魔法。自从成为真正的技术以来还不到一个世纪，今春，持有施展魔法能力的「魔法师」培育机构「魔法科高中」，某位少女将入学就读。容貌秀丽、完美无缺的优等生，少女的名字为司波深雪。梦想着和一同入学的兄长，达也过着亲密的高中生活，但挡在她面前的是一科生与二科生，优等生与劣等生的高墙。
即将就读魔法科高中的司波深雪，和哥哥司波达也共度15岁的生日。然而两人来到横滨湾岸高塔时，却突然被卷入一场意外……
今年就读第一高中的光井穗香，在入学测验当时就对深雪留下深刻印象，暗自决定要和深雪成为好朋友。然而正式入学之后，她体认到一科生与二科生的严重隔阂……
第一高中进入社团招生周，获选为风纪委员的达也崭露头角，却遭受不明人士的攻击。穗香与雫得知之后，决定和新认识的艾咪一起暗中调查……
深雪得知反魔法团体“Blanche”渗入第一高中，但达也保证一定会保护两人的日常生活。另一方面，艾咪等人组织的少女侦探团跟踪司甲想取得关键证据，却早就被对方看穿行动……
Blanche对第一高中发动恐怖攻击。穗香等人协助风纪委员成功逮捕司一，达也也因为平静的日常生活被破坏，决定进攻Blanche的根据地。
九校战正式开幕，深雪在交谊会认识了第三高中的一色爱梨等人。第一高中在前半赛程维持领先，摩利却意外在比赛中受伤，深雪被真由美指名代打上阵……
九校战进入新人赛赛程，雫在精速射击对上第三高中的十七夜刊。面对刊的拿手魔法「数式连锁」，雫以达也为她准备的战术从容应战
新人赛第二天，爱梨在群球抢分获得冠军，刊在冰柱攻防的预赛也轻取对手。三高与一高总分逐渐拉近的这个时候，深雪即将在本届九校战首次上场……
九校战的新人赛，在冰柱攻防再赢一场就能晋级决赛的艾咪，对手是第三高中的十七夜刊。打进冲浪竞速决赛的穗香，则是要和四十九院沓子一决胜负。
深雪接受雫的挑战，在冰柱攻防的决赛一较高下。面对雫展现的决心，深雪也决定毫不保留全力应战。
祕碑译码新人赛的一高选手发生意外，达也受命代打上阵。深雪得知这一连串的意外是蓄意妨害，决定找艾咪等人一起暗中保护达也。
在幻境摘星的正规赛，一高再度受到妨害，剩下深雪独自上场比赛。为了赛前和爱梨的承诺，为了一高的总冠军，深雪决定使用飞行魔法。
幻境摘星正规赛决赛。达也的飞行魔法开放给所有选手使用，代表一高的深雪与代表三高的爱梨，各自在众人的支持与期待之下，前往星空舞台一决胜负。
