21世纪中,战争在地球上消失无踪——由于各个国家突然出现拥有超越人类力量,祈求世界和平的「英雄」,世界产生了巨大的变化。为了维系崭新的和平局势,各个国家的英雄们在全世界大展身手,其中负责维持日本和平的是——超怕在人前露脸的腼腆少女英雄「SHY」。虽然她不善于面对众人、社会的眼光,但还是在苦恼之中努力解救需要帮助的人!
由于英雄出现在世界各国,战争迎来终结。 肩负日本和平的英雄「Shy」,是个超级腼腆的女孩子。 某天,Shy被找去游乐园的英雄秀当嘉宾, 那里的云霄飞车却发生了意外……!?
惟子因为游乐园的意外受了重伤,因此转学到辉就读的学校成为她的同学。 辉因为没能毫发无伤救下她感到愧疚。 而在故作坚强忍耐疼痛的惟子身边,突然出现了一名神秘少年……
事件发生的几天后,惟子跟辉两个人一起出门游玩。 惟子卯足干劲想对辉道谢,辉则是起初不太习惯而感到不知所措。 就在两人之间的气氛变得越来越融洽时,Spirit来电要两人一同前往英雄们的总部,而英国的英雄「Stardust」也同样被叫来总部。
面对能力是操纵热、空气、力量「流向」的Stardust,Shy根本束手无策只能挨打。Stardust看穿Shy由于性格天真不适合当英雄,不过随着场边惟子的加油声传来,Shy自身拥有的能力也跟着觉醒。
辉结束跟Stardust的一战回到日常生活中,久违地拜访了附近的文具店。面对腰痛无法登山的老闆娘,辉把治好自己伤口的瑞士英雄“Lady Black”介绍给她。之后不知为何却变成三个人一起去登山……?
收到北极发生意外的消息,Shy和Spirit一同前往现场。与中国的英雄“眠龙”会合之后,三人奔赴当地,但他们乘坐的直升机却坠毁了。袭击他们的正是Stigma的组织“亚马拉里克”的成员之一,操纵寒冰的少女“斯维塔”。
Shy一行人击退了斯维塔,不过Spirit身受重伤。回到基地的英雄们,为了找出Stigma的目标,听惟子讲述先前透过戒指连结Stigma内心世界的经历。另一方面,斯维塔跟自己小时候长得很像这件事令Spirit始终耿耿于怀。
为了调查斯维塔的相关情报,Spirit与Shy一同前往Spirit的故乡。Spirit的母亲在她儿时便已不在人世,她久违地造访了自己成长的孤儿院,调查过往的纪录。然而她们却在那裡发现Spirit的母亲丽娅少女时代的照片,竟与斯维塔长得一模一样。
Shy和Spirit与来袭的斯维塔、唔呼呼开战,但斯维塔却将整个孤儿院关进了她的“内心世界(亚马拉里克)”。在这个与外界隔绝的空间之中,一般人甚至无法保有意识。Shy她们只好一边与敌人交战,一边试图把遭到牵连的孤儿院众人救出去,然而……
斯维塔的真正身分,原来是因为Stigma的力量甦醒的Spirit母亲丽塔娜,而她的力量也导致Spirit的儿时记忆被唤醒。接触到母亲辛酸过往的Spirit解除转心,无法继续战斗下去。
Spirit因为Shy的关係找回自己的心,再次进行转心,并将幼年时期没能传达的想法告诉妈妈斯维塔。眼看两人就要心意相通,唔呼呼却出手妨碍。为了阻止力量开始失控的斯维塔,Shy和Spirit使出浑身解数一战。
辉结束在俄罗斯的战斗回归日常生活,却因为累积疲劳感冒了。尽管辉嘴上说自己没问题,担心她的惟子却坚持要照顾生病的她……
英雄们在经历与斯维塔、唔呼呼的一战之后回归日常生活,于各自的国家继续大显身手。此时,Shy不知为何居然要接受记者专访……
放假期间辉与惟子两人一起出去玩,遇见了一位名叫天王寺暧的少女,她表示今天是第一次造访这个城镇,无法坐视不管的两人决定当起导游。暧起初告诉两人自己是来旅行的,但后来却坦言其实是离家出走。
辉和惟子从突然出现于眼前的忍者朱鹭丸口中得知,暧是忍者村的公主。两人进而得知暧是受自己的随身佩刀「心刀・无垢」指引,来到这个城镇。暧看穿辉其实就是英雄 Shy,然后不知为何便决定要住到辉的家中……
Shy和暧有了共同的目标,那就是「亚马拉里克」。她们为了更加了解彼此,一起出门修行。Shy得到暧的启蒙,感受到刀刃、石头这些物品的内心。另一方面,在突然出现的黑球笼罩之下,东京消失了。各国英雄接获通知后集结到天帝身边,开始讨论作战方针。
以队长 Shy 为首,加上 Spirit、Lady Black、眠龙、以及暧五人为了拯救东京市民,冲入了黑球之中。在那里面,人们象是丧失心灵一样站在街上。在感到震惊的五人面前,亚马拉里克的“愤怒之龙”怒气突然现身,并袭击了过来。
在怒气之后,唔呼呼出现了。Spirit 表示由她来与唔呼呼战斗,要 Shy、暧和 Lady Black 先走一步。另一方面,暧在见过亚马拉里克的成员后便开始感到迷惘。她告诉大家身处黑球中心的空虚,其实是她的双胞胎妹妹昧,自己本来打算击败她。随后,暧开始说起以前发生的某起事件。
在 Shy、暧以及 Lady Black 面前,出现了来自亚马拉里克的新敌人祈愿。Lady Black 因为祈愿的「爱之箭」一时被迫觉醒了对 Shy 的爱意,清醒后气到发抖的她决定负责跟祈愿打到底。与此同时,正在对战的怒气与眠龙,双方都已经筋疲力尽了……
当黑球内部的众人战得如火如荼之际,Stigma 与 Stardust 在黑球外展开对峙。亚马拉里克的成员之一夸巴拉奉 Stigma 命令与 Stardust 开打。看似一下就倒地的她,却透过附身 Stardust,发挥了自己的真本事。