鸨羽舞衣与弟弟巧海在摇摆的邮轮上等待到案，他们的目的地是名为“风华学园”的高等学校。父母双亡的舞衣意外获得了风华学院的奖学金，决定与弟弟一起转到这所学校。 大海航行之中，舞衣突然发现大海上漂流的一名少女。这名抱着大剑的少女名叫美袋命，舞衣将她救上船。随后，船上又出现一名名叫玖我夏树的神秘长发女子。夏树见到命之后立即要取对方性命，并召唤出机械兽参加战斗！舞衣被眼前发生的情景震惊，但此时，她的超能力也觉醒！原来舞衣也是拥有“HiME力量”的超能力者。 战斗过后，舞衣与弟弟巧海继续向风华学园前进，却不知道，那里等待他们的，是HiME力量的秘密与宿命的束缚。
风华学院自创立以来，不断创新，不因循守旧，以便于给学生一个轻松的环境，发挥个人能力及适应性。校训是“培育健全的身心，令自己的才能开花”。无论是幼年，少年还是青年时期，学校都会以适当的方式来实践，这就是风华学园小学，中学，高等部的共同目的。理事长风花真白，是一位年仅11岁的美少女。鸨羽舞衣，由于父母早亡，与弟弟相依为命，本想过个平静的校园生活，但理事长却把称为“HiME”的11位少女安排到她身边，由此展开了波涛汹涌的校园生活。这一天在舞衣和弟弟巧海搭船前往转学学校的途中，认识了同校的佑一和诗帆，也遇上了无法理解的奇异事件，一个女人和一个带大剑的少女展开战争。
刚进学校就遇到在船上那个凶暴的女生玖我夏树，这份巧遇让舞衣非常讶异。在船上和夏树打斗的神秘女生命，上船之后被送进了学校的保健室，在休养中的她莫名失踪，舞衣到处找她，终于把她带回宿舍，面对面的交谈。这两个女生将会撞击出怎样的友情火花呢？
被舞衣带回宿舍的命，在舞衣的收留下一起进入风华学园就读，她们都是靠风华学园理事长的奖学金讨生活，没想到在会见了理事长之后，她们才知道自己之所以能进学校读书，是因为自己是HiME这样的身份，理事长的目的是要她们和无依者战斗。
风华学园出现了偷内衣裤的小偷，所有B班女同学的内衣都被偷光了，连一向精明的玖我夏树的内裤也无法幸免，珠洲城遥不满学生会长静留个性温柔，办事没有效率，召集了执行部的同学们，组成了擒狼团，误打误撞错抓了武田，可怜的武田被当成替死鬼，送进教堂审判，其实真正的偷内衣裤贼是无依者。
泽田老师在上班的途中发生了车祸，被送进和也家的医院，同学们商量好募款买礼物，一起去探病。但是他们却没有找舞衣，因为和也从爸爸的口中得知舞衣的弟弟巧海生了病，舞衣为了弟弟拼命打工的事情，让同学们不忍再向她募款，这件事情让舞衣相当感动。
诗帆爷爷的神社要帮客人举行结婚仪式，需要人手帮忙，于是佑一邀请舞衣、巧海和命参加。舞衣打工餐厅的碧听到这个消息擅自加入，不料却误打误撞打开了神社里的封印，同时也正式宣告自己是HiME的身份。
命在奈绪的影响下，不满舞衣经常把她当成小孩子，于是脱离舞衣的视线，和奈绪干起了不正当的勾当。真白告诉舞衣，你们这些HiME的力量，关系系着这个国家。不对，是关系着这个世界的未来。
茜一直担心自己的另外一面被心爱的和也看见，于是在校庆时，打算把真象告诉和也，在深优的安排下，茜果然找到了向和也袒白的机会。和也并没有因为这样的原因讨厌茜，这样的结果让茜非常开心，但是，没想到和也的生命却成为茜当初下的赌注。
放温书假的时候，舞衣到了美星海岸打工。而另一方面学生会的成员们为了创立祭庆功宴也来到这里。舞衣为跟黎人彼此间的好感增加，而觉得些许幸福，但这却也让她跟佑一的关系陷入僵局。
本来应该准备开心放暑假了。但是大家却还要补上家政课。总之在莫名其妙的强况下，补课俨然变成制作充满爱情的蛋糕，真正的厨师是我争霸战。结果如何，实在很让人不敢想象。
校园里接二连三发生女学生遭受袭击的事件，因为遭袭击者的脖子上都留有牙印。大家都议论纷纷认为是吸血鬼所为，执行部因此展开空前的封锁行动，难道真的有鬼，还是另一个无依者出现呢。
紫子因为HiME能力突然觉醒而从吸血鬼手中解救葵，却也而被误认成凶手，使小遥对紫子展开侦查质询；另一方面，积极追查西尔斯财团的夏树，终于掌握到这次事件的关键，眼看吸血鬼的真相就要浮出台面。
校园内充满着对魂响祭典的浪漫气氛；舞衣终于答应要跟黎人约会。而佑一如往常一般也带着诗帆去参加祭典。虽然感觉上这两对各自享受着良好的祭典气氛，但事实上……
魂响祭典隔天，学园突然被蜂拥而至的武装部队占据。舞衣在莫名其妙的情况下被逮捕，并且被逼问其他HiME的所在之处。但因小命适时出现，两人得以顺利逃离。
真白请求集合到学校地下的舞衣等人，希望能以HiME的力量夺回校园。距离月神来到校园上空，只剩下6小时。HiME们的夺回校园作战准备开始。
失踪多日的舞衣终于出现了，校园总算恢复了和平。从这件事情记取了教训，碧主张HiME们非得要团结一致，并决定集结大家组成HiME战队，但是……
HiME之间必须互相对抗，只有最后获胜的人才能从灾难之中拯救世界。碧虽然说要去确认此事是否属实，但是舞衣等人的情绪却逐渐被不安开始侵蚀。
舞衣遭到神秘HiME袭击。但是，因为命及时赶到的活跃，敌人便当场消失。隔天，碧忠告HiME们一定要避免彼此之间的战斗行为。就在此时，奈绪对舞衣点破了关键性的事实。
奈绪与夏树之间的争执成为导火线，HiME之间的战斗宣告开始。此时舞衣知道自己的付出反而成了巧海的负担，因为受到打击而徘徊在海岸边。这时候有一道黑影悄悄接近舞衣背后。
奈绪基于对舞衣复仇的心态，而动手袭击巧海。晶介入其中，并救走了巧海。舞衣接到奈绪的电话之后，也打算加速赶到现场准备营救巧海。但是她却想起巧海真正的想法，而让自己退缩。虽然夏树斥责了舞衣，但是……
夏树从西尔斯财团的约翰·史密斯口中，听到关于自己母亲死亡事件的真相。而她也因为这事实，而受到严重的打击。另一方面，伤心的舞衣遵从黎人的话语，终于渐渐找回活力了。
结束战争唯一的方法，那就是打倒“黑曜之君”。舞衣从碧那儿得知这个消息，但是失去巧海的她，已经失去让战争终结的意义了。此时，舞衣遇到了前来找寻自己的佑一。
碧决定要让或许能够阻止此次祭典的关键觉醒。但是，命却现身，并表明不可使其觉醒，而碧被迫只能拼命防卫。此时舞衣赶到，对平安无事的命，与觉醒的关键人物倍感吃惊。
舞衣陷入了黑曜之君的陷阱，掉入了自己的幻想之中，于是她发现到自己心中最重要的人以及最爱的人，其实是佑一，而诗帆最重要的人也是佑一，因此无论是舞衣或是诗帆任何一个HiME落败，佑一都会死亡。舞衣发现到此事，感到非常痛苦，诗帆发现佑一喜欢的是舞衣，心中充满了难过以及怨恨，最后佑一为了避免她们的争斗，牺牲了自己。
因为风华学园停校而转学的葵和千绘要离开这里，临别前和舞衣依依不舍，舞衣表示还有事情要处理，暂时留在这里。静留为了让深爱的夏树成为自己的囊中物，和夏树展开一场生死斗，此时黑曜宫中的一根柱子又立起来了。舞衣终于和黎人见了面，黎人希望舞衣能成为自己的妻子，和他一起创造新世界，但是舞衣断然拒绝。
所有的HiME全部到齐，大家在最后的一刻才了解到彼此的重要性，自己的价值，命在最后发现自己还是最喜欢舞衣的，佑一也诚实面对自己的爱，于是大家共同对抗黑曜之君，媛星消失，黑曜之君不复在，大家回到学校，举行了毕业典礼，每个人对自己都有了重新的认识和成长。
