女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。问天南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽，让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
一阵飓风之后，问天和他的朋友们来到了一个没有任何记载的地方——山外山。这里如世外桃源一般奇妙，而每样物品，甚至大名鼎鼎的凶阎王，都可以变成一枚枚徽章。
南宫问天等人不小心在山外山释放了徽章内的凶阎王，众人与凶阎王以及邪恶的徽章王展开战斗，关键时刻出现一位神秘帮手——燕侠。
众人准备寻找城镇交换一些有用的小徽章，顺便寻找变成徽章的天晶兽。但是他们好不容易来到金银岛，找到能够交换的地方，却被告知只能交换水和面包，问天的护腕还差点被骗走。
徽章王将骗子将军的邪恶本性无限激发，变成了邪恶狡诈的狐狸骗子将军。燕侠及时出现，送了南宫问天和南宫问雅紫玉护腕和项链。众人打败狐狸骗子将军后，乘着龙舟继续前进，却遇到了病毒烟雾。
问天与大山贼展开争斗，但是问天想到在医馆打斗会打扰中毒的伙伴休息，于是准备引开山贼，保护医馆。他谎称外面有月艾草，山贼信以为真，也跟了出去。
岛主千金刚刚买了一个徽章却被问天追上，问天希望她能将这枚徽章给他，因为里面被困的是自己的天晶兽，但是岛主千金却拒绝了。岛主千金的马车不久就遇到危险，被魔化的乌鸦攻击，情况危急。关键时刻，天晶兽解锁，和问天合体，解救了大家。
问天在大山寨苦战，徽章王和大山贼找到了第一圣兽白月蟾蜍，希望夺取它的力量。关键时刻问天赶到，解救了白月蟾蜍。
南宫问天向拳王将军挑战，拳王将军称如果南宫问天可以打败自己，就能获得拳王金腰带，南宫问雅发现腰带上有北冥雪的勋章。南宫问天成功击败拳王将军，夺回了北冥雪的勋章。
神兵小将们这次遇到了冰球将军，北冥雪击败了冰球将军，成功关闭了喷雪机。
神兵小将们这次遇到了骑师将军，南宫问天和天晶兽一起参加并赢得了比赛，成功击败了骑师将军。
神兵小将们在山上遇到了山猫魔兽，山猫魔兽一心想要找到神兽，为了阻止山猫魔兽，南宫问天与他展开了战斗。
神兵小将们在山上遇到了噪音将军，南宫问天成功打败了噪音将军，并揭开了徽章王的阴谋。
神兵小将们登上了希望号列车，大家在车上都很兴奋，在途中他们遇到了雷雨将军，南宫问天击败了雷雨将军保障了希望号列车的通行。
东方铁心带走了天晶兽，希望号列车也出了故障，大家分头搜索，没想到东方铁心是变色龙将军变的，幸而南宫问天及时救出了天晶兽并打败了变色龙将军。
万人迷王子的生日派对上，南宫问天等人先后表演了精彩节目，但是都得到了零分，西门孝上台摔倒，却没想到得到了15分。万人迷王子为报仇，与南宫问天等人大战，现场一片狼藉。
科学家叔叔及时赶到，用火枪将冰快速融化，救了问天等人，打败了坏人。问天问科学家叔叔借了火枪救了整个村庄。女王等人得知问天已经到达第三区域：辽阔高地后，火速赶往。
问天等人到达雷达指示的地方，本以为第三圣兽就在此地，没想到却看到一群绵羊。最终，问天等人打跑了无敌盟主，得到绵羊头领的认可，把圣兽力量交给了问天。问天等人离开后路上遭遇暴龙袭击，情况危急。
燕侠询问问天等人的行踪，被告知他们已经前往第四区域。而此时，问天却与暴龙展开大战，天晶兽意外不敌暴龙，眼看就要牺牲。
南宫问天和天晶兽都不在，神兵小将们遇到了洪水将军，西门孝自告奋勇出战，幸而武勇及时赶到，暂时击退了洪水将军。
南宫问天来到天空城堡，婆婆救回了天晶兽，南宫问天带着新生天晶兽及时赶到其他神兵小将的身边，并打败了洪水将军和徽章王。
西门孝遇到了东方铁心，他们在海边遇到了指挥将军，南宫问天用计谋打败了指挥将军。
神兵小将们进入海边灯塔，没想到中了海盗将军的机关，大家都被捉了。武勇及时赶到，南宫问天趁机放出了大家，没想到海盗将军逃了出去。
海盗被神兵小将追得无处可逃，以美人鱼威胁尖嘴鲸鱼对抗神兵小将。最终，神兵小将将美人鱼救出，美人鱼将圣兽之力给了他们，神兵小将们向第五区域进发。
问天与敌人展开对战，而此时龙舟却被一块巨大磁石吸住，正往下坠落。天魔派出大批魔兽消耗体能，让神兵小将无法在四小时内收拾天魔。
宗主在与徽章王打斗中不小心中招，变成了小徽章。另一边，问天等人在不多的时间内赶去收拾天魔，却遇到了卷土重来的天地盟主。
神兵小将们最终找到了天魔所在地，与其展开大战，最终耗费众人之力，将其封印，天下再次恢复太平。
神兵小将们如约到南宫城里会合，没想到南宫问天近期好吃懒做，早就没了之前的英气，南宫城主等人商量将神兵小将们安排到神兽学校中参加学习。
南宫问天被盖世太保抓走，幸得虎魄搭救，在神兽学校校长的鼓励下，问天决定重新振作，保护神兽学校。
南宫问天坚持锻炼，状态也恢复得差不多，布偶王子又派人来袭击神兽学校，猫头鹰主任被抓走了。
南宫问天中了渔夫将军的计，在没有神兵的帮助下，问天根本打不过渔夫将军，幸得虎魄帮忙才击败了渔夫将军。
渔夫与问天大战，在猛虎帮助下，问天取得胜利。敌人决定从内部入手，派出蛀牙将军，希望以此瓦解问天的战斗力。
木偶王子很生气，将神兽变成木偶，攻打神兽学校的计划再次失败。盖世太保挑选了磁力将军作为自己的助手。这次，神兵小将在小矮子神兽（仓鼠小奇）的帮助下，成功打败了磁力将军。
神兽学院的新校长刚来就碰见了号称速度第一的神兵兽星宿，两人开始比拼速度。王子给了盖世太保第五次机会，希望能够打败神兵小将们。
星宿和新校长因为比拼速度，惺惺相惜，成为朋友，星宿答应前往神兽学校，帮助打败木偶王子。而此时，神兽学校的黑白水牛两兄弟却因为一点小事吵了起来。
布偶王子的手下开始在神兽学校附近抓人，隐身将军更是凭借自己隐身的本领进入神兽学校，最终被南宫问天击败。
蓝巨人将军和红巨人将军奉命到神兽学校攻击神兵小将们，没想到在路上遇到泥石流，红巨人将军受伤失忆，幸得神兵小将们救了他，红巨人将军决定从此向善。
铁面判官为了击败神兽学校，开启了恶人监狱，神兵小将们和各自的神兽合力粉碎了铁面判官的阴谋。
布偶王子吩咐盖世太保找来冰总管，冰总管伪装成小偷进入神兽学校偷走了天晶兽的布偶，在南宫问天和东方铁心去找天晶兽的同时，盖世太保趁机抓走了南宫问雅。
神兵小将们抓的抓、伤的伤，南宫问天将此归咎于自己，宽容将天晶兽恢复，大家一起前往营救南宫问雅。
玉燕女王听说南宫问雅被抓了，准备去神兽之乡搭救。南宫问天等人循着踪迹寻找南宫问雅，冰总管突然出现，战斗随即展开。
玉燕女王带着灵剑双子等人驾驶龙舟前往布偶乐园，南宫问天等人与冰总管的战斗仍在继续，冰总管落败而逃，神农兽在战斗中被冰冻。
南宫城主前往营救问雅和小龙，途径西门城，暂作休息。另一边，玉燕女王带着灵剑双子等人驾驶龙舟前往布偶乐园。校长手持星宿神剑与盖世太保对战，盖世太保逃走了。校长用小徽章追踪逃跑路线，希望找到玩具宫殿。
小龙与盖世太保对战，小龙寡不敌众，准备找到问雅一起逃跑。布偶王子揭开面具，露出了帅气的真面目，他告诉问雅，只要带上面具，自己就会变得暴躁。
宽容的妹妹纯真来到神兽学校，恰巧此时神兽学校的神兽与布偶乐园的敌军展开对战，铁心和他的神兽却变成了布偶。纯真利用宝石将铁心和他的神兽恢复原样。
宽容和纯真兄妹原来在寻找失踪的兄弟，问雅说服了布偶王子一起逃离宫殿，寻找真相。众人都前往玩具宫殿，此时宫殿的主人开始现身，原来他叫狡猾。
玩具宫殿的真正主人原来叫狡猾，是坏蛋三兄弟之一，他召唤了机械士兵攻击王子和问雅，小龙带着两人逃跑。另一边，问天和校长也找到了宫殿，与问雅重逢。
问天等人虽然救出了问雅，但是却陷入了坏蛋三兄弟的陷阱，情况危急。坏蛋三兄弟捉了布偶王子上了飞船，宽容找到了他们，认出了布偶王子是自己的兄弟。
问天追着坏蛋三兄弟，上了飞船展开大战。本集是神兵小将系列的第100集特别纪念日，问天和小伙伴们一起庆祝这个开心的节日。
南宫问天与坏蛋三兄弟在飞船上展开了战斗，坏蛋三兄弟配合默契，南宫问天被击败掉下了飞船，幸得东方铁心等人援救。
天晶兽在上次失败后一直昏迷，幸得东方铁心唤醒了它，他们决定一起去布偶乐园战胜坏蛋三兄弟。
坏蛋三兄弟伪装成三贤臣，骗取了大家的信任，原来坏蛋三兄弟一直在制造机械神兽，想要控制整个世界。
希望二王子兄妹三人与众人合力战胜了坏蛋三兄弟，他们摧毁了机械神兽，布偶国又重新恢复了宁静，神兵小将们也获得了神兽学校的毕业证书。
