为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为人的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。由86所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来。
圣玛格诺利亚共和国。国民们表面上过着平静的生活，然而背地里却有许多生命遭受到摧残。为了与邻国·齐亚德帝国无人战斗机的入侵相对抗，共和国也制造出了无人机，但那并不是真正的无人机。所谓的无人机里面还搭载着被称为86的少年少女们，他们日夜不间断地持续作战。并不认同这种现状，并想要靠近他们的共和国军少佐蕾娜，被任命为精锐部队·先锋部队的管制。但是，战队队长身上有着摧毁指挥管制官负责人的奇怪传闻…
指挥官的替换对于在残酷战场上顽强生存的“86”们来说，是十分常见的事情。但是身位白系种（阿鲁巴）却想要积极和“86”们交流的蕾娜，对他们而言很稀奇。他们身在一个何时和＜军团＞开战都不奇怪的环境里，在没有战争的时候收集食物、看书或是发呆。突然管制室通过知觉同步向先锋战队全队通报了敌袭的消息…
狩猎、做饭、洗衣。就算是无时无刻都要面对残酷战斗的先锋战队，偶尔也能有热闹平稳的日常。可蕾娜万分珍视和朋友们一起度过的日子，他们同甘共苦，一次次成功逃离死神的魔爪。她暗恋着辛，也对那个突然出现并不断尝试和队员们深入交谈的指挥官蕾娜十分不快。蕾娜每晚都会在特定时间和队员们进行知觉同步。可蕾娜和部分队员以冷淡的态度应付着蕾娜，但凯耶却对蕾娜很感兴趣，开始和她聊起自己的生活…
从蕾娜口中说出的，对先锋战队战死者的哀悼。以这句话为导火索，赛欧将至今为止压抑在内心的怒火全部对蕾娜发泄了出来。虽然莱顿制止了他让他冷静了下来，但是除他以外的队员们也开始对蕾娜产生了厌恶和反感。先锋战队的队员们一直生活在这九死一生的世界里，即使在凯耶死亡后，他们的日常生活也没有太大的改变。赛欧也因为和蕾娜的交谈而回忆起了自己过去遇到过的一个人。
革命祭即将到来的圣玛格诺利亚共和国。阿奈特嘱咐拒绝去看宴会礼服邀请的蕾娜“你尽全力帮八十六也无济于事”。虽然蕾娜对于战时去参加舞会有些犹豫，但辛对她说“你在墙里做什么都不会影响我们”，于是她虽心有不愿，还是决定参加。收到敌袭警报后，蕾娜急忙做好了管制准备，但辛却告知她“希望这次你能切断感官同调”
烈日当头的夏日，先锋战队一如既往地经过某处。那里是他们以前被分配到先锋战队后，大家在樱花盛开的季节一块赏花的地方。从不同的部队分配到这里的少年少女们，在仅仅四个月前还没有被〈军团〉袭击的夜晚里，情绪高涨地聊着心仪的对象，因发现了流星而兴奋不已。队员们的确很怀念那场与伙伴们享受的短暂宴会。
通过与辛的感官同调，蕾娜听见了「黑羊」的声音。就连在管制中也流露出对感官同调的踌躇与恐惧，少年少女们被军团夺取生命的那一霎的临终痛苦，影响到蕾娜的内心。在依然严峻的战况中，队员持续战死，为剩余队员的负担日益加剧的状况感到担忧的蕾娜，为了能直接商讨无论何时都无法实行的人员补充的紧急对策，向卡尔修塔走去……。
辛告诉了她先锋战队的真相——先锋战队被分配到的「特别侦查任务」。得知后的蕾娜想尽办法阻止任务执行，当她寻求阿奈特的帮助时，被拒绝道：“我也无能为力”。面对据理力争的蕾娜，阿奈特最终露出怒气，开始讲述她以前的「某户邻居」与〈阵列器〉的真相。
最后，开始“特别侦察任务”的幸存者八十六收到了一个可怕的声音，呼唤着申的名字。Shin告诉颤抖的成员在穿过军团时穿过树林，并试图与“牧羊人”单独战斗。Leiden 对 Shin 感到有些空虚，Shin 在重要的时候并不依赖他，但他选择与其他敌人并肩作战。在“牧羊人”的指示下，与进分开的庞大军团一个接一个地逼近，成员们令人叹为观止。Pararaid 连接在那里。
在与“牧羊人”的战斗之后，开始超越的人终于脱离了共和国的控制。在不再强迫战斗的环境中，Fido 和成员们继续取得不可靠的进展，同时享受着大自然的转变，这不是一次匆忙的旅行。但军团的威胁总是在他们身边。在旅途中，成员们从 Fido 那里听说附近有一座城市，并决定顺便顺便看看发生了什么事。在那里，进听到了某个声音。
带着他们的骄傲和对分散的同伴的誓言，他们从未停止过。就算你的武器弹药用光了，和你在一起很久的菲多也是一败涂地。然后他们到达了最后的地方。与此同时，留在共和国的莉娜终于登陆了她的土地。在真正的先锋中队基地，没有越过伞兵，她感受到了剩余成员的微弱迹象……
分别半年后，由于擅自使用军队的迫击炮，蕾娜从少校降级到上尉，不过她心怀辛他们先锋战队的遗志，至今仍指挥新的部队与〈军团〉作战。而且在「特别侦查任务」中与〈军团〉交战至倒下的辛等人，虽身负重伤，但在他们恢复意识之后，等待他们的将是……
被吉亚迪联邦保护了一个月，辛等人要么打工，要么上烹饪课，过着「普通少年、少女」的日子。大街上各处都是他们迄今为止未有过的「安稳日常」。然而，他们眼观这一切的表情似乎有些阴沉……。他们随心所欲地见识城市的情况，并下定了决心。
辛等人决定入学特别军官学校。曾作为先锋战队的一员从残酷战场生存下来的辛，在特军校也发挥出自己的战斗能力，让周围的同学都感到惊讶。不过，作为习惯了战斗的〈八十六〉，从辛的眼神绝对不只找得到温暖。在这样的情况下，在鄂北分配到的部队中，辛与在图书馆相遇的青年·尤金重逢了……
从特军校毕业后，辛等人因为其优异的战斗能力，每天都被派往救援其他部队。久违被召集到基地的他们，从格蕾特那听到了〈军团〉即将发起大规模攻势的预测。已经察觉到〈军团〉动向的辛，向格蕾特等人汇报〈军团〉数量远超他们想象。
〈军团〉的大规模攻势终于开始了。在出击阵地，北极光战队的队员们目睹的是淹没地平线般涌来的〈军团〉大军。在兵力与攻击力都远超联邦军的〈军团〉齐攻之下，西部战线……
虽然击退了大规模攻势，但因为突然射来的远距离炮击，吉亚迪联邦的前线部队遭受巨大的损失。根据推测，敌军的武装是「电磁加速炮」。曾沉重打击辛等先锋战队的、弗雷德莉卡的骑士…… 面对前所未有的强大〈军团〉，联邦作出了某个决定。联邦军人被明日可能迎来死亡的紧迫感缠绕，但辛却显得一副心不在焉的样子……
为讨伐〈电磁加速炮型（闪蝶）〉，辛等北极光战队的十五人被选出参与孤军突破〈军团〉控制区的决死作战。〈八十六〉少年少女们艰难抵达了联邦，却依然站在了最前线，参与九死一生的作战。弗雷德莉卡为这场把性命抛在一旁的作战愤愤不平……
为了保护故乡和家人，联邦军没有撤退。他们在前线与敌死斗的模样，也通过无线电传达给了辛等人。纷纷调零的士兵们相信〈八十六〉会开辟出一条活路的。不过在〈尼塔特〉前进的路上，也有无法回避的〈军团〉挡住去路。为了避免战斗，将辛他们送到〈闪蝶〉那边，格蕾特……
在之前的大攻势和反击闪蝶之战，辛都发生了异常。面对让人联想到与哥哥战斗时、浑身开始散发着危险的辛，莱顿告诉他要带着弗雷德莉卡一起撤退。失去了在联邦得到的新同伴，他再次承担起“死神”的职责。自己托付的蕾娜如今生存的希望渺茫，能让失去依托的辛维持下去的东西是……
集各国之全技，反击〈闪蝶〉作战将至。担任先锋的是〈八十六〉少年少女们。不过前往〈闪蝶〉的路上，有多重〈军团〉的攻击所挡。为多让一个人抵达目标，同伴们承担诱饵之职，不断减员…… 在他们赌上性命开拓的道路前方，辛终于与〈闪蝶〉对峙了……
虽然一路上与同伴分别，但辛最终来到了〈闪蝶〉那边，继续着他们的决死攻防战。这时候突然降下的小口径榴弹支援炮击以及弗雷德莉卡的决死行动，让〈闪蝶〉露出了些许破绽。辛穿越〈闪蝶〉从高处倾泻而下的钢丝的斩击，飞到了它的上方，对着囚禁着桐谷的中央处理器打出了最后一击。不过在他准备叩响扳机的那一瞬间，辛的耳中听见了一个“声音”……
成功完成〈闪蝶〉讨伐作战，辛他们履行了「活着回到联邦」的约定。讴歌了短暂的休息之后，希望重返前线部队的他们收到了厄伦斯特的通知。越过共和国的绝命战场，在他们费劲来到的联邦有新的相遇。战斗、苦恼、以及在前方望见的一丝希望，少年少女们的故事开始一步步向前进展。在他们不断前行的旅途尽头，映入眼帘的是……
