Школа за високим білим муром. У ній, оточені всіма благами людства, навчаються діти, які ніколи не були за її межами. Світ за стінами школи – це суцільні руїни, де царить беззаконня, а рештки людства намагаються вижити усіма способами. Мару та Кіруко, двоє загадкових підлітків, також знаходяться за межами цих стін. Вони досліджують руїни міст і шукають місце, яке зветься Раєм. Хто зна, може цей Рай і є тією школою?
Японія розвалилася після великої катастрофи. Кіруко приймає прохання відвести хлопця на ім'я Мару до місця під назвою Рай. Тим часом інша група дітей живе в стінах школи-інтернату серед соковитої зелені.
Шукаючи «Томатний рай», Мару та Кіруко натрапляють на дивну корчму, де вони вирішують заночувати і засинають глибоким сном, наче непритомні. Прокинувшись вночі, вони бачать щось жахливе - птахо-подібне чудовисько на ім'я Хіруко!
Отже... я чоловік. П'ять років тому в Асакусі Робін, Харукі та його сестра-гонщиця Кіріко щасливо проводили свої дні, живучи в притулку.
Токіо захоплюється дивовижними немовлятами, і розуміє, як мало вона розуміє про своє оточення. Тим часом на човні, з якого немає шляху для порятунку, Мару та Кіруко зазнають нападу чудовиська.
Мару та Кіруко повертаються до Токіо та знаходять на околиці наметове містечко, там вони дізнаються про підозрілу групу. В академії, Саруватарі помічає дитячий слід на стіні кімнати-інкубатора.
Мару та Кіруко шукають Безсмертний Орден. По дорозі вони зупиняються в готелі, яким керує дівчина на ім'я Тоторі. Залишивши в готелі свої речі, вони відправились на пошуки безпечної питної води, і знаходять важко пораненого чоловіка.
Мару та Кіруко знаходять те, що вони вважають Безсмертним Орденом. Насправді ж це ворожа організація, яка рішуче виступає проти лікування, яке забезпечує Безсмертний Орден.
Після вбивства Людожерів Мару та Кіруко нарешті зустрічають доктора Усамі. Він запитує їх щось важке, і веде до кімнати, де на них чекає жахлива сцена.
Мару та Кіруко виявляють, що доктор Усамі мав ґудзик із таким же малюнком, як і логотип який вони зустрічали раніше. Вони вирішують піти по його сліду і зустрічають по дорозі таємничого інформатора. Тим часом у академії проводиться екстрена нарада.
Мару та Кіруко вирішують відправитися до закладу Академії Такахара в Ібаракі. Вони погоджуються допомогти Джуїчі перевірити, чи жива його дитина. Прибувши до Огородженого міста, ситуація сильно відрізняється від очікуваної.
Мару та Кіруко прямують до закладу в Ібаракі після того, як Джуїчі дає їм свою машину. Тим часом до академії приєднується група нових дітей. Міміхіме помічає, що одна дитина на ім'я Ома виглядає дуже самотньою. Але у Оми є особливі причини триматися подалі від інших дітей.
Мару та Кіруко прибувають на процвітаючий ринок. Це місто, де за чутками, керує Міністерство реконструкції. Тим часом академію раптово атакують. Намагаючись врятуватися, діти знаходять дірку в стіні.
Міміхіме, Широ, Анзу та Така виходять на вулицю крізь отвір у стіні, шукаючи відповідь на тест свого вчителя. Тим часом Кіруко плаче після того, як Робін зробив щось жахливе.
