År 2024 lurar groteska monster bland Japans ruiner, medan de få överlevande skrapar ihop vad de kan hitta för att överleva. Kiruko accepterar en mystisk kvinnas önskan på dödsbädden att ta en pojke vid namn Maru till ett ställe kallat ”himlen”.
Japan har kollapsat efter den stora katastrofen. Kiruko accepterar en förfrågan om att ta en pojke vid namn Maru till ett ställe kallat ”himlen”. Under tiden lever barn i ett daghem i lummiga omgivningar. Efter att ha fått ett mystiskt meddelande, börjar Tokio tvivla på världen runtomkring honom.
När de är på ett konstigt värdshus, faller Maru och Kiruko ner i ett sömnigt slummer-tillstånd. De vaknar upp till något ohyggligt under månenes svaga sken. På barnhemmet blirTokio alltmer misstänksam mot världen runtomkring honom. Under tiden får Shiro ett oväntat meddelande.
För fem år sedan, hade Robin, Haruki och hans racerförare till syster Kiriko, tillbringat sina dagar lyckligt ovetande på ett barnhem, i Asakusa, när en livlig klunga samlas för att se på ett gokartrace. Något fruktansvärt försöker störa eventet och Haruki ställs inför en förödande situation.
Tokio förs för att se några bisarra bebisar och inser hur lite han förstår av sina omgivningar. På en båt utan flyktmöjlighet, blir Maru och Kiruko utsatta för en fruktansvärd attack. När alla andra misslyckas, är det upp till Kiruko att tänka ut en ny strategi.
Maru och Kiruko återvänder till Tokyo och finner ett bostadsområde fullt av tält. När Maru går till en spelarkad, lämnas Kiruko att samla information ensam och hör ett otäckt rykte. På barnhemmet försämras Taraos tillstånd och dr Sawatari upptäcker ett oförklarligt fotavtryck.
Maru och Kiruko är på jakt efter Den Odödliga Ordern. På vägen tar de in på ett hotell som drivs av en tjej som som heter Totori. När de lämnar sina väskor och letar efter rent dricksvatten, stöter de på en illa skadad man. Under tiden dyker någon oväntad upp framför Tokio.
Maru och Kiruko hittar vad de tror är läkaren och Den Odödliga Orden, men istället är det en fientlig organisation som starkt motsätter sig behandlingen som Den Odödliga Orden erbjuder. Kiruko och Maru accepterar ett jobberbjudande,men Kiruko börjar förlora tålamodet.
Efter att ha dödat människoätarna, träffar Maru och Kiruko äntligen dr Usami. Han ber dem om något svårt, och leder dem till ett rum där en hemsk syn väntar.
Maru och Kiruko upptäcker att dr Usami hade en knapp med samma mönster som loggan de såg på Kiru-Beam. De beslutar att följa dess spår och träffar en mystisk informatör på vägen. Under tiden har man ett akutmöte hemma på barnhemmet.
Maru och Kiruko beslutar att bege sig till Ibaraki-anläggningen på Takahara-akademin. Eftersom det är på vägen, går de med på att hjälpa Juichi att få reda på om hans bebis har överlevt. När de kommer till staden innanför murar är situationen mycket annorlunda mot väntat.
Maru och Kiruko åker till Ibaraki-anläggningen efter att Juichi ger dem sin bil. Under tiden, börjar en grupp nya femåringar på akademin. Mimihime märker att ett av barnen, Ohma, verkar ensam och försöker bli vän. Men Ohma har särskilda anledningar för att hålla sig borta från de andra barnen.
Maru och Kiruko kommer till en prunkande handelsplats. Det är staden där det omtalade Återuppbyggnadsministeriet styr allt. Under tiden, hamnar akademin plötsligt under attack. När de försöker söka skydd hittar barnen ett hål i väggen.
Mimihime, Shiro, Anzu och Taka ger sig av till utsidan, genom ett hål i väggen, när de söker svar till deras lärares prov. Under tiden faller Kiruko i gråt efter att Robin gör något hemskt.
