Naruto Shippuden hay còn được gọi với cái tên quen thuộc Naruto phần 2 là phần tiếp theo của bộ phim hoạt hình nổi tiếng Naruto, lấy bối cảnh hai năm rưỡi sau khi Naruto rời làng Lá. Naruto Shippuden tiếp tục theo chân chàng ninja trẻ tuổi Naruto Uzumaki trong cuộc hành trình luyện tập cực khổ để trở thành ninja giỏi nhất. Trong khi đó, Akatsuki, một tổ chức bí ẩn tập hợp những ninja phản diện tài giỏi bậc nhất, đang từng bước thực hiện kế hoạch lớn của chúng, đe dọa sự an toàn của thế giới ninja. Naruto sẽ làm gì để bảo vệ làng Lá và những người mà cậu yêu quý?
Những cơn ác mộng ám ảnh Naruto. Sai cố gắng thích nghi như một thành viên của đội. Kakashi nói với Naruto rằng anh có một điều đặc biệt dành cho cậu.
Naruto bắt đầu chế độ tập luyện mới nhằm đẩy nhanh tiến độ. Sau khi biết loại chakra của mình, cậu bắt tay vào khám phá các thuộc tính và năng lực của chakra.
Naruto tìm lời khuyên từ Asuma. Một mối đe dọa tiềm tàng khiến quá trình đào tạo của Naruto phải sớm kết thúc. Tsunade quyết định cử nhóm của Kakashi đi làm nhiệm vụ mới.
Đội của Kakashi tới Hỏa Đền để giải quyết tình trạng các ngôi mộ ở đền thường xuyên bị phá hoại. Naruto bắt gặp một cảnh tượng đáng kinh ngạc.
Nhóm của Kakashi tìm hiểu lịch sử của những ngôi mộ ẩn giấu trong Hỏa Đền. Naruto nhận ra cậu và Sora có nhiều điểm chung hơn cậu tưởng.
Tsunade nghi ngờ Danzo đang âm mưu gì đó và ra lệnh điều tra. Ở Hỏa Đền, Naruto và những người khác bị dụ vào một cái bẫy.
Các thành viên trong nhóm của Kakashi gặp bất lợi trước kẻ thù. Sora tự mình đối mặt với một nhân vật bí ẩn.
Nhân vật bí ẩn chia sẻ một thông điệp khó hiểu cho Sora. Ngập tràn thất vọng, Naruto phát hiện ra Fūka có thể sử dụng toàn bộ năm yếu tố chakra.
Yamato bổ nhiệm một thành viên mới vào nhóm của Kakashi, nhưng quyết định này không được ủng hộ. Trong khi đó, ở Hỏa Quốc, Furido thực hiện nước đi tiếp theo của mình.
Furido tiết lộ sự thật gây chấn động liên quan đến lịch sử gia đình Sora. Tsunade nhận được lá thư từ nhà sư của Hỏa Đền kể chi tiết một sự việc liên quan đến Sora.
Tsunade bắt gặp Danzo tham gia một cuộc họp bí mật. Sau khi Sora biết được thông tin gây sốc về cha mình, Furido khuyến khích cậu tìm cách báo thù.
Furido phát động cuộc tấn công vào Làng Lá. Asuma nghi ngờ có người lợi dụng Sora và nhận ra lý do tại sao ngôi làng đang bị đe dọa.
Asuma phải đối mặt với một phần quá khứ không mấy dễ chịu. Naruto cố gắng ngăn cản Sora đến chỗ Furido, nhưng trước tiên cậu phải tránh nụ hôn của thần chết một lần nữa.
Sora sửng sốt khi nhận ra kế hoạch thâm hiểm của Furido và cố gắng ngăn cản hắn một cách tuyệt vọng. Asuma chật vật trong cuộc chiến với Kitane.
Naruto phát hiện ra bí mật đằng sau khả năng vận dụng cả năm nguyên tố chakra của Fūka. Furido tiết lộ nguồn gốc sức mạnh quyền năng của Sora.
Sora chìm trong tuyệt vọng sau một sự phản bội kinh hoàng. Chỉ có Naruto mới thực sự thấu hiểu nỗi đau của Sora, và có thể ngăn cậu đánh mất bản thân hoàn toàn.
Asuma du hành ngược thời gian để chiến đấu với hình dạng thật của Furido. Chakra của Cửu Vĩ bên trong cả Naruto và Sora bắt đầu bộc lộ.
Naruto tìm mọi cách kiềm chế chakra của Cửu Vĩ nhằm ngăn chặn cơn cuồng loạn của Sora. Asuma nhận được sự trợ giúp không ngờ tới trong trận chiến của mình.