Japonya, Britannian İmparatorluğu tarafından işgal edildi ve fethedildi. Japonya artık 11. Bölge olarak biliniyor ve vatandaşları Elevens olarak biliniyor. Britannian Empire, Japonya'nın otonom gücünü elinden alır ve Knightmares'in kullanımıyla onun yönetimini dayatır. İmparatorluğun yönetimi asla değişmedi, ancak çatlaklar görülmeye başladı ...
Hafızası silinen ve yanlış kayıtlarla doldurulan Lelouch Lamperouge tembel öğrencilik ve kumarbazlık günlerine geri döner.
Lelouch hafızasını geri kazanır ve Kara Şövalyeler'in başına geçer. Babil Kulesi'ni talan eden Şövalyeler, yeni bir Frame'in saldırısına uğrar.
Zero, Japonya Birleşik Devletleri'nin kuruluşunu ilan eder, ancak Guilford onun karşısına çıkmazsa yakalanan tüm Kara Şövalyeler'i öldürmekle tehdit eder.
Lelouch'un iki büyük sorunu vardır. Onu öldürmeye niyetli Rolo'dan kaçmak ve Kara Şövalyeler'i kurtarmak için bir yol bulmak zorundadır.
Zero, Şövalyeler'in güvenini yeniden kazanır. Okulda Suzaku'nun dönüşü büyük ilgi uyandırır, o yüzden öğrenci konseyi onun şerefine bir parti düzenler.
Pasifik'e sürpriz bir saldırı yapan Kara Şövalyeler, Nunnally'yi kaçırmak için onu aralarına sızdıran Zero'ya sırtlarını döner.
Lelouch bir kriz yaşar. Nunnally'nin Bölge 11 valisi olarak seçilmesi onun hakkında başka şaşırtıcı haberleri de beraberinde getirir.
Zero’nun Japonya Özel Bölgesi'nde çalışma kararı Kara Şövalyeler arasında endişe yaratır. Lelouch tuhaf davranır.
Kara Şövalyeler artık Çin'dedir. Çin Federasyonu resmî olarak ulu hükümdar Lihua tarafından yönetilmektedir.
Zero'nun Lihua'yı Prens Odysseus ile evlenmek üzereyken kaçırmasının ardından Kara Şövalyeler ve Xing-ke arasında ölümüne bir mücadele başlar.
Anıt mezar kuşatması, Lelouch'un aleyhine gelişiyor gibidir. Çin ve Britanya güçleri çok kuvvetlidir.
Lelouch ve Shirley yüz yüze gelir. Lelouch, Sayoko'nun işe karışmasıyla ortaya çıkan yanlış anlamaların sonuçlarını da hesaba katmak zorundadır.
Shirley’nin hafızası geri gelir. Artık Lelouch ile ilgili her şeyi hatırlamaktadır. Shirley, Zero'nun maskesini düşürme niyetiyle Suzaku ile temas kurar.
Trajik bir kaybın ardından Lelouch, Geass Tarikatı'nı ortadan kaldırmaya, örgütü yerle bir etmeye ve Rolo'yu saf dışı bırakmaya karar verir.
Lelouch, imparator babasıyla hesaplaşmaya gelir ve onunla paralel dünyada yüzleşir. Nihai hedefine ulaşmaya yakın olsa da bir açıklama onu allak bullak eder.
Yükselişteki Birleşik Devletler Federasyonu, Britanya ile eşit koşullarda savaşması için Lelouch'a gerekli araçları ve insan gücünü sağlayacaktır.
Nunnally'yi kurtarmaya çalışan Lelouch son kartını oynayarak umutsuzca ve mütevazı bir şekilde Suzaku'ya kendisine yardım etmesi için yalvarır.
Jeremiah ve Guilford'ın yardım ettiği Lelouch ve Kara Şövalyeler, Suzaku ve diğer Yuvarlak Masa Şövalyeleri'ne güç bela karşı koyar.
Fiziksel ve psikolojik olarak berbat bir durumda olan Lelouch'un yokluğundan faydalanan Schneizel, Kara Şövalyeler'in liderleriyle buluşur.
Marianne, C.C.ye gerçek şeklinde görünür ve Zero ölü ilan edilir.
Babasını yakalayan Lelouch, annesinin ölümüyle ilgili gerçeği keşfetmek üzereyken annesi bir anda karşısında belirir.
İmparator ilan edilen Lelouch, o güne kadar Britanya'yı temsil eden her şeyi Suzaku'nun rızasıyla imha eder.
Schneizel dünyanın her köşesini AKÇTS savaş başlıklarıyla tehdit etmek için Demokles'i yüksek bir irtifaya çıkarır. Barışı korumak için öldürmeye hazırdır.
Kara Şövalyeler Avalon'a sızarak rehineleri kurtarmayı başarır. Lelouch ise Demokles'e girer.
Lelouch, Geass ve Nunnally'yi kullanarak Demokles'in anahtarını alır. Demokles ve AKÇTS sayesinde artık kimsenin karşı koyamayacağı bir güce sahiptir.
