唐代中期，节度使权得势盛。互相讨伐，民不聊生，其中以宣武的段广，魏博的田伏及天平的长孙弘的势力最大。 樊秋娘本是田伏属下将樊策之女。十岁时，被武功盖世的当妙清师太掳走，把她训练成一冷漠无情、专杀贪官污吏及天下负心者的人。秋娘后因母病危，违背师令，重回家中生活，更私自向磨镜少年展修元提亲结成夫妇，便樊秋娘却向父隐瞒杀贪官之事，并常以面谱人身份锄强扶弱，一时间合资名远播，段广为吞并其他节度使领土，特在魏博设立，一名为兰陵客的秘密组织，暗中从事政治暗杀活动。由于面谱人之行动与兰陵阁有所触，秋娘因而连累父母被杀，后更与妙清反目成仇，最后被迫亲自手刃其师。秋娘夫妇自此被卷入节度使斗争漩涡中，更被田伏利用，将段广杀死。而田伏在灭段广后变得野心勃勃，后更得道术秘本，使其武功及势力雄霸一方。但此时，秋娘夫妇已认请田伏的本来面目，反投向忠节爱民的长孙弘门下，与田伏及其手下的武术奇人精精儿及空空儿，展开一场惊天地，泣鬼神的激战，最后得以诛奸琊，平息此段唐代传奇大风暴，而樊秋娘厌倦此种杀戮的生涯，与夫婿隐居于山林之中。
妙青师太掳走樊策将军十岁女儿樊秋娘，传授武功，要她日后杀尽天下贪官污吏。十年过去，樊策奉节度使田伏之命，迎接巡按使连浩川；妙青带秋娘下山，秋娘偶遇歌姬雪姬，得知浩川为人，往行刺，与樊策及杨十一交手。
田伏藉浩川被行刺之事劝其前往魏博，十一奉命带雪姬到魏博陪伴浩川。妙青坦言樊策是秋娘的父亲，却阻止她与父母相认。展修元到田府磨镜，遇雪姬，两人谈论诗词。秋娘不忍母亲因思念自己而病重，与双亲相认。
秋娘终与父母团圆。浩川因雪姬不顺从而起杀机，雪姬得田若梅及十一放走，躲至修元家。浩川因雪姬走脱，不满田伏，段广趁机拉拢。段光远发现雪姬，把她交给浩川，雪姬巧计令浩川放弃自己。秋娘初遇修元，即向他提亲。
秋娘宣称要嫁给修元，樊策遂与他见面，但修元推却亲事。段广以美人及珠宝巴结浩川，却未能取得永平一地。秋娘央求修元教她读书，修元答允。段广记恨浩川，裴慕儒奉命要崔秀之对付他，秀之偷去浩川官印，樊策拦阻。
樊策不敌秀之，为秋娘所救。浩川限樊策一个月内找回官印，十一和若梅私闯段府调查被发现，十一为救若梅，失手被擒。段广要田伏以雪姬交换十一，雪姬牺牲自己，令十一获释。秋娘为樊策潜入段府找官印，闯进雪姬房间。
秋娘得雪姬帮助，在段府偷回官印，令樊策得以无罪。修元和秋娘因泛舟而掉下水，秋娘救起修元，在其家度过一夜。修元向秋娘承诺日后考取官职会迎娶她。浩川增加盐价，惹起民怨，长孙宁把官兵打伤，并投宿兰陵阁。
田伏暗示十一别对若梅有非分之想，若梅猜出十一喜欢雪姬。十一欲带雪姬离开段广，雪姬拒绝。浩川搜刮民脂民膏，秋娘以面谱人身分抢去其官银；浩川乱抓百姓引秋娘现身，就在秋娘威胁浩川放人之际，秀之突然杀掉浩川。
秀之与秋娘交手不敌，为长孙宁所救，秀之对他说出兰陵阁的秘密，并要他加入组织。段广被委任调查浩川被杀一事，并暂时管辖永平。光远迷奸雪姬，段广震怒，光远为补过错，施计为段广捉拿面谱人，成功引出秋娘。
秋娘的面谱人身分被樊策等人知悉，遭光远带人捉拿，妙青把秋娘救走。妙青要带秋娘回山上，修元找到两人藏身处，妙青欲杀修元，玉虚子阻止，并带修元到长孙弘家中。长孙宁偷听光远和慕儒谈话被发现，遭慕儒暗器所伤。
长孙宁被慕儒揭发是奸细，负伤逃至田伏家，十一等人因而得知他是长孙弘之子。光远带走樊策，逼问秋娘下落不果，后用他引出秋娘，却被秋娘等人把樊策救走，众人并往天平暂避。秋娘为修元与妙青闹翻，后发现父母被杀。
秋娘以为父母为妙青所杀，遂往刺伤妙青报仇。妙青被十一等人围攻，段广助她解围并伺机拉拢。修元练功过于急进，致走火入魔。十一发现雪姬被光远折磨，带她离开，田伏却命他把雪姬送回段府，十一拒绝，被田伏收监。
光远要田伏交出雪姬，还要亲自惩治十一之罪，未料若梅已早一步放走两人。光远看中若梅，向田伏提亲，长孙宁为帮助若梅，向田伏提出婚事作缓兵之计，田伏应允把若梅许配给他。十一与雪姬一起生活，并以劳力维持生计。
十一欲与雪姬成亲，雪姬却有所顾虑。田伏找到十一，游说他继续协助自己，雪姬不欲负累十一，留书出走，十一终随田伏回去。修元和玉虚子发现秋娘为了报仇，修练绝情十三式。田伏赏识精精儿和空空儿身手，欲收为己用。
随着与若梅的婚期迫近，长孙宁终向父母提出取消亲事。玉虚子被空空儿和精精儿追杀，他向修元道出身上宝镜的来历。妙青为还段广人情，替他行刺田伏却失手，为慕儒所救。玉虚子得知空空儿两人要田伏捉自己，决定离开。
玉虚子被空空儿两人发现，受到重创，临终前把宝镜交给修元，要他研究当中秘密，找魏伯阳古墓。空空儿二人迫修元交出宝镜，十一帮助修元逃走。秋娘发现慕儒是杀父母真凶，妙青却阻止她杀慕儒。慕儒用迷情花控制妙青。
妙青听慕儒之命探听得古墓之事。秋娘再杀慕儒，妙青阻止，慕儒命她杀掉秋娘，危急关头，妙青恢复神智。修元等人找到古墓，此时段广率众来到，慕儒和妙青随修元、田伏进入古墓，最后修元、田伏取得宝藏和混元真经。
段广捉走若梅，威胁田伏以宝藏交换，长孙宁为救若梅被擒。田伏带空空儿及精精儿与段广交易，段广释放若梅后被空空儿二人杀掉。空空儿发现修元手上的真经是假的，修元等人惊愕。秀之放走长孙宁，妙青追截，秀之被杀。
田伏进攻宣武，慕儒倒戈，把光远交给田伏。十一误杀光远，遭田伏责难，十一请辞，与雪姬归隐田园。慕儒对付秋娘和修元，妙青为救秋娘，被慕儒杀死。空空儿及精精儿要修元带他们到古墓找真经，修元施计困住二人。
修元带着秋娘到天平，秋娘伤势严重。若梅发现混元真经在田伏手上，告知修元等人。修元与秋娘成亲，后秋娘情况危殆，修元兵行险着，把她救回。长孙弘以若梅引田伏出来，并请空空儿和精精儿帮忙，二人却死于田伏手上。
（大结局）田伏攻打天平，长孙弘要长孙宁上京请皇上派兵镇压田伏。修元和秋娘被慕儒追杀，二人躲进古墓，发现混元神功口诀。秋娘杀掉慕儒，替父母及妙青报仇。长孙宁被抓，遭田伏处斩，秋娘等人来救，合力杀掉田伏。
