没有送出去，现在还坏了。他想重新买个新的给她，可吴若蓝却只想要原本的那个，因为那个八音盒对她来说特别有意义。她想把它重新修好，让他们的生活重新开始。眼看着一切都在开始变好，没想到她的身体已经开始出现严重的肺损伤，而且伴随着肺出血的症状。神经反应和血液循环系统也开始出现了问题，威胁着她身体的整个身体机能。
曾万曦对曾帆的忍耐已经到达了极限，他决定要告诉他事情的真相。十六年前这座城市就像是一个得了重病的病人，它一直等待一个契机被治疗来让这座城市得以重生。是他顶住了所有的非议、流言和国外最先进的医疗团队合作，为这个城市换来了技术和资源。现在他作为这个城市的医生，他要开始新一轮的治疗了，他要筛选出那些值得活下去的人。他不想再看到曾帆这幅懦弱的样子，林昊算什么，冷月寒算什么，他本可以成为这座城市的上帝，却在这等待平凡的幸福，有他这样的儿子他感到耻辱。
今天是何心欣领勋章的日子，她刚刚在台上看到了康建世，二话不说拔腿就追，可是康建世太狡猾了，像是故意让她看到的。而且她刚刚在台上发现局长有问题，他否认康建世跑了，她需要查一下收监记录，再去疗养院核对人头，也许能有线索。原来康建世就是局长放的，他放走康建世就是为了抓住林昊，以何心欣跟林昊的关系，只要引她落单对她出手，引出林昊再轻松不过了。他只需要何心欣能跟他做合作，这样他不仅不会伤害她跟林昊，就连警局局长位置都可以是她的。
冷月寒带着林昊和何心欣闯入制药厂，曾万曦想带着研究成果逃跑，谁料最后一只还是落在了何心欣手里，为了不让他们再拿自己威胁林昊，何心欣把药剂打进了自己的身体里，可康建世却说那药是他改过的，会传染而且没有解药。他把毒药改成了无差别筛选就是想要林昊认同他那套优胜劣汰适者生存的理论。他想要林昊回头，就算24小时后何心欣会变成传染源，林昊最终也没有认输。康建世执念太深了，没想到他在临死前都还在认为自己不会输。
