คอง: ราชาแห่งวานร

หลังจากตกลงไปในปล่องภูเขาไฟ คองและเพื่อนๆ ก็พบกับโลกใต้พิภพที่เต็มไปด้วยไดโนเสาร์ตัวจริง! ส่วนที่เกาะคอง โบทิล่ากำลังวางแผนการปฏิวัติ

คองกับสหายร่วมแก๊งต้องเผชิญกับน้ำพุร้อน ฝูงไดโนเสาร์อพยพ และสิ่งไม่คาดคิดมากมายก่อนจะไปถึงวิหารที่ทำให้พวกเขาได้พบเบาะแสใหม่เกี่ยวกับอดีตของคอง

ที่สุดปลายอุโมงค์อีกด้าน ทุกคนพบว่าสัตว์ขนาดใหญ่กำลังอาละวาดในอียิปต์ ส่วนริชาร์ดก็พบว่าตัวเองกำลังถูกล่าตัว

คองดีใจที่ทุกคนยอมรับเขาเป็นฮีโร่อีกครั้งและได้รับความสนใจจากทุกคนในงานพิธีฉลองในนิวยอร์ก แต่เมื่อโบทิล่าปรากฏตัว งานฉลองก็กลายเป็นการประจันหน้า

เมื่อต้องหาที่พักพิงแหล่งใหม่ ทุกคนจึงมุ่งหน้าไปยังเกาะคอง แต่กลับพบว่าฝูงลิงชั่วร้ายและไบโอโนบอตตัวอื่นๆ เข้าบุกรุกเกาะเต็มไปหมด

เมื่อกลับไปที่วิหาร แดนนี่กับซิปปี้ออกสำรวจอุโมงค์ลับ ขณะที่คนอื่นๆ รับมือกับหินถล่ม ส่วนโบทิล่าได้พบคู่ปรับฝีมือสูสีกับเธอในคอมพิวเตอร์ของเรือลำหนึ่ง

ลูคัสช่วยชีวิตลูกไดโนเสาร์ พวกเอปเผยให้รู้ว่ากุญแจของแดนนี่ใช้ทำอะไรได้ ส่วนโบทิล่านำพลังใหม่ของเธอไปใช้ในอวกาศ

เมื่อโบทิล่าขู่จะระเบิดโลกให้เป็นจุณ คองกับเพื่อนๆ ก็ออกทะยานไปปฏิบัติภารกิจด่วนเพื่อปลดอาวุธดาวเทียม แต่โจนซี่กลับอยู่บนยานผิดลำ

เมื่อสุดทนกับโบทิล่า เหล่าโคลนและไบโอโนบอตจึงแข็งข้อก่อกบฏ ส่วนคองถูกพวกลึกลับจับตัวไประหว่างไล่ตามซิปปี้

ลูคัสกับพวกติดตามร่องรอยของคองกลับไปที่เกาะคองแล้วต้องพบกับศัตรูตัวใหญ่เบิ้ม แต่ได้รับความช่วยเหลือที่ไม่คาดคิด