法证事务部高级化验师余星柏（黄宗泽饰）以精辟方法找出证据，受热血女警霍宝英（王敏奕饰）倾慕，谱出一段无法以科学计算的爱情。法医科高级医生范佩清（蔡洁饰）冷静睿智，得流氓医生秦克男默默守护。重案组高级督察井浩然（袁伟豪饰）不眠不休，与斜杠女子谭倩雯（蔡思贝饰）互相扶持，追寻真相。面对消失的证据、迷失的困局、狡猾的凶手，法证团队要还生者公道，替死者雪冤！
西九龙重案组通过遗落在海底的宝石，第一时间联系买家了解情况，并且采集氧气瓶咬嘴的DNA，终将嫌疑目标锁定在死者女友身上。高级督察井浩然审讯嫌疑人，拆穿她和死者孙仲强以筹办聚会为由，合伙窃取宝石项链。
法医检验出岑冠峰血液里含有大量心安灵，属于正常用量的四倍，这种药物属于钙离子通道阻滞剂，服用过量会导致人体血压大幅度下降。根据医院提供的心电图记录，基本可以证明岑冠峰完全没有需要服用心安灵的心脏病史，也就意味着他是死于谋杀。
香港校际音乐节隆重举办，范佩清受邀陪同嘉朗四手联弹，嘉朗父母在观众席上全程关注，直至演出圆满结束。昔日闺蜜悠悠为家庭放弃法医工作，备受丈夫宠爱之外，还在培养儿子嘉朗的钢琴天赋，如此美满人生令范佩清为之羡慕。
当年范佩清作为黄永权的助理，收到指示帮忙处理一起死因调查，并且给出相应的尸检报告，成为检方控告秦克男的有力证据。可时至今日，范佩清陷入自我怀疑，为能寻求真相，委托余星柏代她上门拜访黄永权。余星柏在门外遇见霍宝英，二人走进房间发现黄永权突发疾病去世已久。
正是因为蜜拉圣果的主要成分是扰乱味蕾，所以就算是大福里添加那替明，也基本是很难让人察觉到苦药味。凶手能够想到用甜品杀人，还将杀人计划部署如此精密，秦克男深感无力，实在想不明白对方的真正动机。幸好秦克男已经通过网络联系到烹饪教室的学员，约定明天在指定地点见面，而他邀请范佩清一同前往，获取烹饪食谱之余，意外得知陆诗诗在烹饪班和嫣妮丝颇为熟识，有次嫣妮丝向陆诗诗哭诉自己压力大，希望她能帮忙拿些治疗失眠的药品。
霍宝英入职重案组负责九龙城金店盗窃案，还未完全摸清来龙去脉，居然又收到烂口炳会在仓库收货的消息。大家火速赶往仓库实施抓捕，井浩然和霍宝英联手围堵一名想要逃跑的参与者，没想到对方居然是谭倩雯。原来谭倩雯为能给韦建邦翻案，不惜以记者身份威逼销赃店老板交代事情，根据他所提供的地址前往烂口炳收货的仓库，希望对方能够拿出米歇尔保险柜里丢失的珠宝首饰。
范佩清以客席讲师身份来到医学院授课，并且建议大家接触最新研发的虚拟解刨系统，通过练习剥离皮肤组织，更好地深入观察人体深层结构。然而医学生傅剑成的练习成绩不合格，却能够游刃有余地实刀解刨尸体，甚至发现大体老师身上多处淤青，申请要调看死者生前资料。这种情况是范佩清当法医以来从未遇过，所以她第一时间决定报警，学生们都觉得尸体泡过防腐剂，证据也都被污染，恐怕法庭和警方未必愿意受理。傅剑成没有理会同学讨论的话题，沉默寡言地走下楼，路过长廊看见小鸟尸体后驻足。
大家处理完湛霆的后事，回到法证部触景伤情，发现余星柏已为他们准备好出庭作证的资料，并且着重标记关键要点。反观余星柏是最后到场祭拜湛霆，全程情绪低落直至离开。坐在公交车上，余星柏满脑子都是检方在法庭上的羞辱，就算是湛霆付出生命都要恶言相向，瞬间觉得自己完全不配当师父，因为没有能力保护好徒弟。
当年土瓜湾发生命案之后，警方通过走访死者罗晶晶的人际关系，迅速将嫌疑目标到男友武志佳身上，包括他所工作的凉茶店也都列入案发第一现场。后来法院判决下达没多久，凉茶店因此歇业，司徒亮买下凉茶店重新模拟布置，在没有新型科技帮忙的情况下，唯有采取这种办法保存线索。
司徒亮通过霍宝英提供的地址找到收藏家，总算看见那张丢失多年的纸币，正要和余星柏带回法证部检验，岂料同行的武志佳居然将二人打晕。重案组收到消息匆忙赶来，虽然百元纸币已经被武志佳抢走，法证人员依然能够根据保存纸币的胶套，查出一枚疑似沈大辉的指纹。
霍宝英拿着之前吉仪的钱买了两个洋葱，分别代表着自己和余星柏。在此期间，无论霍宝英如何细心照顾和浇水，洋葱先生始终没有发芽，她觉得或许是上天想要表明还没到告白的时候。但是今天早上，霍宝英忽然发现洋葱先生已经发芽，所以当她穿过层层人海寻找到余星柏时，终于鼓起勇气主动告白。余星柏没有直接做出选择，表示自己会去青山文化馆，倘若两人能在一个小时内遇到对方，也就相信是上天注定的缘分。
正当谭倩雯给群演拍摄连戏照片时，忽然留意到旁边的道具人有些奇怪，本想上前仔细检查，但是导演急不可耐地催促大家进行下一场戏份。这场戏主要是女主米可和群演疯狂殴打躺在地上的道具人，田中被导演助理龙友临时拉去试戏，表现也让导演为之满意。电影拍摄结束后，龙友不慎弄丢暴打道具人的镜头，好在谭倩雯答应帮她补拍场景。然而当她在换衣服时，米可的宠物狗跑了出去，谭倩雯和龙友寻找宠物狗偶遇井浩然等人，于是决定结伴同路。
霍宝英跟着余星柏将流浪猫送回住处，怎知流浪猫居然从猫窝里叼出沾有血迹的条形码，经过技术合成后，证实条形码来自金真食品有限公司的豚肉，专门是负责供应给日料店的进口肉类，其中包括佐藤和田中的拉面店。此时田中在众人见证下，与师父比试一场拉面赛，最终结果是田中青出于蓝。秦克男感慨难怪田中如此仰慕佐藤，师徒二人在烹饪过程的手法都是极其相似，田中也主动向佐藤道歉，承认自己之前太过执着导致妄想症加重出言顶撞。
范佩清表示自己每次解刨的时候，都很想从他们身上找到答案，甚至看着死者还会代入凶手的角度，然后去思考对方的犯罪动机。或许正是这种独特的破案手法，才会让范佩清更容易发现其他人不易察觉的细节，也为重案组和法证部提供许多帮助。 没过多久，重案组又收到一起人命案件，大家赶赴现场查看发现极其惨烈，死者是坠楼掉在汽车顶上，尸体破碎并且散得到处都是。通常来说，这种情况几乎不可能发生，可问题在于凶手是用液态氮这种科学的知识杀人，说明对方非常大胆又很冷静，范佩清破解出此人是在套用十八层地狱的概念。
正当范佩清给井浩然打电话时，忽然遭遇神秘人袭击绑架。霍宝英在现场发现冰山、血池以及火山地狱的壁画，猜测范佩清之所以会被带走，很有可能跟三起命案有关系。余星柏和井浩然联手实施营救，追查到凶手的所在地，可当他们刚走进去，楼内灯光瞬间熄灭。 二人小心翼翼地摸索前行，隐约听到范佩清的呼救声，紧接传来阴森可怕的男人声音，扬言要当场审判范佩清，并且让她露出真面目，因为她的存在会导致其他人受苦。随之声音消失，男人拿起手术刀在范佩清身上解刨。
经过核查之后，重案组证实董应伟住进天门豪庭是为寻找目标，并且负责监视他们，继而构思出十八层地狱的杀人手法，交由卜大山实施计划。与此同时，警员又在董应伟的电脑里发现大量偷拍画面，霍宝英需要范佩清本人确认视频真实性，看着她难过落泪于心不忍。 大家都知道谭倩雯想要组建乐队，余星柏在范佩清的推荐下，也只好答应当主唱，果然他一开口令在场人惊艳不已。随后的日子里，每个人的生活都逐渐步入正轨，秦克男依旧住在虎玉楼，但是范佩清已经离开天门豪庭。
自从经历过董应伟的事件后，范佩清彻底在心里留下阴影，看见尸体仿佛像是看见躺在手术台上的自己，只要拿起手术刀就会回想起那段不堪的痛苦。傅剑成察觉到范佩清的心理变化，直接点破她最真实的感受，并且鼓励她勇敢面对过去。 谭倩雯发现母亲和继父在背地里供奉井浩然的父母莲位，从一九九八年到现在不停歇，所以非常好奇他们之间的关系。军械科查到弹头是二零一零年发生的枪击案，井浩然怀疑当时抓到的钟树仁极有可能和他舅舅有关。
二十多年以前，孙丽霞患病急需一笔钱，谭森为能给老婆治病，不得不接下杀人的任务，目标正是井浩然的父母。尽管孙丽霞承认是谭森有错在先，可是她恳求女儿能够隐瞒这件事情，并且保证会离开香港绝不会回来。 谭倩雯内心难过不已，斥责他们在二十年前就以不告而别的方式失踪，如今还是想要选择离开，根本没有考虑过自己的感受。也正因谭倩雯和井浩然之间存在血海深仇，所以她主动提出分手。井浩然完全无法理解，还想要挽留这段感情，可惜谭倩雯心意已决。
秦克男得知范佩清失踪，于是便到处寻找，终在车库角落里发现她。此时范佩清痛哭流涕，看到秦克男第一眼就让他陪自己去警局自首，秦克男深感震惊，询问后才知范佩清下班时开车，意外撞到路过行人。 经过重案组核实死者身份，证实他是小薇的老公丁志强，法证部也立马前往现场采集物证。霍宝英安抚小薇的情绪，希望她再仔细想想案发之前是否发生过奇怪的事情，哪怕是再小的细节都是关键线索，怎知小薇突然坦白杀夫罪行，表示他们并非外界想象中恩爱。
秦克男为能治愈范佩清的创伤后遗症，于是带着她前往天台。那幅十八层地狱的壁画依然醒目，范佩清在秦克男的鼓励下，拿起刷子抹去所有图案。事后秦克男表示范佩清一直都在帮人，帮死者找出真相，帮生者解开心结，如果因为这件事情不做法医，恐怕会有更多人活在遗憾之中。 余星柏从霍宝英的办公桌发现之前送给中学生的化学表，又在汽车后备箱看见两颗圆葱头，才知他们仅差一步就能重逢。但是霍宝英觉得都已经不重要，因为无论三十秒或者一分钟，只要错过就代表着没有缘分。
井浩然之所以参与剧本杀的游戏，主要是为调查案情，而他表示现在玩的“森林谋杀案”本子与两年前缔飞保险公司的情况非常相似。游戏里有四名玩家扮演嫌疑人，分别是兔子、大象、老虎和狐狸，所以井浩然觉得这四个人就是当年涉案的职员。 听到井浩然这么解释，谭倩雯终于明白为何玩家之间特别自然熟悉，原来是早就认识。也正因如此，谭倩雯怀疑现实中的凶手极有可能就是剧本杀里的凶手。暴食依照剧本里的台词警告兔子，让她在短时间内交出胡萝卜，兔子脸色瞬变。
重案组向死者妻子询问情况，主要排查是否有仇家，然而死者妻子表示丈夫忠厚老实，极少与人结缘，今天清早临上班时还答应会陪她吃饭。虽然房间抽屉已经被人打开，但是贵重物品根本没有丢失，死者妻子交代里面通常放杂物，具体不是很清楚。 范佩清在死者口腔里发现异物，同样法证部又在案发现场找到仿造草坪的纤维。之后的走访调查毫无进展，反倒是井浩然在谭倩雯的衣服上发现类似纤维，谭倩雯解释自己和暴食去铺仿草坪地毯，估计是稍不留意蹭到衣服。
重案组查到凶手给大头注入过量胰岛素，使其彻底失去意识，继而注射高浓度可卡因，最终大头因为可卡因过量导致死亡。大头临死前出现过抽搐的情况，法证部又在车行沙发找到他的抓痕，而在抓痕上面发现包威的皮屑组织。 也正因如此，包威成为警方怀疑目标，尽管他一再否认自己根本没有杀人，可是霍宝英他们在汽车后备箱找到可卡因，通过法证检验确认是大头的可卡因。包威进入监狱百思不得其解，始终未能想通何人谋害自己，此时一名男子走过来，不由分说往他胸口猛扎。
秦克男发现好朋友的药店里居然售卖毒品，忍不住质问他为何这么做，但是对方根本不以为然。没过多久，好朋友遭遇追杀，秦克男帮助他逃过一劫。司徒亮在案发现场找到关键证物，本来还期望可以顺藤摸瓜查出凶手。 可是经过余星柏的检验以及3D扫描，证实水杯上的指纹已经被人刮花，没有办法去找出完整的指纹，也就无法做准确对比。余星柏表示这个人是故意破坏自己的指纹，无论他和司徒亮查得事情是否有关，本身这个人就已经存在问题。
法证部在现场找到关键线索，认为有人刻意动过灯管，至于为何这么做不得而知。井浩然和余星柏模拟案发现场，注意到罗波走到门口处遇害，凶手从他背后连开三枪，后来伪造是熊承宇开枪，故意把枪放在他手上，紧接再开两枪，也就可以让熊承宇的手里有火药痕迹。 虽然理论上是没有错，可问题在于熊承宇的体重七十二公斤，在他中刀晕倒的时候，凶手需要承受他的体重，所以不可能那么快放下熊承宇开枪对准罗波。如此看来，井浩然怀疑凶手不止一人，而且还具备专业丰富的法证知识。
司徒亮还在继续调查有关于杨冰的线索，然而他发现霍宝英的态度有些敷衍，居然佯装和井浩然通话要回重案组。也正因如此，司徒亮置气让霍宝英把自己放在路边，但是霍宝英默默跟在身后，直到在山林里发现沾染血迹的石头。
杨冰遇害之后，咖啡店交由林凯馨打理，但是霍宝英没想过她居然和余星柏非常熟悉，林凯馨重提往事，居然还在大家面前亲吻余星柏。之后霍宝英和余星柏陪着司徒亮打麻将，奈何司徒亮的记忆偏差越发严重，甚至能够追溯到几个月前寻找湛霆工作证。
霍宝英偶尔会陪着司徒亮去咖啡店吃东西，奈何司徒亮的脑退化症越发严重，她不得不向林凯馨解释清楚。林凯馨予以理解，也在霍宝英的好奇下，回应自己和余星柏的关系。原来五年前她回国买冰淇淋忘记带钱，幸亏余星柏及时帮忙垫付，并且委婉拒绝交换联系方式，后来二人再次重逢。
杨冰生前在网上结识比较聊得来的网友海登，二人逐渐成为知己，还带着一丝尚未言明的情感。可惜杨冰还没有等到和海登见面便已遇害，司徒亮在咖啡店喝咖啡发现海登就是张世熙，于是跟踪他...
缇娜将霍宝英关在集装箱里，霍宝英因为缺氧导致窒息，虽然她尝试呼叫救命，奈何无人答应。直到最后霍宝英开始意识昏沉，拼尽最后一丝力气敲击着铁皮，等余星柏匆忙赶来时，霍宝英彻底失去气息，无论如何喊她都没有回应....
