Naruto Shippuden hay còn được gọi với cái tên quen thuộc Naruto phần 2 là phần tiếp theo của bộ phim hoạt hình nổi tiếng Naruto, lấy bối cảnh hai năm rưỡi sau khi Naruto rời làng Lá. Naruto Shippuden tiếp tục theo chân chàng ninja trẻ tuổi Naruto Uzumaki trong cuộc hành trình luyện tập cực khổ để trở thành ninja giỏi nhất. Trong khi đó, Akatsuki, một tổ chức bí ẩn tập hợp những ninja phản diện tài giỏi bậc nhất, đang từng bước thực hiện kế hoạch lớn của chúng, đe dọa sự an toàn của thế giới ninja. Naruto sẽ làm gì để bảo vệ làng Lá và những người mà cậu yêu quý?
Các ninja làng Lá sẵn sàng vận dụng các kỹ thuật chiến đấu tốt nhất để chuẩn bị cho Đại chiến lần thứ tư.
Tsunade cử Naruto đi làm một nhiệm vụ bí mật để giấu cậu khỏi Akatsuki, nhưng một con quái vật tấn công các con tàu và bắt Naruto, Yamato, Guy cùng Aoba.
Khi dừng chân trên một hòn đảo để hồi phục sau cơn say sóng, Naruto, Yamato, Guy và Aoba đối mặt với Sakura, Ino và Choji.
Bị mắc kẹt ngoài khơi do sương mù dày đặc, Naruto bất ngờ thấy một con tàu khác xuất hiện.
Một số hải tặc sống trên hòn đảo có hình dáng giống tàu chiến đã nổ súng vào Naruto và tàu của đội cậu.
Naruto, Yamato và Aoba đi tìm Guy sau khi anh chàng bị một con chim khổng lồ bắt cóc. Họ lên một hòn đảo mới và bị một con nhện khổng lồ tấn công.
Guy nhớ lại những lần ăn mừng sau khi Rock Lee học được bí thuật Lí Liên Hoa.
Trong khi tích trữ đồ cho hành trình dài, Naruto kiếm được một cây nấm từ một thương gia có thể có động cơ bí mật.
Naruto không chịu thả các phân thân dù họ đã phục vụ chủ nhân trong cơn bão. Hoàn toàn quẫn trí, họ đã nổi dậy và bắt cả tàu làm con tin.
Shikamaru đi cùng nhóm của Naruto trong một nhiệm vụ. Đột nhiên, một màn sương mù bí ẩn đẩy con tàu và thủy thủ đoàn vào cơn bão.
Làng Lá chuẩn bị cho trận chiến. Tin rằng Hinata không có gan làm lãnh đạo, Hiashi chọn Neji dẫn dắt gia tộc ra chiến trường.
Naruto, Guy, Yamato và Aoba gặp một kẻ giả mạo làm Uzumaki Naruto và một ninja bí ẩn tên là Iggy.
Konohamaru gắng sức tham gia cuộc chiến sắp tới trước khi đứng lên chống lại Temari bằng cách sử dụng kỹ thuật Đạo ngọc cầu.
Một kunoichi muốn thách đấu Naruto. Theo truyền thống, nếu cậu có thể đương đầu với cô nàng, cô nàng sẽ trở thành vợ cậu.
Ở làng Lá, Shino nhớ lại một nhiệm vụ của Đội 8 với Hinata và Kiba khi họ còn là Genin.
Trong khi tập luyện với Rock Lee, Tenten nhớ lại ước mơ thời thơ ấu của mình: trở thành một kunoichi huyền thoại giống như Tsunade.
Khi nhìn thấy hai đứa trẻ tranh cãi, Sai nhớ lại con đường dẫn cậu trở thành một thành viên của Đội 7 và cuộc trò chuyện căng thẳng đầu tiên với Naruto.
Ino, Shikamaru và Choji nhớ lại lần họ cứu sống Kosuke, genin lớn tuổi nhất ở làng Lá và là người quen của cha mẹ họ.
Sau khi nghe mẹ khen ngợi sự tiến bộ của Naruto, Kiba quyết định tìm một sư phụ dạy cậu những kỹ thuật chiến đấu tốt nhất.
Tsunade cử Kakashi đi làm nhiệm vụ khi có tin đáng báo động từ Guy. Trong khi đó, Yamato cảnh báo bạn bè về một kỹ thuật biến hình.
Naruto đang thu nhặt những vật dụng cuối cùng của mình ở một hòn đảo nhỏ thì thấy hai sứ giả của Iwa đang bị ninja biệt kích do Ganryu chỉ huy tấn công.
